Soutenance mémoire
Depuis le mois de décembre 2019, le sud de la Chine puis rapidement le monde entier font face à une crise sanitaire sans précédent due à une pandémie provoquée par le Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) responsable de la COronaVirus-Induced Disease-19 (COVID-19) (1)(2). Les personnes infectées par le virus présentent classiquement un tableau respiratoire d’intensité variable, de la légère dyspnée à un tableau de détresse respiratoire aigu pouvant aller jusqu’au décès du patient (3).
PRESENTATION DU VIRUS SARS-COV-2
CHRONOLOGIE DE L’EPIDEMIE
Le 31 décembre 2019, plusieurs cas de pneumonie d’étiologie inconnue sont signalés par la Commission sanitaire municipale de Wuhan dans la province de Hubei en Chine dont le point de départ est rapidement établi : le marché de fruit de mer de Wuhan (4). Le 9 janvier 2020, le Centre de Contrôle des Maladies de Taïwan signale que le virus responsable de ces infections respiratoires provient d’une nouvelle souche jamais encore observée chez l’être humain, de la famille des Coronaviridae du genre Betacoronavirus. D’autres souches virales issues de la même famille, le Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) et Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-Cov), ont été responsable de tableaux respiratoires aigus similaires en 2003 et 2012 (5)(6). Le 11 janvier 2020, le premier décès dû au Coronavirus est enregistré en Chine par les autorités sanitaires chinoises. Deux jours plus tard, le ministère Thaïlandais notifie le premier cas infecté du nouveau coronavirus en dehors de la Chine, importé de Wuhan. En raison de la rapidité de propagation du virus en Chine l’organisation mondiale de la santé (OMS) déclare le 30 janvier 2020, que cette épidémie constitue une urgence de santé publique, le plus haut niveau d’alarme de cette organisation.
A ce stade, le directeur général de l’OMS déclare que 7736 cas étaient enregistrés en Chine soit 99% des cas notifiés dans le monde avec 170 décès. En effet seulement 98 cas ont été enregistrés en dehors de la Chine dans 18 pays différents. Le Comité International de Taxonomie des Virus nomme l’agent pathogène incriminé le SARS-CoV-2 le 11 février 2020 (7) et à cette même date l’OMS annonce que la nouvelle maladie causée par ce virus a été nommée la « coronavirus disease 2019 ». Le 7 mars 2020, 100 000 cas confirmés de COVID-19 sont confirmés et un mois plus tard le nombre de malade infectés s’élève à 1 million. Trois mois après le signalement des premiers cas de l’infection, le 11 mars 2020 l’OMS caractérise cette maladie de pandémie mondiale, au vu du niveau alarmant de propagation du virus sur toute la planète.
Fin septembre 2022, à presque 3 ans après la déclaration des premiers cas, plus de 600 millions de cas confirmés sont recensés au cours de la 7ème vague dans le monde entier depuis le début de la pandémie, laquelle a fait 6,5 millions de décès dont environ 150 000 en France.
POPULATION
L’infection à SARS-CoV-2 semble atteindre une large portion de la population âgée de 20-70 ans Les enfants semblent moins touchés que les adultes et les formes graves concernent principalement les patients âgés et avec des comorbidités (8)(9). Dans la majorité des pays, le sexe ratio montre un taux globalement identique chez les hommes et les femmes. Toutefois, le sexe masculin est un facteur de gravité à la phase aiguë de l’infection (10).
STRUCTURE ET CLASSIFICATION, comparaison avec le SARS-CoV et le MERS-CoV
La famille des Coronaviridae est un grand groupe de virus à acide ribonucléique (ARN) simple brin enveloppé. La couronne de protéines d’enveloppe des coronavirus s’apparente à la couronne solaire, d’où la dénomination « corona ».
L’hôte intermédiaire du SARS-CoV-2 n’a pas encore été déterminé de façon formelle, mais les premières pistes suggèrent que les pangolins pourraient jouer un rôle dans la genèse de ce virus (15). Cette hypothèse est de plus en plus remise en question devant des différences significatives sur certaines séquences clés. La deuxième hypothèse serait que le virus aurait circulé plusieurs années chez l’Homme de façon occulte jusqu’à ce qu’une mutation le rende pathogène pour l’Homme. La troisième hypothèse serait l’échappement du virus depuis un laboratoire de recherche chinois, mais à ce jour aucune preuve tangible n’a pu être avancé. Toutefois cette dernière hypothèse n’a pas été totalement exclue par l’OMS, et des expertises sont actuellement en cours.
MUTATION DU VIRUS
Qu’est-ce qu’un variant ?
Initialement décrit comme stable ou peu mutagène en raison de son appartenance à la famille des Coronaviridae possédant des mécanismes de correction dans la réplication de l’acide désoxyribonucléique (ADN)(16), le SARS CoV-2 s’avère en fait être extrêmement instable (17). Selon l’OMS, la plupart de ces mutations ont peu ou pas d’incidence sur les propriétés du virus, toutefois, dans certains cas, ces mutations peuvent modifier les propriétés intrinsèques du virus, notamment la virulence c’est-à-dire la vitesse de multiplication du virus dans un organisme donné, la propagation, la transmissibilité, la gravité des symptômes mais aussi l’efficacité des vaccins, des traitements et des outils de détection. Lorsque les virus deviennent significativement différents du virus initial, ils sont dénommés «variants». Les variants sont donc des souches du virus SARS-CoV-2 porteuses de mutations modifiant de façon significative les caractéristiques du virus.
Type de variants SARS-CoV-2
De nombreux variants ont été détectés depuis le début de la pandémie (18). Les variants les plus préoccupants (virulence, transmissibilité) ont été classifié par l’OMS en leur attribuant une lettre de l’alphabet grec : Alpha (pays d’émergence en Angleterre), Beta (pays d’émergence en Afrique du Sud), Gamma (pays d’émergence au Brésil), Delta (pays d’émergence en Inde), Omicron (pays d’émergence en Afrique du Sud).
Variant préoccupant (VOC) et variant à suivre (VOI)
Un variant préoccupant (VOC pour variant of concern) est un variant qui démontre une augmentation de la transmissibilité ou une évolution préjudiciable sur le plan épidémiologique, une augmentation de la virulence, un tableau clinique plus grave ou une diminution de l’efficacité de méthodes de diagnostic, des vaccins, des traitements disponibles ou des mesures de santé publique en vigueur. Un variant à suivre (VOI pour variant of interest) est un variant qui présente des mutations dont l’impact en santé publique n’est pas démontré, mais susceptible d’avoir des effets délétères et de devenir un variant préoccupant.
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Table des matières
1 INTRODUCTION
1.1 PRESENTATION DU VIRUS SARS-COV-2
1.1.1 CHRONOLOGIE DE L’EPIDEMIE
1.1.2 POPULATION
1.1.3 STRUCTURE ET CLASSIFICATION, comparaison avec le SARS-CoV et le MERS-CoV
1.1.4 MUTATION DU VIRUS
1.1.5 ROLE DU SYSTEME RENINE ANGIOTENSINE
1.1.6 TRANSMISSION
1.1.7 METHODE DE DETECTION
1.2 ASPECTS CLINIQUES
1.2.1 TABLEAU CLINIQUE
1.2.2 COMPLICATIONS (en période aiguë)
1.2.3 UN POINT SUR LE SDRA
1.2.4 SYNDROME POST-AIGU OU COVID LONG
1.2.5 TRAITEMENTS
1.3 ASPECT EN TOMODENSITOMETRIE THORACIQUE
1.3.1 TECHNIQUE
1.3.2 PHASE AIGUE
1.3.3 COVID-19 ET SDRA
1.3.4 COVID-19 ET PNEUMOPATHIE ORGANISEE
1.3.5 PHASE TARDIVE
1.3.6 COVID-19 ET FIBROSE PULMONAIRE
2 REFERENCES DE L’INTRODUCTION
3 NOTRE ETUDE «SEQUELLES PULMONAIRES FIBREUSES ET NON FIBREUSES A 6 MOIS D’UN SDRA LIE AU SARS-COV-2 : IMPACT DES ELEMENTS INITIAUX SUR LA PRESENTATION SCANOGRAPHIQUE LORS DU SUIVI ET CORRELATION A LA RECUPERATION FONCTIONNELLE. » UNE ETUDE ANCILLAIRE RADIOLOGIQUE BASEE SUR LA COHORTE RECOVIDS
3.1 INTRODUCTION
3.2 OBJECTIFS
3.2.1 OBJECTIF PRINCIPAL
3.2.2 OBJECTIFS SECONDAIRES
3.3 MATERIELS ET METHODES
3.3.1 CONCEPTION DE L’ETUDE
3.3.2 CRITERES D’INCLUSION
3.3.3 CRITERES DE NON INCLUSION
3.3.4 CRITERES D’EXCLUSION
3.3.5 CRITERE D’EVALUATION PRINCIPAL
3.3.6 CRITERES D’EVALUATION SECONDAIRES
3.3.7 TECHNIQUE SCANNER THORACIQUE
3.3.8 RECUEIL DES DONNEES
3.4 RESULTATS
3.4.1 CRITERE DE JUGEMENT PRINCIPAL : LESIONS SUGGESTIVES DE FIBROSE
3.4.2 ANALYSE MULTIVARIEE (Tableau 5)
3.4.3 RETENTISSEMENT RESPIRATOIRE (Figure 3 et Tableau 6)
3.4.4 RETENTISSEMENT SUR LA QUALITE DE VIE (Tableau 6)
3.4.5 PROFILS LESIONNELS
3.4.6 NOMBRE DE SIGNES DE FIBROSE (Tableau 7)
3.4.7 LESIONS POSSIBLEMENT IAOTROGENES ET PARAMETRES VENTILATOIRES (Tableau 8)
3.4.8 EVOLUTION SIMULEE DE L’EXTENSION DES LESIONS
3.4.9 VARIABILITE INTER ET INTRA-OBSERVATEUR
3.5 DISCUSSION
3.6 CONCLUSION
4 REFERENCES DE L’ARTICLE
5 RESUME
5.1 INTRODUCTION
5.2 MATERIELS ET METHODES
5.3 RESULTATS
6 CONCLUSION
