SALMONELLES ET SALMONELLOSES

SALMONELLES ET SALMONELLOSES

Les Salmonelles:Taxonomie et nomenclature

Le genre Salmonella appartient à la famille des Enterobacteriaceae. Cette famille regroupe des genres de bactéries qui sont des hôtes habituels du tube digestif.Ce genre est phylogénétiquement proche des genres Escherichia et Citrobacter et phénotypiquement proche des genres Citrobacter et Hafnia. Les hybridations ADN-ADN ont montré qu’il n’existait que deux sous-espèces dans le genre Salmonella : Salmonella bongori et Salmonella cholerasuis, également appelée Salmonella enterica. Salmonella bongori (ancienne sous-espèce V : Salmonella cholerasuis subsp.bongori ) est une espèce rare alors que Salmonella cholerasuis a une répartition géographique mondiale et possède un spectre d’hôtes très large.L’espèce Salmonella cholerasuis est subdivisée en 6 sous-espèces :
Sous-espèce I : Salmonella cholerasuis subsp. cholerasuis (Salmonella enterica subsp. enterica)
Sous-espèce II : Salmonella cholerasuis subsp. salamae (Salmonella enterica subsp. salamae)
Sous-espèce IIIa : Salmonella cholerasuis subsp. arizonae (Salmonella enterica subsp. arizonae)
Sous-espèce IIIb : Salmonella cholerasuis subsp. diarizonae (Salmonella enterica subsp. diarizonae)
Sous-espèce IV : Salmonella cholerasuis subsp. houtenae (Salmonella enterica subsp. houtenae)
Sous-espèce VI : Salmonella cholerasuis subsp. indica (Salmonella enterica subsp. indica).
Au sein de chacune de ses sous-espèces, il est possible de distinguer des sérovars (ou sérotypes) caractérisés par leurs antigènes somatiques (antigène O) et, généralement, par leurs antigènes flagellaires (antigènes H). En 1995, il existait 2 402 sérovars de Salmonella cholerasuis dont 1427 pour la sous-espèce cholerasuis. Dans la pratique courante, les sérovars sont désignés sous une forme abrégé et ne sont plus traités comme des noms latins mais s’écrivent en caractères romains et prennent une majuscule : Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimurium dont les noms complets sont Salmonella cholerasuis subsp. cholerasuis sérovar Enteritidis; Salmonella cholerasuis subsp. cholerasuis sérovar Typhimurium.

Habitat- Spécificité d’hôtes

Le réservoir des Salmonelles ubiquistes est très large et de nombreux animaux (mammifères, oiseaux, reptiles, poissons, insectes) sont susceptibles d’héberger ces bactéries mais, le principal réservoir est constitué par l’intestin des vertébrés. La sous-espèce I contient généralement les souches isolées de l’homme et des animaux à sang chaud, pour lesquels elles sont pathogènes. Il est aussi fréquent d’isoler des Salmonella appartenant aux sous-espèces II, IIIa et IIIb chez les animaux à sang froid. Elles sont dans ce cas moins pathogènes et peuvent faire partie de la flore intestinale. Elles sont aussi retrouvées dans l’environnement (sol, boues) dans lequel elles sont disséminées par les excréta. Elles peuvent y survivre pendant plusieurs mois si les conditions de température, de pH et d’humidité sont favorables.
Sur la base de leur spécificité d’hôtes, les salmonelles sont distinguées en trois groupes :
– Les sérovars étroitement adaptés à l’homme : Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A, Salmonella Schottmuelleri=Paratyphi B qui est parfois isolé de l’animal dont les volailles; Salmonella Hirschfeldii= Paratyphi C et Salmonella Sendai.
– Les sérovars étroitement adaptés à certains animaux ou ayant une prédilection marquée pour certaine espèces animales : Salmonella Dublin chez les bovins (mais aussi chez l’homme), Salmonella Abortusovis chez les ovins, Salmonella Abortusequi chez les chevaux, Salmonella Gallinarum-Pullorum chez les volailles, Salmonella Cholerasuis et Salmonella Typhisuis chez les porcs.
– Les sérovars ubiquistes, qui sont les plus nombreux : Enteritidis, Typhimurium, Montevideo, Panama, Saintpaul.

Caractères culturaux

Les Salmonelles sont des germes mésophiles aéro-anaérobies et hygrophiles qui se présentent sous forme de bâtonnets de deux à trois microns de long et de 0,6 à 0,8 microns de large. La plupart d’entre elles ne sporulent pas et ne possèdent pas de capsule.En effet les Salmonelles cultivent sur des milieux ordinaires à base d’extraits de viande. A un pH voisin de la neutralité et à une température optimale de croissance de 37°C, les colonies sont généralement rondes, lisses (ou Smooth : S) à bords réguliers et ont un diamètre de 2 à 3 mm. Les Salmonelles parviennent aussi à se développer, mais plus lentement, dans des conditions moins favorables de température (de 5 à 47°C) avec une croissance nettement ralentie pour les températures inférieures à 10°C. L’application d’une température de 72°C pendant 15 secondes, utilisée lors de pasteurisation assure leur destruction dans le lait.La réfrigération permet la survie des Salmonelles. La congélation provoque un abaissement de leur nombre mais n’entraîne pas leur complète disparition. [60]
Les Salmonelles supportent une gamme de pH allant de 4,5 à 9, avec un optimum entre 6,5 et 7,5. Elles se développent bien pour des valeurs d’activité de l’eau (Aw) oscillant entre 0,945 et 0,999. Dans les aliments, les Salmonelles peuvent se multiplier jusqu’à des valeurs d’Aw de 0,93.
Les Salmonelles donnent des cultures homogènes après repiquage en bouillon. Il arrive exceptionnellement que des cultures de Salmonelles soient isolées sous forme rugueuse (ou Rough :R).
La plupart des Salmonelles sont capables de cultiver sur milieu minimum, sans facteur de croissance. Quand elles sont adaptées à un hôte pour lequel elles ont un pouvoir pathogène manifeste, elles peuvent exiger un ou plusieurs facteurs de croissance pour cultiver.

Caractères biochimiques

Les Salmonelles possèdent les caractères généraux de la famille des Entérobacteriacees : bacilles à Gram négatif, mobiles grâce à une ciliature péritriche, ou immobiles, non sporulés, donnant une réponse négative au test oxydase, et possédant une nitrate-réductase. Elles fermentant le glucose avec ou sans production de gaz et poussant sur les milieux ordinaires.Au sein de la famille des Entérobactéries, les caractères permettant l’identification biochimique du genre Salmonella sont l’absence d’uréase et de tryptophane désaminase, l’absence de production d’indole et d’acétoïne (test de Voges-Proskauer négatif), l’absence de fermentation du lactose, du saccharose, de l’inositol, de l’amygdaline, de l’adonitol et du 2-cétogluconate, la production d’H2S à partir du thiosulfate (présence d’une thiosulfate réductase), la décarboxylation fréquente de la lysine et de l’ornithine, la capacité fréquente de croître sur le milieu au citrate de Simmons en l’alcalinisant (caractère citrate positif).Les deux espèces du genre Salmonella peuvent être différenciées par leur caractères biochimiques : Salmonella bongori ne fermente pas le sorbitol, contrairement à Salmonella cholerasuis, et elle cultive sur un milieu contenant du KCN alors que la plupart des souches de Salmonella cholerasuis ne cultive pas sur ce milieu.

Table des matières

TABLE DES ILLUSTRATIONS
INTRODUCTION
1ÈRE PARTIE : SALMONELLES ET SALMONELLOSES
I. LES SALMONELLES
A. TAXONOMIE ET NOMENCLATURE
1. Habitat
2. Caractères culturaux
3. Caractères biochimiques
4. Marqueurs épidémiologiques
a) Le biotype
b) Le sérotype
(1) Les antigènes de capsule
(2) Les antigènes de paroi ou antigènes somatiques ou antigènes O
(3) Les antigènes flagellaires ou antigènes H
c) La lysotypie
d) La bactériocinotypie
e) L’antibiotypie
B. PHYSIOPATHOLOGIE
1. Pathogénie des Salmonella
2. Manifestations extra-digestives
3. Facteurs de virulence
a) Pili ou fimbriae
b) Invasion et colonisation de l’organisme-
c) Survie dans les phagocytes
d) Le complexe lipopolysaccharidique
e) Synthèse de toxines
f) Systèmes de captation du fer
4. Influence de la dose et de la voie de contamination
5. Défenses naturelles de l’intestin des volailles-Exclusion compétitive
a) Principe
b) Étendue et limites
c) Caractéristiques de l’effet protecteur – relation avec la virulence des sérovars
d) Application dans les élevages
6. Diagnostic
a) Les méthodes bactériologiques
(1) Méthode de recherche en élevages
(2) Méthodes de recherche dans les denrées alimentaires
b) Les méthodes immunologiques
(1) Les techniques d’immunofluorescence
(2) Les techniques immunoenzymatiques
II. MANIFESTATIONS HUMAINES DES SALMONELLOSES : LES TIAC
A. CARACTERISTIQUES EPIDEMIOLOGIQUES
1. Définition d’une toxi-infection alimentaire collective
2. Identification de l’agent responsable
3. Lieu de survenue
4. Public concerné
5. Aliment identifié ou suspecté
B. IMPLICATION DE SALMONELLA ENTERITIDIS
1. Sérotypes isolés
2. Évolution des sérotypes isolés
III. RESEAUX DE SURVEILLANCE DES SALMONELLOSES EN FRANCE
A. CENTRES DE RECHERCHE DES SALMONELLES D’ORIGINE HUMAINE ET D’ORIGINE NON HUMAINE
1. Le Centre National de Référence des Salmonella et des Shigella (CNRSS)35 a) Fonctionnement du CNRSS
b) Qualité du système de surveillance
2. Le centre de sérotypage de l’AFSSA
B. RESEAUX D’EPIDEMIOSURVEILLANCE
1. Le réseau national d’Epidémiosurveillance en Aviculture (RENESA)
2. Le Réseau national d’observation épidémiologique en aviculture (RNOEA)
C. LES CONTROLES OFFICIELS
1. Le contrôle officiel hygiénique et sanitaire
2. La charte sanitaire
D. NOUVELLES NORMES EUROPEENNES
2ÈME PARTIE : LA PRODUCTION D’ŒUFS DE CONSOMMATION EN FRANCE
I. ORGANISATION DE LA FILIERE
II. SYSTEMES D’ELEVAGES DES POULES PONDEUSES
A. SYSTEMES D’ELEVAGE EN CAGE
1. Description des cages et agencement
2. Alimentation et abreuvement
a) Système d’alimentation
b) Système d’abreuvement
C) Évacuation des fientes
d) Les conditions d’ambiance
(1) La température
(2) L’hygrométrie
(3) La ventilation
(4) La concentration en gaz (NH3, CO2, H2S)
(5) La concentration en poussières et le niveau de contamination bactérienne
e) Le bâtiment et le programme lumineux
B. SYSTEMES D’ELEVAGES ALTERNATIFS
1. Élevage au sol ——-
2. Élevage en plein-air et biologiques —
a) En plein-air,
b) En élevage biologique
C. PRODUCTION D’OVOPRODUITS
1. Cassage des œufs
2. Les ovoproduits impropres à la consommation humaine
3. Conservation des ovoproduits
3ÈME PARTIE : CONTAMINATION DES ŒUFS PAR LES SALMONELLES
I. FORMATION DE L’ŒUF
A. SITUATION ET STRUCTURE DE L’APPAREIL REPRODUCTEUR DE LA POULE ADULTE
1. L’ovaire
2. Oviducte
B. FORMATION DU JAUNE DE L’ŒUF : VITELLOGENESE
1. Chronologie et régulation du dépôt du jaune
a) Origine des constituants du jaune
b) Conclusion
2. Formation de l’œuf dans l’oviducte
a) Rôle sécrétoire de l’infundibulum–
b) Sécrétion du blanc dans le magnum
c) Activité de l’isthme : sécrétion des membranes coquillières et initiation de la coquille
d) Activité de l’utérus – Formation de la coquille de l’œuf
(1) Hydratation du blanc dans l’utérus
(2) Formation de la coquille
(3) Origine du calcium déposé sur la coquille
(4) Activité contractile de l’oviducte et oviposition
C. STRUCTURE, COMPOSITION ET QUALITE DE L’ŒUF
1. Structure de l’œuf : les barrières
a) La cuticule
b) La coquille calcaire
c) Les membranes coquillières
d) Le blanc d’œuf
2. Composition moyenne de l’œuf de poule
a) Composition de la coquille
b) Composition du blanc
c) Composition du jaune
d) Éléments mineurs du jaune d’œuf
(1) Minéraux
(2) Vitamines
(3) Pigments du jaune
3. Qualité de l’œuf
a) Qualité du blanc d’œuf
b) Qualité du jaune
c) Qualité de la coquille
d) Qualité bactériologique
II. LES SALMONELLES ET LA CONTAMINATION DE LA FILIERE ŒUFS
A. CONTAMINATION DES ELEVAGES PAR SALMONELLA
1. Contamination horizontale
a) Résistance aux agents physico-chimiques
b) Influence de l’âge des animaux
c) Sources de contamination
2. Contamination verticale
a) Capacité de colonisation de Salmonella Enteritidis
b) Contamination de l’ovaire
(1) Modèles d’adhésion
(2) Rôle des fimbriae
B. CONTAMINATION DES ŒUFS ET OVOPRODUITS
1. Contamination des œufs
a) Contamination de la surface de l’œuf
b) Contamination des milieux internes
(1) Passage de la cuticule
(2) Passage des membranes coquillières
c) Évolution de la population de Salmonelles
(1) Évolution dans l’albumen
(2) Évolution dans le vitellus
2. Contamination des ovoproduits
III. MOYENS DE LUTTE
A. REPONSES SEROLOGIQUES A L’INFECTION PAR SALMONELLA
B. IMMUNOPROPHYLAXIE
C. VACCINATION
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE

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