Salmonella, un impact majeur en santé publique

LES SALMONELLES

La pathogénicité

La virulence ainsi que la pathogénicité de la souche ingérée va jouer de manière différente sur la contamination et selon la sensibilité de la personne (Bollaerts et al., 2008). Le sérotype concerné aura également des effets différents (Jones et al., 2008; Shimoni et al., 1999; Weinberger et al., 2004). Le mode de consommation impliquera également un effet dose réponse différent selon l’aliment ingéré. Il est alors plus probable qu’une mayonnaise à base d’oeufs crus sera plus contaminant qu’une viande qui aurait mijotée (Bollaerts et al., 2008).

Les produits avicoles responsables de toxi-infections alimentaires collectives

La viande de volaille a longtemps été et reste une source de transmission et de contamination chez l’homme (Davies et al., 2001a; Thong et al., 2002; Toyofuku, 2008; Van Schothorst and Notermans, 1980) du fait des nombreuses façons de cuisiner la viande ainsi que les risques fréquents de contamination croisée avec d’autres aliments contaminés (Cardinale et al., 2005).

Les symptômes chez l’homme

Chez l’homme, la salmonellose est caractérisée par une diarrhée, de la fièvre à 39°C- 40°C, des douleurs abdominales, des vomissements, des maux de tête, des nausées et une fatigue générale (Neto et al., 2010). Le temps d’incubation varie de 8h à 72h, avec une durée Synthèse bibliographique moyenne de 24h et la durée des symptômes peuvent durer une semaine. Chez les sujets immunodéprimés, les jeunes enfants et les personnes âgées, l’infection peut être fatale (FAO).

Les diagnostics, les traitements et la prophylaxie

Chez l’homme, seule une coproculture permet d’établir un véritable diagnostic. Cette coproculture, comprend une phase d’isolement puis une identification précise de la bactérie complétée par un antibiogramme. Selon l’état du patient, une antibiothérapie précise est préconisée.

Salmonella et antibio résistance

Salmonella acquiert la résistance aux antibiotiques par des mutations chromosomiques et au travers de mécanismes de transduction, de transformation et de conjugaison (Okolo, 1986). Ces différents mécanismes impliquent le transfert de gènes de résistance par l’ADN plasmidique comme les facteurs R ou plasmide de résistance, par conjugaison de plasmide ou d’éléments chromosomiques (Vidon et al., 1978; Wagner and Hahn, 1999).

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela chatpfe.com propose le téléchargement des modèles complet de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

Introduction
Synthèse Bibliographique
1. LES SALMONELLES
1.1. CARACTERISTIQUES GENERALES
1.1.1. Morphologie
1.1.2. La taxonomie et les caractères biochimiques
1.1.2.1. La taxonomie
1.1.2.2. Les caractères biochimiques
1.1.3. Les caractères antigéniques
1.1.3.1. Les antigènes somatiques
1.1.3.2. Les antigènes flagellaires
1.1.3.3. Les antigènes
1.2. L’HABITAT ET LES FACTEURS DE VIRULENCE
1.2.1. L’habitat
1.2.2. Les facteurs de virulence
1.2.2.1. La reconnaissance du pathogène
1.2.2.2. –La destruction du pathogène
1.3. LA RECHERCHE DE SALMONELLA
1.3.1. Les méthodes de mise en évidence directes : bactériologie et sérotypage
1.3.2. Le dénombrement par la méthode du nombre le plus probable (NPP)
1.3.3. Les méthodes sérologiques
1.3.4. La caractérisation de Salmonella par des méthodes complémentaires, phénotypiques et
génotypiques
1.3.4.1. –Par caractérisation phénotypique
1.3.4.2. Par caractérisation génotypique
2. L’EPIDEMIOLOGIE DE SALMONELLA EN ELEVAGE AVICOLE DE POULET
DE CHAIR
2.1. LES SEROTYPES UBIQUISTES
2.2. LES SEROTYPES PROPRES AUX POULETS DE CHAIR DE L’ESPECE GALLUS GALLUS
2.3. L’EPIDEMIOLOGIE DE SALMONELLA DANS LA FILIERE POULET DE CHAIR
2.3.1. En élevage
2.3.1.1. Les sources et modes de transmission en élevage
2.3.1.2. La prévalence de Salmonella en élevage
2.3.1.3. Les mesures de limitation de la contamination
2.3.1.4. Les bases réglementaires
2.3.2. Les moyens de lutte contre les salmonelles au long des maillons de la chaîne de production
2.3.2.1. En élevage
2.3.2.2. A l’abattoir et dans les ateliers de transformation
2.3.3. A l’abattoir
2.3.3.1. Les voies de contamination à l’abattoir
2.3.3.2. La prévalence de Salmonella à l’abattoir
3. SALMONELLA, UN IMPACT MAJEUR EN SANTE PUBLIQUE
3.1. LES INFECTIONS A SALMONELLA
3.1.1. La prévalence humaine
3.1.2. La pathogénicité
3.1.3. Les produits avicoles responsables de toxi-infections alimentaires collectives
3.1.4. Les symptômes chez l’homme
3.1.5. Les diagnostics, les traitements et la prophylaxie
3.1.6. Salmonella et antibio résistance
3.2. LES ENJEUX SANITAIRES
3.2.1. Les Toxi-infections alimentaires collectives
3.2.1.1. En France
3.2.1.2. A la Réunion
3.2.2. Salmonella, un problème majeur persistant
3.3. LES ENJEUX ECONOMIQUES ET LES MOYENS DE SURVEILLANCE MIS EN PLACE EN FRANCE
3.3.1. Les enjeux économiques
3.3.2. Les moyens de surveillance mis en place en France
4. CAMPYLOBACTER SPP. ET CAMPYLOBACTERIOSE HUMAINE
4.1. GENERALITES
4.2. BACTERIOLOGIE ET TAXONOMIE
4.3. HABITAT ET RESERVOIR
4.4. TRANSMISSION
4.5. SYMPTOMES CHEZ L’HOMME
4.6. DIAGNOSTIC, TRAITEMENT ET PROPHYLAXIE
4.7. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
4.8. PRINCIPAUX CARACTERES BIOCHIMIQUES DES CAMPYLOBACTER
5. LA FILIERE AVICOLE REUNIONNAISE
5.1. LA FILIERE AVICOLE REUNIONNAISE DANS L’INDUSTRIE ET L’ECONOMIE LOCALE
5.2. L’ORGANISATION DE LA FILIERE AVICOLE
5.2.1. L’historique de la filière avicole Réunionnaise
5.2.2. En amont: la station d’accouvage Couvée d’Or et la coopérative Avi-pôle Réunion
5.2.3. En aval : l’abattoir et les ateliers de transformation Crête d’Or Entreprise
5.2.3.1. Abattage réalisé en 2009 par Crête d’Or Entreprise et Segma
5.2.3.2. Marché de la volaille de 2005 à 2009
5.2.3.3. Volume de vente par type de produits toutes espèces confondues de 2006 à 2009
Travaux de recherche
Introduction
1. CHAPITRE 1 : EPIDEMIOLOGIE ANALYTIQUE DE SALMONELLA
ENTERICA SUBSP. ENTERICA ET DE CAMPYLOBACTER SPP. DANS LES
ELEVAGES DE POULETS DE CHAIR1.1. EN PRODUCTION PRIMAIRE A L’ETAPE ELEVAGE
1.1.1. Résumé et conclusions de la publication 1 : prévalence et facteurs de risque de transmission de Salmonella enterica subsp. enterica dans les élevages de poulets de chair à la Réunion.
1.1.2. Publication 1 : Prevalence and risk factor for the spreading of Salmonella enterica subsp. enterica infection in broiler chickens flocks in Reunion Island
1.2.1. Poster : Epidemiological analysis of Salmonella enterica subsp. enterica from chicken broiler flocks in Reunion Island (Indian Ocean)
1.1.3. Résumé et conclusion de la publication 2 : prévalence et facteurs de risque d’introduction de
Campylobacter spp. dans les élevages de poulets de chair à la Réunion
1.1.4. Publication 2: Prevalence and Risk factors for Campylobacter spp. in chicken broiler flocks on Reunion Island (Indian Ocean).
1.2. DISCUSSION DE LA PREMIERE PARTIE
1.2.1. De la méthodologie
1.2.2. De la détermination des facteurs de risque
2. CHAPITRE 2 : INVESTIGATION EPIDEMIOLOGIQUE DE SALMONELLA A L’ABATTOIR
2.1.1. Résumé et conclusion de la publication 3 : Salmonella enterica subsp. enterica isolé de carcasses et de l’environnement d’abattoir sur une île tropicale (Ile de la Réunion, Océan Indien) : prévalence, caractérisation génétique et sensibilité aux antibiotiques »
2.1.2. Publication 3: Salmonella enterica subsp. enterica from chicken carcasses and environment at slaughter in a tropical island (Reunion – Indian Ocean): prevalence, genetic characterization and antibiotic susceptibility
2.2. DISCUSSION DE LA DEUXIEME PARTIE
2.2.1. De la méthodologie
2.2.2. Des résultats
3. CHAPITRE 3 : DIVERSITE DES SOURCES INFECTIEUSES PAR SALMONELLA ET IMPACT SUR LA SANTE PUBLIQUE
3.1. DIVERSITE DES SOURCES INFECTIEUSES
3.1.1. Résumé et conclusion de la publication 4 : étude épidémiologique de Salmonella enterica subsp. enterica serovars Hadar, Blockley, Virchow et Weltevreden isolés de poulets, d’hommes et
d’environnement par PFGE et par sensibilité aux antibiotiques à l’ile de la Réunion (Océan Indien) »
3.1.2. Publication 4 : Epidemiological study of Salmonella enterica subsp. enterica serovars Hadar,
Blockley, Virchow and Weltevreden from broiler chickens, humans and environment using pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and antimicrobial susceptibility in Reunion Island (Indian Ocean).
3.2. IMPACT SUR LA SANTE PUBLIQUE
3.2.1. Résumé et conclusion de la publication 5: caractérisation génétique et phénotypique de
Salmonella enterica serovars Typhimurium et 1,4, [5] ,12: i:- émergeant à la Réunion (Océan Indien) : comparaison d’isolats de poulets, d’homme et d’environnement »
3.2.2. Publication 5 : Genetic and phenotypic characterization of Salmonella enterica serovars
Typhimurium and 1,4,[5],12:i:-, emerging Salmonellas in Reunion island (Indian Ocean): comparison of isolates from broiler chickens, humans and the environment
3.2.2.1. Poster : Epidemiological diversity of Salmonella enterica serovars from different sources in Reunion Island (Indian Ocean): focus on S. Typhimurium and S.1,4,[5],12:i:-
3.2.2.2. Conference: Epidemiological investigation of Salmonella enterica subsp. enterica all along the food chain poultry production in tropical area: example of Reunion Island
3.2.3. Discussion de la troisième partie
Conclusions et perspectives
Références
Annexes