Répartition des sérotypes selon l’année

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Caractères bactériologiques 

Caractères généraux des entérobactéries

La famille des entérobacteriaceae est constituée de genres bactériens qui sont rassemblés en raison de caractères bactériologiques communs.
-Ce sont des bacilles à Gram négatif dont les dimensions varient de 1 à 6 µm de long et de 0,3 à 1µm de large
-Se développant en aéro-anaérobiose
-Poussent facilement sur milieux ordinaires.
-Mobiles par une ciliature péritriche ou immobiles. -Fermentant le glucose.
-Ne possédant pas d’oxydase.
-Réduisant les nitrates en nitrites.

Caractères morphologiques

Ce sont des bacilles droits, rectilignes, mobiles (mobilité péritriche), non sporulés. Ils mesurent 1 à 3 µm de longueur sur 0,2 à 0,3 µm de largeur. Elles ne présentent pas de mode de groupement particulier. Une capsule est présente chez de rares sérotypes.

Caractères culturaux

Elles cultivent facilement en 18 heures sur différents milieux sélectifs ou non comme les géloses Hektoen, Salmonella-Shigella (SS) et Eosin Methylen Blue (EMB). Les bouillons d’enrichissement usuels sont le bouillon au sélénite de sodium (BS) et le bouillon de Muller Kaufmann (MK). Le pH optimum de ces milieux est de 7.
Les salmonelles sont aérobies-anaérobies facultatives. La température d’incubation optimale est de +37°C. Les colonies sont de type S (smooth), rarement de type R (rough). La croissance en bouillon se traduit par un trouble homogène.

Caractères biochimiques

Les salmonelles sont dépourvues d’oxydase mais produisent une catalase. Les hydrates de carbone suivants sont fermentés : le glucose (avec production de gaz sauf S. Typhi), le mannitol, le sorbitol et le dulcitol. Les sucres non fermentés sont le lactose (absence de βgalactosidase), le saccharose, l’adonitol et la salicine.
L’étude du métabolisme des protides révèle la présence de Lysine Décarboxylase (LDC) [sauf S. Paratyphi A], d’Arginine Déhydrolase (ADH) et d’Ornithine Décarboxylase (ODC) [sauf S. Typhi] et de SH2 (+) sauf S. Paratyphi A. Les salmonelles ne synthétisent pas d’indole, d’uréase, de gélatinase ni de TDA. Par ailleurs, la réaction de Voges-Proskaeur (VP) est négative de même que la croissance en présence de malonate. Par contre, elles poussent sur citrate de Simmons sauf S. Typhi et S. Paratyphi A.

Caractères antigéniques

Grâce aux AgO, AgH et AgK, plus de 2500 sérotypes sont décrits [6,8,]. Les groupes O, les premiers individualisés, furent initialement désignés par des lettres de A à Z, puis des chiffres de 51 à 67. Actuellement, l’usage des chiffres est recommandé à celui des lettres qui est provisoirement conservé entre parenthèses. Exemple : O : 4 (B) ; O : 18 (K). [Tableau I].
Les antigènes des salmonelles sont immunogènes ; ils induisent la synthèse d’anticorps recherchés lors du sérodiagnostic de la typhoïde (sérodiagnostic de Widal-Félix). Certains de ces antigènes sont utilisés comme vaccins contre la typhoïde et les fièvres para typhoïdiques. La capsule Vi, présente chez S. Typhi, S. Paratyphi C et S. Dublin, empêche la phagocytose. Purifiée, elle sert comme vaccin contre S. Typhi Le lipide A est un antigène majeur dans la physiopathologie des salmonelloses.

Sensibilité aux antibiotiques

Les Salmonelles sont naturellement sensibles aux antibiotiques. Cependant il existe des résistances acquises par production de béta-lactamases. La résistance au chloramphénicol, d’origine plasmidique, est apparue en 1972 en Inde ; les souches multirésistantes au chloramphénicol et au cotrimoxazole à la fois depuis 1981 en Thaïlande, Chine Inde et Egypte. Leur prévalence varie de 1% en Europe à 30% au Pérou et 77% au Pakistan [10]. L’OMS a signalé en 1997 une augmentation inquiétante de l’incidence des souches de Salmonella non typhiques résistantes aux antibiotiques; elle incriminait l’utilisation excessive et abusive de ces molécules en médecine vétérinaire [11,12].

Mécanisme de résistance

La résistance aux bétalactamines est souvent due à la production d’enzymes (bétalactamases) inactivant ces antibiotiques.
Ces enzymes hydrolysent les bétalactamines avec ouverture du cycle bétalactame, et production de dérivés inactifs. Les gènes codant pour la production de bétalactamases sont localisés au niveau des plasmides.

Epidémiologie 

Réservoirs des salmonelles

Les Salmonella vivent essentiellement dans le tube digestif des vertébrés. La sous-espèce enterica est adaptée aux animaux à sang chaud et à l’homme. Les autres sous-espèces sont retrouvées principalement chez les animaux à sang froid comme les reptiles, les tortues et les batraciens. Les sérotypes strictement humains sont Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A et Salmonella Sendai.
Les sérotypes strictement adaptés aux animaux sont Salmonella Gallinarum-Pullorum (volailles) et Salmonella Abortus-ovis (ovins).
La majorité des sérotypes est ubiquiste. Cependant, S. Enteritidis, S. Hadar, S. Heidelberg, S. Saint-Paul, S. Virchow et S. Senftenberg contaminent volontiers la volaille (dinde, poulet) ; S. Dublin infecte les bovins ; S. Derby, S. Brandenburg et S. Panama sont retrouvées chez le porc.
A partir de ces réservoirs (humain et animal), l’environnement est contaminé. La survie des salmonelles y est brève mais suffisante pour souiller les aliments (œufs, lait, viandes, pâtisseries), les fruits et légumes, les eaux (puits, lacs, marres, fleuve, marigot, rivières, égouts) …

Transmission des salmonelles

Les salmonelloses font partie des « maladies des mains sales » ou maladies du péril fécal. L’homme se contamine soit directement par les mains, soit indirectement par l’eau, les aliments, les fruits et légumes. Au sein de la communauté, les objets comme les biberons ou les ustensiles de cuisine peuvent être des vecteurs des salmonelles.
En milieu hospitalier, des cas d’infections nosocomiales ont été documentés à partir du personnel, des malades et de l’environnement.

Distribution des salmonelles

Les salmonelloses sont ubiquitaires à cause du réservoir animal domestique et sauvage. La fréquence et la répartition des sérotypes chez l’homme sont alors calquées sur celles des animaux.
Une recrudescence est notée durant les mois chauds de l’année à savoir la saison des pluies dans les zones tropicales et l’été dans les pays tempérés.
Le nombre de cas de salmonelloses croît sans cesse dans le monde. Les raisons sont multiples : augmentation des importations et exportations d’aliments, facilité de déplacement des personnes et des animaux, nouvelles techniques d’alimentation industrielle chez l’homme et chez l’animal etc.

Sérotypes fréquents

Nombreux sont les sérotypes isolées en routine chez l’homme lors d’infections et chez l’animal lors de la recherche d’une source de contamination humaine ou de la qualité microbiologique d’un aliment
Au Sénégal, les sérotypes identifiés par l’Unité des Entérobactéries, sont aussi variés qu’ailleurs dans le monde [Tableau II]. Ils proviennent de : aliments (103), selles (63), sang (2), pus (2), urines (1) et de demandes de confirmation (10).

Salmonelloses

Fièvre typhoïde

– Physiopathologie
Après ingestion (105 bacilles en moyenne), Salmonella Typhi doit résister à l’acidité gastrique, traverser la couche de mucus couvrant l’épithélium intestinal, et résister à la bile et aux enzymes pancréatiques. Alors, elle interagit avec les entérocytes et les cellules M qui vont lui permettre de franchir la barrière intestinale et envahir le tissu lymphoïde des plaques de Peyer. Après phagocytose par les macrophages, les lymphocytes et les cellules réticulo-endothéliales dans les plaques de Peyer, ceux-ci augmentent de volume, d’où les douleurs abdominales. Malheureusement, les salmonelles ainsi phagocytées ne meurent pas ; elles s’accumulent dans les ganglions lymphatiques, la rate, le foie, la moelle osseuse. Certaines migrent dans la vésicule biliaire d’où une réinfection continue de l’intestin. Paradoxalement, les salmonelles sont détruites facilement par les polynucléaires neutrophiles. Pendant la typhoïde, 50 à 80% des malades excrètent les bacilles dans les selles ; la coproculture peut être positive même en l’absence des signes cliniques. Environ 2% des patients guéris deviennent porteurs chroniques de la bactérie que l’on retrouvera dans la vésicule biliaire et la moelle osseuse.
– symptomatologie
La fièvre typhoïde a une symptomatologie caractéristique. Cependant, on ne peut cliniquement pas différencier la typhoïde (S. Typhi) des fièvres para typhoïdiques (S. Paratyphi A, B et C). Après incubation de 7 à 10 jours, elle se traduit par un syndrome infectieux sévère (fièvre) accompagné de troubles digestifs (vomissements, diarrhées). Des complications à type de perforation intestinale sont décrites, bien que rares actuellement.

Gastroentérites aiguës

– Physiopatologie
Après ingestion, les salmonelles adhèrent aussi bien aux cellules M qu’aux entérocytes. La plupart d’elles envahit la muqueuse de l’iléon et du côlon. Le procédé d’invasion provoque des foyers de dégradation au pôle apical des cellules intestinales, un réarrangement du cytosquelette et une internalisation des protéines membranaires de l’hôte. Les salmonelles peuvent traverser les cellules épithéliales intestinales sans s’y multiplier. Elles sont libérées alors dans la lamina propria d’où les sérotypes dits mineures passent souvent dans le sang. L’aspect sanguinolent des selles est dû essentiellement à ces sérotypes « mineures ».
Pour l’instant, on sait qu’elles sécrètent certaines substances comme la toxine Cholera like, les prostaglandines et d’autres médiateurs de l’inflammation. Ces substances altèrent le transport d’électrolytes et de liquides à travers la muqueuse.
-symptomatologie
La maladie survient 12 à 48h après l’ingestion de l’aliment contaminant. La diarrhée est constante et accompagnée de douleurs abdominales, de vomissements, de fièvre, et parfois d’une bactériémie.

Autres salmonelloses

Les septicémies pures sont rares. Elles sont observées surtout chez le nourrisson et le sujet âgé et l’immunodéprimé. La diarrhée, les douleurs abdominales et les vomissements sont présents. Il existe des atteintes pleuro pulmonaires, urogénitales, cardiovasculaires, ostéo-articulaires, neuro-méningées etc.
La physiopathologie générale des salmonelloses s’explique aussi par la présence de gènes de pathogénicité chez les salmonelles. On en a décrit au moins 60 ; la majorité est située sur des îlots de pathogénicité (gènes chromosomiques) ; certains sont portés par un plasmide commun à beaucoup de sérotypes non typhiques (Salmonella Typhi ne possède pas ce plasmide) [13].

Diagnostic bactériologique

Diagnostic direct 

Il s’agit d’isoler les salmonelles à partir de produits pathologiques variés (sang, selles, pus, LCR, urines, liquides d’épanchement) ou des aliments et de l’eau.

Coproculture

■Recueil des selles
La collecte des matières fécales peut se faire à tout moment, à la condition qu’elles soient fraîchement émises et que le malade ne soit pas sous antibiotique. Il faut disposer d’un pot stérile, à col large dont le couvercle est muni d’une cuillère. Un écouvillonnage rectal est aussi possible, surtout chez le nouveau-né ou le nourrisson.
L’échantillon doit être reçu en moins de 30 minutes au laboratoire, au cas où il n’aurait pas été recueilli sur place. L’acheminement se fera dans une glacière. Si le transport doit se faire sur une longue distance et/ou durant un délai long, il faut ensemencer les selles dans une gélose molle de type Cary Blair. Les salmonelles survivent au moins 72 heures dans ce milieu.
La conservation se fait durant 1H à température ambiante (salle climatisée) ; au réfrigérateur à +4°C pendant 12H au plus.
■Technique au laboratoire
– Examen macroscopique des selles
Les selles sont molles, pâteuses, glaireuses ou sanguinolentes.
– Examen microscopique des selles
A l’observation entre lame et lamelle, on recherche des leucocytes et des hématies dont la présence signifie infection invasive de la muqueuse intestinale. Cet examen microscopique sert aussi à la recherche de kystes, d’adultes, d’œufs, et de larves de parasites (KAOP). On apprécie également le type de mobilité, la qualité de la flore bactérienne grâce à la coloration de Gram. Une flore équilibrée comporte 70% de bactéries Gram négatif.
– Ensemencement des selles :
L’isolement est réalisé au choix sur les géloses sélectives contenant du lactose: Hektoen et SS. Les alternatives sont représentées par les géloses Mac Conkey, Drigalski et EMB.
– Identification
Après ensemencement, l’incubation se fait à +37°C, pendant 18 à 24 heures. Les colonies suspectes c’est-à-dire lactose (-) sont repiquées sur une mini galerie d’identification (bouillon Urée-Indole, gélose de Kligler-Hajna, gélose Citrate de Simmons, gélose VF) ; la lecture est effectuée au bout de 18 heures.
Parallèlement à cet isolement, on procède à un enrichissement en ensemençant les bouillons Muller-Kaufmann ou sélénite de sodium. Après 6 à 8 heures d’incubation à +37°C, ces bouillons sont systématiquement repiqués sur géloses sélective (SS ou Hektoen). Les colonies suspectes sont traitées comme ci-dessus.
L’identification repose sur les caractères morphologiques, culturaux et biochimiques. Le diagnostic de certitude se fait par la recherche des caractères antigéniques grâce à des immuns sérums spécifiques des Salmonella [15].

Autres produits pathologiques

La plus courante est l’hémoculture. Elle est positive dans 75% des cas au début de la typhoïde. Le milieu de culture est le bouillon cœur cervelle ou trypticase soja. Après l’examen microscopique d’un bouillon de culture positif, on repique 2 à 3 gouttes sur une mini galerie en vue de l’identification de la bactérie. Un antibiogramme est réalisé à la fin.
Les salmonelles peuvent aussi être isolés dans d’autres produits pathologiques (urines, liquide céphalorachidien, pus et liquides d’épanchement) qui sont ensemencés sur des milieux sélectifs ou non.
Lors d’enquêtes épidémiologiques, le biologiste peut être amené à cultiver des échantillons de l’environnement (eau, solutés, antiseptiques, écouvillonnages de surface, air …) mais aussi d’aliments (fruits, légumes …).
A coté de l’isolement des salmonelles par la culture, des méthodes d’amplification du génome bactérien par PCR sont également pratiquées.

Sérodiagnostic de Widal et Félix

Il est destiné à la recherche et au dosage des anticorps anti AgO, AgH et AgK par une technique d’agglutination en tube. Cette analyse n’est indiquée que pour la typhoïde et les fièvres paratyphoïdes. Le seuil de positivité admis est de 100 UI pour les anticorps anti AgO et 200 UI pour les AgH.
C’est en fait un test d’orientation et non un test de diagnostic de certitude. Son interprétation n’est pas souvent aisée car il existe des résultats faussement positifs ou négatifs.
-les résultats faussement positifs :
• La présence d’agglutinines TO seules peut être due à une infection par salmonella ayant un antigène O commun avec S.
Typhi, mais des antigènes H différents. Il s’agit le plus souvent de S. Enteritidis.
• De même la présence d’agglutinines BO seules peut etre due à une infection à S. Typhimirium, par exemple.
• Certaines souches de Yersinia pseudotuberculosis, à cause de communautés antigèniques, peuvent donner une agglutination avec BO ou avec TO.
• Des réactions faussement positives peuvent être observées au cours de certaines maladies : paludisme, dysglobulinémies et infections diverses par les entérobactéries.
-Les résultats faussement négatifs :
• Le sérodiagnostic de Widal est négatif durant le premier septénaire.
• Un traitement précoce par les antibiotiques ou les corticoïdes peut empêcher l’élévation du taux des anticorps

Eléments de thérapeutique 

Traitement curatif

L’instauration d’une antibiothérapie lors des gastro-entérites non compliquées et des intoxications alimentaires ne fait pas l’unanimité chez les cliniciens. Ils s’accordent cependant sur le fait qu’il faut traiter les malades ayant un terrain constituant un facteur aggravant et les formes d’emblée sévères.
L’antibiothérapie peut favoriser l’émergence de souches résistantes. Le recours aux données de l’antibiogramme est nécessaire vu la fréquence élevée des bactéries multi résistantes parmi les « sérotypes mineures » de salmonelles.

Prévention

Elle repose sur 3 axes : la surveillance épidémiologique, la réduction de la dissémination et la vaccination.
L’instauration d’une surveillance nationale est indispensable ; elle permet de documenter les cas de GEA sur le plan microbiologique ; de déterminer les sérotypes en circulation et de préciser leur profil de sensibilité aux antibiotiques ; de dépister les porteurs sains (cuisiniers, personnel de l’industrie alimentaire), afin de les empêcher de contaminer d’autres personnes.
Il faut mettre à la disposition des populations de l’eau potable ; instaurer le système de « tout à l’égout » ; traiter les eaux usées avant de les déversées dans les cours d’eau ou la mer ; surveiller la qualité microbiologique des aliments.
Des vaccins sont disponibles uniquement contre la typhoïde. Il s’agit du Typhim Vi (constitué d’antigène de capsule de Salmonella Typhi) dont l’effet protecteur est estimé à 3 ans et le taux de protection à 60% en zone d’endémie ; le Ty21aR (constitué de Salmonella Typhi vivantes atténuées) qui est plus efficace dans les zones d’endémie. L’ancien vaccin (TABR) composé de Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A et Salmonella Paratyphi B entiers tués est mal toléré et son efficacité est discutée.

Cadre et période de l’étude

Cadre de l’étude

L’Hôpital d’Enfants Albert Royer (HEAR) de Dakar a été choisi par le Ministère de la Santé, de la Prévention et de l’Hygiène Publique du Sénégal pour héberger le Site Sentinelle de Surveillance des Diarrhées au Sénégal. La création de ces Sites dans différents pays de la Région OMS-Afrique est une recommandation de l’OMS. Leur objectif général est la détection des principaux agents entéropathogènes (Salmonella, Shigella, Rotavirus) responsables de gastroentérites aiguës chez les enfants.
L’HEAR est un établissement universitaire ayant une capacité d’accueil de 124 lits répartis entre 4 services de Médecine Interne et un de Chirurgie infantile. Il existe des services spécialisés (Dermatologie, Odontologie, Ophtalmologie) et des services techniques (Laboratoire, Radiologie).
C’est dans l’Unité de Bactériologie de cet hôpital que les échantillons de selles ont été traités.

Période de l’étude

Ce bilan de la surveillance épidémiologique, basé sur l’exploitation des données du Laboratoire de Bactériologie de l’HEAR, porte sur une période de 5 ans : 2007 à 2011.

Matériels et méthode de l’étude

Matériels de l’étude

Ce sont les registres de coproculture et les fiches de collecte des antibiogrammes du Site Sentinelle de Surveillance des Diarrhées de l’HEAR qui ont été exploités.

Méthode de l’étude

Nous avons recherché dans les registres de coprocultures les paramètres suivants : le diagnostic clinique, l’âge et le sexe du malade, la date de collecte et de réception de l’échantillon de selles, l’aspect macroscopique et microscopique des selles, la notion d’une antibiothérapie (en cours ou récente).
A partir des fiches d’antibiogramme, nous avons noté les profils de sensibilité des souches de salmonelles aux antibiotiques et la notion de sécrétion de bêtalactamase à spectre élargi.
Les informations recueillies ont été saisies sur le logiciel Excel en vue de leur analyse.
Ont été inclus, tous les enfants souffrant de GEA, chez qui une souche de salmonella a été isolée dans les selles.

Résultats de l’étude

De 2007 à 2011, le laboratoire du Site Sentinelle a pratiqué 5470 coprocultures. Un agent entéropathogène a été isolé dans 828 échantillons de selles (15,13%). Il s’agit de Salmonella (104), de Shigella (40) et de Rotavirus (684) [Figure 3].

Table des matières

Introduction
Première partie : rappels bibliographiques
1. Historique
2 Classification
3. Caractères bactériologiques
3.1 Caractères généraux des entérobactéries
3.2 Caractères morphologiques
3.3 Caractères culturaux
3.4 Caractères biochimiques
3.5 Caractères antigéniques
3.6 Sensibilité aux antibiotiques
3.7 Mécanisme de résistance
4 Epidémiologie
4.1 Réservoirs des salmonelles
4.2 Transmission des salmonelles
4.3 Distribution des salmonelles
4.4 Sérotypes fréquents
5. Salmonelloses
5.1 Fièvre Typhoïde
5.2 Gastroentérites aigues
5.1 Autres salmonelloses
6. Diagnostic bactériologique
6.1 Diagnostic direct
6.1.1 Coproculture
6.1.2 Autres produits pathologiques
6.2 Sérodiagnostic de Widal et Felix
7. Eléments de thérapeutique
7.1 Traitement curatif
7.2 Prévention
Deuxième partie : bilan du Site Sentinelle
1. Cadre et période de l’étude
1.1 Cadre de l’étude
1.2. Période de l’étude
2 Matériels et méthode de l’étude
2.1Matérils de l’étude
2.2 Méthode de l’étude
3 Résultats
3.1 Sérotypes de salmonelles isolées
3.2 Répartition des sérotypes selon l’année
3.3 Répartition mensuelle des sérotypes
3.4 Répartition des sérotypes selon l’âge
3.5 Répartition des sérotypes selon le sexe
3.6 Profil de sensibilité aux antibiotiques
Commentaire
Conclusion
Référence Bibliographiques

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