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LES ENTEROBACTERIES
Définition
Les Entérobactéries sont définies comme des bactéries à Gram négatif, en forme de bâtonnet, de 2 à 6 μm de longueur et 0,3 à 1 μm de diamètre. Elles sont immobiles ou se déplacent grâce à une ciliature péritriche. Elles sont non sporulées, aéro-anaéorobies facultatives, avec une température optimale de croissance généralement de 35 à 37°C. Elles fermentent le glucose avec ou sans production de gaz par un métabolisme fermentatif. Enfin elles possèdent la nitrate réductase et une catalase à l’exception de Shigella dysenteriae du sérotype 1.
Taxonomie
Historique
Cette famille des Enterobacteriaceae prend naissance en 1937 avec la découverte du genre Enterobacter par OTTO RHAN [29]. Elle regroupe des micro-organismes ayant en commun un certain nombre de propriétés biochimiques et morphologiques, parmi lesquels les genres Escherichia, Salmonella, Klebsiella, Proteus, Serratia et Shigella regroupant au total 112 espèces [40]. En 1939, ce nombre fut ramené à 67 espèces. Mais en 1959, grâce aux travaux de DON BRENNER et de PATRICK A.D.GRIMONT cette famille a connu un essor et beaucoup de nouveaux genres et espèces furent découverts [38]. En 1972, EDWARDS et EWING établissaient 11 genres et 26 espèces. En 1973, 31 genres et 139 espèces furent répertoriés [19]. En 1985, FARMER et COLL décrivaient 22 genres comprenant 69 espèces et 29 groupes entériques [25].
Classification
Les espèces d’Entérobactéries plus fréquentes en clinique humaine sont subdivisées en 5 groupes [38]. Cette classification est présentée sur le tableau 1.
La paroi des entérobactéries
Les Entérobactéries possèdent de l’extérieur vers l’intérieur une paroi particulière dont la structure est constituée de trois couches :
Une membrane externe
Une couche mince de peptidoglycanes
Un espace péri plasmique qui entoure la membrane cytoplasmique.
Les entérobactéries pathogènes
Leur présence dans l’organisme est anormale quel que soit leur nombre et entraîne souvent une infection. Elles provoquent des troubles intestinaux caractérisés par des diarrhées suivies d’une déshydratation, en adhérant sur la muqueuse intestinale puis en traversant la barrière entérocytaire:
L’espèce Salmonella typhi est responsable de la fièvre typhoïde ;
L’espèce Escherichia coli entérotoxique est responsable de gastro-entérite Infantile ;
L’espèce Shigella dysenteriae type 1(sd1) provoque de vastes épidémies, souvent à l’échelle d’une région, avec souvent des taux d’attaque et des taux de létalité élevés.
LE GENRE SHIGELLA
Définition
Les bactéries du genre Shigella, sont des Entérobactéries pathogènes strictes, rencontrées exclusivement chez l’être humain. Elles ont été nommées ainsi en l’honneur du bactériologiste japonais Kiyoshi shiga [11]. Le genre Shigella comprend quatre espèces : S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii et S. sonnei, également désignées par l’appellation de groupes A, B, C et D respectivement. Les trois premières espèces possèdent de multiples sérotypes. S. sonnei et S. boydii provoquent habituellement une maladie relativement bénigne avec diarrhée aqueuse ou sanglante [17].
Shigellose et épidémiologie
La Shigellose est une infection intestinale causée par une bactérie appelée Shigella. Elle se manifeste par une diarrhée accompagnée de fièvre et de crampes abdominales. Il peut y avoir du sang ou du mucus dans les selles. Elle est répandue dans toutes les régions du monde, mais elle sévit à l’état quasi-endémique dans les régions intertropicales (Asie du sud-est, Afrique équatoriale, Occidentale et Amérique centrale) [51]. Elle survient également sous forme d’épidémies accompagnées d’une morbidité et d’une mortalité élevées [36]. La division en quatre espèces est basée sur des caractères biochimiques et antigéniques. Leur pouvoir pathogène est très important puisque l’ingestion d’une quantité très faible de microorganismes suffit à provoquer les symptômes (la dose infectante serait de l’ordre de 102 bactéries) [16]. Selon l’OMS, environ 250 millions de cas de Shigellose sont déclarés annuellement causant 600 000 décès [37]. En Afrique subsaharienne, les infections à Shigella occupent une place prépondérante dans les étiologies des diarrhées et gastro-entérites : elles représentent 46 % au Gabon, 42 % au BurkinaFaso, 13 % au Mali. Au Sénégal, la Shigellose représentent 24,8 % [19].
Taxonomie et classification
Selon Castellani et Chalmers en 1919, le genre Shigella fut avoir cette classification :
Domaine : Bacteria
Phylum : Proteobacteria Classe : Gammaproteobacteria Ordre : Enterobacteriales Famille : Enterobacteriaceae Genre : Shigella
Espèces : dysenteriae, flexneri, boydii et sonnei
Le genre Shigella comporte 4 espèces (ou « sous-groupes ») subdivisés en sérotype représenté sur le tableau 3.
Modes de transmission
La transmission se fait par ingestion de la bactérie : aliments contaminés et eau contaminée, soit par contact indirect ou direct incluant le contact sexuel [51].
Caractères bactériologiques
Morphologie
Ce sont des bacilles à Gram négatif, immobiles, dépourvus de spores. Quelques souches de certaines espèces peuvent être dotées d’une capsule (antigène K).
Ils se groupent variablement, ils se présentent isolés, en diplobacilles et parfois même en chaînettes [41].
Caractères culturaux
Les Shigelles se cultivent en aéro-anaérobies facultatives à 37 °C durant 24h. Elles sont sensibles aux pH acides, cultivables aux pH basiques, mais elles peuvent survivre longtemps aux pH alcalins. L’aspect des colonies est de taille moyenne (2à3mm), rondes, régulières et brillantes. Elles apparaissent de couleur verte sans centre noir sur gélose Hektoen et incolore sans centre noir sur gélose SalmonellaShigella (SS).
Milieux de culture
Au cours de cette étude, divers milieux de cultures ont été utilisés :
Il s’agit de la gélose Hektoen Enteric Agar (HEA), le milieu Plate Count Agar (PCA) et le milieu Muller Hinton (MH).
Il n’existe pas de véritable milieu d’enrichissement pour les Shigelles contrairement aux Salmonella [7]. La gélose Hektoen Enteric Agar permet de distinguer les Shigelles qui présentent des colonies de couleur verte.
Caractères antigéniques et biochimiques
Les souches se différencient sur le plan antigénique par la structure de l’Ag O. Sur le plan biochimique, elle se détermine sur une galerie pour entérobactéries, traditionnelle ou miniaturisée qui se caractérise par l’ensemble des caractères négatifs
Critères d’identification
Les Shigelles sont des bacilles immobiles. Certaines souches peuvent produire de gaz lors de la fermentation du glucose. Elles ne dégradent pas le lactose et sont dépourvues de lysine-décarboxylase (LDC) et de la lysine désaminase (LDA).
Physiopathologies
Après pénétration par voie orale, les Shigelles envahissent la muqueuse de la partie terminale de l’iléon et du gros intestin. Elles y forment des micros-abcès qui donnent naissance à des ulcérations superficielles qui saignent et se recouvrent d’une pseudomembrane faite de mucus, de débris cellulaires, de leucocytes et de Shigella. La virulence est liée à la présence de grands plasmides (120 à 140 MDa) codant pour des protéines nécessaires à la phagocytose par les cellules M des plaques de Peyer et à la multiplication intracellulaire, et au passage de cellule à cellule. La bactérie Shigella, responsable de la dysenterie, interfère avec le système immunitaire de son hôte et l’empêche d’établir une protection efficace. Elle sécrète pour cela des protéines qui bloquent la migration des lymphocytes TCD4, en particulier au sein des ganglions lymphatiques. Certaines souches de Shigella produisent aussi une toxine à activité entérotoxique et neurotoxique, responsable du syndrome hémolytique urémique [3]. Les mécanismes de pathogénicité sont décrits sur la figure 2.
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Table des matières
INTRODUCTION GENERALE
PARTIE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
I. GENERALITES
I. Les aliments de rue
I.1 Hygiène et salubrité des aliments de rue
I.2 La contamination microbienne des aliments de rue
II. LES ENTEROBACTERIES.
II.1 Définition
II.2 Taxonomie
II.3 Caractères biochimiques
II.4 Caractères antigéniques
II.5 La paroi des entérobactéries
II.6 Les entérobactéries pathogènes.
III. LE GENRE SHIGELLA
III.1 Définition
III.2 Shigellose et épidémiologie
III.3 Taxonomie et classification
III.4 Habitat
III.5 Complications
III.6 Modes de transmission
III.7 Caractères bactériologiques
III.8 Critères d’identification
III.9 Physiopathologies
PARTIE II : MATERIELS ET METHODES
I. CADRE D’ETUDE
II. MATERIELS UTILISE
II.1 Produits analysés
II.2. Matériels de prélèvement
II.3. Matériels et équipements de laboratoire
II.4. Milieux de culture
III. METHODES
III.1 Echantillonnage
III.2 Conservation et identification des échantillons prélevés
III.3 Contrôle de la qualité microbiologique de la viande de poulet de chair
III.4 Préparation de la suspension mère
III.5 Préparation des milieux utilisés lors de l’étude
III.6 Méthodes d’analyse microbiologique
III.7 Isolement
III.8 Purification et conservation des souches isolées
III.9 Méthode d’interprétation
III.10 Tests de confirmation de Shigella
III.10.1.a Mannitol Mobilité Nitrate (MMN)
III.10.1.b Hajna Kligler
III.10.1.c Lysine fer
III.10.1.d Citrate de Simmons
III.11 Test statistique
III.12 Test d’antibiogramme
PARTIE III. RESULTATS ET DISCUSSION
A. RESULTATS ET INTERPRETATION
I. Contrôle qualité des échantillons à analyser
II. Tests de confirmation de Shigella
III. Traitement statistique des données
IV. Test de résistance de Shigella
B. DISCUSSIONS
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES
BIBLIOGRAPHIQUES
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