Soutenance mémoire
Surveillance et lutte en santé animale
Aspects généraux
Selon le « code sanitaire pour les animaux terrestres » de l’organisation mondiale de la santé animale (OIE), « la surveillance de la santé animale est un outil essentiel pour détecter les maladies ou les infections, suivre leur évolution, faciliter le contrôle des maladies ou des infections, étayer les demandes de statut indemne d’une maladie ou d’une infection, fournir des données destinées aux analyses de risque visant à protéger la santé animale ou la santé publique, et à justifier le bien fondé des mesures sanitaires retenues ». La surveillance doit permettre de démontrer l’absence d’une maladie, ou d’en établir la présence et sa distribution. Avec la maîtrise d’un certain nombre de maladies et l’augmentation du risque d’émergence et de réémergence, la surveillance doit également permettre de détecter le plus tôt possible l’occurrence, sur un territoire donné, des maladies exotiques ou émergentes.
En santé animale, la surveillance évènementielle et la surveillance programmée sont utilisées de manière complémentaire. La surveillance événementielle repose sur la détection de cas cliniques suite aux suspicions remontées à l’initiative des acteurs de terrain (vétérinaire, éleveur). Cette modalité de surveillance est adaptée aux maladies entrainant des signes cliniques facilement observables, ainsi qu’à la surveillance des maladies rares ou à la détection des maladies émergentes pour lesquelles la surveillance programmée est trop onéreuse, ou impossible en raison de l’absence de test de diagnostic adapté (AEEMA, 2016; Dufour and Hendrikx, 2011; ICAHS, 2013). Par opposition, la surveillance programmée repose sur l’établissement de plans de dépistage menés sur toute ou partie de la population cible en vue d’établir ou de suivre la prévalence d’une maladie ou de s’assurer de son absence (AEEMA, 2016; Dufour and Hendrikx, 2011; ICAHS, 2013). Plus récemment, la surveillance syndromique a été développée comme complément aux modalités traditionnelles de surveillance. Cette stratégie de surveillance repose sur la collecte, l’analyse, mais également l’interprétation et la diffusion en temps réel (ou quasi-réel), d’indicateurs sanitaires permettant d’identifier précocement l’impact (ou l’absence d’impact) de menaces potentielles pour la santé humaine ou animale requérant une intervention publique (TripleS). La surveillance syndromique est encore assez peu développée en santé animale, en raison du volume, mais surtout de l’automatisation de la centralisation des données nécessaires. Elle trouve sa place dans l’identification précoce des émergences, lorsque les signes cliniques ne peuvent pas être connus par définition et que les tests diagnostiques n’existent pas.
Au final, les résultats des activités de surveillance doivent permettre aux gestionnaires de définir les mesures de prévention et lutte, mais également d’évaluer l’efficacité de ces mesures et de les adapter le cas échéant (Dufour and Hendrikx, 2011; Häsler et al., 2011; Toma et al., 2010).(Morris, 1991; OIE, 2016).
Particularités de la surveillance et de la lutte contre les maladies équines
En France, les maladies équinessontsurveillées au moyen de différents dispositifs (événementiel, programmé, syndromique, etc.). L’ensemble des acteurs publics et privés concernés sont fortement impliqués dans la surveillance, la prévention et la lutte contre les maladies animales, plus particulièrement celles pouvant nuire à la santé publique et/ou provoquer des pertes économiques conséquentes de façon directe ou indirecte pour la filière. Selon leur impact sur la santé publique, l’économie de l’élevage ou le commerce international, certaines maladies sont réglementées au niveau mondial, européen ou national. En 2012, suite aux États généraux du sanitaire de 2010, un dispositif de catégorisation des dangers sanitaires a été adopté en France en les classant par ordre d’importance (Code rural et pêche maritime art. L.201-1). Trois catégories ont été définies :
– Les dangers sanitaires de catégorie 1 sont de nature à porter une atteinte grave à la santé publique ou à la santé des végétaux et des animaux, ou à mettre gravement en cause les capacités de production. Ces maladies requièrent, pour l’intérêt général, des mesures de prévention, de surveillance et de lutte obligatoires,
– Les dangers sanitaires de catégorie 2 pour lesquels il peut être nécessaire, pour l’intérêt collectif, de mettre en œuvre des mesures de prévention, de surveillance ou de lutte,
– Les dangers sanitaires de catégorie 3 pour lesquels les mesures de prévention, de surveillance ou de lutte relèvent de l’initiative privée.
Concernant les maladies équines, l’anémie infectieuse des équidés, les encéphalites (encéphalites japonaise, de l’Ouest et de l’Est, du Venezuela, encéphalite West Nile), la fièvre charbonneuse, la peste équine, la rage ou encore la stomatite vésiculeuse ont été classées en catégorie 1. L’artérite virale équine, la morve ou encore la métrite contagieuse des équidés ont été classées en catégorie 2.
À cette classification nationale, vient s’ajouter depuis avril 2021, la classification européenne de la Loi de Santé Animale (LSA (Anonyme, 2016)). La principale nouveauté de ce texte est une nouvelle classification des maladies animales transmissibles, ne reposant plus sur la responsabilité de l’autorité administrative et des opérateurs, mais sur les mesures de gestion à appliquer (DRAAF, 2020). Une nouvelle classification des maladies animales a ainsi vu le jour avec quatre catégories :
– Catégorie A : maladie normalement absente de l’Union européenne, nécessitant une éradication immédiate,
– Catégorie B : maladie devant être contrôlée par tous les États membres, nécessitant une éradication obligatoire,
– Catégorie C : maladie soumise à contrôle volontaire des États membres, nécessitant une éradication volontaire,
– Catégorie D : maladie pour laquelle des restrictions aux mouvements entre Etats membres s’appliquent,
– Catégorie E : maladie soumise à une surveillance.
– Catégorie D : maladie pour laquelle des restrictions aux mouvements entre Etats membres s’appliquent,
– Catégorie E : maladie soumise à une surveillance.
Parallèlement, une surveillance évènementielle volontaire a été mise en place dès 1999 par le Réseau d’épidémiosurveillance en pathologie équine (RESPE) vis-à-vis des maladies ayant une contagiosité et/ou un impact économique important. Le RESPE a été créé sur proposition de la commission « Maladies infectieuses» de l’AVEF et animé par l’ANSES, puis il est devenu en 2008 une association loi 1901, constituée par des vétérinaires, des acteurs professionnels et non-professionnels de la filière équine et des acteurs publics (Dufour and Hendrikx, 2011; RESPE, 2016 ; Valon et al., 2012). Ses objectifs sont la détection des foyers, l’alerte et le suivi de la situation sanitaire. Outre ses missions de surveillance, le RESPE contribue aussi à la gestion de certaines crises sanitaires et participe à des programmes d’étude et de recherche (RESPE, 2010). Le RESPE a mis en place différents sous-réseaux spécialisés en vue de collecter des informations sur certaines maladies ou ensemble de maladies identifiées par des vétérinairesvolontaires appelés vétérinaires sentinelles (environ 500 vétérinaires sentinelles à ce jour). Ces sous-réseaux surveillent, pour chacun d’eux, des maladies ou dessyndromes :
– « Syndrome Respiratoire Aigu » surveille les maladies virales respiratoires aigües (Grippe, Herpès virus, Artérite virale équine ainsi que la Gourme),
– « Syndrome Nerveux » surveille les syndromes nerveux chez les équidés, en particulier l’herpès virose de type 1 et la fièvre de West Nile,
– « Avortement » surveille les avortements infectieux contagieux,
– « Myopathie Atypique » surveille la myopathie atypique en collaboration avec l’Université de Liège et le réseau européen,
– « Syndrome Piro-Like » surveille les piroplasmoses, l’anaplasmose et l’anémie infectieuse équine,
– « Anomalies Génétiques» surveille les anomalies chez les équidés en collaboration avec l’IFCE (Heydemann et al., 2011),
– « Diarrhée du Poulain » surveille les diarrhées infectieuses chez les poulains (RESPE, 2014).
En termes de surveillance évènementielle, un réseau de surveillance très complémentaire du RESPE, le réseau national de surveillance des causes de mortalité des équidés (RESUMEQ) (Tapprest et al., 2016) a été créé en 2015 à des fins de surveillance qualitative de la mortalité des équidés. Cette surveillance particulière est permise par la centralisation de l’ensemble des données relatives aux autopsies d’équidés réalisées en France par différents acteurs, dans une base de données nationale et à leur valorisation épidémiologique. RESUMEQ est actuellement coordonné par l’ANSES (Laboratoire de santé animale – site Normandie). Il a pour objectif de qualifier les causes de mortalité et de suivre leur évolution dans le temps et dans l’espace d’une part, et détecter précocement des maladies exotiques ou émergentes mortelles, d’autre part. RESUMEQ doit permettre in fine de fournir aux principaux acteurs du sanitaire de la filière équine des informations épidémiologiques fiables sur les maladies équines mortelles. Le réseau s’est beaucoup développé en quelques années et il compte actuellement 45 acteurs répartis sur l’ensemble du territoire national. Ces acteurs sont représentés par les quatre écoles nationales vétérinaires, vingt-huit laboratoires d’analyse et treize cliniques vétérinaires .
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Table des matières
Introduction
Partie 1. Contexte et environnement
1.1 Surveillance et lutte en santé animale
1.1.1 Aspects généraux
1.1.2 Particularités de la surveillance et de la lutte contre les maladies équines
1.2 Organisation de la traçabilité des équidés en France
1.2.1 L’identification des équidés
1.2.2 Définitions réglementaires et réglementations en vigueur
1.2.3 Bilan du respect de la réglementation et des obligations en France
1.3 Une organisation complexe de la filière équine française et des données dispersées
1.3.1 Secteur des Courses
1.3.2 Secteur sport-loisir-travail
1.3.3 Secteur viande chevaline
1.3.4 Un acteur transversal : l’Institut français du cheval et de l’équitation
1.4 Les différentes sources de données utilisées
1.4.1 Le SIRE et les données de contrôle
1.4.2 L’EDI-SPAN
1.4.3 Les données des sociétés mères des courses
1.4.4 Les données d’export
1.5 Objectif et hypothèses de travail
Partie 2. Évaluation de la taille de la population équine vivante
2.1 Matériels et méthodes
2.1.1 Données
2.1.2 Calcul des taux de mortalité
Calcul via un suivi de cohortes à partir du SIRE
Calcul via les courbes de survies obtenues à partir des données EDI-SPAN
2.1.3 Estimations de la taille de la population
Estimations via les taux calculés à partir des cohortes
Estimations via les taux calculés à partir de la survie
2.2 Résultats et discussion
2.3 Conclusion
Partie 3. Évaluation de la qualité des données SIRE
3.1 Préambule
3.2 Is the French SIRE equine information system a good basis for epidemiological and modelling research? Quality assessment using two surveys
3.3 Introduction
3.4 Materials and Methods
3.4.1 Data sources and sample selection
3.4.2 Data collection and analysis
3.5 Results and Discussion
3.5.1 Response rates
3.5.2 Estimation of sampling and response biases
3.5.3 Consistency between the SIRE information and the survey data
Updates of castration and death of equines
Quality of ownership status data
Quality of personal information on owners
Notification and updating of equine premises
3.6 Conclusion and Prospects
Partie 4. Estimation de la répartition spatiale des équidés
4.1 Préambule
4.2 Home sweet home: new insights into the location of equine premises in France and keeping habits to inform health prevention and disease surveillance
4.2.1 Introduction
4.2.2 Materials and Methods
Sample
Additional information
Analysis
4.2.3 Results
Characterization of respondents
Keeping habits
Relative location of equines, owners and keepers
4.2.4 Discussion
4.2.5 Conclusions
4.3 How far away do you keep your equines? Estimation of the equine population’s spatial distribution
in France
4.3.1 Introduction
4.3.2 Materials and Methods
Data sources and information
Modelling
Estimation of the parameters
Assignment of holding commune(s) to owners and equines
Estimation of the number of equines per commune
4.3.3 Results
Characteristics of the samples and datasets
National estimation of the spatial distribution of equines in France
4.3.4 Discussion
Potential effect of data bias on the density estimates
Effect of the model, assumption and assignment methods
4.3.5 Conclusion and perspective
Partie 5. Discussion générale
Conclusion
