Soutenance mémoire
La Tuberculose est une maladie infectieuse contagieuse due à Mycobacterium Tuberculosis ou Bacille de Koch (BK) qui est une mycobactérie du complexe Tuberculosis. C’est une maladie à tropisme respiratoire prédominant mais elle peut toucher tous les tissus de l’organisme avec des présentations cliniques diverses et variées. Elle constitue un problème de santé publique dans les pays en développement (PED), particulièrement en Afrique notamment au Sénégal. Chaque année, on compte environ dix (10) millions de nouveaux cas de tuberculose toutes formes confondues [34]. La tuberculose est la neuvième cause de décès au plan mondial et la principale cause de décès due à un agent infectieux unique, devant le VIH/Sida [33]. La maîtrise de la tuberculose dans les pays pauvres est limitée par la difficulté diagnostique surtout des cas multi résistants. Ce diagnostic fait appel à des techniques lentes, fastidieuses, coûteuses et trop peu sensibles [41]. Des progrès très importants ont été enregistrés, notamment sur les méthodes diagnostiques, près de 20 ans après que l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) ait déclaré la tuberculose urgence mondiale de santé publique. L’avancée la plus importante et la plus récente concerne la connaissance de la séquence du génome de M. tuberculosis souche H37Rv. Les techniques moléculaires ont modifié l’approche diagnostique pour détecter et identifier ces bactéries. Elles ont permis de mieux appréhender l’épidémiologie actuelle de la tuberculose et d’élucider les mécanismes de résistance aux antituberculeux. On estime que 53 millions de vies ont été sauvées entre 2000 et 2016, grâce à un diagnostic précoce et un traitement efficace [33]. Une des techniques de biologie moléculaire autorisée par l’OMS est le GeneXpert qui ne détecte que l’ADN de Mycobacterium Tuberculosis. Il est indiqué par l’OMS dans le diagnostic de la tuberculose pulmonaire commune. Cependant, dans notre contexte, il est quasiment effectué sur tous les prélèvements biologiques pulmonaires et surtout extra pulmonaires. Toute nouvelle technique de diagnostic peut faire l’objet de demandes justifiées ou non. Une évaluation de l’apport du geneXpert, non encore effectuée en Afrique et au Sénégal, permettrait de réactualiser les indications de cet examen. Pour ce faire, nous avons mené une étude prospective, descriptive à visée analytique dans le Laboratoire de Mycobactériologie du service de pneumophtisiologie du Centre Hospitalier National Universitaire (CHNUF) de Fann. L’objectif général de notre travail était d’évaluer l’apport du GeneXpert dans le diagnostic de la tuberculose, toutes formes confondues au laboratoire de Mycobactériologie du service de pneumo-phtisiologie du CHNU de Fann.
DEFINITIONS
Tuberculose Pulmonaire
La tuberculose pulmonaire désigne tout cas de tuberculose confirmée bactériologiquement ou diagnostiqué cliniquement dans lequel le parenchyme pulmonaire ou l’arbre trachéo-bronchique est touché. Elle inclut la tuberculose miliaire et la pneumonie tuberculeuse [31].
Tuberculose Extra Pulmonaire
Elle désigne tout cas de tuberculose à localisation extra pulmonaire isolée ou pulmonaire confirmée bactériologiquement ou diagnostiqué cliniquement dans lequel d’autres organes autres que les poumons sont touchés (par exemple la plèvre, les ganglions lymphatiques, l’abdomen, les voies génito-urinaires, la peau, les articulations, les os, les méninges, etc.) [31]. L’adénopathie tuberculeuse intra thoracique (médiastinale et/ou hilaire) et l’épanchement pleural tuberculeux, sans anormalité radiographique des poumons, font partie des cas de tuberculose extra pulmonaire.
Tuberculose Résistante
La tuberculose résistante est une forme de tuberculose qui ne répond pas au traitement standard de six mois à base de médicaments de première intention [28].
➤ Tuberculose Multi Résistante (TB-MR) : La TB-MR est une forme de tuberculose résistante à l’isoniazide et à la rifampicine [28].
➤ Tuberculose Ultra Résistante (TB-UR) : La TB-UR est une forme de tuberculose causée par des bactéries résistantes à l’isoniazide, à la rifampicine, à toutes les fluoroquinolones et àl’un des antituberculeux injectables de deuxième intention: amikacine, kanamycine ou capréomycine) [28].
GeneXpert : c’est un test commercial d’amplification de l’acide nucléique (TAN) automatisé à cartouche pour la tuberculose.
EPIDEMIOLOGIE DE LA TUBERCULOSE
La tuberculose demeure un fléau mondial dont les efforts sont consentis pour infléchir sa courbe de progression.
Dans le monde
La tuberculose est un problème majeur de santé publique pour unegrande partie de la population mondiale. En 2016, d’après les estimations, il y a eu 1,3 million de décès par tuberculose dans la population VIH-négative (contre 1,7 million en 2000), auxquels se sont s’ajoutés 374 000 décès dans la population VIH-positive. On estime que 10,4 millions de personnes sont tombées malades de la tuberculose en 2016, dont 90 % d’adultes, 65 % de personnes de sexe masculin, et 10 % de personnes vivant avec le VIH (dont 74 % d’Africains). Parmi elles, 56 % venaient de cinq pays:l’Inde, l’Indonésie, la Chine, les Philippines et le Pakistan. Environ un tiers de la population mondiale est infecté par le Mycobacterium tuberculosis. En 2016, 6,3 millions de nouveaux cas de tuberculose ont été signalés (contre 6,1 millions en 2015), soit 61 % de l’incidence estimée (10,4 millions); les dernières données sur les issues thérapeutiques montrent qu’au niveau mondial, 83 % des cas de tuberculose furent traités avec succès, soit un taux de guérison semblable à celui des dernières années. On a dénombré 476 774 cas de tuberculose dans la population VIH-positive (46 % de l’incidence estimée), dont 85 % suivaient un traitement antirétroviral (TAR). Au total, 129 689 personnes entamèrent un traitement contre la tuberculose pharmacorésistante, un chiffre en faible augmentation par rapport aux 125 629 de 2015, mais ne comptant que pour 22 % de l’incidence estimée ; le taux de guérison restait faible, s’établissant à 54 % au niveau mondial. En 2016, d’après les estimations, la plupart des cas incidents sont survenus dans la Région OMS de l’Asie du Sud-est (45 %), la Région africaine de l’OMS (25 %) et la Région OMS du Pacifique occidental (17%). Les proportions étaient plus faibles dans la Région OMS de la Méditerranée orientale (7 %), la Région européenne de l’OMS (3 %) et la Région OMS des Amériques (3 %). En 2016, le nombre annuel de cas incidents de tuberculose par rapport à la taille de la population a beaucoup varié d’un pays à l’autre, allant de moins de 10 cas pour 100 000 habitants dans la plupart des pays à revenu élevé à 150-300 cas pour 100 000 habitants dans la plupart des 30 pays à forte charge tuberculeuse, atteignant même plus de 500 cas pour 100 000 habitants dans quelques pays, dont l’Afrique du Sud, le Lesotho, le Mozambique, les Philippines et la République populaire démocratique de Corée. Au niveau régional, c’est dans la Région européenne de l’OMS que l’incidence de la tuberculose a diminué le plus rapidement (baisse de 4,6 % entre 2015 et 2016). Depuis 2010, la diminution a été supérieure à 4 % par an dans plusieurs pays à forte charge tuberculeuse, dont l’Éthiopie, la Fédération de Russie, le Kenya, le Lesotho, la Namibie, la République-Unie de Tanzanie, la Zambie et le Zimbabwe.
La tuberculose pharmacorésistante est une menace constante. En 2016 à l’échelle mondiale, environ 4,1% de nouveaux cas (contre 3,3% en 2015) et 19% de cas précédemment traités avaient une tuberculose multirésistante (TB-MR). En 2016, il y a eu 600 000 nouveaux cas de résistance à la rifampicine (le médicament de première intention le plus efficace), dont 490 000 cas de tuberculose multirésistante (TB-MR). Presque la moitié (47 %) d’entre eux a été enregistrée en Inde, en Chine et en Fédération de Russie. Plus de patients tuberculeux ont été testés pour la résistance aux médicaments, comme jamais auparavant. Plus de la moitié des patients déjà traités soit 58% et 12% des nouveaux cas ont été testés à travers le monde contre respectivement 17% et 8,5% en 2013. Cette amélioration est en partie due à l’adoption des tests moléculaires rapides [32].
En Afrique
En 2014, la région africaine comptabilisait 28% du nombre de cas de tuberculose, mais la plus lourde charge par rapport à sa population : 281 cas pour 100000 habitants, soit plus du double de la moyenne mondiale qui est de 133 [32]. C’est une maladie sociale qui se propage préférentiellement dans les communautés défavorisées et désocialisées. Elle touche essentiellement les populations urbaines, les personnes âgées, les sujets en situation de précarité. La promiscuité, l’obscurité ainsi que la durée de l’exposition influencent le risque de développer une tuberculose. L’OMS s’est fixée trois défis, dans le cadre des objectifs pour le développement durable (ODD) : lutte contre la co-infection Tuberculose – VIH, lutte contre la tuberculose de l’enfant et lutte contre la tuberculose résistante. Après une vingtaine d’années de lutte contre cette maladie, les actions menées n’ont pas eu l’impact souhaité sur le nombre de décès liés à la tuberculose en Afrique. Plus de 95% des décès par tuberculose surviennent dans les pays à revenu faible ou intermédiaire.
Au Sénégal
Notification des cas de tuberculose
En 2014, le Programme National de lutte contre la Tuberculose (PNT) a déclaré un total de 13647 nouveaux cas de tuberculose toutes formes confondues. Parmi ces nouveaux cas, 9278 étaient bactériologiquement confirmés appelés tuberculose à microscopie positive (TPM+), les 7% des cas à microscopie négative (TPM-), les 9% des tuberculoses extra-pulmonaires et 12% des cas de retraitements (rechutes + échec + reprises après abandon).
Le taux de détection des tuberculoses toutes formes confondues était de 68% équivalents aux nouveaux cas TPM+. Les cas attendus de coïnfection sont estimés à 1700 (1500–1900) soit 12 cas pour 100 000 habitants. L’estimation des cas attendus des nouveaux cas TPM+ selon l’OMS évoquait 110 cas /100.000 habitants attendus dans la région de Dakar. La région de Dakar a déclaré en 2014 43% de l’ensemble des cas de tuberculose et 42% des nouveaux cas TPM+. De 1990 à 2014, le taux de mortalité a baissé de 24 à 21/100 000 habitants, la prévalence de 231 à 202/100 000 habitants et l’incidence de 138 à 136/100 000 habitants.
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Table des matières
INTRODUCTION
Première Partie : RAPPELS SUR LA TUBERCULOSE ET LE GENEXPERT
I. DEFINITIONS
II. EPIDEMIOLOGIE
1. Dans le monde
2. En Afrique
3. Au Sénégal
3.1. Notification des cas de tuberculose
3.2. Tuberculose de l’enfant
3.3. Tuberculose et VIH
3.4. Tuberculose Multi Résistante
III. HISTOIRE NATURELLE DE LA TUBERCULOSE
IV. SIGNES
1. Type de description : Tuberculose pulmonaire commune du sujet jeune immunocompétent
1.1. Signes cliniques
1.1.1. Signes fonctionnels
1.1.2. Signes généraux
1.1.3. Signes physiques
1.2. Signes para cliniques
1.2.1. Imagerie du thorax
1.2.2. Bilan biologique
1.2.3. Tests immunologiques
1.2.4. Amplification génique : le GeneXpert
Apport du GeneXpert dans le diagnostic de la tuberculose toutes formes confondues
2. Formes cliniques
2.1. Autres formes pulmonaires
2.1.1. Tuberculose miliaire
2.1.2. Pneumonie tuberculeuse
2.2. Formes extra pulmonaires
V. DIAGNOSTIC
1. Diagnostic Positif
2. Diagnostic différentiel
3. Diagnostic étiologique
3.1. Germe
3.2. Porte d’entrée
3.3. Terrain
VI. PRISE EN CHARGE
1. Traitement curatif
1.1. Buts
1.2. Moyens
1. 2.1. Mesures hygiéno-diététiques
1.2.2. Moyens médicaux : Traitement antituberculeux
1.3. Indications
1.3.1. Bilan pré thérapeutique
1.3.2. Principes du traitement
1.3.3. Indication proprement dite
1.4. Surveillance – Evolution – Pronostic
2. Traitement préventif
2.1. Prévention primaire
2.2. Prévention secondaire
2.3. Prévention tertiaire
Apport du GeneXpert dans le diagnostic de la tuberculose toutes formes confondues
Deuxième Partie : NOTRE ETUDE
I. CADRE D’ETUDE
1. Centre Hospitalier National Universitaire de Fann
2. Service de Pneumophtisiologie du CHNU de Fann
3. Laboratoire de Mycobactériologie
II. METHODODOLOGIE
1. Type et durée d’étude
2. Population d’étude
2.1. Critères d’inclusion
2.2 Critères de non inclusion
2.3. Itinéraire des prélèvements qui avaient fait l’objet d’un geneXpert
2.4. Recueil des données et paramètres étudiés
2.5. Saisie et analyse des données
2.6. Considérations éthiques
2.7. Difficultés rencontrées
III. RESULTATS
1. Etude descriptive
1.1. Données sociodémographiques
1.1.1. Nombre de prélèvements reçus dans le temps
1.1.2. Genre
1.1.3. Age et tranche d’âge
1.1.4. Antécédents de TB et terrains sous-jacents
1.1.5. Structure sanitaire demandeur
1.2. Données biologiques
1.2.1. Recherche de BAAR au préalable du GeneXpert
1.2.2. GeneXpert
2. Etude analytique
2.1. Données sociodémographiques
2.2. Données biologiques
Apport du GeneXpert dans le diagnostic de la tuberculose toutes formes confondues
2.2.1. Résultats du geneXpert
2.2.2. Intensité de la réponse
2.2.3. Sensibilité du germe à la rifampicine
IV. DISCUSSION
1. Données sociodémographiques
2. Données biologiques
2.1. Recherche de BAAR au préalable du GeneXpert
2.2. GeneXpert
2.2.1. Site et nature du prélèvement
2.2.2. Résultats globaux
CONCLUSION
