Soutenance mémoire
GENERALITES SUR LE SARSCOV-2
Définition
Les coronavirus (CoVs), responsables d’infections respiratoires et digestives chez de nombreux mammifères et oiseaux, sont divisés en quatre genres :
– AlphaCoVs,
– BetaCoVs,
– GammaCoVs
– DeltaCoVs [9].
Jusqu’en 2019, six espèces étaient connus comme responsables d’infections humaines :
● Deux alphacoronavirus (HCoV-NL63, HCoV-229E)
● Quatre betacoronavirus (HCoV-OC43, HCoV-HKUI, SARS-CoV-1, MERS-CoV) [1,10]. En janvier 2020, un nouveau betacoronavirus, le SARS-CoV-2, est isolé en Chine chez des patients de la ville de Wuhan présentant un tableau de pneumonie virale sévère.
Structure et génome du SARS-CoV-2
Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN monocaténaire positivement polarisé qui sera traduit en deux polyprotéines, par la suite clivées en seize protéines non structurales indispensables à la réplication virale [13]. Le tiers restant du génome code essentiellement pour les protéines de structures du virus dont quatre glycoprotéines membranaires :la protéine Spike (S), l’Hémagglutinine-Esterase (HE), les protéines de membrane (M), d’enveloppe (E) ainsi que la protéine de capside (N). Structure du virus : une nucléocapside, hélicoïdale, formée de la protéine de capside (N) complexée à l’ARN viral, est protégée par une enveloppe phospholipidique dans laquelle sont enchâssées les glycoprotéines de surface (S, HE, M et E). La protéine S est la protéine qui lie le répéteur cellulaire du SARS-CoV 2 (ACE2) et permet l’entrée dans la cellule. Elle est formée de deux sous-unités :
➨ S1 qui contient le domaine de liaison au récepteur cellulaire,
➨ S2 qui est essentiel pour la fusion du virus à la membrane cellulaire.
Le SARS-CoV-2 appartient aux virus apparentés au SARS-CoV dont le réservoir est la chauve-souris. Si le génome du SARS-CoV-2 présente 79 % d’homologie avec le SARS-CoV-1 et 52 % d’homologie avec le MERS-CoV [11,12], les virus les plus proches sont des coronavirus de la chauve-souris, notamment le RaTG13-CoV (96 % d’homologie).
Epidémiologie
Contagiosité
La période de contagiosité est la durée de temps pendant laquelle la personne infectée peut transmettre la maladie à une autre personne. En se basant sur la détection de l’ARN du virus dans les échantillons respiratoires et la capacité à faire pousser le virus en culture, la période estimée de contagiosité maximale du SRAS-CoV-2 se situe autour de la journée d’apparition des symptômes ; elle débute quelques jours avant et décline de manière graduelle pendant les jours suivants [9]. Une recension des études visant à établir la durée de la période infectieuse a montré que le virus viable a été cultivé à partir d’échantillons respiratoires de 1 à 6 jours avant le début des symptômes Chez les cas ayant une maladie légère, l’excrétion virale a été documentée jusqu’à 8-10 jours après le début des symptômes. Le pic de la charge virale se situe dans les jours précédant le début de la maladie jusqu’à la première semaine après.
Chez les personnes présentant une maladie grave ou chez les personnes immuno-supprimées, l’excrétion virale peut être prolongée, du virus viable ayant été retrouvé jusqu’à 18-32 jours après le début de la maladie.
Virulence du COVID-19
Il est encore difficile de mesurer la virulence du SARS-CoV-2. Selon certains auteurs sa pathogénicité est sensiblement moins grave que les pathologies provoquées par les coronavirus du SRAS et du MERS. Cette affirmation serait corroborée par les données liées à la mortalité par COVID-19, évaluée à environ 1.4%. Les décès ont concerné essentiellement des patients âgés et porteurs de diverses comorbidités. [19]. Ces estimations pourraient néanmoins être amenées à évoluer en fonction du développement de l’épidémie. Par comparaison, le taux de létalité du SRAS était de 9,5% et celui du MERS de 34%.
Réservoir de virus
Le réservoir principal de ce virus semble être la chauve-souris fer à cheval, mais plusieurs questions se posent toujours sur la façon dont il a pu être transmis à l’humain. La transmission du vison vers l’humain a été confirmée dans le contexte des fermes d’élevage de visons infectés par un variant spécifique. Les implications des changements identifiés dans ce variant ne sont pas encore bien comprises [24]. Des cas de transmission de l’humain à l’animal ont été rapportés pour différentes espèces incluant le chat, le chien, le furet, le vison, le hamster et le singe.
Milieu extérieur
Le SARS-CoV-2 survit en moyenne quatre à cinq jours. Cependant, il est capable de survivre jusqu’à neuf jours sur la surface de certains objets en verre, plastique et métal lorsque la température ambiante ne dépasse pas les 20°C comme cela est le cas en période hivernale. Sa survie n’est de quelques heures lorsque la température est supérieure à 30 °C. Il peut cependant être facilement « désactivé », en moins d’une minute, en désinfectant les surfaces par l’eau oxygénée ou de l’eau de javel.
Cycle de multiplication
Le cycle de réplication des coronavirus a été largement étudié. Après la fusion et le largage de la nucléocapside dans le cytosol de la cellule hôte, la machinerie cellulaire traduit le gène de la réplicase en deux polyprotéines (pp1a et pp1ab) clivées en nombreuses protéines indispensables au cycle viral (notamment deux protéases virales et une ARN-polymérase ARN-dépendant) s’assemblant en un large complexe de transcription et de réplication. Ce complexe permet d’une part de reproduire l’ARN viral et d’autre part, par le biais de la formation de petits brins d’ARN anti-sens appelés ARN sous-génomiques, la production de protéines de structure des nouveaux virions. Finalement les brins d’ARN synthétisés sont combinés avec la protéine N pour former la nucléocapside et l’assemblage avec les glycoprotéines d’enveloppe permet le bourgeonnement de nouvelles particules virales. La connaissance du cycle viral permet de déterminer les cibles thérapeutiques inhibant sa réplication. Nous proposons ici un bref tour d’horizon des principales stratégies antivirales proposées aujourd’hui comme traitement potentiel de la COVID-19.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
CHAPITRE I : GENERALITES SUR LE SARSCOV-2
I-1-Définition
I-2- Structure et génome du SARS-CoV-2
I-3- Epidémiologie
I-4-Virulence du COVID-19
I-5-Réservoir de virus
I-6-Milieu extérieur
I-7-Cycle de multiplication
I-8-Physiopathologie
I-9-Signes cliniques
II-1- Pronostic
II-2-Contamination, infection cellulaire
III. VARIANTS DU CORONAVIRUS
IV-DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE
IV-1- Diagnostique Virologiques (direct)
IV-1-1- Prélèvement
IV-1-2- RT PCR
IV-1-2-1- But/Objectif
IV-1-2-2- Principe et champs d’application
IV-1-3- Tests rapides de détection des antigènes
IV-1-4-Cinétique virale
IV-2- Diagnostique sérologique (indirect)
IV-2–1-Prélèvement
IV-2-2- Tests sérologiques
IV-2-2-1-Technique Elisa « dosage d’immunoadsorption par d’enzyme liée»)
IV-2-2-2- Tests rapides imunochromatographiques
IV-2-3-Évolution des anticorps sériques
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL EXPERIMENTAL
I-MATERIELS ET METHODES
I-1-Type et cadre d’étude
I-2-Population d’étude
I-3-Prélevements
I-4-Parametres étudiés
I-5-Méthodes
I-5-1-kit SARS-CoV-2 Antibody Test (Fabricant: Wondfo®)
I-5-2-Réalisation du test
I-5-3-Interprétation des résultats
I-6-Automate Iflash 3000, Shenzhen YHLO Biotech
I-6-1-Principe de Dosage
I-6-2-Appareillage
I-6-3-Exploitation statistique
II. RESULTATS
II-1- Caractéristiques générales des échantillons testés
II-2-Evaluation de la spécificité clinique
II-3-Evaluation de la sensibilité Clinique
COMMENTAIRE
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
