Soutenance mémoire
INTRODUCTION
L’infection des voies urinaires (IU) est l’une des plus fréquentes. Elle peut intéresser toutes les parties du tractus urinaire bas (urètre, vessie) ou haut (reins) ou les organes annexes de l’appareil uro-génital (prostate) [1]. La pathologie infectieuse urinaire est fréquente en ville, particulièrement chez les femmes et les personnes âgées. L’épidémiologie bactérienne des infections urinaires a beaucoup changé ces 20 dernières années, les bactéries en cause étant de plus en plus variées et surtout présentant une résistance accrue aux antibiotiques Souvent considérées comme banales et bénignes, elles peuvent aussi avoir des conséquences pathologiques sévères et entraîner des complications graves, notamment des atteintes de la fonction rénale. Ces IU doivent faire l’objet d’une antibiothérapie adaptée, afin d’éviter l’aggravation ou la rechute. Le diagnostic d’IU, évoqué sur l’examen clinique du malade, sera confirmé si possible par l’examen cytobactériologique des urines (ECBU). Si l’ECBU n’a pas une grande importance pour une simple cystite (pas de fièvre), il est essentiel pour les infections hautes (pyélonéphrite avec fièvre, douleurs lombaires) [4]. Au cours de ces dernières années, on assiste à l’apparition de souches de plus en plus résistantes aux antibiotiques utilisés, aboutissant parfois à un échec thérapeutique [4]. Les bactéries les plus fréquemment isolées appartiennent à la famille des entérobactéries principalement Escherichia coli secondairement d’autres bacilles à Gram négatif comme Pseudomonas aeruginosa et plus rarement des Cocci à Gram positif comme Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus aureus et Enterococcus spp Au Mali comme ailleurs l’examen cytobactériologique des urines est demandé en raison de la fréquence des infections urinaires en milieu hospitalier ainsi qu’en milieu communautaire. La surveillance de l’évolution de la résistance de ces pathogènes aux antibiotiques est nécessaire pour assurer l’efficacité des protocoles de traitement de première intention et de proposer des traitements alternatifs en cas d’échec thérapeutique. Le Laboratoire Rodolphe Mérieux s’est engagé à contribuer à la surveillance de la résistance des pathogènes aux antibiotiques au Mali, et de suivre les directives du Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique. Notre étude qui s’inscrit dans ce cadre a pour but de faciliter l’instauration de la surveillance des germes responsables d’infections urinaires au Laboratoire Rodolphe Mérieux du Centre d’Infectiologie Charles Mérieux.
L’infection urinaire bactérienne
L’infection urinaire est un sujet complexe et le premier problème auquel on se heurte en commençant son étude est celui de sa définition. Au point de vue clinique dans les articles qui lui sont consacrés, l’on emploie à peu près différemment les expressions suivantes :
– bactériurie ;
– infection du tractus urinaire (ITU) ;
– infection urinaire. [8]
Mais il est plus rigoureux de considérer selon BRISSET J.M [9]
– la ‘’bactériurie’’ comme étant la présence de germes dans les urines vésicales et sus-vésicales, c’est-à-dire l’infection du ‘‘contenu’’ ;
– l’infection du ‘‘tractus urinaire’’ comme étant l’infection de l’appareil urinaire, des muqueuses et parenchyme du rein et des voies excrétrices sous-jacentes (uretère exclu) c’està-dire du contenant ;
– L’infection urinaire comme étant un terme global recouvrant les deux précédents, c’est à dire l’infection du contenu et/ou du contenant. Les critères de l’infection urinaire sont l’existence d’une bactériurie significative (supérieure à 105 UFC/ml) et la présence de polynucléaires en grand nombre supérieur à 104 leucocytes/ml dans les urines du matin quelque soit la symptomatologie clinique et parfois en son absence. En fait, il est plus juste de parler d’infection des voies urinaires ou de l’appareil urinaire.
LES GERMES RESPONSABLES D’INFECTIONS URINAIRES
Les micro-organismes retrouvés le plus fréquemment chez les patients présentant une infection urinaire sont décrits comme uropathogènes. Ceci inclut :
Les bacilles à Gram négatif La plupart des infections du tractus urinaire sont dues à la propagation par voie ascendante des bactéries d’origine intestinale d’où la prédominance des entérobactéries parmi lesquels :
Escherichia coli est le plus souvent mis en cause dans 60 à 80 % des cas ;
Proteus (Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Proteus rettgeri) ;
Klebsiella (Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca) ;
Enterobacter (Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes,…) ;
Providencia stuartii ;
Morganella morganii.
Par ailleurs, d’autres bacilles à Gram négatif, Pseudomonas aeruginosa sont responsables des infections urinaires iatrogènes, résultant d’une contamination par manœuvres instrumentales endo-urinaires (sonde à demeure, urétrocystoscopie …)
Les Cocci à Gram Positif
Les infections urinaires à Cocci à Gram Positif sont rares. Ce sont :
Staphylocoques : aérobies –anaérobies facultatifs.
Ces Cocci possèdent une catalase, sont regroupés en amas, commensaux de la peau et des muqueuses :
Staphylocoques à coagulase négative : Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus epidermidis ;
Staphylocoques à coagulase positive : Staphylococcus aureus ;
Streptocoque des groupes D (Entérocoque), G et B sont surtout rencontrés lors d’infection urinaire iatrogène.
Les bacilles à Gram positif
Listeria monocytogenes;
Clostridium perfringens.
En cas d’infection urinaire, la bactériurie est supérieure à 105/ml.
Facteurs favorisant la résistance aux antibiotiques
La prescription à grande échelle et parfois impropre d’antibiotiques fait que les bactéries évoluent constamment vers la résistance [21, 24, 25]. Le recours intempestif à des antibiotiques dans l’élevage animal industriel (en particulier les volailles) contribue au phénomène de résistance. En milieu vétérinaire, les antibiotiques issus de la pharmacopée humaine sont utilisés sans règle stricte. Soit comme promoteur de la croissance, soit à des fins prophylactiques et thérapeutiques. Cette pratique très répandue de traitement antibiotique sur de longues durées conduit inévitablement à la sélection de bactéries multirésistantes, en particulier les entérobactéries et entérocoques. Eliminées du tube digestif des animaux, les bactéries passent dans les affluents, l’eau et selon la chaîne alimentaire, finissent par coloniser le tube digestif de l’homme. Lors de l’abattage des animaux une contamination de la viande est quasi inéluctable. L’administration répétée d’antibiotique chez l’homme élimine les bactéries sensibles et sélectionne les bactéries résistantes lesquelles en profitent pour se développer et former des nouvelles colonies, elles aussi résistantes [26-28].
Épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques
La dissémination de résistance liée à la circulation des gènes entre bactéries est plus importante que l’on ne l’imaginait. Elle rend compte de la rapidité avec laquelle évolue le phénomène de résistance au sein du monde bactérien [29]. Il y a quelques années la multirésistance était rencontrée principalement à l’hôpital où les infections acquises sont un problème de santé préoccupant par leur fréquence et par leur conséquence en termes de morbidité et de mortalité [30]. Les infections en milieu hospitalier, dites infections nosocomiales sont particulièrement graves, car elles touchent des personnes dont les défenses immunitaires sont diminuées à la suite d’une maladie (cancer, Sida) ou d’un traitement (greffe-chirurgie). La contamination se fait lors d’une opération, d’une pose de cathéter, de sonde ou par simple contact interhumain . Désormais, la résistance est observée hors des enceintes hospitalières, en milieu communautaire [32] (crèche, maison de retraite et de plus en plus en ville).
Nature des résultats selon les ECBU réalisés
Dans notre étude nous avons observé un pourcentage d’ECBU positifs de 11,1 % et un taux des ECBU négatifs qui représente 88,9% de la totalité des examens réalisés. Ce qui provient du fait que plusieurs malades sont soumis à une automédication avant la réalisation de l’analyse. Ce qui contribue à masquer la flore bactérienne pathogène et entrave sa multiplication sur les milieux de culture au laboratoire . De même, les examens d’ECBU sont souvent prescrits systématiquement, par le clinicien, dans des bilans préopératoires ou à titre préventif comme dans le cas de la femme enceinte, dans certaines maladies neurologiques et chez le malade diabétique . Il ne faut pas négliger aussi le fait que les infections urinaires peuvent être causées par des germes non cultivables dans les milieux ordinaires du laboratoire.
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Table des matières
DEDICACES ET REMERCIEMENTS.
HOMMAGES AUX MEMBRES DU JURY
ABREVIATIONS
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
1. INTRODUCTION
2. OBJECTIFS
2.1.Objectif général
2.2.Objectifs spécifiques
3. GENERALITES SUR LES INFECTIONS URINAIRES
3.1. Définitions
3.2. Les germes responsables d’infections urinaires
3.3. Les antibiotiques
3.4. Resistance bactérienne aux antibiotiques
3.5. Sensibilité et resistance aux antibiotiques des principaux germes responsables d’infections urinaires
3.6. Physiopathologie des infections urinaires
3.7. Symptomatologie des infections urinaires
4. METHODOLOGIE
4.1. Cadre et lieu de l’étude
4.2. Type et période d’étude
4.3. Population d’étude
4.4. Echantillonnage
4.5. Collecte des données
4.6. Matériels et réactifs
4.7. Méthodes de laboratoire : conduite de l’examen Cytobactériologique des urines
4.8. Saisie et Analyse des données
5. RESULTATS
5.1. Résultats globaux
5.2. Résultats descriptifs
5.3. Isolement des germes
5.4. Résistance aux antibiotiques des principaux germes
5.5. Les bactéries multirésistantes
6. COMMENTAIRES ET DISCUSSION
6.1. Données épidémiologiques
6.2. Isolement des germes
6.3. Resistance des souches bactériennes aux antibiotiques
7. CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
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