Tuberculose pharmacorésistante

La tuberculose est une maladie infectieuse, contagieuse causée dans l’immense majorité des cas par Mycobacterium tuberculosis ou Bacille de Koch (BK) touchant environ 2 milliards de personnes selon le PNT [PNT, 2011]. L’ampleur du problème est accrue du fait de l’épidémie de l’infection par le VIH et de l’émergence de souches de Mycobacterium tuberculosis résistantes aux antituberculeux [Ouédraogo et al., 2010]. En effet, la résistance aux antituberculeux, et en particulier la multi résistance est un vrai problème de santé publique [Raviglione et al., 2000]. Ces nouvelles formes de la maladie résistantes aux traitements inquiètent la communauté scientifique et font craindre une épidémie insensible aux médicaments disponibles [RIIP, 2013]. Elles sont provoquées par une mutation génétique qui rend un médicament inefficace contre un bacille mutant. La résistance aux antituberculeux est responsable de 500 000 nouveaux cas par an [RIIP, 2013] dans le monde. Sa prise en charge s’avère être difficile car le traitement est complexe, très long et coûteux, avec moins de chance de guérison notamment pour les cas de tuberculose multi résistante (TB-MR) [Shao et al., 2011]. En 2012, on estimait à 450 000 les nouveaux cas de TB-MR dans le monde dont 170 000 en sont morts [WHO, 2013]. Les résistances primaire et secondaire sont des indicateurs de performances des programmes de lutte contre la tuberculose. La situation est particulièrement grave en Afrique subsaharienne, où la forte prévalence du sida a favorisé la croissance exponentielle des cas de tuberculose et parmi lesquels figure une proportion inquiétante de multi résistants voire d' »ultrarésistants » [Vincent, 2012]. Actuellement, moins de 5% des cas de TB MR sont diagnostiqués du fait du manque de capacité de laboratoires suffisants pour cultiver M.tuberculosis et procéder à des tests de sensibilité aux médicaments (TSM), du manque d’infrastructure de laboratoire sûre et adéquate et du manque de personnel formé [OMS, 2009]. L’Afrique subsaharienne représente 14% de la charge globale pour les nouveaux cas de TB- MR [Migliori et al., 2010]. La prescription incorrecte des schémas thérapeutiques, une adhésion thérapeutique déficiente, une distribution inadaptée des médicaments, un suivi insuffisant des malades, des médicaments de mauvaise qualité, une incapacité à assurer que les malades suivent les schémas thérapeutiques prescrits [OMS, 1997 ; Slim-Saїdi, 2009] sont entre autre les facteurs qui ont conduit à l’exacerbation de ce phénomène de résistance.

Au Burkina Faso l’ampleur du problème de la résistance du BK aux antituberculeux est insuffisamment documentée. Des études ont été déjà réalisées ; cependant elles ont porté sur des échantillons restreints. La première étude a été menée par le Centre Muraz, sur des crachats de malades hospitalisés au Centre Régional de Lutte antituberculeuse de BoboDioulasso entre 1992 et 1994. Cette étude a montré la résistance primaire pour les souches du complexe M. tuberculosis suivantes : isoniazide 7,6 % ; ethambutol 1 % ; rifampicine 2,5 % ; streptomycine 12,4 % [Ledru et al., 1996]. La seconde étude [Torrea et al., 1999], a été réalisée en 2000, sur un nombre limité de malades tuberculeux (34 à Ouagadougou, 24 à Bobo-Dioulasso, 11 à Dori et 25 à Gorom-Gorom). Les antibiotiques testés étaient ceux utilisés par le PNT (isoniazide, streptomycine, rifampicine, ethambutol). Sur 75 souches dont les antibiogrammes étaient interprétables pour les 4 antibiotiques, 57 étaient sensibles à tous les antituberculeux et 18 présentaient des résistances à un ou plusieurs antibiotiques (3 souches). La distribution de cas avec des souches résistantes dans les 4 régions étudiées était la suivante : 5 / 34 (14,7%) à Ouagadougou, 7/24 (29%) à Bobo-Dioulasso, 2/11 (18%) à Dori, 4/25 (16%) à Gorom-Gorom. La troisième étude plus récente a été réalisée en 2005- 2006. Cette étude montré un taux de résistance primaire à au moins un médicament de 12.4% et 3,4% de TB-MR, la résistance secondaire était de 66,7% dont 50,5% de TB-MR [Sangaré et al., 2010].

GENERALITES 

Historique 

Les bacilles de la tuberculose existaient il y a trois millions d’années. La souche originelle serait apparue en Afrique de l’Est, considérée comme le berceau de l’humanité. Dès l’Antiquité gréco-latine, plusieurs auteurs ont décrit une maladie amaigrissante au long cours, dénommée suivant les uns « phtisie » (pour dépérissement), suivant les autres « tabès ». Ainsi Hippocrate (Ve -IVe siècle av. J. C.) fait-il mention d’infections broncho-pulmonaires et pleurales à évolution très lente, parmi lesquelles les consomptions d’origine thoracique occupent une place très importante. Il décrit aussi les autres formes de tuberculose, comme la forme osseuse et la forme ganglionnaire. Par la suite, Galien (IIe siècle apr. J.-C.) et Caelius Aurelianus (Ve siècle) distinguent également plusieurs des aspects cliniques de la maladie. En 1818, Laennec invente le stéthoscope qui va grandement faciliter le diagnostic de la tuberculose [OMS, 2013]. Aristote a soupçonné sa nature contagieuse, mais elle ne fut mise en évidence par A. Villemin qu’en 1865. En 1882 R. Koch isole le bacille tuberculeux humain : Mycobacterium tuberculosis. Maintenant il existe 70 espèces de Mycobacterium. De 1908 à 1920 A. Calmette et C. Guérin ont mis au point le BCG à partir d’une souche vivante atténuée de bacille tuberculeux bovin et il eut une vaccination à partir de 1921. En 1947 Waksman découvre le premier antibiotique actif sur le BK : la streptomycine qui permet, un an plus tard, la première guérison par antibiotique d’un malade gravement atteint de tuberculose. C’est en 1998 que le génome complet de Mycobacterium tuberculosis a été séquencé [Neidhardt, 2007; OMS, 2013].

Tuberculose pharmacorésistante 

Définitions de quelques termes 

Résistance primaire : La résistance primaire s’observe chez les malades n’ayant jamais été traités par des médicaments antituberculeux ou malades nouveaux cas [PNT, 2009]. Résistance secondaire ou acquise : La résistance secondaire ou acquise s’observe chez les malades ayant été traités auparavant par des médicaments antituberculeux ou malades anciens cas [PNT, 2009]. Mono résistance: Cas de tuberculose affectant des malades dont des isolats infectieux de M. tuberculosis présentent in vitro une résistance confirmée à un antituberculeux de première ligne [PNT, 2009]. Poly résistance : Cas de tuberculose affectant des malades dont des isolats infectieux de M. tuberculosis présentent in vitro une résistance confirmée à plus d’un antituberculeux de première ligne autres que l’isoniazide et la rifampicine en même temps [PNT, 2009]. Tuberculoses à bacilles multirésistants (TB-MR) : Les bacilles multi résistants sont des bacilles qui résistent au moins à l’isoniazide et à la rifampicine, les deux principaux médicaments antituberculeux majeurs [PNT, 2009] .

Epidémiologie

La résistance aux médicaments antituberculeux est un phénomène qui prend de l’ampleur partout dans le monde. En 1947, dès les premiers mois qui ont suivi l’introduction de la Streptomycine dans le traitement de la tuberculose, la majorité des patients atteints de la tuberculose pulmonaire excavée, traités par la Streptomycine seule, ont vu leurs bacilles devenir résistants à cet antibiotique [Bendadda, 2003]. Aussi, le même phénomène s’est reproduit avec les antibiotiques découverts ultérieurement, chaque fois qu’ils ont été prescrits seuls pour le traitement de la tuberculose pulmonaire excavée [Bendadda, 2003]. Dans la plus part des pays, on a constaté l’existence de souches qui résistent à au moins un antituberculeux utilisé seul. La résistance aux antituberculeux constitue une menace majeure pour les programmes de lutte contre la tuberculose suite à l’émergence dans plusieurs pays de souches multi résistantes [Umubyeyi et al., 2007]. Si à TB MR, s’ajoutent de nouvelles résistances aux médicaments de seconde intention (On parle de tuberculose ultra-résistante lorsqu’une résistance apparaît à une fluoroquinolone et à au moins un des trois antituberculeux injectables de deuxième intention.), la tuberculose est alors qualifiée d’ultra-résistante (UR) [Langlet, 2007]. Une étude de l’OMS a révélé que sur 17 690 cas de tuberculose relevés dans 49 pays entre 2000 et 2004, 20 % étaient des TB-MR parmi lesquelles 10 % étaient ultrarésistantes [Langlet, 2007]. On a recensé environ 450 000 cas de TB-MR dans le monde en 2012 chez des patients signalés comme atteints de tuberculose pulmonaire [WHO, 2013]. Près de la moitié de ces cas se sont produits en Inde, en Chine et en Fédération de Russie. On estime que près de 9,6% des cas de TB-MR étaient des cas de TB-UR [OMS, 2013]. La TB- MR peut toucher des patients infectés par le VIH, ainsi que des patients non infectés, ou ne présentant aucune autre cause de déficit immunitaire [Bendadda, 2003].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : GENERALITES
I. HISTORIQUE
II. TUBERCULOSE PHARMACORESISTANTE
II.1.Définitions de quelques termes
II.2.Epidémiologie
II.3.Diagnostic
II.3.1.Groupes cibles pour dépister la résistance aux antituberculeux
II.3.2.Tests de sensibilité aux médicaments
II.3.3.Les tests rapides
II.4.Traitement de la tuberculose pharmacorésistante
II.4.1.Schéma thérapeutique
II.4.2.Durée du traitement
III.GENERALITES SUR LES MYCOBACTERIES
III.1.Classification
III.1.1.Taxonomie
III.1.2.Classification
III.2.Caractéristiques
III.2.1.Caractères culturaux
III.2.2.Résistance aux agents physiques et chimiques
III.2.2.1.Agents physiques
III.2.2.2.Agents chimiques
III.2.3.Caractères biochimiques
III.2.3.1. Production d’acide nicotinique ou niacine
III.2.3.2. Réduction des nitrates en nitrites
III.2.3.3. Activité catalasique
III.2.3.4. Hydrolyse du tween 80
III.2.4. Physiopathologie
III.2.4.1. Complexe Mycobacterium tuberculosis
III.2.4.2. Mycobactéries atypiques
III.2.4.3. Mycobactéries des lèpres humaines et animales
IV.ETAT DE CONNAISSANCES SUR LA PHARMACORESISTANCE
DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
I.OBJECTIFS DE L’ETUDE
I.1.Objectif principal
I.2.Objectifs spécifiques
II.MATERIELS ET METHODES
II.1.Cadre d’étude
II.2.Type d’étude
II.3.Population d’étude et critères d’inclusion et de non inclusion
II.3.1.Critères d’inclusion
II.3.2.Critères de non inclusion
II.4.Echantillonnage
II.5.Technique et outils de collecte des données
II.5.1.Variables de l’étude
II.5.2.Technique de collecte des données
II.5.3.Outils de collecte
II.5.4.Matériels de laboratoire
II.6.Mode de collecte et acheminement des prélèvements
II.7.Analyse des échantillons et description des procédures
II.7.1.Examen microscopique direct
II.7.1.1.Etapes de la coloration Ziehl Neelsen
II.7.1.2.Expression des résultats de lecture des frottis
II.7.2.Traitement et mise en culture
II.7.3.Tests biochimiques d’identification
II.7.3.1.Test de réduction du nitrate
II.7.3.2.Recherche de la catalase à 220 C et à 680 C
II.7.4.Tests de sensibilité aux antibiotiques ou antibiogramme
II.7.5.Détermination de la sérologie VIH
II.8.Analyse statistique
II.8.1.Description de l’échantillon
II.8.2.Indicateurs mesurés
II.8.3.Autres analyses
II.9.Considération éthique et règlementaire
III.RESULTATS
III.1.Description de l’échantillon
III.2.Fréquence des résistances primaire et secondaire
III.3.Fréquence des résistances selon le type et le nombre d’antibiotique (mono résistance, poly résistance et tuberculose multi résistante)
III.4.Répartition des multi résistances (MR) en fonction de la sérologie
III.5.Comparaison des patients VIH selon le statut primaire et secondaire
IV.DISCUSSION
IV.1.Principaux résultats
IV.2.Limite de l’étude
IV.3.Description de l’échantillon
IV.4.Fréquence des résistances primaire et secondaire
IV.5.Fréquence des multi résistances (MR) primaire et secondaire
IV.6.Répartition des multi résistances en fonction de la sérologie
CONCLUSION
SUGGESTIONS

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