Transmission, cycle et signes cliniques de la peste

Transmission, cycle et signes cliniques de la peste

Transmission et cycle de la peste

La peste, maladie essentiellement des rongeurs, se transmet entre petits mammifères par les puces qu’ils portent. Elle peut être transmise à l’homme soit d’une manière accidentelle à l’aide des puces vectrices infectées soit par le contact direct avec l’agent infectieux: Des bacilles pesteux sont introduits dans l’organisme humain par piqûre des puces des réservoirs (figure 1), rats surtout, et autres petits mammifères domestiques ou sauvages malades. L’agent transmis ainsi entraîne la peste bubonique. La peste bubonique peut évoluer rapidement en peste pulmonaire et/ou en peste septicémique en l’absence ou en cas de retard de traitement (Sebbane et al., 2006). Les bactéries peuvent atteindre les poumons des patients par la propagation hématogène, les malades développant ainsi la peste pulmonaire secondaire (Kool, 2005).

L’organisme humain peut recevoir directement Y. pestis par inhalation de gouttelettes aéroportées . Cette inhalation est possible pour toute personne en contact avec un malade de peste pulmonaire dans un diamètre de 2 m ou en contact avec les produits infectés. La maladie résultant de ce contact direct est appelée peste pulmonaire primaire (Kool, 2005) .

Signes cliniques

L’infection humaine à Y. pestis se présente sous l’une des trois formes cliniques primaires (David, Kenneth, 1999) : peste bubonique, peste pulmonaire et peste septicémique. La peste bubonique est marquée par une adénopathie de localisation variable (axillaire ou inguinale ou cervicale) selon le point d’introduction de l’agent infectieux. Cette inflammation du ganglion lymphatique est appelée bubon. Ce dernier est très douloureux. Son apparition est accompagnée d’un malaise général, d’une fièvre élevée, parfois de nausée, de frisson, de céphalée intense et de trouble gastro-intestinal (vomissement et diarrhée). Très souvent dans les cas graves, à l’état de prostration fait suite un coma plus ou moins profond (Sacquepe, Garcin, 1921).

La peste pulmonaire est marquée par une apparition rapide d’une pneumopathie dyspnéisante avec point de côté, toux et crachat strié de sang et d’une fièvre élevée (température supérieur à 39 °C). La phase avancée est caractérisée par des troubles digestif et neurologique. L’issue fatale peut se produire à peu près en 4 jours en absence de traitement (Chanteau, 2006). Le début de la peste septicémique est brusque et marquée par un frisson, une violente céphalée et une élévation de la température à 40°C ou même plus. En quelques heures viennent les délires et le coma. Une dyspnée et des ganglions hypertrophiés apparaissent rarement ou tardivement (Sacquepe, Garcin, 1921).

Historique de la peste dans le monde

Trois grandes pandémies pesteuses ont marqué l’histoire de l’humanité. La première pandémie ou peste de Justinien, entre 542 à 546 année après Jésus Christ, a fait 100 millions de morts. Elle a affecté l’Afrique du Nord, l’Europe, l’Asie central Et du Sud et l’Arabie. Ensuite, la deuxième pandémie ou peste noire de 8 ème au 14ème siècle a fait 50 millions de morts. Elle a touché tous les continents sauf l’Amérique. Enfin, la troisième pandémie, à partir de 1855 jusqu’à nos jours, a fait moins de victimes que les deux premières. Elle s’est propagée vite au début vers tous les continents depuis la Chine suite au développement du commerce du riz et des épices par voie maritime (Perry, Fetherston, 1997) .

Peste à Madagascar 

Historique

La peste a été introduite pour la première fois à Madagascar en 1898 dans le port de Toamasina par des cargos de riz venant d’Inde. Puis, elle a fait son apparition dans les autres ports du pays aux dates suivantes : Antsiranana en 1899, Mahajanga en 1902, Tolagnaro en 1924, Mananjary en 1925, Analalava en 1926 et Vatomandry en 1928. C’était à partir de Toamasina qu’elle a progressé en suivant la voie ferrée vers Antananarivo en 1921. De là, la maladie s’est propagée dans toute l’île, notamment sur les hauts-plateaux (Brygoo, 1966). Par la suite, la peste a disparu dans les villes portuaires. Elle n’a été maîtrisée dans la capitale qu’en 1950. Puis elle y a réapparu en 1979, de même qu’à Mahajanga en 1991 (Chanteau et al., 1998).

Foyers et saison de peste 

Les foyers de peste à Madagascar  se situent dans les régions au-dessus de 800 m d’altitude, c’est-à-dire sur les hautes terres centrales et le massif de Tsaratanàna. Ces hauts-plateaux présentent les conditions favorables à l’endémicité de la peste (Ratsitorahina et al., 2002). Le foyer de Mahajanga est une exception, il se situe au dessous de 800 m. Le foyer des hautes terres centrales est délimité par Andilamena au Nord, Tsiroanomandidy à l’Ouest et Ambalavao au Sud. Celui du massif de Tsaratanàna est délimité par Doany, Bealanana, Befandriana et Mandritsara. La saison pesteuse des hautsplateaux s’étend de Septembre à Avril. Celle de la ville portuaire de Mahajanga s’étend de Juillet à Février (Chanteau et al., 1998).

Réservoirs et vecteurs 

Réservoirs

Le maintien de la peste dans une région nécessite la présence des rongeurs généralement sauvages dit enzootiques. A Madagascar, les rongeurs impliqués sont les rats (Rattus rattus et Rattus norvegicus,). L’insectivore Suncus murinus ou musaraigne se comporte aussi comme un animal de refuge pour les puces vectrices. R. rattus est le principal réservoir dans les foyers primaires constitués par les zones rurales et les forêts. Par contre, R. norvegicus est beaucoup plus adapté à l’environnement urbain (Chanteau, 2006).

La troisième espèce, la musaraigne, qui est un insectivore, a été découverte récemment comme jouant un rôle dans le cycle de la côte comme Mahajanga. Une autre espèce de rongeur, Mus musculus, souris domestique (totozy) tient aussi un rôle non négligeable dans le cycle de la peste à Madagascar (Rahelinirina, 2001).

Vecteurs

A Madagascar, Xenopsylla cheopis et Synopsyllus fonquerniei constituent les vecteurs de la peste. Le premier est le vecteur classique de la peste. Il s’agit d’une puce des rats que l’on trouve à l’intérieur des maisons et sur des rongeurs urbains. Le second est une puce endémique de Madagascar. Elle est trouvée sur les rats en milieu rural, en dehors des maisons (Chanteau et al, 1998).

Situation actuelle

De 1997 à 2006, des cas suspects de peste ont été recensés chaque année. Quarantehuit (48) districts sanitaires sont concernés (figure 2) dont environ 25 à 30 sont touchés chaque année. Deux tiers des cas confirmés sont des cas de peste rurale. Le nombre des cas déclarés connaît une diminution mais le taux de létalité parmi les cas déclarés reste constant de 10 % . Environ 95% des cas suspects présentent la forme bubonique (Ratsitorahina et al., 2002). Le taux des cas prélevés ne varie pas trop d’une année à l’autre. Parmi ces cas prélevés, le taux de confirmation bactériologique connaît une légère amélioration, reste un peu constant autour de 30 % ces 6 dernières années . Le test rapide immuno chromatographique de détection d’antigène F1 est aujourd’hui reconnu comme test de confirmation de la peste à Madagascar. Il a permis d’améliorer sensiblement ce taux de confirmation, jusqu’à 60%.

Table des matières

INTRODUCTION
GENERALITES SUR LA PESTE
-I Agent pathogène de la peste
-II Transmission, cycle et signes cliniques de la peste
-A Transmission et cycle de la peste
-B Signes cliniques
-III Historique de la peste dans le monde
-IV Peste à Madagascar
-A Historique
-B Foyers et saison de peste
-C Réservoirs et vecteurs
-1 Réservoirs
-2 Vecteurs
-D Situation actuelle
Diagnostic biologique de la peste
-I Bactériologie
-A Examen direct après la coloration Gram, Wayson et Giemsa
-B Culture microbienne
-C Culture microbienne après passage à la souris
-II Immunologie
-A Immunofluorescence directe (IFD)
-B Agglutination passive
-C ELISA (Enzyme Lynked Immuno Sorbent Assay)
-D Test immuno-chromatographique (Bandelette F1)
-III Outils moléculaires
-A Immunodot sur membrane
-B Test d’hybridation
-C PCR
-IV Définition des cas de peste après diagnostic biologique
MATERIELS ET METHODES
-I Echantillons étudiés
-A Ponctions de bubon
-B Souche pure
-II Préparation des échantillons
-A Pools de Jus de bubon
-1 Principe
-2 Préparation des pools
)a Pool de jus de bubon négatifs
)b Pool de jus de bubon positifs
-B Culture d’une souche pure
-C Préparation d’échantillons de pool de jus de bubon négatifs contenant un nombre connu de bactéries Yersinia pestis (contrôle positif)
-1 Principe
-2 Mode opératoire
-III Extraction d’ADN
-A Principe
-B Méthodes d’extraction
-1 Protocole A (chelex)
)a Réactif
)b Mode opératoire
-2 Protocole B (Extraction par kit QIAamp)
)a Réactifs (composition du kit)
)b Mode opératoire
-i Lyse cellulaire
-ii Fixation de l’ADN sur la membrane du QIAamp spin colomn
-iii Lavage
-iv Elution et récupération de l’ADN
-3 Protocole C (Extraction par Kit Puregene)
)a Réactifs
)b Mode opératoire
-i Lyse cellulaire
-ii Elimination des protéines
-iii Lavage d’ADN
-iv Re-suspension d’ADN
-4 Protocole D (Extraction LCP)
)a Réactifs
)b Mode opératoire
-i Lyse cellulaire
-ii Purification de l’ADN
-iii Réhydratation de l’ADN
-C Estimation de la quantité de l’extrait d’ADN
-IV Diagnostic de la peste par PCR en temps réel
-A Principe
-B LightCycler FastStart DNA Master Plus Hybprobe
-C Réactifs
-1 Sondes et amorces
-2 Contrôle positif interne
-D Mode opératoire
-1 Reconstitution du Master Mix
-2 Reconstitution du Contrôle Positif Interne, des amorces et des sondes
-3 Préparation du mélange réactionnel
-4 Ajout d’ADN cible
-E PCR en temps réel
-1 Programmation
-2 Vérification des produits d’amplification (amplicons)
-V Evaluation
RESULTATS
-I Mise au point de la PCR en temps réel
-A Choix de la meilleure méthode d’extraction d’ADN
-1 La concentration et pureté des extraits d’ADN
-2 Le coût et la durée de chaque extraction
-B Optimisation du programme PCR
-C Concordance entre les courbes et les amplicons observés sur gel
-II Evaluation
-A Seuil de détection
-1 Seuil en pg/µl
-2 Seuil en UFC/ml
-B Evaluation de la PCR en temps réel sur des prélèvements cliniques
-1 Résultats PCR en Temps Réel
-2 Comparaison PCR en Temps Réel, bactériologie et bandelette F1
)a PCR en Temps Réel et Bactériologie
)b PCR en Temps Réel et Bandelette F1
DISCUSSIONS
CONCLUSION ET PERPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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