Souches bactériennes pathogènes du genre Vibrio dans les produits de la pêche

Principales ressources halieutiques du Sénégal

    Le Sénégal est réputé pour la richesse et la grande diversité de ses ressources halieutiques. En effet, les eaux sénégalaises sont très productives grâce aux remontées d’eaux froides qui amènent des eaux riches en substances nutritives sur la zone côtière de novembre à juin. Les ressources exploitées comprennent deux grands groupes d’importance socio-économique différente : les ressources pélagiques et les ressources démersales. A coté de ces ressources maritimes, il y a les ressources continentales moins importantes en quantités.
Ressources maritimes Se subdivisent en ressources pélagiques hauturières, ressources pélagiques côtières, ressources démersales côtières et ressources démersales profondes.
– Ressources pélagiques hauturières : Toute la filière thonière sénégalaise et la pêche sportive reposent sur les ressources pélagiques hauturières. Les dernières évaluations effectuées sur les stocks de thons tropicaux montrent que les trois principales espèces (albacore, listao, patudo) sont pleinement exploitées, voire surexploitées. La Commission Internationale pour la Conservation des Thonidés de l’Atlantique (ICCAT) préconise une exploitation durable pour ce groupe d’espèce. En ce qui concerne les petits thonidés côtiers (Ravil, Bonite, Maquereau bonite, etc.), essentiellement ciblés par les pêcheries artisanales sénégalaises, ils sont sous-exploités et le potentiel est estimé entre 25 000 et 30 000 tonnes par an (FAO, 2008).
– Ressources pélagiques côtières : Ce sont les sardinelles, les chinchards, les maquereaux et les ethmaloses. Constituent l’essentiel des captures de la pêche artisanale et représentent également la part la plus importante de la consommation annuelle en poisson des populations sénégalaises avec notamment la sardinelle ronde Sardinella aurita (35 %) la sardinelle plate Sardinella maderensis (25 %) et l’ethmalose Ethmalosa fimbriata (2 %). Les dernières évaluations scientifiques effectuées au niveau sous régional, ont permis de constater un état de surexploitation pour les sardinelles et recommande de réduire l’effort de pêche total des pêcheries de sardinelles de 50%. Pour les chinchards (noir et blanc), une réduction de 20% de l’effort de pêche a été préconisée (FAO/COPACE/COREP, 2010).
– Ressources démersales côtières : Sont présentes à même le fond ou dans son voisinage. Elles comprennent les crustacés, les mollusques et les poissons dits nobles du Sénégal (soles, rouget, capitaines, mérous, dorades) et les céphalopodes (poulpe, seiche, calmar). Les principales espèces de ce groupe sont dans une situation de surexploitation : les pageots (Pagellus bellottii), les thiofs (Epinephelus aeneus), les pagres (Pagrus caeruleostictus), les rougets (Pseudupeneus prayensis), les petits capitaines (Galeoides decadactylus), le poulpe (Octopus vulgaris) et les seiches (Sepia spp.). Les captures sont en baisse constante d’environ 75 pour cent, tandis que l’effort de pêche a plus que doublé. Toutefois, les ressources démersales côtières supportent l’essentiel des opérations de pêche des chalutiers et des pirogues en raison de leur forte valeur à l’exportation. Elles constituent la principale matière première des industries de transformation et d’exportation du Sénégal (Perrine Andersen, 2008 ; République du Sénégal, 2008 (a) ; ANSD/NACE, éditions 2007 à 2012 ; ANSD/SES, 2013).
– Ressources démersales profondes : Ce sont essentiellement les merlus (Merluccius polli et Merluccius senegalensis) et la crevette profonde (Parapenaeus longirostris). La biomasse totale est estimée à 34 000 tonnes avec une production naturelle de 3 757 et 2 560 tonnes respectivement, pour les merlus et la crevette profonde. Ces ressources sont presque exclusivement pêchées par des chalutiers nationaux et étrangers (espagnols) et sont essentiellement destinées au marché espagnol (Perrine Andersen, 2008 ; République du Sénégal, 2008 (a) ; ANSD/NACE, éditions 2007 à 2012 ; ANSD/SES, 2013).
Ressources continentales Il s’agit des ressources tirées du fleuve Sénégal, du fleuve Casamance et du fleuve SineSaloum.
– Fleuve Sénégal : Le potentiel halieutique exploitable, y compris le Lac de Guiers, se situe entre 6 500 et 9 000 tonnes.
– Fleuve Casamance : Le potentiel exploitable varie entre 9 000 et 14 000 tonnes. Pour la crevette, les captures peuvent varier entre 700 et 1 600 tonnes. La taille des crevettes pêchées varie dans le même sens que les captures.
– Fleuve Sine-Saloum : Ce milieu est comparable au point de vue productivité à la Casamance, alors que le Saloum a une superficie qui fait approximativement les deux tiers. Il semblerait que les ressources estuariennes soient pleinement exploitées.

Poissons frais de mer

      Les exportations de poissons frais de mer sont évaluées à 87,3 milliards FCFA en 2012 contre 89,5 milliards FCFA en 2011. Cette évolution s’est traduite par une baisse de 2,4% en 2012, après un accroissement de 13,5% en 2011. Ce recul noté en 2012 résulte de celui des expéditions vers les pays de l’Union Européenne notamment le Portugal (-65,6%), l’Espagne (-44,9%), la Grèce (-29,4%) et la France (-18,4%). Le fléchissement des exportations vers ces pays s’explique par les effets de la crise économique au sein de l’Union Européenne. Il est toutefois atténué par le relèvement des ventes à l’extérieur vers la Corée du Sud (+57,2%), la Côte d’Ivoire (+27,3%) et le Cameroun (+24,9%). Les principaux clients en 2012 sont la Côte d’Ivoire (17,0%), la France (15,3%), le Cameroun (6,8%), l’Espagne (6,8%) et le Mali (6,3%).

Navires de pêche artisanale et industrielle

      Les pirogues sont toujours en bois et le principe de séparation des secteurs souillés des secteurs sains n’est pas très souvent respecté. Pour répondre aux normes Codex, ces pirogues doivent être normalisées selon au moins les critères décrits ci-après : la poursuite du projet de remplacement du bois par de la fibre de verre ou tout autre matériau approprié en industrie agroalimentaire ; les revêtements intérieurs et les contenants de conservation doivent être imputrescibles, imperméables à l’eau et facilement lavables ; la création d’une séparation physique entre les secteurs souillés et les secteurs sains; les équipements de protection individuelle (EPI) de l’équipage doivent être adaptés et le suivi médical assuré; la veille à l’existence d’un dispositif de nettoyage et de désinfection des mains; la formation adaptée de l’équipage aux techniques de Bonnes Pratiques d’Hygiène (BPH) et maritimes (BPM) ; la mise en place d’un plan de nettoyage et de désinfection ; l’utilisation du carnet de bord pour la traçabilité des captures. Contrairement aux pirogues, la plupart des bateaux de pêche disposent d’un agrément à l’export des produits de pêche. Néanmoins il existe quelques non conformités qui ont besoin d’être corrigées : le manque de respect des principes généraux de fonctionnement hygiènique (marche en avant, séparation des secteurs sains et souillés…) ; l’inadéquation des systèmes d’évacuation des eaux usées, de ventilation, de stockage des produits d’entretien et des produits pêchés.

Les risques sanitaires liés à la consommation des produits  halieutiques

      Les risques de maladies liés à la consommation de poisson peuvent être présents sur toute sa chaine de valeur, de la capture à l’entreposage en passant par la transformation. Les poissons pêchés dans les eaux non polluées ne portent que très rarement des bactéries pathogènes pour l’homme hormis Clostridium botulinum et Vibrio parachaemolyticus, qui sont naturellement présents dans le milieu marin (Liston, 1980). Vibrio parahaemolyticus a été isolé et identifié pour la première au Japon en 1951, à la suite d’une épidémie de gastro-entérite. Il est responsable de plus de 50% des cas de maladie d’origine alimentaire dans ce pays où la consommation de poisson cru est très importante (Todd, 1978). Vibrio vulnifucus est responsable de symptômes gastro-intestinaux. Il peut causer une septicémie avec des taux de mortalité pouvant atteindre 50%. En général, les risques que présentent pour la santé des consommateurs les poissons et fruits de mer capturés dans des milieux marins non pollués sont faibles. Les poissons pêchés dans les eaux polluées peuvent héberger passivement, sur la peau ou dans le tractus digestif, de nombreux pathogènes humains : Escherichia coli, Salmonella sp, Staphylococcus sp. Le niveau de contamination des produits de la pêche par ces bactéries dépend de la qualité des eaux dans laquelle ils ont été pêchés. Ils peuvent aussi être porteurs de bactéries pathogènes d’origine hydrique : Aéromonas, Pseudomonas, Leptospira, Pasteurella, Mycobactérium (Brown et Dorn, 1977). Dans les unités de transformation du poisson les ruptures de chaine de froid sont souvent à l’origine de la prolifération de la flore bactérienne initiale (flore pathogène et d’altération). Par ailleurs, la contamination microbienne d’origine humaine est également, très redoutée puisqu’elle est souvent responsable de l’introduction dans le produit de germes pathogènes (Salmonelles, Staphylocoques, etc.). La mise en place d’un programme HACCP dans les entreprises de transformation des produits halieutiques constitue une démarche préventive permettant de garantir l’obtention de produits sûrs.

VIBRIO CHOLERAE

       Les souches de V. cholerae sont des bacilles mobiles, Gram négatifs, oxydase positifs, appartenant à la famille des Vibrionaceae et au genre Vibrio. Sur plus de 200 sérotypes répertoriés, seuls deux ont été impliqués dans les épidémies de choléra : les sérotypes O1 et O139 qui possèdent généralement le gène ctx qui induit la production de la toxine du choléra causant les troubles chez le malade (Quilici, 2011). V. cholerae est indigène des eaux douces et saumâtres, dans les zones tropicales, subtropicales et tempérées. Le réservoir est environnemental (marin, côtier et estuarien) en période interépidémique. En période épidémique, le réservoir est essentiellement humain (malades, cadavres et porteurs sains). Les véhicules de transmission sont généralement l’homme, l’eau, les aliments ou les produits de la mer. Les facteurs favorisants sont humains et climatiques : pauvreté, bas niveau d’hygiène, conflits armés, forte densité de population (camps de réfugiés), catastrophes naturelles (cyclones, inondations), réchauffement des eaux (phénomène El Nino). Le choléra est une infection intestinale aiguë strictement humaine. C’est une maladie à déclaration obligatoire qui représente un problème majeur de santé publique. Il est maintenant établi que sept pandémies de choléra ont été enregistrées depuis 1817. La première pandémie a commencé en Asie du Sud-Est et s’est propagée dans d’autres régions du monde. Les six premières pandémies étaient causées par les souches biotypes classiques alors que la septième survenue depuis 1961 et qui dure jusqu’aujourd’hui, est attribuable aux souches de V. cholerae El Tor de biotype O1. En 1992, un nouveau sérogroupe, appelé V. cholerae O139 Bengal, dérivant génétiquement du biotype El Tor, apparaît au Bangladesh où il provoque une épidémie étendue. La possibilité d’une nouvelle pandémie n’est pas exclue (www.who.int/mediacentre/factsheets/fs107/fr/index.html). Les épidémies de choléra sévissent principalement dans les pays en développement à climat chaud avec une forte prévalence dans les pays frappés par les catastrophes naturelles ou en situation de conflits avec déplacements massifs de populations. Le réchauffement des eaux, avec le phénomène El Niño a joué un rôle crucial dans la dissémination du vibrion cholérique dans des régions du globe jusque là préservée (Lipp et al, 2002 ; Tantillo et al, 2004). Dans le cadre du commerce international, les produits de la pêche ont longtemps été suspectés comme véhicules probables ou potentiel dans la transmission du vibrion. Ils font actuellement l’objet d’une surveillance sanitaire attentive (WHO/FAO, 2011). Signalons tout de même que certaines souches de V. cholerae non O1/O139 peuvent être responsables de diarrhées banales. Le diagnostic de laboratoire du vibrion cholérique fait appel à des techniques bactériologique, biochimique, immunologique et moléculaire : c’est une combinaison de la méthode iso 8914 avec les méthodes d’identification basée sur la PCR.

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Table des matières

CHAPITRE I : INTRODUCTION GENERALE
I.1. CONTEXTE ET PROBLEMATIQUE
I.2. OBJECTIFS DE L’ETUDE
I.2.1. Objectifs généraux
I.2.2. Objectifs spécifiques
CHAPITRE II : LE SECTEUR DE LA PECHE AU SENEGAL
II.1. INTRODUCTION
II.2. IMPORTANCE DU SECTEUR DE LA PECHE
II.2.1. Principales ressources halieutiques du Sénégal
II.2.2. Un secteur source d’emplois directs et indirects
II.2.3. Une source de revenus pour l’économie nationale
II.2.4. Une part importante de l’alimentation des Sénégalais
II.3. DESCRIPTION DU SECTEUR ET DES ACTIVITES
II.3.1. Pêche artisanale
II.3.2. Pêche industrielle
II.3.3. Valorisation
II.3.4. Cadre institutionnel
II.3.5. Exportations
II.3.6. Exigences sanitaires des pays importateurs
II.4. LES BESOINS DE MISE A NIVEAU DE LA FLIERE
II.4.1. Navires de pêche artisanale et industrielle
II.4.2. Sites de débarquement
II.4.3. Fabriques de glace
II.4.4. Véhicules de transport des produits de la pêche
II.4.5. Industries de transformation
II.4.6. Infrastructures de stockage à l’aéroport
II.5. PROBLEMES MICROBIOLOGIQUES POSES PAR LES PRODUITS HALIEUTIQUES
II.5.1. Microflore bactérienne de l’écosystème marin
II.5.2. Altération des produits de la mer
II.5.3. Risques sanitaires liés à la consommation des produits halieutiques
II.6. BILAN DES ALERTES SANITAIRES
II.7. CONCLUSION
CHAPITRE III : SECURITE SANITAIRE DES ALIMENTS ET LES APPROCHES PREVENTIVES DE GESTION DES RISQUES SANITAIRES PAR LES EXPLOITANTS
III.1. INTRODUCTION
III.2. POLITIQUE DE SECURITE SANITAIRE DES ALIMENTS
III.2.1. Au plan International
III.2.2. Zone Ouest Africaine et au Sénégal
III.3. QUELQUES DEFINITIONS
III.5. APPROCHES PREVENTIVES DE GESTION DES RISQUES SANITAIRES
III.5.1.La méthode HACCP
III.5.2. Dispositifs d’autocontrôle
III.6. Conclusion
CHAPITRE IV : LES BACTERIES PATHOGENES DU GENRE VIBRIO
IV.1. INTRODUCTION
IV.2. VIBRIO CHOLERAE
IV.3. VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS
IV.4. VIBRIO VULNIFICUS
IV.5. CONCLUSION
CHAPITRE V : LE CHOLERA AU SENEGAL
V.1. INTRODUCTION
V.2. ASPECTS DEMOGRAPHIQUES, SOCIO-ECONOMIQUES ET EPIDEMIOLOGIQUES
V.3. RIPOSTES ET MESURES DE PREVENTION
V.3.1.Ripostes
V.3.2. Mesures de prévention
V.4.CONCLUSION
CHAPITRE VI : RECHERCHE DE VIBRIO SPP DANS LES PRODUITS ELABORES DESTINES A L’EXPORTATION (ETUDE REALISEE A AMERGER-CASAMANCE, USINE DE PECHE)
VI.1. INTRODUCTION
VI.2. MATERIEL ET METHODE
VI.2.1. Echantillonnage
VI.2.2. Analyses bactériologiques
VI.3. RESULTATS
VI.4. DISCUSSION
CHAPITRE VII : ETUDE ENVIRONNEMENTALE
VII.1.INTRODUCTION
VII.2. MATERIEL ET METHODE
VII.2.1.Echantillonnage
VII.2.2. Mesure de la température et de la salinité de l’eau
VII.2.3. Analyses bactériologiques
VII.2.4. Analyse statistique des données
VII.3. RESULTATS
VII.4. DISCUSSION
CHAPITRE VIII : CONCLUSION GENERALE
VIII.1. RECOMMANDATIONS
VIII.2. CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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