Suivi de la population du Chabot du Lez (Cottus petiti)

Dans le cadre du cursus Ingénierie des Milieux Aquatiques (IMA) dispensé par le département Aménagement et Environnement de l’école Polytechnique Universitaire de Tours, un stage d’une durée minimale de 12 semaines doit être réalisé en quatrième année. Ce stage représente l’opportunité d’approfondir nos connaissances sur le fonctionnement du monde professionnel mais également d’acquérir des expériences et compétences dans le domaine des milieux aquatiques.

Souhaitant travailler dans l’évaluation et la sauvegarde des milieux aquatiques, j’ai eu l’opportunité d’intégrer, pour une durée de trois mois, un bureau d’étude spécialisé dans ce domaine : Aquascop. L’agence est située à Saint-Mathieu-de-Tréviers (34270) dans l’Hérault. Au cours de ce stage il m’a été permis de participer à plusieurs études en cours et ainsi réaliser plusieurs missions composées d’une partie d’acquisition de données sur le terrain puis de saisie et de traitement au bureau . Ces missions peuvent être regroupées en deux catégories ; d’une part le suivi de la population du Chabot du Lez (Cottus petiti) étant mon sujet de stage et donc ma mission principale et de l’autre des interventions plus diversifiées en fonction des besoins de l’entreprise.

Le rapport de stage qui suit est donc composé de trois grandes parties. Tout d’abord une présentation d’Aquascop, l’entreprise d’accueil, puis une présentation succincte des missions dites secondaires ayant été réalisées, avant de terminer, de manière plus détaillée, par le suivi de la population du Chabot du Lez (Cottus petiti).

Présentation de la structure d’accueil

Aquascop est un bureau d’étude privé créé en 1895 et spécialisé dans l’étude des milieux aquatiques. Grâce à la présence de deux équipes complémentaires, une située au niveau du siège social à Anger et l’autre à Saint-Mathieu-de-Tréviers (lieu du stage), en périphérie de Montpellier, l’entreprise est présente au niveau nationale. Aquascop réalise des expertises en milieu hydrobiologique notamment grâces à des méthodes et indices pouvant reposer sur la faune piscicole, les invertébrés, le phytoplancton, les diatomées ou encore les macrophytes. L’entreprise est également spécialisée dans les volets conseil et assistance aux maîtres d’ouvrage et élaboration de dossiers règlementaires. Pour réaliser ces études Aquascop peut compter sur la pluridisciplinarité de ces équipes   et ainsi intervenir dans toutes les spécialités de l’hydrobiologie.

Les missions secondaires 

Suivi hydromorphologique – Contournement Nîmes Montpellier (CNM)

Cette étude implique le suivi hydromorphologique de quinze cours d’eau présent sur les bassins versant du Vistre et du Vidourle dans l’Hérault et le Gard suite à l’implantation de la ligne ferroviaire CNM (Contournement Nîmes Montpellier). En effet pour permettre la création de cette ligne ferroviaire des aménagements d’ouvrages ont dû être réalisés. Le but est donc ici d’étudier leurs impacts potentiels sur la morphologie et l’hydrologie des différents cours d’eau. Pour ce faire un suivi hydromorphologique est réalisé tous les ans entre 2018 et 2022 puis une fois tous les cinq ans sur une durée de 25 ans, sur un linéaire de 500 mètres répartis entre l’amont et l’aval (200 et 300 mètres) des ouvrages choisis.

Mes missions :
• Terrain : Participation au suivi des ouvrages, mesure de vitesse (courantomètre) et de hauteur d’eau, réalisation des campagnes de levés topographiques (GPS et tachéomètre), relevés granulométriques du lit mineur (protocole Wolman)
• Bureau : Participation à la mise à jour des fiches ouvrage et morphologique et à l’exploitation des données des profils en travers, des profils en long et de la granulométrie via Excel.

Suivi du développement d’herbier – EDF

Cette étude est réalisée sur la Garonne, dans laquelle la centrale nucléaire EDF de Golfech, située au entre Montauban et Agen, réalise le pompage d’eau nécessaire à son refroidissement. Le dispositif de pompage est muni de grilles filtrant les plantes aquatiques ou quelconques embâcles et les empêchent ainsi de rentrer dans le circuit. Cependant ce système a ses limites et une accumulation excessive de plantes aquatiques peut provoquer un dysfonctionnement du système de refroidissement. Afin d’éviter ce phénomène un suivi du développement des herbiers est mis en place et les observations sont faites de manières mensuelles. L’exploitation de ces observations est réalisée via une carte représentative de la zone d’implantation de l’herbier ainsi que d’une estimation du tonnage des plantes aquatiques présentes.

Mes missions : Délimitation GPS du contour de l’herbier, identifications et pesées des macrophytes présentes sur 3 quadrats, identification et estimation du taux de recouvrement sur 10 points contacts. Espèces identifiées : Najas marina, Lemna minor, Myriophyllum spicatum, Ceratophyllum demersum, Potamogeton nodosus, Spirodela polyrhiza, Stuckenia pectinia, Azola filiculoides, Elodea candensis, Elodea nutalli.

Etat des lieux du Colostre – PNR Verdon

Le Parc Naturel Régional (PNR) du Verdon prévoit la restauration du Colostre, un affluent rive droite du Verdon. Ce dernier est jalonné de seuils et ouvrages qui impactent la continuité écologique, aussi bien sédimentaire que biologique. Il a également subi curage et rectification, appauvrissant la diversité d’habitat présents.

C’est dans l’optique de cette restauration qu’Aquascop intervient sur le Colostre afin de réaliser un état initial avant travaux puis de suivre les résultats du chantier sur 5 cinq ans. Cette étude comprend la réalisation d’un protocole de CARactérisation de l’HYdromorphologie des Cours d’Eau (CARHYCE), une étude de la qualité physico chimique de l’eau ainsi qu’un suivi des populations de macroinvertébrés.

Mes missions : Acquisition des données CARHYCE sur le terrain (mise en place de 15 transects pour mesurer la géométrie du lit à plein bord, réalisation d’un profil en long pour calculer la pente du cours d’eau, mesure de débit et suivi granulométrique), réalisation d’un Indice Biologique (IBG-DCE).

Suivi de population du Chabot du Lez (Cottus petiti)

Contexte 

Le Chabot du Lez (Cottus petiti) est une espèce endémique du Lez, un fleuve côtier du département de l’Hérault, en Occitanie. Prenant sa source au niveau de la résurgence karstique située au nord de SaintClément-de-rivière et débouchant dans la mer Méditerranée au niveau de Palavas-les-Flots, il s’étend sur 29,6 kilomètres (Ruralia, 2015).

A l’origine découvert par deux biologistes roumains ; Mihai Bacescu et Lotus Bacescu-Mester dans les années 1960, le Chabot du Lez a depuis été étudié plus en détail. Cottus petiti (Figure 3) ne mesure pas plus de 6,5 centimètres et ne dépasse pas les 4 grammes à l’âge adulte. Son espérance de vie est de deux ans et il est en capacité de se reproduire au bout d’un an, sur une période s’étalant entre février et juillet mais pouvant également survenir de manière plus occasionnelle en automne. Les pontes, comportant entre 20 et 70 œufs, ont principalement lieues sous des galets, pierres ou blocs plats et non colmatés (Aquascop, 2020). En ce qui concerne son mode de vie, le Chabot du Lez (Cottus petiti) vit préférentiellement dans les substrats de type galets et pierres non colmatés qui lui servent de cache. C’est un poisson dépourvu de vessie natatoire qui se déplace donc par petits bonds n’excédant pas un mètre, de cache en cache, en expulsant l’eau de sa bouche par les ouïes. Son domaine vital n’excède pas les quelques dizaines de mètres carrés (Ruralia, 2015 et Aquascop, 2020).

De par son aire de répartition réduite et disjointe d’environ 5500 mètres (Figure 4) et de la présence de multiples menaces comme le développement d’activités de loisir ou encore des étiages estivaux souvent très prononcés du fait du climat méditerranéen et du pompage d’eau, l’espèce est désormais protégée. Elle apparaît notamment en tant qu’espèce « vulnérable » sur la liste Rouge de l’Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) et comme espèce « en danger critique d’extinction » sur la liste Rouge des poissons d’eau douce de France métropolitaine. Le site du Lez est quant à lui classé site « Natura 2000 » et plus précisément « Site d’importance communautaire » depuis 2001. (Aquascop 2020) .

Table des matières

Introduction
1. Présentation de la structure d’accueil
2. Les missions secondaires
2.1. Suivi hydromorphologique – Contournement Nîmes Montpellier (CNM)
2.2. Suivi du développement d’herbier – EDF
2.3. Etat des lieux du Colostre – PNR Verdon
3. Suivi de population du Chabot du Lez (Cottus petiti)
3.1. Contexte
3.2. Matériel et méthode
3.2.1. Indice d’attractivité Morphodynamique (IAM)
3.2.2. Protocole CAPPPE
3.3. Résultats
3.3.1. Hydrologie
3.3.2. Indice d’attractivité Morphodynamique (IAM)
3.3.3. Protocole CAPPPE
3.4. Discussion
3.4.1. Hydrologie
3.4.2. Indice d’Attractivité Morphodynamique (IAM)
3.4.3. Méthode CAPPPE
3.5. Conclusion
Conclusion 
Bibliographie
Annexe

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