Traitement des mycobactéries à croissance rapide

Traitement des mycobactéries à croissance rapide

Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont des germes de l’environnement qui peuvent envahir un hôte et causer des infections pulmonaires, cutanées ou lymphatiques chez le sujet immunocompétent ou occasionner des infections disséminées chez le sujet immunodéprimé [1] [2]. Les MNT, en anglais appelées <>, ou Mycobacteria others than tuberculosis (MOTT), sont présentes dans l’eau, la terre, les aérosols, les plantes, mais ne sont pas des pathogènes obligatoires. Pendant longtemps la communauté scientifique, qui se consacrait plutôt à l’épidémie de la tuberculose, ne s’y est pas intéressée mais de nos jours, les MNT posent un réel problème de santé public. Ces mycobactéries étaient considérées comme des bactéries saprophytes et leurs pouvoirs pathogènes n’étaient pas reconnus. D’autre part, la reconnaissance de groupes particuliers à risque a fait accroître le niveau d’intérêt général pour les MNT. Actuellement, il existe plus de 125 différents types de MNT pouvant provoquer des symptômes non spécifiques chez l’homme [3] ; les plus fréquentes sont : – le Complexe Mycobacterium avium (MAC), – Mycobacterium gordonae, – Mycobacterium fortuitum, – Mycobacterium kansasii, – Mycobacterium ulcerans, etc… La plupart de ces infections opportunistes sont causées par des organismes habituellement inoffensifs qui, chez un sujet non immunodéprimé ne provoquent pas de maladie [1]. Les manifestations cliniques peuvent être absentes mais lorsque les symptômes ou les signes se produisent il est difficile de les distinguer cliniquement et radiologiquement de ceux causés par les mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis (CMT) [4]. Les infections à mycobactéries atypiques sont reconnues comme causes de maladie symptomatique dans les pays développés, le rôle des MNT dans les maladies pulmonaires ou systémiques en particulier chez les sujets immunodéprimés n’est pas bien décrit dans les pays en voie de développement. Ceci est largement attribuable à l’absence de moyens de diagnostic et d’identification de ces MNT dans nos pays puisque le moyen de diagnostic de la tuberculose le plus utilisé chez nous reste la microscopie par la présence de Bacilles AcidoAlcoolo-Résistants (BAAR) qui ne permet pas de faire cette distinction [5]. Seules la culture et les techniques d’identification (moléculaires et biochimiques) permettent d’identifier les MNT et le CMT.

Généralités

Définition

Les mycobactéries sont des bacilles responsables d’un grand nombre de maladies à localisation pulmonaire, ganglionnaire, cutanée ou généralisée. Parmi les mycobactéries, on retrouve principalement l’agent responsable de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis) et celui de la lèpre (Mycobacterium leprae).

Les mycobactéries atypiques désignent les mycobactéries non tuberculeuses, et sont des mycobactéries environnementales sans transmission interhumaine [7]. Elles forment un grand groupe de bacilles, moins agressifs pour l’homme que celui de la tuberculose, dont les manifestations, d’évolution habituellement progressive, sont variables et seront d’autant plus marquées que les défenses immunitaires de l’hôte seront réduite. Ces mycobactéries sont de petits bacilles aérobies assez longs et fins, sans spores et sans capsules. Elles appartiennent au groupe des Actinobactéries qui sont des bactéries à Gram positif (Gram+), avec un pourcentage en bases nucléiques G+C (guanidine et cytosine) élevé[8]. Chez les mycobactéries il est compris entre 61 et 71%. Leur paroi présente une structure particulière, riche en acides mycoliques (cires) qui leur confère une résistance à l’action combinée d’acide dilué et d’alcool (acido-alcoolo-résistants). Cette paroi explique en partie la grande résistance des MNT aux macrophages, aux UV et au chlore [9].

Historique des mycobactéries atypiques 

Le germe Mycobacterium est le seul représentant de la famille des mycobacteriaceae de l’ordre des Actinomycetales[10]. Leur découverte est récente puisque c’est, en 1920 que Calmette qui, affirma l’existence de mycobactéries « atypiques », puisque différentes de M. tuberculosis et de M. bovis. . En 1953, d’autres mycobactéries acido-alcoolo résistantes, appelées bacilles «paratuberculeux» ont été mis en évidence dans les milieux les plus divers (eau, terre, fumier, beure ….) ; Pollak et Buhler confirment le pouvoir pathogène occasionnel de certaines espèces de mycobactéries et isolent Mycobacterium kansasii sur des cadavres humains, ce qui relance les recherches sur les mycobactéries atypiques responsables de diverses mycobactérioses humaines et animales [11]. En 1954, Timpe et Runyon ont prouvé de manière définitive que les mycobactéries atypiques avaient un pouvoir pathogène [12]. En 1959, Runyon a établi une classification basée sur la pigmentation des colonies et la vitesse de croissance des mycobactéries atypiques. Ces mycobactéries atypiques se distinguent, en effet, des bacilles de la tuberculose par leurs caractères biochimiques, culturaux, morphologiques et par leur résistance aux antibiotiques antituberculeux classiques. Elles ont le plus souvent une résistance à l’acide para-aminosalicylique (PAS) et ont une activité catalytique thermostable[13]. De nombreuses espèces de mycobactéries non tuberculeuses (MNT) ont été décrites depuis la classification de Runyon et très régulièrement de nouvelles espèces sont découvertes. En 1997, environ 50 espèces de MNT avaient été identifiées. En 2007, lors de la publication des dernières recommandations de l’ATS/IDSA (American Thoracic Society / l’Infectious Disease Society of America) plus de 125 espèces avaient été décrites [14]. Cette augmentation est essentiellement liée à l’amélioration des techniques d’identification, en particulier la biologie moléculaire et le séquençage de l’ARN 16s. Ces méthodes ont permis d’identifier de réelles nouvelles espèces, mais aussi, de distinguer simplement certaines espèces proches. Par exemple, Mycobacterium triplex, Mycobacterium lentiflavum, Mycobacterium celatum ou Mycobacterium conspicuum sont classiquement identifiées comme Mycobacterium avium complex (MAC).

Epidémiologie des Mycobactéries atypiques

Selon les dernières recommandations de prise en charge, des infections à mycobactéries atypiques par la société Américaine des pathologies thoraciques (ATS/IDSA) en 2007, il y avait une incidence de 1–1,8 cas pour 100 000 habitants par an [14] (Estimation Américaine). Les infections à MNT ne font pas l’objet de déclaration obligatoire et l’estimation de l’incidence est, en fait, basée sur le nombre de cas rapportés après isolement de ces mycobactéries. De manière globale, l’incidence de l’isolement des MNT augmente chaque année, même s’il reste difficile de savoir si cela est associé à une augmentation du nombre de patients infectés à MNT ou simplement à une amélioration des techniques d’isolement des MNT [15]. L’épidémiologie des MNT diffère d’un pays à l’autre et d’un continent à l’autre puisque les critères de définition diffèrent d’une société à une autre. Ainsi au Mali en 2012, Maiga et al. [16] avaient montré que 8% des patients tuberculeux avaient soit une contamination à MNT ou étaient infectés par les MNT au centre de recherche et de formation sur le VIH et la TB. Tous ces cas ne répondaient pas aux critères de définition des MNT selon l’ATS/IDSA.

Classification et Morphologies
Classification :
La classification de Runyon (en) est la plus utilisée. Elle permet de classer les espèces les plus fréquentes :

Groupe 1, Les Photo chromogènes :
Ce sont des MNT avec des colonies blanchâtres dans l’obscurité mais devenant pigmentées (jaunes ou rouges) lorsqu’on les expose quelques heures à la lumière. Il s’agit entre autre de :
– Mycobacterium kansasii isolé surtout dans le pus de lymphadénites, mais rarement dans des syndromes pulmonaires pseudo tuberculeux.
– Mycobacterium marinum est responsable de granulomes cutanés chroniques mais bénins. La contamination survient au cours du nettoyage des aquariums.

Groupe 2. Les Scotochromogènes :
Ce sont des MNT dont les colonies sont pigmentées d’office, sans l’influence de la lumière:
– Mycobacterium gordonae,
– Mycobacterium scrofulaceum = Mycobacterium marianum rencontré surtout dans les adénites cervicales chez les enfants.
– Mycobacterium aquae est un saprophyte (tartre des robinets).
– Mycobacterium xenopi est un saprophyte assez répandu, il donne des colonies de couleur jaune, et lisses.

Groupe 3. Non chromogènes :
Ces MNT ressemblent le plus au Mycobacterium tuberculosis :
– Mycobacterium avium est l’agent de la tuberculose aviaire. Il pousse mieux à 42 °C.
– Mycobacterium intracellulare ou bacille de Battey a été isolé de syndromes pulmonaires pseudo-tuberculeux en Géorgie, (Etats-Unis) au sanatorium de Battey Ces deux espèces formant le complexe Mycobacterium avium causent rarement des tuberculoses pulmonaires graves. L’augmentation des fumées et poussières peut contribuer aussi puisqu’il y’a une fréquence plus grande des mycobactéries atypiques chez les mineurs .
-Mycobacterium ulcerans l’agent pathogène de l’ulcère de Buruli est rencontré dans des ulcères cutanés chroniques. Il est cultivable entre 25 et 30 °C.

Groupe 4. Mycobactéries à croissance rapide : << Rapid Grower>>
Ce sont des MNT qui poussent en moins d’une semaine tout au moins lors des repiquages; la première culture pouvant prendre 2 à 3 semaines :
– Mycobacterium smegmatis est un commensal inoffensif pouvant causer des erreurs de diagnostic dans la tuberculose génito-urinaire,
– Mycobacterium fortuitum,
– Mycobacterium abcessus.
Les deux espèces se rencontrent parfois dans les pus d’abcès chroniques ou subaigus après des injections [17].

Morphologie

Observation Microscopique
Les mycobactéries sont des bacilles droits ou légèrement incurvés, de 0,2 à 0,6 μm de diamètre sur 1,0 à 10,0 μm de longueur, présentant parfois des renflements ou des ramifications, formant occasionnellement des filaments qui se fragmentent très facilement en éléments bacillaires. Elles sont immobiles et non sporulées, ces bactéries sont difficilement colorées par la coloration de Gram mais sont considérées comme bacilles à Gram positif. En fait, la paroi des mycobactéries possède une structure plus complexe que la paroi des bactéries à Gram positif et, sur un frottis coloré par la technique de Gram, les mycobactéries apparaissent souvent comme non colorées. Leur mise en évidence repose sur leur propriété particulière d’acido-alcoolo-résistance, c’est pourquoi on les appelle des BAAR (Bacilles Acido-Alcoolo Résistants) [18].

Observation après culture des mycobactéries
Les mycobactéries atypiques ne sont cultivées que difficilement in vitro et peuvent être confondues avec les bacilles tuberculeux. Les MNT poussent à 35–370 C sur milieux spécifiques, mais leur température optimale varie : 300 C pour M. malmoense, M. abscessus, 420 C pour M. xenopi. Certaines mycobactéries comme M. marinum et M. haemophilum poussent préférentiellement à 300 C, d’où la nécessité d’incuber tout prélèvement d’origine cutanée aux deux températures de 30 et 370 C. La croissance de M. ulcerans et M. genavense, difficile et très lente (de six semaines à plusieurs mois), nécessite la présence de facteurs de croissance particuliers. Elles peuvent infecter l’homme ou d’autres mammifères.

Conclusion 

Nous avons mené une étude rétrospective transversale dans le laboratoire de niveau III de sécurité du centre de recherche et de formation sur la tuberculose et le VIH (SEREFO) pour évaluer la fréquence de la co-infection VIH/SIDA et les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) à Bamako entre 2006 et 2013. Pendant cette période, 439 cas de suspicion de tuberculose ont été testés. Les patients étaient composés de 295 cas d’infection à MTBC, 41 cas de MNT et 1 cas de co-infection MTBC/MNT. Le sexe ratio a été de 1,7 et la tranche d’âge 30-49 ans était la plus représentée avec 50%. La prévalence de la co-infection VIH/SIDA et MNT a été de 19,5% et la technique moléculaire (Genprobe, AccuProbe, Gen-Probe, San Diego CA.USA) a été la méthode la plus utilisée pour identifier les espèces mycobactériennes. Parmi les MNT identifiées, le complexe mycobacterium avium a été l’espèce la plus rencontrée aussi bien chez les patients VIH+ que chez les VIH-. Plus de la moitié des patients (62,5%) avait été diagnostiquée en 2013 montrant une augmentation du nombre de cas par rapport aux autres antérieures.

Table des matières

1 Introduction :
2 Objectifs : 
2-1 Objectif général
2-2 Objectifs spécifiques
3 Généralités
3-1. Définition
3-2. Historique des mycobactéries atypiques
3-3. Epidémiologie des Mycobactéries atypiques
3-3-1. Classification et Morphologies
3-3-1-1. Classification
3-3-1-1-1. Groupe 1, Les Photo chromogènes
3-3-1-1-2. Groupe 2. Les Scotochromogènes
3-3-1-1-3. Groupe 3. Non chromogènes
3-3-1-1-4. Groupe 4. Mycobactéries à croissance rapide : << Rapid Grower>>
3-3-1-2. Morphologie
3-3-1-2-1. Observation Microscopique
3-3-1-2-2. Observation après culture des mycobactéries
3-3-2. Epidémiologies
3-3-3. Caractéristiques Cliniques et Diagnostic de la co-infection VIH/SIDAMNT
3-3-3-1 Clinique
3-3-3-1-1 Atteinte pulmonaire
3-3 -3-1-2. Atteinte ganglionnaire
3-3-3-1-3. Atteintes de la peau et des tissus mous
3-3-3-1-3-1. Infections cutanées
3-3-3-1-3-2. Atteintes ostéoarticulaires et tendineuses
3-3-3-1-4. Atteintes disséminées
3-3-3-1-4-1. Chez les patients non infectés par le VIH
3-3-3-1-4-2. Chez les patients infectés par le VIH
3-3-4. Mode de transmission
3-3-5. Techniques d’Isolement des Mycobactéries atypiques
3-3-5-1. Diagnostic bactériologique
3-3-5-2. Examen direct d’expectoration
3-3-5-3. Diagnostic à partir de la culture
3-3-5-4. Autres examens complémentaires
3-3-6- Traitement
3-3-6-1-Traitement curatif
3-3-6-2.-Traitement des mycobactéries à croissance rapide
3-3-6-3-Nouvelles molécules
3-3-6-4-Surveillance du traitement
3-3-6-5-Traitement préventif
4- Méthodologie
4-1-Type d’étude
4-2.-Cadre et lieu d’étude
4-2-1. Description de CEREFO/SEREFO
4-2-2. Le Centre Hospitalier Universitaire (CHU) du Point-G.
4-3-4. Echantillonnage
4-3-1. La Population d’étude
4-3-2. Critères d’inclusion et de non inclusion
4-4. Matériels et Méthodes
4-4-1. Matériels
4-4-2. Méthodes de laboratoire
4-4-3. Traitement et Analyse des Données
4-4-4. Considérations éthiques et morales
4-5. Diagramme de GANTT
5. Résultats
6. Commentaires et Discussions
6-1. Globalement
6-2. Individuellement
6-3. Limites de l’étude
7.Conclusion

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