Sensibilite et evolution de la resistance de escherichia coli aux antibiotiques

GENERALITES 

Escherichia coli

C’est l’espèce type de la famille des Enterobacteriaceae ou entérobactéries C’est un bacille à Gram négatif de l’intestin et de l’environnement humain ou animal (tube digestif), soit mobile, soit immobile, parfois capsulé. Il est responsable d’infections spontanées des voies urinaires, de gastro-entérites et d’infections nosocomiales. Escherichia coli est la bactérie pathogène la plus fréquemment retrouvée.

Habitat

Echerichia coli est un hôte normal de l’intestin. Il représente près de 80 % de la flore intestinale aérobie de l’adulte (flore sous-dominante, car la flore dominante est à 99 % anaérobie). On peut le retrouver également au niveau de diverses muqueuses chez l’homme et les animaux. Sa présence dans les milieux environnants ou dans les aliments signe une contamination fécale.

Caractères bactériologiques et immunologiques

Morphologie 

E. coli est un bacille à Gram négatif, soit mobile, soit immobile, parfois capsulé.

Caractères culturaux et métaboliques 

E. coli se développe en 24heures à 37° C sur les milieux gélosés en donnant des colonies rondes, lisses, à bords réguliers, de 2 à 3mm de diamètre, non pigmentées. Sur les milieux lactosés, les colonies sont généralement lactose positif. Sur gélose au sang elles peuvent être hémolytiques.

•Les principaux caractères positifs sont:
– Indole (+) (exception); ONPG (+) (exception); Mannitol (+)

– Les caractères suivants sont positifs de façon moins constante: mobilité, LDC, ODC, Sorbitol [les souches O157:H7, E.C.E.H sont le plus souvent sorbitol (-) et décarboxylase (+)]; production de gaz lors de l’attaque du glucose.
– Sont toujours négatifs: Inositol, Urée, TDA, VP, Gelatinase, Citrate de Simmons. Les souches de E. coli entéro-invasifs ont souvent une faible activité métabolique.

Caractères antigéniques:

E. coli possède des antigènes variés associés à 4 types de structures :
• Les antigènes O, somatiques ou lipopolysacchariques. Il existe environ 160 antigènes O différents. Au moyen d’immun-sérums spécifiques, il est possible de classer sérologiquement les souches de E. coli dans les groupes O. Cette sérotypie est la seule à être utilisée en routine pour reconnaître notamment les souches E.C.E.P.
• Les antigènes K, capsulaires, polysaccharidiques. Environ 70 antigènes d’enveloppe différents ont été reconnus. La majorité des souches responsables de méningites possède l’antigène K1; l’étude de ces antigènes permet une classification antigénique d’E. coli.
• De ces antigènes capsulaires on rapproche les antigènes protéiques ou adhésines en rapport avec la présence de pili permettant d’adhérence aux bordures en brosses (K88, K99).
• Les antigènes H ou flagellaires, protéiques. Ils ne sont présents que chez les  souches mobiles.

Les substances élaborées

E. coli peut produire :
• des entérotoxines
• des hémolysines
• des enzymes capables de détruire certains antibiotiques
• des bactériocines, substances à action antibiotique qui détruisent spécifiquement d’autres
bactéries : elles sont dénommées colicines.

Pouvoir pathogène

♦ Infections urinaires E. coli représente à lui seul l’agent responsable de la très grande majorité de cas d’infection urinaire spontanée ou après instrumentation. L’infection urinaire basse à E .coli est vulgairement appelée <>. En fait l’origine de l’infection est intestinale (infection par voie ascendante), favorisée chez la femme par l’anatomie du bas appareil urinaire (urètre court), par la présence, que favorisent les rapports sexuels, de E. coli dans l’urètre féminin et le vagin. E. coli de l’infection est dominant dans le rectum et la sphère génito-urinaire.

♦ Septicémies et méningites
Les E. coli sont isolés dans 20 % des septicémies et représentent 45% des septicémies dues aux bacilles à Gram négatif. Les méningites sont rares, elles surviennent surtout chez le nourrisson mais sont souvent graves. Il est remarquable que 80 % des E. coli isolés de méningites possèdent l’antigène K1, polysaccharide acide dont la composition chimique et la spécificité immunologique sont identiques à celle de l’antigène B de Neissseria meningitidis.

♦ Suppuration diverses
Les E. coli de la flore fécale peuvent être en cause dans des péritonites, des cholécystites, des salpingites et des suppurations post-opératoires jouant le rôle de bactéries pyogènes.

Diagnostic bactériologique 

E. coli est une entérobactérie, c’est-à-dire qu’il s’agit d’un bacille à gram négatif, oxydase négative, aéroanaérobie, cultivant rapidement sur milieux ordinaires, fermentant le glucose avec production de gaz.

♦ Prélèvements
Lors des entérites humaines, il est facile d’isoler E. coli dans les selles où cette espèce est fréquemment prédominante. Le travail du laboratoire est de déterminer la présence de facteurs de virulence sur les souches isolées en culture. Le diagnostic d’une infection urinaire à E. coli est très probable lorsque la bactériurie est supérieure à 10 bactéries par ml et qu’elle est associée à une réaction inflammatoire leucocytaire (leucocytes supérieurs à 10 par ml). En dessous de 10 bactéries par ml, on peut considérer qu’il s’agit d’une contamination de l’urine par la flore urétrale. Enfin il y a peu de doute sur l’étiologie d’une méningite ou d’une péritonite lorsqu’on peut isoler en culture le germe du liquide céphalo-rachidien ou du liquide péritonéal par exemple.

♦ Détection au laboratoire des souches virulentes
A partir des colonies isolées, un certain nombre de test peuvent être pratiqués pour déterminer chez ces souches la présence soit de facteurs de virulence (toxines ou pili), soit d’antigènes pariétaux habituellement associés à ces facteurs de virulence (sérotype). En dehors de la mise en évidence des souches E.P.E.C, les autres tests ne sont pas entrés dans la pratique courante.

Table des matières

1. Introduction
2. Généralité
2.1. Escherichia coli
2.2 . Habitat
2.3. Caractères bactériologiques et immunologiques
2.3.1. Morphologie
2.3.2. Caractères culturaux et métaboliques
2.3.3. Diagnostique différentiel
2.4. Caractères antigéniques
2.5. Les substances élaborées
2.6. Pouvoir pathogène
2.7 Physiopathologie
2.8 Diagnostique bactériologique
2.9. Cycle de vie
3. Antibiotiques
3.1. Classification
3.1.1. Antibiotiques étudiés
3.1.2. Autres antibiotiques
3.2. Mécanismes d’action
3.3. Modalité d’action
3.4. Mécanismes de résistance
4. Méthodologie
4.1. Type et période de l’étude
4.2. Lieu de l’étude
4.3. Souche étudiée
4.4. Échantillonnage
4.5. Aspect éthique
4.6. Analyse statistique des données
4.7. Chronogramme des activités de la thèse
5. Résultats
6. Commentaires et discussions
7. Conclusion et recommandations
8. Références bibliographiques
9. Résumé
10. SUMMARY

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