TUBERCULOSE PULMONAIRE A MICROSCOPIE NEGATIVE

GeneXpert

Le système GeneXpert a été lancé en 2004 et simplifie les tests moléculaires en intégrant et en automatisant complètement les trois processus (préparation de l’échantillon, amplification et détection) requis pour les tests moléculaires fondés sur la réaction en chaîne par polymérase en temps réel [27]. Il a été approuvé par l’OMS, en 2010, comme étant le test rapide le plus sensible pour le diagnostic de la tuberculose dans les échantillons respiratoires pauci-bacillaires. Elle offre de nouvelles possibilités de diagnostic pour les formes à frottis négatif. Il s’agit d’un test de diagnostic à base de cartouches qui permet d’identifier l’Acide Désoxyribonucléique (ADN) du MycobactériumTuberculosis par la technique d’amplification des acides nucléiques. En effet, il purifie, concentre, amplifie et détecte des séquences d’ADN spécifiques pour Mycobacteriumtuberculosis. Ce test éprouve une sensibilité analytique de cinq copies de génome d’ADN purifié de Mycobacteriumtuberculosis. Le dosage, qui est hautement spécifique, évite les réactions croisées avec les patients non-tuberculeux [28]. Une étude a trouvé que le GeneXpert possède une limite de détection de bacilles tuberculeux évaluée à 131cfu/ml de crachat [29]. Il s’agit du nombre minimal d’unité de formation de colonie produite dans un échantillon de crachat. En comparaison avec l’examen microscopique, le seuil d’identification des bacilles tuberculeux est estimé à 10.000 bacilles/ml de crachat [30]. Ainsi, les résultats du GeneXpert sont interprétés par le système lui-même, par la mesure des signaux fluorescents. Le « Ct range » ou « cycle threshold range » désigne le nombre de cycles nécessaires pour le signal fluorescent à traverser le seuil. Le « Ct range » se présente inversement proportionnelle à la quantité d’acide nucléique ciblée dans l’échantillon [31]. En effet, en cas de détection d’ADN de Mycobacteriumtuberculosis, le « Ct range » donne une estimation semi-quantitative de la concentration de bacilles dans l’échantillon. Elle peut être élevée (Ct range <16), moyenne (Ct range = 16 à 22), basse (Ct range = 22 à 28) ou très basse (Ct range >28) (Figure 3-6).

Projet « TB Reach »

Le projet « TB Reach » phase 2 consiste à améliorer l’accès aux soins antituberculeux de la population en la désenclavant par l’utilisation de l’axe ferroviaire Fianarantsoa-Manakara. Il est couplé à l’accroissement du dépistage des formes négatives de la tuberculose, dans la ville d’Antananarivo et ses environs par la technologie GeneXpert. Réalisé en 2012, il comporte 2 volets ayant respectivement comme objectifs de dépister 1.060 cas additionnels pour le volet 1 et 650 cas additionnels de tuberculose à microscopie négative pour le volet 2 [26]. Le volet 2 du projet vise à accroitre le dépistage des formes de tuberculose à microscopie négative avec le GeneXpert. En effet, la population cible est constituée par des malades tuberculeux suspects de la ville d’Antananarivo et de ses environs, couverts par 20 centres de diagnostic et de traitement de la tuberculose. Ces centres sont identifiés par leur faible capacité à dépister la tuberculose par des moyens autres que la bacilloscopie, parmi lesquels, la radiographie, l’examen anatomo- pathologique et la fibroscopie (Annexe 1). Ainsi, un circuit pour la collecte des crachats des patients a été établi selon un rythme bien définipour être acheminés vers les deux laboratoires nationaux de référence dont:le centre national de référence des mycobactéries et l’Institut Pasteur de Madagascar. Ces laboratoires ont été dotés d’appareil GeneXpert pour améliorer le diagnostic de la TPM- et d’accélérer la mise sous traitement des patients. Si les résultats de la culture mycobactérienne ne sont disponibles qu’après environ 3 semaines, ceuxdu test GeneXpertsont obtenus le même jour et vont être remis aux patients dans un délai de deux jours au plus tard.

Mode d’analyse des données

Les données ont été saisies sur ordinateur, à l’aide du logiciel Office 2007, puis analysées avec le logiciel Epi-Info version 3.5.4. Les valeurs aberrantes et ou manquantes ont été considérées comme inadmissibles et ont été éliminées dans l’analyse. Ainsi, pour les variables quantitatives, les données ont été présentées sous forme de moyenne ou de médiane avec sa déviation standard selon la distribution des variables. Pour les variables catégorielles,elles ont été présentées sous-forme de nombre et de proportions.

Description de l’échantillon

Le nombre total de l’échantillon est de 1.250malades enregistrés pendant la période étudiée. Après la vérification des critères d’inclusion, 173 malades ont été exclus de fait de l’incomplétude des données. Au total, 1.077 malades ont été retenus pour l’étude. Il se compose des sujets avec un âge moyen (±écart-type) de 30 ans (±20) et une sex-ratio homme/femme de 1,3. Plus de la moitié des sujets développe la tuberculose pour la première fois (55,1%). Pour les malades dont les signes cliniques ont été identifiés, la plupart ont présenté des signes respiratoires.

Antécédent de traitement de la tuberculose

Il a été rapporté, dans la partie résultat, que parmi les sujets à microscopie négative, la tuberculose est fréquemment observée significativement chez les cas retraités de la tuberculose. Dans une étude réalisée en Afrique en 2013, l’antécédent de traitement antituberculeux parmi les malades à bacilloscopie négative détermine significativement la détection des bacilles tuberculeux par le GeneXpert[38]. Une même recherche effectuée en Amérique latine n’a pas permis de conclure significativement une association entre la tuberculose et l’antécédent de traitement antituberculeux parmi les malades à bacilloscopie négative [40]. La différence des résultats pourrait s’expliquer par la concentration bacillaire détectée par le GeneXpert puisque les cas retraités sont considérés comme beaucoup plus déprimés du point de vue immunitaire. En effet, il a été affirmé que la proportion des malades tuberculeux avec une concentration bacillaire moyenne et élevée est statistiquement élevée chez les cas en retraitement de la tuberculose. La concentration bacillaire est déterminée fortement par l’existence d’un antécédent de tuberculose parmi les sujets à frottis négatif. Le GeneXpert prouve, ainsi, sa performance et tient sa place pour diagnostiquer la tuberculose devant un cas de retraitement chez les tuberculeux à bacilloscopie négative. En plus, son utilisation en relai de la bacilloscopie négative est recommandée par l’OMS [28].

Suggestions

L’amélioration du dépistage de la tuberculose figure parmi les objectifs du programme de lutte contre la tuberculose, particulièrement le diagnostic des formes pulmonaires de la tuberculose à microscopie négative, via l’extension des moyens diagnostiques existants. Ainsi, la présente étude a vérifié si la bacilloscopie et le GeneXpert ont les mêmes performances, après l’introduction de ce nouvel outil diagnostique au sein du programme national tuberculose à Madagascar. Il a été mis en évidence que le GeneXpert s’avère plus performant que la bacilloscopie, dans le diagnostic de la tuberculose. Le rendement du ce nouveau outil diagnostique est élevé chez les sujets plus âgé. La proportion des tuberculeux identifiés par le GeneXpert est beaucoup plus élevée chez les malades de sexe masculin et chez les cas de retraitement de la tuberculose. Au terme de cette étude, les problèmes suivants ont été soulevés:
 Parmi les sujets à microscopie négative, 13% sont tuberculeux, considérés comme des faux-négatifs
 L’âge, le genre et l’antécédent de traitement de la tuberculose sont associés significativement à l’identification de la tuberculose par le GeneXpert
 La concentration bacillaire définie par le GeneXpert est déterminée significativement par l’existence d’un antécédent de traitement de la tuberculose.

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Table des matières

INTRODUCTION
I. RAPPELS
1.Aspects généraux de la tuberculose
2. Epidémiologie de la tuberculose
3. Diagnostic de la tuberculose
4. GeneXpert
5. Projet « TB Reach »
II. METHODE
1.Caractéristiques du cadre de l’étude
2. Type d’étude
3.Durée et période de l’étude
4. Population d’étude
a. Critères d’inclusion
b. Critères d’exclusion
5.Mode d’échantillonnage
6. Taille de l’échantillon
7. Variables étudiées
8.Mode de collecte des données
10.Mode d’analyse des données
11. Calculs et tests statistiques utilisés
12. Limites de l’étude
13. Considérations éthiques
III. RESULTATS
1.Description de l’échantillon.
2. Valeur prédictive négative de la bacilloscopie
3.Caractéristiques des malades tuberculeux
4. Caractéristiques des patients non-tuberculeux
5.Facteurs associés à la tuberculose
6. Facteurs associés à la concentration bacillaire
7.Analyses stratifiées
IV. DISCUSSIONS
1. Résultats
2. Valeur prédictive négative de la bacilloscopie
3. Caractéristiques des malades tuberculeux et des patients non-tuberculeux
a. Age
b. Genre
c. Antécédent de traitement de la tuberculose
4.Suggestions
5. Proposition de plan de mise en œuvre
CONCLUSION
ANNEXE
REFERENCES