Sensibilité aux antibiotiques des principales souches bactériennes

Sensibilité aux antibiotiques des principales souches bactériennes

Les infections bactériennes sont l’une des premières causes de consultation médicale, et l’antibiothérapie constitue une pratique courante en médecine curative.

Chaque antibiotique est caractérisé par son spectre d’activité qui correspond aux différentes espèces bactériennes susceptibles d’être sensibles à son action. Selon les antibiotiques le spectre d’activité peut être large ou étroit. Ainsi les Sulfamides qui ont un spectre d’activité large sont actifs sur les bacilles et les cocci à Gram positif ou négatif, aérobies ou aéroanaérobies [19].

La pénicilline G a un spectre limité aux bactéries à Gram positif et aux cocci à Gram négatif [45]. Le corollaire du spectre d’activité est la résistance naturelle des bactéries aux antibiotiques. Ainsi, les entérobactéries qui sont des bacilles à Gram négatif sont naturellement résistantes à la pénicilline G [28, 44]. La résistance naturelle est un caractère d’espèce, elle touche toutes les souches d’une espèce bactérienne donnée. La connaissance du spectre d’activité devrait suffire pour instaurer un traitement, mais en réalité, la situation est beaucoup plus complexe ; car les bactéries peuvent acquérir une résistance aux antibiotiques par modification de leur capital génétique (mutation, acquisition de plasmides, acquisition de transposons). Aussi, dans de nombreux cas, la seule identification de l’espèce bactérienne ne permet plus de prédire de l’efficacité d’une antibiothérapie .C’est pourquoi la surveillance de la sensibilité des bactéries pathogènes aux antibiotiques est une nécessité que chaque pays doit prendre en compte pour un meilleur contrôle des infections. La résistance bactérienne aux antibiotiques est un phénomène universel à leur utilisation. Il apparaît différemment dans les pays et se propage dans le monde. Ainsi de nombreuses études faites dans différents pays ont montré que :
✓ En 1941 : 100 % des Staphylocoques étaient sensibles à la pénicilline G [25].
✓ En 2001 à Bamako, plus de 90 % des Staphylocoques étaient résistants à la pénicilline G (péniR) selon DIAKITE [15].
✓ En Europe [45], PEYRET rapporte que 50 % des souches de Burkholderia cepacia sont résistantes au chloramphénicol en 1991.
✓ Une étude réalisée par PERRIN du 1ier novembre au 30 avril 1996 rapporte que 82 % des bacilles Gram négatif étaient résistants à l’amoxicilline, 58,5 % à l’association amoxicilline + acide clavulanique et 21 % à la ceftriaxone [44].
✓ En France le centre national de référence pour le pneumocoque montre que la résistance de ce germe à la pénicilline G est passée de 0,5 % en 1984 à 32 % en 1994.
✓ Au Bénin en 1992, 84,8% des souches d’Escherichia coli résistaient à l’ampicilline [2].
✓ Au Mali en 1988, TRAORE [60] rapportait que 82‐85 % des Proteus résistaient à l’ampicilline ;
✓ KEITA [30] en 1999 rapportait que 98,5 % des Staphylococcus aureus étaient résistante à la pénicilline G, SOMBORO [55] en 2002 rapportait une résistance de 90,6% de Staphylococcus aureus à la pénicilline G.

Généralités

Le monde microbien

Les bactéries (Bacteria), sont des organismes vivants unicellulaires et procaryotes présents dans tous les milieux. La plupart des bactéries possèdent une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane. Les bactéries les plus grosses mesurent plus de 2 μm et, jusqu’au début du XXIe siècle, les spécialistes considéraient que les plus petites mesuraient 0,2 μm, mais il existe des « ultramicrobactéries », y compris en eau douce.

Les bactéries présentent de nombreuses formes : sphériques (coques), allongées ou en bâtonnets (bacilles), des formes plus ou moins spiralées. L’étude des bactéries est la bactériologie, une branche de la microbiologie. Il existe environ 7300 espèces connues à ce jour. L’estimation du nombre des espèces oscillerait entre 5 et 10 millions. Les bactéries sont ubiquitaires et sont présentes dans tous les types de biotopes rencontrés sur Terre. Elles peuvent être isolées du sol, des eaux douces, marines ou saumâtres, de l’air, des profondeurs océaniques, des déchets radioactifs, de la croûte terrestre, sur la peau et dans l’intestin des animaux. Il y a environ 40 millions de cellules bactériennes dans un gramme de sol et 1 million de cellules bactériennes dans un millilitre d’eau douce. On estime qu’il y aurait (à un instant donné) quatre à six quintillions (4 ×10³⁰ à 6×10³⁰), soit entre 4 et 6 mille milliards de milliards de milliards de bactéries dans le monde, représentant une grande partie de la biomasse du monde. Cependant, un grand nombre de ces bactéries ne sont pas encore caractérisées car non cultivables en laboratoire. Les bactéries ont une importance considérable dans les cycles biogéochimiques comme le cycle du carbone et la fixation de l’azote de l’atmosphère.

Chez l’humain, il a été calculé que 10 bactéries colonisent la peau, 10 bactéries colonisent la bouche et 10 bactéries habitent dans l’intestin, ce qui fait qu’il y a dix fois plus de cellules bactériennes que de cellules humaines dans le corps humain. La plupart de ces bactéries sont inoffensives ou bénéfiques pour l’organisme. Il existe cependant de nombreuses espèces pathogènes à l’origine de beaucoup de maladies infectieuses comme le choléra, la syphilis, la peste, l’anthrax, la tuberculose. Le plus souvent, les maladies bactériennes mortelles sont les infections respiratoires : la tuberculose à elle seule tue environ 2 millions de personnes par an, principalement en Afrique subsaharienne. Des bactéries peuvent entraîner des troubles respiratoires ou intestinaux alors que d’autres peuvent être responsables de l’infection d’une blessure. Les infections bactériennes peuvent être traitées grâce aux antibiotiques, qui le plus souvent inhibent une de leurs fonctions vitales (par exemple, la pénicilline bloque la synthèse de la paroi cellulaire). Les bactéries peuvent être très utiles à l’humain lors des processus de traitement des eaux usées, dans l’agroalimentaire lors de la fabrication des yaourts ou du fromage et dans la production industrielle de nombreux composés chimiques.

Antibiotiques

Historique :
1929 : découverte de la pénicilline par Alexander FLEMING
1932 : découverte des sulfamides par Gerhard DOMAGK
1944 : découverte de la streptomycine par Selman WAKSMAN
Actuellement, l’arsenal thérapeutique est riche de plus d’une centaine d’antibiotiques.

Définition :
Pendant longtemps, on a appelé antibiotique toute substance chimique produite par un champignon (Penicillium, Acremonium) ou une bactérie (Bacillus et surtout Streptomyces) pouvant inhiber la croissance ou détruire d’autres microorganismes. Un antibiotique est actuellement défini comme une substance, d’origine biologique ou synthétique, agissant spécifiquement sur une étape essentielle du métabolisme des bactéries (agents antibactériens) ou des champignons (agents antifongiques). Le spectre d’activité d’un antibiotique est la liste des espèces sur lesquelles il est actif .

Méthodes et matériels

Lieu d’étude :
Notre étude a été réalisée au laboratoire de biologie médicale et hygiène hospitalière du CHU du Point G .

Période d’étude :
La période concernant les données de notre étude est de janvier à décembre 2008.

Type d’étude :
Notre étude a été menée de Janvier à Décembre 2008.

Critères d’inclusion :
Ont été inclus dans notre étude tous les prélèvements à culture positive en provenance des services du CHU du Point G.

Critères de non inclusion :
N’ont pas été inclus dans notre étude tous les prélèvements des malades externes et tout germe isolé autre que les bactéries.

Conclusion 

Au terme de cette étude, nous avons déterminé la carte microbiologique c’est‐à‐dire la fréquence d’isolement des principaux germes dans les différents services du CHU du Point G. Les principales espèces bactériennes isolées ont été Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus à coagulase négative, Streptococcus non groupable. Les souches ont été isolées dans les urines, les pus, les hémocultures, les selle, les prélèvements vaginaux, les cathéters, es liquides de ponction (liquide céphalo‐rachidien, liquide pleural, liquide péritonéal, ascite) et autres prélèvements.

Table des matières

I‐ INTRODUCTION 
OBJECTIFS
II‐ GENERALITES 
1. Le monde microbien
2. Les antibiotiques
2. 1. Définition
2. 2. Classification et spectre d’activité des antibiotiques
III‐ METHODES ET MATERIELS 
1. Lieu d’étude
2. Période d’étude
3. Type d’étude
4. Critères d’inclusion
5. Critères d’exclusion
6. Diagnostic bactériologique
IV‐ RESULTATS 
1. Nature des germes isolés
2. Sites de prélèvements
3. Répartition par service des souches bactériennes
4. Sensibilité aux antibiotiques des principales souches bactériennes en fonction des services
V‐ DISCUSSION 
1. Méthodologie
2. Nature des germes isolés
3. Nature des produits pathologiques
4. Répartition par service des souches bactériennes
5. Sensibilité aux antibiotiques des principales souches selon le service
VI‐CONCLUSION

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