SARS-CoV-2 et co–infections respiratoires virales

TAXONOMIE

La classification actuelle des coronavirus comprend 39 espèces réparties dans cinq genres, 27 sous-genres, et deux sous-familles appartenant à la famille Coronaviridae, au sous-ordre Cornidovirineae, à l’ordre Nidovirales et au royaume Riboviria. Les sept coronavirus humains pathogènes pour l’homme appartiennent à deux sous-groupes différents : d’une part celui des alphacoronavirus regroupant les HCoV-229E et HCoV-NL63 et d’autre part celui des betacoronavirus regroupant le SAR-CoV, les HCoV-HKU1 et HCoV OC43, le MERS-CoV et le SARS-CoV-2. Le SARS-CoV-2 appartient au sous-genre Sarbecovirus et a l’espèce Severe acute respiratory syndrome related coronavirus (SARSr-CoV) qui comprend également le SARS-CoV. Du fait de sa grande proximité génétique avec le SARS-CoV, l’ICTV (Comité International de Taxonomie des Virus) l’a nommé SARS-CoV-2 le 11 février 2020 [13].

RT-PCR en temps réel

La RT-PCR en temps réel a été développée dès la disponibilité du génome viral (11 janvier 2020) afin de le mettre en évidence par amplification et hybridation moléculaires. Il s’agit de la technique de référence pour diagnostiquer les infections à SARS-CoV-2. Cette technique consiste à amplifier la séquence connue d’un fragment du génome du SARSCoV-2 en la ciblant par deux amorces et une sonde d’hydrolyse marquée par un fluorochrome. Cette technique de RT-PCR comporte plusieurs étapes, une fois que l’ARN viral a été extrait à partir du prélèvement :
 Une étape de rétro-transcription de l’ARN en ADNc (ADN complémentaire) par une transcriptase inverse. L’ADNc synthétisé servira alors de matrice pour la réaction de PCR
 Dénaturation de l’ADN : séparation du double brin synthétisé préalablement
 Hybridation des amorces à niveau de chaque brin dénaturé avec une température spécifique à la séquence ciblée
 Élongation via l’ADN polymérase du brin complémentaire en totalité et grâce à l’activité 3’exonucléasique de la polymérase il va y avoir hydrolyse de la sonde et libération du fluorochrome dans le milieu réactionnel
Ces 3 étapes qui correspondent en fait à un cycle de PCR sont ensuite répétées environ 40 fois et l’augmentation de l’intensité de fluorescence détectée est directement proportionnelle à la quantité d’ADN. On établit ainsi une courbe de fluorescence qui permet de déterminer le cycle seuil (cycle threshold (Ct)), correspondant au nombre de cycles à partir duquel l’intensité de fluorescence augmente significativement au-delà du bruit de fond et de manière linéaire, indiquant l’amplification du fragment ciblé du génome viral. Le succès de la détection du SARS-CoV-2 peut dépendre en partie de la qualité du prélèvement, des conditions de transport et de la conservation des échantillons.

REVUE DE LA LITTERATURE

Les taux de co-infections avec le SARS-CoV-2 dans la littérature sont variables d’une étude à l’autre. En effet, les estimations des taux de co-infections peuvent aller de 0,3% à 3,2% avec seuls quelques cas sporadiques décrits dans certaines cohortes [23,40] à 26% dans d’autres études [41]. La première étude chinoise (à ma connaissance) réalisée sur le sujet des co-infections par Lin et al [40] a conclu que sur 186 patients choisis au hasard rétrospectivement entre le 20 janvier et le 1er février 2020, 92 étaient positifs pour le SARS-CoV-2 et parmi eux, 6 étaient co-infectés avec du HRV, du RSV, du métapneumovirus (HMPV), du parainfluenza type 2 (HPIV-2) et du HCoV-HKU1, représentant 3,2% des patients totaux et 6,5% des patients SARS-CoV-2 positifs. Une autre étude chinoise réalisée à la suite par Ding et al [42] à Wuhan a rapporté 5 coinfections chez 115 patients SARS-CoV-2 positifs (4,35%) : 3 par le virus de la grippe A et 2 par le virus de la grippe B. Les symptômes cliniques étaient communs à ceux observés chez les patients mono-infectés par le SARS-CoV-2 (fièvre, toux, asthénie et céphalées) sauf pour deux patients qui avaient en plus une pharyngite et une congestion nasale, signes cliniques peu fréquents dans la COVID-19. Aucune différence de pronostic n’a été observée entre les patients co-infectés et les patients mono-infectés. Toujours sur le continent Asiatique, une étude réalisée à Singapour [43] entre le 5 février et le 15 avril 2020 a rapporté un taux de co-infections de 1,4% parmi les patients SARS-CoV-2 positifs (6 patients / 431 patients). Ils ont répertorié 3 infections à HRV, 2 à HPIV (non typés) et une à HCoV-229E. Ils ont observé une différence statistiquement significative entre les taux de patients co-infectés SARS-CoV-2 négatifs versus SARS-CoV-2 positifs (respectivement 4,8 % versus 1,4%, p<0,0001). Pour les 6 patients co-infectés il n’y a pas eu de progression vers la pneumonie, ni de recours à la ventilation mécanique assistée ou à l’intubation. Une autre étude rétrospective réalisée en Chine dans la Province de Jiangsu [44] entre le 22 janvier et le 2 février 2020 a rapporté l’un des plus haut taux de co-infections dans la littérature : 242 patients co-infectés (toutes origines microbiologiques confondues) sur 257 patients SARS-CoV-2 positifs (94,2%). Dans cet article, la majorité des co-infections étaient bactériennes (91,8%) suivies par 31,5% de co-infections virales puis 23,3 % de co-infections fongiques. Le top trois des co-infections bactériennes rapportées comprenait Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae et Haemophilus influenzae. Pour les virus respiratoires ils ont comptabilisé 11 cas de co-infections avec le HRV, 10 avec les adénovirus (HAdV), 5 avec le virus de la grippe B, 2 avec le virus de la grippe A, 1 avec les bocavirus (HBoV) et 1 avec le métapneumovirus (HMPV). Les co-infections variaient selon les tranches d’âge des patients et par exemple l’unique co-infection rapportée avec le HMPV a été détectée chez un patient de moins de 15 ans alors que les co-infections avec les virus de la grippe A et le HBoV n’ont été détectés que chez les patients entre 15 ans et 44 ans. La détection du HRV a été la plus élevée dans la tranche d’âge des 44 à 64 ans.

RESULTATS

Entre le 1er mars 2020 et le 30 avril 2020 nous avons testé 4797 patients en RT-PCR pour le SARS-CoV-2 et parmi eux, 4222 (88%) ont bénéficié en plus d’un diagnostic syndromique. 643 patients ont été positifs pour le SARS-CoV-2 (15,2%), 1095 patients ont été diagnostiqués avec au moins un virus respiratoires autre que le SARS-CoV-2 (25,9%) et 27 patients ont été co-infectés SARS-CoV-2 / autre virus respiratoire (4,2% des patients SARS-CoV-2 positifs et 0,6% des patients totaux).

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela chatpfe.com propose le téléchargement des modèles complet de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

PARTIE I : LE SARS-CoV-2
A- Historique des coronavirus humains
B- Taxonomie
C- Propriétés structurales
D- Cycle viral
E- Signes cliniques et complications
F- Diagnostic virologique
1- Diagnostic direct
a) RT-PCR en temps réel
b) Détection d’antigène viral par technique immuno-chromatographique
c) Culture cellulaire
d) Séquençage
2- Diagnostic indirect sérologique
PARTIE II : SARS-CoV-2 ET CO-INFECTIONS VIRALES RESPIRATOIRES
A- Revue de la litterature
B- Matériels et méthodes
C- Résultats
1- Épidémiologie des patients non co-infectés
a) Patients SARS-CoV-2 positifs
b) Patients positifs pour au moins un autre virus que le SARS-CoV-2
2- Épidémiologie des patients co-infectés
D- Discussion
E- Publications
a) Publication 1 : Co-infections with SARS-CoV-2 and other respiratory viruses in Southeastern France : A matter of sampling time – J Med Virol 2020
b) Publication 2 : Children account for a small proportion of diagnoses of SARS-CoV-2 infection and do not exhibit greater viral loads than adults – Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2020
PARTIE III : CONLUSION ET PERSPECTIVES
BIBLIOGRAPHIE