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Environnement et perte d’habitat
La population d’amphibiens du monde est confrontée à un déclin global causé par plusieurs facteurs. Une convention internationale de biologistes réunis en 2004 a indiqué que 32,5% des espèces connues sont éteintes et selon les critères de la liste rouge de l’UICN, 427 espèces d’amphibiens sont en danger critique d’extinction [44].
Les amphibiens malgaches diffèrent par leur sensibilité face à l’altération de l’habitat. La perte de leur milieu naturel, que ce soit la destruction, la dégradation et la fragmentation des forêts intactes ou la conversion de la forêt vierge pluviale en terres agricoles ont un impact important sur la batracofaune de Madagascar [43, 45].
Pathologie émergente
Le déclin des amphibiens a également été attribué à une maladie émergente, la chytridiomycose, mycose provoquée par le champignon pathogène Batrachochytrium dendrobatidis, unique chytride qui parasite un vertébré [46]. Il se développe sur les pièces buccales des têtards et sur la kératine de l’épiderme des jeunes métamorphosés et des amphibiens adultes. Ce champignon cutané empêche l’échange de gaz à travers la peau perméable des amphibiens, finissant par les asphyxier [47]. Cette maladie est considérée par l’UICN comme étant la pire maladie jamais observée chez les vertébrés. Sa propagation a entraîné un déclin rapide et une extinction d’environ 200 espèces d’amphibiens à travers le monde entre 1974 et 2006 [48].
La population des amphibiens de Madagascar était indemne de la maladie jusqu’en 2012 [49]. La chytridiomycose a cependant été identifiée sur 3 des 565 grenouilles de Madagascar exportées aux Etats-Unis d’Amérique en Mars 2014, soit chez Heterixalus alboguttatus, Heterixalus betsileo et Scaphiophryne spinosa [30].
Hoplobatrachus tigerinus
Appelée aussi Rana tigerinus ou Rana tigrina, cette espèce appartient à la classe Amphibia, ordre Anura, famille Dicroglossidae, genre Hoplobatrachus. Elle est listée en catégorie UICN comme préoccupation mineure en raison de sa large diffusion à travers le monde. Sa gamme est abondante dans le Nord, l’Ouest et l’Est de Madagascar, raison pour laquelle cette espèce a été choisie pour cette étude [50].
Hoplobatrachus tigerinus a une taille entre 120 et 170 mm. La couleur du dos varie du vert olive au gris et présente généralement une ligne longitudinale jaune clair et des taches sombres [51]. Des rayures sombres parfois discontinues se retrouvent sur les membres ; les cuisses sont marbrées de noir et jaune et parcourues par une fine ligne jaune sur la face externe ainsi que sur la face interne du mollet. Le ventre est blanc avec parfois une légère pigmentation au niveau de la gorge (Figure 1) [52].
Trypanosomes
Il existe plusieurs catégories d’hémoparasites ou parasites du sang chez les vertébrés [54]. Les trypanosomes, hémoparasites flagellés et unicellulaires sont très connus pour les pathologies qu’ils entraînent. Trypanosoma est un parasite infectant les mammifères, les reptiles, les oiseaux et les amphibiens [55]. La maladie appelée trypanosomiase est transmise par des insectes vecteurs (glossines, réduves) ou sangsues, à l’exception de T. evansi qui peut être transmis par les vampires et T. equiperdum transmis par coït du cheval et de la jument [56]. Le vertébré est ainsi appelé hôte primaire ou hôte définitif du parasite tandis que le vecteur est appelé hôte secondaire ou intermédiaire.
Taxonomie des trypanosomes
Les trypanosomes sont classés dans le règne des Protistes, embranchement Sarcomastigophora, sous-embranchement Mastigophora, classe Zoomastigophora, ordre Kinetoplastida, sous-ordre Trypanosomatina, famille Trypanosomastidae, genre Trypanosoma (Figure 2) [54].
Il existe 8 sous genres de trypanosomes qui sont groupés en deux lignées: Salivaria comportant 5 sous-genres et Stercoraria comportant 3 sous-genres. La taxonomie des trypanosomes chez les amphibiens est encore mal connue. Les espèces appartiennent à la lignée Stercoraria dont certaines sont rattachées au sous genre Herpetosoma et les autres encore non définies [57,58].
Trypanosomiase Humaine Africaine ou maladie du sommeil
La Trypanosomiase Humaine Africaine (THA) est une maladie parasitaire endémique touchant de nombreux pays d’Afrique sub-saharienne. Les parasites responsables sont des protozoaires sanguicoles, Trypanosoma brucei gambiense en Afrique de l’Ouest et Centrale qui regroupe 95% des cas de la maladie ; et Trypanosoma brucei rhodesiense en Afrique de l’Est, responsable des 5% des cas restants. Ils sont transmis à l’Homme par un arthropode vecteur hématophage : la glossine ou mouche tsé-tsé. La clinique varie d’une fièvre intermittente accompagnée de polyadénopathies indolores, oedème du visage et une atteinte cérébro-méningée précise (agitation nocturne, somnolence diurne, troubles de la sensibilité, troubles moteurs). La THA sévit dans les zones rurales les plus pauvres où les systèmes de santé sont faibles [60]. Selon une estimation de l’OMS, en 2009, le nombre des cas notifiés est passé en-dessous des 10 000 (9 878) pour la première fois en 50 ans. En 2012, 7 216 cas ont été recensés [61].
Trypanosomiase Humaine Américaine ou maladie de Chagas
La Trypanosomiase Humaine Américaine (THAm) est une maladie parasitaire endémique d’Amérique latine qui touche 21 pays du continent américain, du sud des Etats-Unis au sud de l’Argentine. L’agent en cause est un protozoaire flagellé, Trypanosoma cruzi, transmis par des insectes vecteurs, les triatomes ou réduves. Le parasite est responsable d’infection se manifestant par un chagome ou lésion cutanée érysipèloïde ou pseudofuronculeuse, et surtout d’un oedème unilatéral ou bi palpébral, rougeâtre et peu douloureux, avec dacryocystite et adénopathies satellites, appelé « signe de Romaña » quand il touche la muqueuse oculaire. Le nombre de cas annuels varie entre 150 000 et 200 000. Le nombre de décès annuels est estimé à14 000 [62]. La migration de la population a un impact sur l’exportation de la maladie vers des régions non endémiques. Des cas importés ont été signalés aux Etats-Unis d’Amérique, au Canada, au Japon, en Australie, et en Europe, principalement en France et en Espagne [63].
Trypanosomiase Animale Africaine
La Trypanosomiase Animale Africaine (TAA) est une maladie retrouvée chez les animaux domestiques et transmise par la mouche tsé-tsé. En Afrique sub-saharienne, les parasites fréquemment rencontrés sont ceux des sous-genres Nannomonas pour T. congolense et T. simiae, sous-genre Duttonella pour T. vivax, sous-genre Trypanozoon pour T. brucei, T. evansi, T. equiperdum et du sous-genre Pycnomonas pour T. suis [64]. En Afrique australe, la maladie est communément appelée nagana, qui est dérivé d’un terme Zulu signifiant « être affaibli ou esprit déprimé». La trypanosomose chez les animaux se traduit par un syndrome de gravité très variable. Tous les modes d’évolution sont possibles, de l’infection aiguë mortelle en 3 à 4 semaines à infection chronique durant des mois, voire des années. L’infection chronique, la plus fréquente, est caractérisée par une hyperthermie, anémie, consommation alimentaire réduite, cachexie, et diminution de la production. La TAA est plus grave chez les bovins, mais peut causer des pertes considérables chez les porcs, chameaux, chèvres et moutons. Près de 50 millions de bovins et 70 millions de petits ruminants risquent de contracter la maladie. Le déficit annuel de productivité enregistré est de l’ordre de 1,03 million de tonnes d’équivalent en viande et 1,6 million de tonnes de lait [65].
Vecteurs
Les glossines ou mouches tsé-tsé, vecteurs de la trypanosomiase humaine et animale en Afrique sont des diptères (insectes à une paire d’ailes) appartenant à la famille des Glossinidae [66]. Trente-et-une espèces sont connues actuellement, se répartissant en trois groupes ou sous-genres : Austenina (groupe fusca), Glossina (groupe morsitans) et Nemorhina (groupe palpalis). Ces mouches existent exclusivement sur le continent africain. Pour le cas de la maladie de Chagas, les vecteurs sont des grosses punaises, les triatomes qui appartiennent à la famille des Reduvidea et à la sous-famille des Triatominae dont il existe 16 genres, 5 sous-genres et quelques 140 espèces parmi lesquelles 105 sont américaines. De plus, 53 ont été trouvées porteuses de T. cruzi mais aucune en-dehors du Nouveau Monde. Une petite douzaine seulement appartenant aux genres Rhodnius, Triatoma, Panstongylus, et dont les chefs de file sont Rhodnius prolixus pour les pays du Pacte Andin et l’Amérique centrale et Triatoma infestans pour les pays du Cône Sud. La spécificité de ces vecteurs est que les deux sexes sont hématophages [62].
Santé publique et zoonoses
En Afrique de l’Ouest et centrale, une forme chronique de la maladie du sommeil est causée par Trypanosoma brucei gambiense. En Afrique orientale et australe, T. brucei rhodensiense est la cause d’une forme de maladie du sommeil beaucoup plus aiguë. Ce trypanosome infecte les bovins, l’antilope (Tragelaphus scriptus) et probablement beaucoup d’autres animaux sauvages qui peuvent servir de réservoirs au parasite [67]. En Asie, des cas humains de trypanosomiase causée par Trypanosoma evansi ont été déclarés. Le premier cas a été confirmé en 2005, chez un agriculteur du village de Seoni, en Inde. Depuis, 19 cas humains atypiques de trypanosomiases causées par des trypanosomes animaux ont été signalés soit : Trypanosoma lewisi (8), T. evansi (5), T. brucei (1), T. vivax (1), T. congolense (1) et une sous-espèce de T. brucei (1) [68].
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Table des matières
PREMIERE PARTIE : RAPPELS
I. Amphibiens à travers le monde
I.1. Classification
I.2. Particularité biologique
I.3. Importance
I.4. Spécificités des anoures malgaches
I.4.1 Endémicité
I.4.2 Morphologie
I.5. Les menaces
I.5.1. Environnement et perte d’habitat
I.5.2. Pathologie émergente
II. Hoplobatrachus tigerinus
III.Trypanosomes
III.1. Taxonomie des trypanosomes
III.2. Morphologie
III.3. Maladies en cause
III.3.1. Trypanosomiase Humaine Africaine
III.3.2. Trypanosomiase Humaine Américaine
III.3.3. Trypanosomiase Animale Africaine
III.4. Vecteurs
III.5. Santé publique et zoonoses
IV. Trypanosomiase chez les amphibiens
IV.1. Historique
IV.2. Cycle parasitaire
IV.3. Signes cliniques et pathologie
V. Diagnostic de Trypanosoma sp
VI. Microscopie
VI.1. Technique de montage humide
VI.2. Méthode de centrifugation à hématocrite
VI.3. Confection de frottis mince
VII. Réaction de polymérisation en chaîne
VII.1. Principe
VII.2. Réaction
VII.3. Révélation
VII.4. Types de PCR
VII.4.1.PCR conventionnelle
VII.4.2.PCR nichée
VII.4.3.PCR quantitative en temps réel
DEUXIEME PARTIE : METHODES ET RESULTATS
I. METHODES
I.1. Cadre de l’étude
I.2. Type d’étude
I.3. Période et durée d’étude
I.4. Population d’étude
I.4.1. Population cible
I.4.2. Population source
I.4.3. Critère de non-inclusion
I.5. Echantillonnages
I.5.1. Mode d’échantillonnage
I.5.2. Taille de l’échantillon
I.6. Variables étudiées
I.7. Prélèvements sanguins
I.7.1. Contention
I.7.2. Méthode de prélèvement
I.7.3. Quantité prélevée
I.7.4. Conservation des prélèvements
I.8. Détection de Trypanosoma sp
I.8.1. Microscopie
I.8.1.1 Confection des frottis
I.8.1.2 Séchage et fixation
I.8.1.3 Coloration
I.8.2. Extraction
I.8.2.1.Extraction d’ADN avec le kit QIAGEN®
I.8.2.2.Extraction d’ADN au Phénol-Chloroforme
I.8.2.3.Extraction d’ADN avec le kit Instagène®
I.8.3. Réaction par polymérisation en chaîne
I.8.3.1.Amorces utilisées
I.8.3.2.Mise au point de la PCR standard
I.8.3.3.Mis au point de la PCR nichée
I.8.3.4.Détection des hémoparasites chez les grenouilles
II. RESULTATS
II.1. Caractéristiques de la population d’étude
II.2. Résultats de la microscopie
II.3. Résultats de la mise au point de la PCR pour Trypanosoma sp
II.3.1.Résultats de la mise au point avec le couple d’amorces 609F/706R .
II.3.2.Résultats de la mise au point avec le couple d’amorces SSU450F/SSU450R
II.3.3.Résultats globaux de la PCR des échantillons de grenouilles
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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