Soutenance mémoire
Les virus sont des agents infectieux et parasites cellulaires obligatoires. La particule virale est constituée d’un génome (ARN ou ADN, simple ou double brin), porteur de l’information génétique et d’une capside protéique assurant sa protection dans l’environnement. Dans certains cas, la capside peut être entourée d’une deuxième couche externe, l’enveloppe, qui est lipido-protéique. Les virus entériques qui se transmettent par voie digestive peuvent contaminer l’eau ou les aliments (« péril fécal »). Ils appartiennent à différentes familles et peuvent être classifiés en fonction de leur type de génome en utilisant la classification de Baltimore.
Les virus entériques se transmettent et se répandent par la voie féco-orale. Ils entrent dans le tractus gastro-intestinal, survivent à l’acidité de l’estomac et initient leur cycle infectieux. Les particules virales sont ensuite excrétées à forte dose dans les selles (10⁷ particules infectieuses par gramme de selles) (FAO/WHO, 2008). Les virus entériques sont caractérisés par leur stabilité en dehors de leur hôte, pouvant généralement résister aux stress environnementaux (avec des variations selon les virus) tels que les acides, la chaleur, la sécheresse, la pression, les désinfectants, les radiations ultra-violettes (FAO/WHO, 2008).
Les virus entériques peuvent être transmis par voie féco-orale directement de personne à personne ou de manière indirecte, via la consommation d’eau ou d’aliments contaminés . Ils peuvent être à l’origine de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Une TIAC est définie par la survenue d’« au moins deux cas groupés, d’une symptomatologie similaire, en général digestive, dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire » (Delmas et al., 2010). Les TIAC sont des maladies à déclaration obligatoire (DO) et tout médecin ou chef de laboratoire d’analyses doit les notifier aux médecins inspecteurs de santé publique de l’Agence régionale de santé (ARS) du département de résidence des cas (Vaillant et al., 2012).
La transmission hydrique des virus entériques peut être à l’origine d’épidémies dans les pays où les conditions sanitaires sont faibles et de TIAC dans les pays industrialisés. L’OMS a estimé en 2003 que l’impact de la transmission des pathogènes par voie hydrique (tout pathogène confondu) avait causé 3,4 millions de morts dans le monde tandis que l’UE estime que 13548 enfants de moins de 14 ans meurent chaque année à cause de ces pathogènes transmis par l’eau ; il reste cependant difficile d’estimer l’impact réel des virus parmi tous les pathogènes (Gibson, 2014).
Les virus transmis par la voie hydrique sont fréquemment impliqués dans des épidémies de maladies gastro-intestinales et d’hépatites aiguës. Les épidémies sont associées à l’eau récréative, l’eau potable et l’eau des nappes phréatiques. En fonction du type d’eau, ces épidémies sont principalement dues à l’introduction de matériel fécal dans l’eau ou à un traitement de l’eau potable inadéquat ou interrompu (Gibson, 2014). De plus, le traitement des eaux usées ne permet d’inactiver que 20 à 80% des virus entériques, ce qui permet à une charge virale significative de se retrouver dans l’environnement, incluant l’eau de rivière, l’eau de mer et les nappes phréatiques (La Rosa et al., 2012). Les virus les plus fréquemment transmis par voie hydrique sont les norovirus, les virus de l’hépatite A et E, les adénovirus, les astrovirus, les entérovirus et les rotavirus (Gibson, 2014).
Les aliments peuvent être contaminés par les eaux environnementales, les eaux d’irrigation ou à différents stade de leur vie (culture, récolte, stockage, transport, vente, préparation du plat…) via une contamination manuportée d’où l’importance du respect des mesures d’hygiène (Koopmans and Duizer, 2004 ; FAO/WHO, 2008). Les végétaux et les fruits peuvent être contaminés via la source d’eau d’irrigation (nappes phréatiques ou puits contaminés, eau de réseau contaminée…) ainsi que via des engrais biologiques (déjections animales et boues d’épandage n’ayant pas subi de traitement thermique) qui peuvent être utilisés en culture traditionnelle (Morin and Picoche, 2008). L’eau de mer peut être contaminée par une fuite des égouts, ou par des eaux usées mal traitées. Les coquillages (organismes filtreurs) peuvent alors être contaminés par l’eau de mer qu’ils filtrent induisant la concentration des virus au sein de leurs tissus digestifs.
Dans le cas d’une transmission zoonotique, la contamination s’effectue soit par contact direct avec l’animal infecté soit par la consommation d’aliments provenant d’animaux infectés (consommation de viande ou de produits issus de cet animal). Le pouvoir zoonotique de certains virus a été démontré (comme pour le virus de l’hépatite E transmis par le porc notamment), et il a été suspecté pour quelques autres virus comme les rotavirus et les norovirus (Martella et al., 2010 ; Midgley et al., 2014 ; Bank-Wolf et al., 2010).
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Table des matières
1- Virus entériques et transmission alimentaire
1-1 Transmission par voie hydrique
1-2 Transmission par voie alimentaire
1-3 TIAC et impact des virus entériques
1-4 Pathologies
1-5 Virus responsables de pathologies intestinales
1-5-1 Norovirus
1-3-1-1 Description
1-5-1-2 Pathologie
1-5-1-3 TIAC
1-5-2 Sapovirus
1-5-2-1 Description
1-5-2-2 Pathologie
1-5-2-3 TIAC
1-5-3 Aichi virus
1-5-3-1 Description
1-5-3-2 Pathologie
1-5-3-3 TIAC
1-5-4 Rotavirus
1-5-4-1 Description
1-5-4-2 Pathologie
1-5-4-3 TIAC
1-5-5 Astrovirus
1-5-5-1 Description
1-5-5-2 Pathologie
1-5-5-3 TIAC
1-5-6 Adénovirus entériques
1-5-6-1 Description
1-5-6-2 Pathologie
1-5-6-3 TIAC
1-5-7 Picobirnavirus
1-5-7-1 Description
1-5-7-2 Pathologie
1-5-7-3 TIAC
1-5-8 Bocavirus
1-5-8-1 Description
1-5-8-2 Pathologie
1-5-8-3 TIAC
1-6 Virus responsables d’hépatites
1-6-1 Virus de l’hépatite A (VHA)
1-6-1-1 Description
1-6-1-2 Pathologie
1-6-1-3 TIAC
1-6-2 Virus de l’hépatite E (VHE)
1-6-2-1 Description
1-6-2-2 Pathologie
1-6-2-3 TIAC
1-7 Virus responsables de diverses pathologies
1-7-1 Entérovirus et Paréchovirus
1-7-1-1 Description
1-7-1-2 Pathologie
1-7-1-3 TIAC
1-7-2 Cosavirus
1-7-2-1 Description
1-7-2-2 Pathologie
1-7-2-3 TIAC
1-7-3 Coronavirus humains
1-7-3-1 Description
1-7-3-2 Pathologie
1-7-3-3 TIAC
1-7-4 Tick-Borne-Encephalitis Virus (TBEV)
1-7-4-1 Description
1-7-4-2 Pathologie
1-7-4-3 TIAC
1-7-5 Parvovirus
1-7-5-1 Description
1-7-5-2 Pathologie
1-7-5-3 TIAC
1-7-6 Virus dont la transmission par voie alimentaire est occasionnelle
2- Détection des Virus Entériques
2-1 Microscopie électronique
2-2 Méthodes immunologiques
2-3 Méthodes moléculaires
2-3-1 Extraction des virus
2-3-1-1 A partir des selles
2-3-1-2 A partir des eaux et des aliments
2-3-1-2-1 Elution
2-3-1-2-2 Concentration
2-3-1-2-3 Traitement à la protéinase K
2-3-1-2-4 Utilisation de billes magnétiques
2-3-1-2-5 Extraction des acides nucléiques
2-3-2 Détection du génome viral
2-3-2-1 Amplification du génome
2-3-2-1-1 Principales techniques
2-3-2-1-2 RT-qPCR
2-3-2-1-3 Contrôles
2-3-2-1-3-1 Contrôles de process
2-3-2-1-3-4 Contrôles PCR
2-3-2-1-3-3 Contrôles d’inhibition
2-3-2-2 Puce d’hybridation
2-3-2-3 Approches récentes de détection moléculaire et de typage
2-3-2-3-1 PCR Array
2-3-2-3-2 Digital PCR
2-3-2-3-3 NGS
2-3-3 Génotypage
2-3-4 Normalisation des méthodes de détection
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