Risque de contamination de la viande de volaille par sa Campywbacter

RISQUE DE CONTAMINATION DE LA VIANDE DE VOLAILLE PAR SA LMONELU ET CAMPYWBACTER

Campylobacter :

Les Campylobacter appartiennent à la famille des Campy lobacteraeae. Pl1:1sieurs espèces de Carnpylob-acter ont été décrites· (Quirrn et al.. , 1994) ; toutes se développent à 37°C mais certaines. d’entre elles ont ta particularité de pous.s.er égale.ment à 42 °C et constituent te groupe des thermDtoféran.ts. Ce groupe est composé de quatre espèces. : Campy [obacter jejuni, C. cofl, C. lari et C. upsaliensis; il est principalement responsable d’ entérites chez l’ homme et paf conséquent i-l est t’ objet d’ un intérêt particulier dans le domaine alimentait e. Les· espèces· les· plus fréquemment isolées,. dans ces. entérites,. sont C: fef uni et C. calf; C. fefuni est l’espèce prédominante et représente de 80- à 90- % des cas de gastro-entérites provoquées. Par  Campyf:abacœrchez l’homme (Slcirrow, 1990-). Ces-deux espèces-sont principalement associées· à la viande de volaiJ;te (Altekruse,_ 1999)— Ce sont des bacilles Illls, incurvés, en forme de S- et pouvant présenter une ou plusieurs. ondulations. Leur motilité caractéristique en- tire-bouchon est due à la présence d-‘un flageHe à l’une ou aux deux extrémités. Dans certains conditions,. notamment dans les cultures âgées,_ il est possible d’observer des. bacilles incurvés immobiles_ qui seraient viables_ mais non cultivables. par les techniques cl’5siques ainsi que des formes coccoïdes qui correspondraient à un état de dégénérescence (Boucher et al.., 1994). Ce-sont des bactéries m-icroaérophiles qui nécessitent une atmosphère appauvrie en oxygène pour se développer. Tout récemment,. te Centre Sanger vient de terminer te séquençage complet du génome de la souche de C. jejun-i NCTCl 116&-, et affiche un total de l 641 48-0 pb- (PaFk.iU et BareU, 19-9-9-), avec 25 régions- polymorphiques riches- en g_uanine-. Il s’agit d’une très petite taille comparativement au génome de Myxococcus xanthus (9″,_45 Mb) ou d1 E. coti (4,55 Mb). Cette caractéristique concorde avec ra nature délicate de-ra bactérie, ainsi qu.,-avec son besoin de mi.1ieu supplémenté, son incapacité à fermenter les caFbohydrates ou à dégrader les substances complexes et avec sa relative inertie biochimique. La souche de C. jejuni,. récemment séquencée,. a un_ taux_ de G+c de 31 %, U se situe dans ta fimite inférieure deS- valeurs. G+C %-observées. chez fes. organismes. vivants (25 à 75 %) (Véron et F auchère, l 990-}. Cette bactérie est actuellement considérée comme la principale cause de diarrhée dans }es paysdéveloppés (White et aL,_ 1997).Les symptômes décrits. s_ont une diarrhée aqueuse accompagnée de crampes- abdominafes mais certaines infecti-OnS- prennent la forme ,run syndrome pseudogrippal avee des myalgies, de la fièvre et des douleurs abdominales. Certains cas peuvent évoluer vers des complications nerveuses (syndrome de Guillain-Barré et syndrome de Miller-Fisher). Caractérisation des Campylobacter La caractérisation des_ Ca »!12-pylobacter a, dans un premier temps, été basée sur le phénotype, notamment sur des. caractères biochimiques et sérologiques (Lior~ 1984; Penner et Hennessy, 19-80). Ces méthodes de typage ne permettent pas d’obtenir une discrimination suffisante et de nouvelles techniques génotypi-ques ont ét-é développées. Ces méthodes permettent d’acquérir une meilleure connaissance sur ta dissémination de ta bactérie {sources et voies d·e transmission) et de définir I' »exîstence d’Une parenté donale entre différentes-souches. de Campylo.bacter (Yan et al., 1991) La particularité du génome de Campylobacter, dit « génome mosaïque »; comp-lique ce dernier point {Wang et Taylor, 1990). Les techniques de typage utilisées doivent permettre de . caractériser finement la bactérie, tout en favorisant la mise en évidence de liens de parenté pouvant être masqués par des phénomènes de transformation et de recombinaison. L ,-utilisation d’une méthode, hautement discriminante, étudiant la globalité du génome, telle que la macrorestriction, combinée avec l’étude du polymorphisme de restriction de certains gènes semble êtr.e le système de typage Le mi.eux. adapté à L’étude de Campylobacter (Slater et al. ,_ 1998). c~est cette stratégie que nous avons choisie pour notre étude.

Salmonella :

Les. salmonelles appartiennent à la famille des Enterobacterlacae. Les. hybridations ADN-ADN ont montré qu~il n’y avait qu’une espèce génomique dans le genre Salinonella et sept sous espèces dont Salmonella enterica ssp enterica q_ui nous intéresse dans ce travail. Ces Salmonelles sont ensuite identifiées par leur sérotype avec la méthode d’agglutination sur lame de Kaufmann. Ce sont des. bacilles droits à Gram négatif, souvent mobiles, poussant sur des milieux ordinaires, ; / 3 aréo-anaérobies. Certains caractères permettent l’identification phénotypique des salmonelles ~ absence d’uréas_e,. absence de fermentation du lactose~ production de sutfure d’hydrogène à partir du thiosulfate, décarboxylation fréquente de fa Iysme et pousse fréquente sur le milieu au citrate de Simmons (Quinn et al., 1994}. Les Salmonella sont essentiellement des parasites intestinaux des Vertébrés. La sous-espèce enterfca est adaptée aux animaux à sang chaud et à t’homme ~ tes autres sous,-espèces sont principalement a~sociées aux animaux à sang :froid ou retrouvées dans l’environnement. Parmi les sérotypes de la sous-espèce enterica, la plupart sont ubiquitaires et certains montrent une spécificité d’hôte soit humaine (S. Typhi ou S. Paratyphi A) soit animale. Les sérotypes ubiquistes représentent Ia très grande majorité des sêrotypes de Salmonella (Typhimurium, Enteritidis, St Paul, Virchow … } et sont responsables des toxi-infecti-0ns alimentaires coUectives {Humbert et Salvat, 1997). Les produits avicoles sont les aliments les plus incriminés dans les taxi-infections alimentaires collectives. à Sabnonella.(Humphrey et al, 19&8). Les salmonelloses se traduisent cliniquement chez l’homme par des douleurs abdominales, de la nausée, des vomissements et de la diarrhée (Wiernp, 1996). La forme de la maladie est en relation-avec-la virulence spécifique de la souche bactérienne infectante~ la taille de l’inoculum et des facteurs spécifiques de rhôte (âge, acidité gastrique, système immunitaire).

Table des matières

t. INTRODUCTION
1.1. CAMPYLOBACTER
1.2. SALMONELU
1.3. FACTEURS DE RISQUE DE CONTAMINATION DE LA VIANDE DE VOLAILLE PAR SA LMONELU ET CAMPYWBACTER
2. MATERIELS ET METHODES
2.1. ENQUÊTES DE TERRAIN
2.2. RECHERCHE DES MICRO-ORGANISMES
2.2.1. Prélèvements
2.2.2. Micro-organismes indicateurs d’hygiène
2.2.3. Campylobacter
2.2.4. Salmonella
2.3. CARACTÉRISATION GÉNOTYPIQUE PAR MACRO RESTRICTION
2.3.1. Préparation de /’ADN
2.3.2. Macro restriction
2.3.3. Capture des images et analyse des profils
2.4. ANALYSES STATISTIQUES
3. RESULTATS
3.1. EVALUATION DU STATUT SANITAIRE DE LA PRODUCTION A VI COLE
3.1.1. Couvoirs
3.1.2. Elevages
3.1.2.1 . Pratiques d’élevage
3.1.2.2. Statut Microbiologique des élevages
3.1.3. Tueries
3.1.3.1 . Pratiques d’abattage
3.1.3.2. Statut Microbiôlogique des carcasses
3.1.4. Impact des Pratiques d’élevage et d ‘abattage
3.2. ANALYSE DE LA DIVERSITÉ DES CAMPYLOBACTER
3.2.1. Identification par PCR
3.2.2. Caractérisation génotypique par Macrorestriction:
3.2.2.1. Caractérisation par macrorestriction avec l’enzyme Smal
3.2.2.2. Caractérisation par macrorestriction avec l’enzyme Kpnl
3.2.2.3. Analyse des génotypes obtenus par combinaison des deux techniques de macrorestriction
3.2.2.4. Répartition des types combinés dans les élevages et les marchés
4. DISCUSSION
4.1. CONTAMINATION AU COUVOIR
4.2. CONTAMTNATTON À L’ÉLEVAGE
4.3. CONTAMINATION À L’ABATTAGE
4.4. DTVERSTTÉ ET RÉPARTTTTON DES C.4MPYLOBACTER
4.4. 1. Identification de l’espèce par PCR
4.4.2. Caractérisation par Macrorestriction
CONCLUSION

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