Utilisation de la méthode capture-recapture en santé animale

Utilisation de la méthode capture-recapture en santé animale

Surveillance épidémiologique événementielle

La surveillance épidémiologique peut être définie comme l’ensemble des opérations systématiques et continues de recueil, de compilation et d’analyse des informations zoosanitaires, ainsi que leur diffusion en temps opportun aux responsables afin qu’ils puissent prendre les mesures qui s’imposent(OIE, 2011a).Cela comprend une rétro-information rapide et ciblée, une mise en place de mesures correctives et une évaluation de l’impact de ces mesures. Cette surveillance concerne des maladies « importantes » en termes d’incidence, de sévérité, de mortalité, de coûts, ou de potentiel évolutif. La surveillance s’applique également généralement à des maladies pour lesquelles on peut engager des actions de santé publique (prévention, traitement). Elle permet d’évaluer l’évolution de la fréquence d’une maladie. La diversité des objectifs spécifiques de la veille sanitaire et des situations épidémiologiques conduisent à des stratégies de surveillance différentes. Ainsi, on distingue la surveillance événementielle (ou passive) et la surveillance active. On qualifie d’active toute méthode de surveillance fondée sur la recherche des données par des actions programmées à l’avance et élaborées par les animateurs du réseau. À l’inverse, on qualifie d’événementielle toute activité de surveillance qui repose sur la déclaration spontanée des cas (ou suspicions de cas) de maladies détectées par les acteurs de terrain (Dufour et Hendrikx, 2011).

Rôle Les objectifs de la surveillance épidémiologique sont divers. La connaissance de l’épidémiologie d’une maladie est nécessaire dans le but de définir des priorités de prévention et de contrôle, d’évaluer les politiques ou actions mises en place. L’un des objectifs de la surveillance épidémiologique consiste à détecter l’apparition de maladies animales exotiques introduites à partir d’un autre pays, ou de nouvelles maladies ,inconnues jusqu’alors. La détection précoce de telles maladies, et leur suivi sont indispensables à la mise en place de mesures de contrôle adaptées. Les systèmes de surveillance épidémiologique sont des outils d’aide à la décision dans le domaine de la prévention et du contrôle de ces maladies. Ils reposent le plus souvent sur un ensemble de personnes et/ou d’institutions organisées entre elles en réseaux (réseaux de surveillance épidémiologique) pour effectuer la surveillance d’une ou de plusieurs de ces maladies. La rapidité et la pertinence des décisions sanitaires prises dépendent de la fiabilité du système de surveillance. Assurer efficacement la détection et le suivi des menaces sanitaires constitue donc un préalable à toute lutte efficace (Dufour et al, 2006).

Chacune des modalités de surveillance (active ou événementielle) répond à un objectif spécifique et doit être elle-même adaptée en fonction de la situation, des ressources disponibles et de la maladie considérée. La modalité de surveillance à mettre en oeuvre dépend donc étroitement de l’objectif de surveillance que l’on a fixé. On retrouve généralement la surveillance événementielle pour l’alerte précoce lorsque la clinique est un critère précoce de détection d’une maladie exotique ou pour la simple détection des cas prévalents dans le cas d’une maladie existante. À cette fonction de base se trouvent alors associée une surveillance active, destinée soit à renforcer l’alerte précoce ou la détection des cas, soit à démontrer l’existence ou l’absence de la maladie. La surveillance événementielle est une surveillance continue, qui repose en premier lieu sur les acteurs de terrains proches des éleveurs, et donc aptes à repérer et transmettre précocement les cas ou suspicions de cas à l’unité centrale de gestion des données.

Ces acteurs de terrains peuvent être, selon les situations, les vétérinaires praticiens intervenant dans les élevages, ou bien les techniciens vétérinaires gouvernementaux, ou bien encore les techniciens de groupements. Le rôle des éleveurs et de ces acteurs de terrains est prépondérant dans la vie du réseau de surveillance événementielle, et leur sensibilisation à la déclaration des cas ou suspicions de cas est indispensable et conditionne la qualité de la surveillance. Les actions de communication destinées précisément à ces premiers maillons sont donc nécessaires, et peuvent prendre la forme de plaquettes d’information, de réunions de sensibilisation ou bien encore de visite des cheptels. L’efficacité de la transmission de l’information par les acteurs de terrains vers l’unité centrale de gestion des données est l’élément qui conditionne le plus la qualité de fonctionnement du réseau de surveillance événementielle. Cette question fait intervenir des facteurs économiques et sociologiques propres aux réseaux de surveillance passive. Par exemple, le risque d’abattage du cheptel en cas de notification de la maladie peut desservir la qualité de la surveillance, en démotivant les éleveurs.

De même, la peur d’être accusé par les autres éleveurs d’avoir introduit la maladie dans la zone de surveillance peut générer une peur, qui affecte la qualité de notification. Ces questions conduisent les gestionnaires Ces questions conduisent les gestionnaires à éviter des mesures de lutte aux conséquences trop lourdes lorsqu’un cas est découvert, afin de ne pas démotiver les éleveurs et compromettre la notification d’autres cas.

Dépendance

Des sources sont dites indépendantes lorsque la probabilité d’être recensé par une source ne dépend pas ou n’a pas d’influence sur la probabilité d’être recensé par une autre source. À l’inverse, il existe une dépendance statistique entre des sources de données, lorsque le recensement de certains individus par une source de données influence la probabilité de recensement de ces mêmes individus par une autre source de données. Ainsi, la dépendance est dite positive entre A et B lorsque le fait d’être recensé par la source A augmente la probabilité d’être recensé par la source B et vice-versa. À l’inverse, lorsque cette influence va dans le sens d’une diminution de probabilité, la dépendance est dite négative. Cette dépendance peut être appréciée qualitativement, par la connaissance des échanges d’information qui existent entre les sources.

Prenons l’exemple de deux sources de recensement de cas médicaux constituées, d’une part, par un groupe de médecins libéraux et d’autre part, par un centre hospitalier. Dans la première situation, il se peut que ces médecins aient l’habitude de référer certains cas à un centre hospitalier en particulier, car ils y connaissent un confrère compétent. Cela induit le fait que les patients traités par ces médecins ont une probabilité plus élevée d’être également recensés par le centre hospitalier que les patients traités par d’autres médecins, qui seraient orientés vers d’autres centres hospitaliers. On observe alors une dépendance positive entre la source « groupe de médecins » et la source « centre hospitalier ». À l’inverse, il se peut que ce même groupe de médecins ne recommande pas ce centre hospitalier en particulier car ils estiment la qualité des soins mauvaise. Leurs patients ont alors une plus faible probabilité que les patients des autres médecins d’être recensés par ce centre hospitalier. On observe une dépendance négative entre la source « médecins » et la source « centre hospitalier ». La dernière situation possible serait celle ou le groupe de médecins n’ait pas d’avis ou d’habitude particulière en ce qui concerne le centre hospitalier, et réciproquement. Dans ce cas, les patients traités par le groupe de médecins présentent la même probabilité que les patients des autres médecins d’être recensés par le centre hospitalier. Les sources sont alors indépendantes.

Historique de la méthode capture-recapture

La méthode capture-recapture fut initialement développée en écologie afin d’estimer la taille de populations sauvages (Cormack, 1968 ; Seber, 1982). Dans les études écologiques classiques, le but consistait à étudier les caractéristiques démographiques d’une population animale. Des animaux de cette population étaient alors capturés, marqués puis libérés. Cette opération était répétée plusieurs fois, et chaque animal était associé à un historique de capture, représenté par un vecteur de « zéros » et de « uns », traduisant le statut de l’animal à chaque occasion de capture. « Un » correspondait à une prise, et « zéro » à un échec de capture. Les fréquences des captures observables formaient l’ensemble des données à analyser. En écologie, cette méthode est généralement appelée la « méthode Petersen », en raison du travail de Petersen en 1894 sur le marquage de poisson, bien que la première utilisation de la méthode sur les populations de poissons fut le fruit de Dahl en 1917.

La méthode fut également utilisée par Lincoln en 1930 pour estimer la taille d’une population de canards (Le Cren, 1965). Cette méthode est maintenant utilisée dans une variété d’applications, y compris en épidémiologie (Abeni et al, 1994 ; Hook et al, 1995 ; International working group for disease monitoring, 1995b ; Gallay et al, 2002), dans le cadre d’études démographiques et de recensement humaines (Fienberg, 1992 ; Darroch et al, 1993) et le test de logiciels (Wohlin et al, 1995). Par conséquent, les unités capturées ne sont plus seulement les animaux. Par exemple, en santé publique, les unités sont les individus atteints d’une maladie donnée et les occasions de capture sont les listes de surveillance. L’application de cette méthode à l’étude des problèmes épidémiologiques vint relativement tard, et put ainsi s’appuyer sur les progrès dans les autres domaines, notamment sur les progrès des méthodes statistiques.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
I.1) Surveillance épidémiologique événementielle
I.1.1) Définition
I.1.2) Rôle
I.2) Utilisation de la méthode capture-recapture en santé animale
I.2.1) Principe de la méthode capture-recapture
1.2.2) Définitions
I.2.2) Estimation du nombre total d’événements avec deux sources
I.2.3) Estimation du nombre total d’événements avec trois sources ou plus
I.2.4) Historique de la méthode capture-recapture
I.2.5) Utilisation de la méthode capture-recapture en épidémiologie vétérinaire
I.3) Systèmes de surveillance vétérinaires mondiaux : WAHID, ProMed-mail et EMPRES-i
I.3.1) WAHIS/WAHID
I.3.2) EMPRES-i
I.3.3) ProMed-mail
13.4) Comparaison des trois systèmes de surveillance
DEUXIEME PARTIE
II.1) Matériel et méthodes
II.1.1) Choix des sources
II.1.2) Définition d’un “événement exceptionnel”
II.1.3) Sources
II.1.4) Collecte des données et harmonisation des bases de données
II.1.5) Identification des doublons et des événements communs
II.1.6) Etude des caractéristiques des événements déclarés, par source
II.1.7) Etude de la dépendance entre les sources
II.1.8) Stratification des taux d’exhaustivité selon les variables d’hétérogénéité
II.1.9) Outils d’analyse statistiques
II.2) Résultats
II.2.1) Collecte des données et événements retenus pour l’analyse
II.2.2) Caractéristiques des événements déclarés, par source
II.2.3) Identification des événements communs et distribution des événements selon leur source d’appartenance
II.2.4) Etude de la dépendance entre les sources
II.2.5) Analyse globale selon les modèles log-linéaires
II.2.6) Stratification des résultats selon les variables sources d’hétérogénéité
II.2.7) Bénéfices de l’utilisation des notifications ProMed-mail pour l’OIE, et de la diffusion des données OIE par ProMed-mail
II.3) Discussion
II.3.1) Méthode
II.3.2) Résultats
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES

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