Soutenance mémoire
En ce début de 21ème siècle, le monde est frappé par une pandémie de grande ampleur dont le SARS‐CoV‐2 est à l’origine (1).
Le 31 décembre 2019, l’OMS est informée par les autorités chinoises de l’existence d’une épidémie de pneumonies atypiques et sévères dont l’enquête épidémiologique retrouve une source commune : le marché d’animaux vivants de la ville de Wuhan, dans la province du Hubei. Le 9 janvier 2020, c’est un virus émergent qui est incriminé comme étant à l’origine de ces cas groupés d’infections respiratoires. Il s’agit d’un coronavirus, temporairement appelé « virus 2019‐nCoV » (novel coronavirus) avant d’être officiellement nommé par l’OMS « SARS‐CoV‐ 2 », responsable de l’infection COVID‐19. Le 30 janvier 2020, cette épidémie de grande ampleur est qualifiée d’Urgence de Santé Publique de Portée Internationale (USPPI) par l’OMS. L’état de pandémie au SARS‐CoV‐2 est déclaré par l’OMS le 11 mars 2020 (2)
En Europe, la diffusion du virus commence en Italie du Nord dès le mois de février 2020 (3). La Corse, du fait de sa proximité géographique avec ce pays et en raison également des contraintes de l’insularité, a dû rapidement s’adapter et prendre des mesures sanitaires exceptionnelles.
Au niveau mondial, en un an, la COVID‐19 a infecté 84,5 millions de personnes dont 15,8 millions d’Européens. Elle est responsable du décès de 1,9 million de personnes (4). En Corse, au 9 janvier 2021, on compte 649 cas de COVID‐19 et 142 décès (5). Lors de la « première vague » de début mars 2020 à fin mai 2020, il y a eu 250 hospitalisations sur l’île dont 142 en Corse‐du‐Sud et 78 décès dont 50 en Corse‐du‐Sud (6,7).
Le SARS‐CoV‐2
Le SARS‐CoV‐2 est donc un coronavirus. Ces derniers font partie de la grande famille des Coronaviridae, virus à ARN infectant les mammifères dont l’Homme (8). Ils ont été découverts dans les années soixante au Royaume‐Uni par les Docteurs June Almeida et David Arthur John Tyrrell (9). Ils doivent leur nom à la capsule de protéines entourant leurs nucléotides qui est en forme de couronne. Il existe de nombreux sous‐types de coronavirus, déjà connus pour leurs capacités à infecter l’être humain :
‐ Les coronavirus saisonniers comme le OC 43, qui peuvent provoquer des syndromes pseudo‐grippaux bénins ;
‐ Le SARS‐CoV, responsable du SRAS et dont le réservoir animal est la civette masquée ;
‐ Le MERS‐CoV, à l’origine d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère et dont le réservoir animal est le dromadaire.
Le SARS‐CoV‐2 est ainsi le septième coronavirus pathogène pour l’Homme, responsable de la COVID‐19. Diverses protéines composent donc sa couronne : Spike ou S (de surface), M (de membrane), E (d’enveloppe) et N (de nucléocapside). Son génome présente 79% d’homologieavec le SARS‐CoV et 52% avec le MERS‐CoV mais le coronavirus dont il est le plus proche, à 96%, est le RaTG13‐CoV qui infecte les chauves‐souris (10). La transmission des coronavirus est essentiellement interhumaine et aérienne, de type gouttelettes, nécessitant un contact rapproché à moins d’un mètre et d’une durée d’au moins quinze minutes avec un sujet contagieux. La contagiosité débute en moyenne deux jours avant l’apparition des symptômes et perdure sept à dix jours après. Il est à noter qu’une transmission de type aérosol est également possible, expliquant ainsi que le virus puisse persister en suspension dans l’air dans une pièce non ventilée. Il conserve alors une infectiosité de quelques heures sur des surfaces inertes, d’où un possible manuportage (11,12). Comme dit précédemment, le SARS‐CoV‐2 présente une homologie très importante avec le RaTG13‐CoV présent chez les chauves‐souris. Or jusqu’à présent aucune transmission virale directe n’a été décrite entre ces dernières et l’être humain, c’est pourquoi les chercheurs émettent l’hypothèse d’une espèce hôte intermédiaire non identifiée pour l’heure bien que le pangolin ait été mis en cause un temps (13).
La COVID‐19
Le SARS‐CoV‐2 est donc responsable de la COVID‐19 (14). La durée d’incubation moyenne est de cinq jours avec une étendue de deux à douze jours. La symptomatologie est progressive contrairement à la grippe qui est de survenue brutale. Les premiers signes cliniques sont aspécifiques avec des céphalées, des myalgies et une asthénie. La fièvre et les symptômes respiratoires surviennent secondairement, c’est‐à‐dire deux à trois jours plus tard. On peut également observer une atteinte du SNC en particulier chez les personnes âgées (cause de désorientation et de chute), une agueusie, une anosmie, des engelures mais également des tableaux digestifs (douleurs abdominales et troubles du transit). On rapporte également des épisodes dépressifs séquellaires (15).
Les premières études descriptives chinoises faisaient état d’une phase d’aggravation possible, en moyenne à sept jours du début des symptômes et nécessitant une hospitalisation (16). De façon générale, nous pouvons observer deux formes :
‐ Une bénigne, qui peut être asymptomatique ou semblable à un syndrome grippal ;
‐ Une plus sévère pouvant engager le pronostic vital : elle associe une asthénie intense, une détresse respiratoire, des anomalies de la coagulation et des troubles de la vigilance.
La gravité de certains signes cliniques nécessite une hospitalisation des patients dans 20% des cas, en réanimation dans 5%. Les signes cliniques justifiant une prise en charge hospitalière sont les suivants (17) :
‐ Polypnée, c’est‐à‐dire FR > 24/min au repos ;
‐ SpO2 < 95% en air ambiant ;
‐ TAS < 100mmHg ;
‐ Troubles de la vigilance ;
‐ Altération brutale de l’état général ou de la vigilance chez le sujet âgé.
Les critères d’admission en réanimation étaient basés sur les recommandations d’experts de la Société de Réanimation en Langue Française (18) et du Haut Conseil de Santé Publique (19):
‐ Température > 40°C ;
‐ Fréquence respiratoire supérieure à 24 cycles/min ;
‐ SpO2 < 90% en air ambiant ou oxygénorequérance > 3L/min ;
‐ PaO2 < 70mmHg sur gaz du sang artériel ;
‐ PA systolique < 100 mmHg ;
‐ Troubles de la vigilance ;
‐ Lactate artériel > 2 mmol/L ;
‐ Anomalies bilatérales à la radiographie ou au scanner thoracique.
Quid des critères d’intubation ? En effet les médecins ont été confrontés à la difficile question de l’indication de l’intubation car cette pneumonie à COVID ne semblait pas répondre aux critères classiques du SDRA selon la définition de Berlin de 2012 (20). Cette situation a mis en déroute le corps médical et reste encore floue : intuber précocement un patient gravement hypoxémique mais cliniquement stable ou surseoir à son intubation dans l’attente d’une dégradation brutale ?
Concernant les thérapeutiques, plusieurs hypothèses ont été envisagées au gré de l’évolution des connaissances scientifiques sur la maladie. Différents traitements ont été administrés, pour certains en ATU, mais tous sans réel succès : en premier lieu l’association « Hydroxychloroquine (Plaquenil®) ‐ Azithromycine (Zithromax®) » mais aussi des antiviraux comme le Lopinavir/Ritonavir (Kaletra®) ou le Remdesivir (Veklury®) puis un anticorps monoclonal anti‐IL6 le Tolicizumab (21). Le seul traitement ayant fait preuve d’une efficacité dans la réduction des cas nécessitant une prise en charge en réanimation pour l’heure est la corticothérapie intraveineuse avec la Dexaméthasone à raison de 6 mg par jour pendant dix jours (22–24).
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Table des matières
I. INTRODUCTION
A. Contexte
B. Le SARS‐CoV‐2
C. La COVID‐19
D. Le cas d’Ajaccio
II. MATERIEL ET METHODE
A. Objectifs de l’étude
1. Objectif principal
2. Objectifs secondaires
B. Type de l’étude
C. Modalités de réalisation de l’étude
1. Population étudiée
2. Recueil de données
3. Comparaison aux cohortes de référence
D. Aspects réglementaires
E. Recueil de données
F. Analyses statistiques
III. RESULTATS
A. Population étudiée
1. Caractéristiques épidémiologiques
2. Symptomatologie
3. Caractéristiques à l’entrée en réanimation
4. Évolution dans le service
5. Caractéristiques des patients décédés
B. Objectif principal
1. Caractéristiques antérieures à l’hospitalisation
2. Caractéristiques à l’admission en réanimation
3. Paramètres paracliniques
D. Objectifs secondaires
1. Évolution dans le service de réanimation
2. Comparaison aux cohortes mondiales de référence
IV. DISCUSSION
A. Cohérence interne
B. Cohérence externe
C. Résultats de l’étude
1. Facteurs prédictifs de nécessité d’une ventilation invasive
2. Cinétique d’évolution en réanimation
3. Comparaison aux cohortes mondiales de référence
V. CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXE
LISTE DES ABREVIATIONS
SERMENT D’HIPPOCRATE
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