Transmission féco-orale par consommation d’eau et d’aliments souillés

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Réponse immunitaire adaptative spécifique

La réponse humorale suit une évolution classique avec l’apparition précoce des IgM au début des signes cliniques mais ceux-­‐‑ci peuvent persister jusqu’à 32 semaines (Huang et al., 2010). Les IgG apparaissent au pic des transaminases, moins de 10 jours après, augmentent tout au long de la phase aiguë et de convalescence, et persistent habituellement pendant plusieurs années (Favorov et al., 1992; Dawson et al., 1992). Les transaminases reviennent à la normale vers la 10ème semaine. Les anticorps anti-­‐‑VHE apparus après une infection symptomatique ou non, sont protecteurs, mais ils n’empêchent pas la réplication et l’excrétion virales.
La réponse cellulaire joue un rôle important dans le contrôle de l’infection par le VHE. En effet des études ont montrés que les PBMC des patients atteints d’hépatite aigue E étaient stimulés par les peptides de la capside du VHE (Naik et al., 2002; Shata et al., 2007; Srivastava et al., 2007). Cette stimulation des PBMC n’entraine pas l’augmentation des taux de CD4/CD8+ chez les patients atteints d’hépatite aigüe E par rapport aux personnes contrôles (témoins) (Tripathy et al., 2012). Mais l’association d’une réponse spécifique des lymphocytes T, avec l’élimination de l’infection a été suggérée (Suneetha et al., 2012). Un rôle positif de la réponse T anti-­‐‑VHE est aussi en accord avec la découverte d’hépatite chronique E chez les patients immunodéprimés qui présentent une faible réponse des cellules T, entrainant l’impossibilité d’éliminer l’infection virale (Kamar et al., 2008). Toutefois la présence de CD8+ a été signalée dans le foie des patients atteints d’hépatite fulminante, suggérant que la balance de la réponse T cytotoxique intervient dans la pathogénèse de l’hépatite E (Husain et al., 2011; Prabhu et al., 2011).

Clinique

Le VHE est généralement responsable d’infection asymptomatique spontanément résolutive chez les personnes immunocompétentes. Cependant des formes ictériques ou fulminantes sont possibles avec les taux de létalité de 0,5 % – 4 % (Khuroo, 1980 ; Aggarwal, 2011).
Dans les zones non endémiques (pays industrialisés), la sévérité de l’infection est corrélée à l’âge du patient avec une fréquence plus élevée chez les alcooliques et malades du foie par rapport aux zones endémiques ou les formes les plus symptomatiques sont observées chez les jeunes-­‐‑adultes (Dalton et al., 2008).
Cependant, les signes cliniques associés à l’infections du VHE sont les mêmes dans les pays développés et en développement (Pavio et Mansuy, 2010). Après une période d’incubation de 3 à 5 semaines (40 jours environ), la phase pré-­‐‑ictérique d’une durée de 1 à 27 jours est caractérisée par un syndrome pseudo-­‐‑grippal avec une perte d’appétit, anorexie, constipation, diarrhée, fatigue, malaise, myalgie, douleur abdominale parfois, nausées, vomissements, fièvre à 38 et 39 °C pour la majorité des cas (Purcell et Emerson, 2008). A la phase d’état de 10 à 24 jours, l’ictère est associé à des urines foncées et des selles décolorées, une hépatomégalie, voire une splénomégalie (Viswanathan et al., 1957 ; Dalton et al., 2008). En outre, les symptômes sont généralement accompagnées d’augmentation d’enzymes hépatiques, à savoir la bilirubine, l’aspartate aminotransférase (AST) et l’alanine aminotransferase (ALT) (Srivastava et al., 2011 ; Rein et al., 2012). L’évolution de l’infection est le plus souvent favorable dans un délai de 3 à 5 semaines (OMS, 2004).
Curieusement, les formes sévères avec des tableaux d’hépatite fulminante (FHF) sont observées principalement au cours d’épisodes épidémiques. Cette forme fulminante de l’hépatite aigue E se caractérise par l’apparition d’une encéphalopathie quatre semaines après les premiers symptômes. Les complications associées sont : œdème cérébral, coagulopathie, nécrose hépatocytaire, insuffisance rénale, œdème pulmonaire, troubles cardiovasculaires et coma (Alam et al., 2009). Le taux de survie varie selon l’évolution de la maladie (Vaquero et Blei, 2003). En effet avec un taux de mortalité estimé à 40% (FHF), le taux de survie peut atteindre 42% selon la réponse des patients aux traitements administrés qui restent essentiellement symptomatiques. Cependant 12% des cas de FHF nécessitent une transplantation hépatiques (Bower et al., 2007).
La fréquence des hépatites sévères est de 1 % dans la population générale, mais elle peut atteindre 45 % chez les femmes enceintes. La sévérité de l’infection, maximale au cours du 3ème trimestre de grossesse, est probablement liée à la réplication active du VHE (Kar et al., 2008). Le taux de mortalité maternelle peut atteindre 30 % au cours de cette période avec un risque de transmission verticale (de la mère à l’enfant) dans un tiers des cas et un taux de mortalité infantile de 10 à 15 % (Kumar et al., 2004 ; Beniwal et al., 2003 ; Khuroo et Kamili, 2009).
Ces cas d’hépatites fulminantes ou sévères chez la femme enceinte semblent être associés à une forte réplication virale du génotype 1 (Kar et al., 2008). En outre, les rares infections à génotype 3 rapportées chez la femmes enceinte étaient aigues et spontanément résolutive sans transmission à l’enfant (Anty et al., 2012 ; Tabatabai et al., 2014). Le génotype semble donc avoir un effet sur la clinique de l’infection.
Les mutations répertoriées au niveau de l’hélicase du VHE génotype 1 (substitutions nucléotidiques /ou d’acides aminés) pourraient être des marqueurs de pathogénicités capable d’influencer l’évolution de l’infection vers une forme fulminante (Mishra et al., 2013).
La surinfection par le VHE de patients atteints d’hépatites chroniques est un facteur aggravant de la décompensation hépatique qui se manifeste par une ascite et une encéphalopathie hépatique plus ou moins prononcée (Aggarwal, 2011). Cette surinfection conduit à une plus forte morbidité et mortalité (Hamid et al., 2002).
Depuis 2006, des formes chroniques d’infection par le VHE, définies par la persistance de l’ARN viral dans le sang ou les selles pendant plus de 6 mois, ont été décrites. Ces cas ont été rapportés chez des patients présentant un déficit immunitaire à savoir les greffés d’organes solides, les patients d’hématologie recevant une chimiothérapie, les patients VIH+ (Péron et al., 2006 ; Izopet et al., 2008 ; Dalton et al., 2011; Koning et al., 2013 ; Kaba et al., 2011). Ces infections chroniques pourraient éventuellement mener à une cirrhose du foie (Gérolami et al., 2008). Tous les cas chroniques de VHE signalés jusqu’à présent étaient de génotype 3.

Diagnostic de l’hépatite E

Le VHE ne peut pas être différencié des autres virus hépatiques en se basant uniquement basée sur les signes cliniques (jaunisse ou ictère). Son diagnostic peut s’avérer difficile en raison de ses caractéristiques cliniques et épidémiologiques. Le premier test de détection du VHE reposait sur l’immuno-­‐‑microscopie électronique (Balayan et al., 1983 ; Bradley et al., 1987). Cette technique n’est pas utilisée en routine du fait de sa sensibilité médiocre et de son application laborieuse à la détection d’un grand nombre d’échantillons (Reyes, 1997 ; Khudyakov et Kamili, 2011).
Par la suite, les analyses au laboratoire basée sur la présence des anticorps spécifiques anti-­‐‑VHE (analyse sérologique) ou d’ARN viral (analyses moléculaire) dans le sérum ou les selles ont été développées (Herremans et al., 2007). Les tests sérologiques (IgM, IgG) permettent de déterminer si l’infection est récente ou ancienne mais sont inefficaces pour détecter une infection active. A ce jour, seuls les tests moléculaires (PCR) détectant l’ARN viral dans le sérum ou les selles permettent de détecter des infections actives.
Bien que la sérologie donne des informations sur l’infection, un double essai suivi de la détection de l’ARN est recommandé pour éviter les erreurs de diagnostic (Echevarria et al., 2011 ; Huang et al., 2010).
Récemment, certaines lignées cellulaires du foie (PLC/PRF/5 ; HepaRG,…), du poumon (A549) et d’embryon (PCM-­‐‑19) se sont avérées permissives à l’infection par le VHE (Tanaka et al., 2007 ; Okamoto, 2011 ; Rogee et al., 2013). Cependant la culture cellulaire n’a pas encore été validée comme test diagnostic pour le VHE.

Analyses sérologiques

Après contage, le virus est en phase d’éclipse et n’est détectable qu’après 3 à 4 semaines (Figure 7).
Figure 7 -­‐‑ Marqueurs biologiques d’une hépatite E aigüe résolutive (adapté de Dalton et al., 2008)
Les IgM apparaissent précocement au début de la maladie et peuvent persister jusqu’à 32 semaines (Huang et al., 2010). Les IgG apparaissent peu de temps après les IgM et persistent habituellement plusieurs années (Khuroo et al., 1993 ; Dawson et al., 1992).
Les tests sérologiques sont principalement basés sur la recherche des IgG et IgM anti-­‐‑VHE par des techniques ELISA (Enzyme-­‐‑Linked Immuno Sorbent Assay) ou immunochromatographique. L’existence d’un seul sérotype HEV a permis l’utilisation de protéines isolées des génotypes 1 et 2 pour la recherche des anticorps anti-­‐‑VHE (Emerson et al., 2001). Les antigènes utilisés sont issus d’ORF2 et ORF3. Actuellement plusieurs kits sérologiques issues des protéines recombinantes (Li et al., 1997 ; Yarbough et al., 1991) ou peptides de synthèse (Coursaget et al., 1994; Kaur et al., 1992) sont disponibles en interne ou sur le marché (Medical Biological Service, Italy; Mikrogen Diagnostik, Germany; Beijing Wantai, China; Beijing Bioneovan, China; BioChain Institute, USA and Diagnostic Automation, USA) (Purdy et Khudyakov, 2011; Nicand et al., 2009 ). En termes de sensibilité et de spécificité, les performances de ces trousses sont variables, et cela a un effet sur le taux de prévalence rapportés par différentes études (Drobeniuc et al., 2010 ; Khudyakov et Kamili, 2011; Slot et al., 2013). Toutefois les tests ELISA utilisant les protéines recombinantes ont été en générale reconnus plus sensibles que ceux utilisant les peptides synthétiques (Mast et al., 1998).

Analyses moléculaires

L’ARN viral est présent dans le plasma et les selles des patients infectés. Le pic de virémie se situe au moment de l’apparition des symptômes. Cette virémie deviendra négative à la suite de la régression clinique tandis que l’excrétion fécale est prolongée de 2 semaines (Chandra et al., 2008 ; Renou et al., 2009).
Les tests moléculaires basés sur la PCR reposent sur la présence de l’ARN viral dans le sérum, les tissus, les selles, la bile ou les sources d’eau fortement contaminées par la matière fécale. En effet, les 4 génotypes du VHE peuvent être détectés par PCR nichée (Cooper et al., 2005), PCR en temps réel ou PCR multiplex (Merviel et al., 2010), en utilisant plusieurs couples d’amorces suivant les génotypes, à partir de la région la plus conservée du génome (ORF2) (Nicand et al., 2009). Avec un seuil de détection de 10 à 103 molécules de cDNA/réaction, suivant les techniques, l’excrétion virale dans les selles peut atteindre à 106 molécules d’ADNc. La caractérisation du génotype peut être réalisée dans un second temps par profil de restriction et séquençage (Clayson et al., 1995).
Ces techniques sont essentielles au diagnostic car il a été démontré lors de cas sporadiques survenant principalement dans des régions non endémiques pour le VHE, que la détection du virus par PCR est leur seul critère de diagnostic de certitude, en l’absence de détection des anticorps anti-­‐‑VHE sérologique, soit par manque de sensibilité des tests sérologiques ou par absence de réponse sérologique. L’expérience a montré que le VHE pouvait être détecté par amplification génique plus de 10 années après la collecte des échantillons conservés à – 20°C (Grandadam et al., 2004).

Diversité Génétique du VHE

Alors qu’il n’existe à ce jour qu’un seul sérotype (Emerson et al., 2001), une grande diversité génomique a été observée dans les isolats de VHE. Les souches de VHE infectant l’homme compte quatre principaux génotypes (1 – 4), phylogénétiquement distinct (72 à 77% d’homologie de séquences nucléotidiques) (Schlauder et Mushahwar, 2001) et chacun dominant une région géographique donnée (Purdy and Khudyakov, 2011 ; Holla et al., 2013). Les génotypes 1 et 2, responsables d’épidémies chez l’homme, principalement dans des pays tropicaux et subtropicaux à faible niveau d’hygiène, sont aussi capables d’infecter des primates non humains (Figure 8).
Les prototypes des génotypes 1 et 2 sont respectivement la souche Burma et la souche Mexico.

Table des matières

INTRODUCTION GENERALE
PREMIERE PARTIE : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
I. Généralités sur le Virus de l’hépatite E
1. Historique
2. Biologie du virus de l’hépatite E
3. Structure et organisation génomique du VHE
4. Multiplication du VHE
5. Immunité
5.1. Réponse immunitaire innée
5.2. Réponse immunitaire adaptative spécifique
6. Clinique
7. Diagnostic de l’hépatite E
7.1. Analyses sérologiques
7.2 Analyses moléculaires
8. Diversité Génétique du VHE
II. Epidémiologie
1. Mode de contamination
1.1. Transmission féco-orale par consommation d’eau et d’aliments souillés
1.2. Transmission interhumaine
1.3. Transmission materno-foetale
1.4. Transmission parentérale (transfusionnelle ou suite à des greffes).
1.5. Transmission zoonotique
2. Répartition géographique
2.1. Pays endémiques
2.2. Pays à faible endémies
3. VHE chez l’animal
3.1. Réservoirs animaux
3.2. Evolution de l’infection dans le principal « réservoir ».
III Prévention et traitement (VHE)
1. Traitement
2. Prévention
3. Vaccin
HYPOTHESE DE RECHERCHE
OBJECTIF GENERAL
OBJECTIFS SPECIFIQUES
DEUXIEME PARTIE : MATERIELS ET METHODES
I. Sites d’études et échantillonnage
1. Période et type d’étude
2. Zone d’étude
3. Sites de collectes
4. Echantillonnage
4.1. Echantillons humains
4.2. Echantillons porcins
4.3. Prélèvement et conservation des échantillons
5. Enquêtes
II. Analyses sérologiques et moléculaires
1. Analyses sérologiques
1.1. Test immunochromatographique
1.2. Test ELISA
2. Caractérisation moléculaire
2.1. Extraction des ARN viraux sur 100μL de sérum et d’ARN totaux sur 30- 50 mg de tissus de porcs
2.2. Dosage d’ARN extrait
2.3. Recherche des séquences HEV
Contenu du mode opératoire
2.3.4. Préparation du gel d’agarose
Cycles PCR
3. Analyses statistiques
TROISIEME PARTIE : RESULTATS-DISCUSSION RESULTATS
I-Séroprévalence des virus des hépatites A (VHA) et E (VHE) transmis par voie féco-orale au Burkina Faso
Enquêtes sérologiques supplémentaires (VHA)
II. Exposition des charcutiers (bouchers) Burkina Faso au VHE
III. Risque transfusionnel du VHE
DISCUSSION
I. Prévalence des virus hépatiques à transmission féco-orale (VHA et VHE) dans la population générale.
II. Situation des hépatites virales A et E en Afrique de l’Ouest
II.1 Les hépatites virales A
II.2 Les hépatites virales E
III. Potentiel Zoonotique du VHE en Afrique de l’Ouest
III. Risque transfusionnel du VHE
Conclusion générale et perspectives
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
ANNEXE 1 revue – Les Hépatites virales en Afrique de l’Ouest
ANNEXE 2 : Questionnaire comportement population générale
ANNEXE 3 : Questionnaire population à risque
ANNEXE 4 : consentement éclairé et questionnaire enquête vendeur porc au four.
ANNEXE 5 : poster XVIème journée Francophone de Virologie
ANNEXE 6 : poster VI AFRAVIH (2014)

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