Soutenance mémoire
Que sait-on de l’épidémiologie virale de ces pathologies en médecine générale ?
Les virus en cause
Deux cents espèces virales sont pathogènes chez l’homme. Un virus comporte toujours un génome, qui est de l’ADN ou de l’ARN, de sorte que dans la classification des virus, on distingue en premier lieu les virus à ADN et les virus à ARN (33).
Rhinovirus
Les rhinovirus sont des virus nus à ARN qui appartiennent à la famille des Picornaviridae. Le genre rhinovirus regroupe plus de 100 sérotypes. Ils sont responsables d’au moins la moitié des rhumes communs et infectent ainsi des milliards d’individus chaque année (42). Les enfants constituent le réservoir principal des rhinovirus avec 8 à 12 infections par an alors que les adultes sont infectés 2 à 3 fois par an. À l’inverse du VRS et des virus grippaux, les rhinovirus peuvent être responsables d’infections respiratoires tout au long de l’année, le pic d’incidence ayant lieu au début de l’automne et au printemps dans les climats tempérés (42,43).
Virus Respiratoire Syncytial
Le virus respiratoire syncytial (VRS) appartient à la famille des Paramyxoviridae.
C’est le principal agent des bronchiolites du nourrisson : 50 % des bronchiolites du nourrisson sont dues au VRS. Il est responsable de la majorité des bronchiolites hospitalisées dans les pays développés (33,9 %), devant les virus influenza (33 %) et les rhinovirus (20,8 %) (42). L’épidémie de VRS débute mi-octobre jusqu’à la fin del’hiver avec un pic d’incidence unique au mois de décembre (21) entrainant alors, avec les diarrhées concomitantes à rotavirus, une surcharge d’activité des pédiatres en ville ou à l’hôpital (37, 43).
Coronavirus
Les coronavirus sont des virus à ARN enveloppés, appartenant à la famille des Coronaviridae. Les coronavirus sont une vaste famille de virus susceptibles de provoquer un large éventail de maladies chez l’homme, depuis le rhume banal jusqu’au SRAS (syndrome de détresse respiratoire aiguë). Ils provoquent des épidémies essentiellement entre les mois de janvier et de mai avec un pic d’incidence en février dans les pays au climat tempéré.
Les principaux coronavirus chez l’homme sont :
• Les coronavirus humains « classiques » (coronavirus 229E, OC43, NL63, KHU1), principaux agents du rhume chez l’adulte derrière les rhinovirus.
• Le SARS-CoV, responsable du syndrome respiratoire aiguë sévère et qui a occasionné une épidémie en 2002-2003 (37).
• Récemment un nouveau coronavirus, le SARS-CoV-2, dont le réservoir est probablement animal. Le 11 mars 2020, l’OMS annonce que le SARS-CoV-2 est à l’origine d’une pandémie, la première déclenchée par un coronavirus.
La gravité des signes cliniques nécessite le maintien à l’hôpital d’environ 20% des malades et pour 5% d’entre eux une admission en réanimation (46).
Tableaux cliniques associés à ces virus
Avec plus de 200 virus susceptibles d’induire une rhinopharyngite, l’origine virale de cette maladieest quasi-exclusive. Parmi les agents pathogènes incriminés sont isolés : les rhinovirus, coronavirus, virus respiratoire syncytial (VRS), virus Influenzae et paraInfluenzae, adénovirus, entérovirus… (14,47).
L’otite moyenne aiguë (OMA) est une inflammation aiguë de l’oreille moyenne causée par des infections virales (comme le virus respiratoire syncytial, le rhinovirus, les virus de la grippe et les adénovirus) ou bactériennes (comme le Streptococcus pneumoniae, l’Haemophilus influenzae non typable et le Moraxella catarrhalis)(48).
Dans le cas de l’otite moyenne aiguë congestive, les virus sont responsables de plus de 90 % des infections.
Dans 50 à 90 % des cas, selon l’âge, les angines sont d’origine virale (adénovirus, virus Influenzae, virus respiratoire syncytial, virus para-Influenzae…) (15).
On estime en France que 50 à 90 % des épisodes de bronchites aiguës sont le fait d’infections virales, le plus souvent Myxovirus influenzae, para-influenzae, virus respiratoire syncytial (VRS) et adénovirus chez l’adulte (49).
Dans la majorité des études étiologiques de la pneumonie aiguë communautaire, les virus sont les agents les plus couramment retrouvés après S. pneumoniae (50,51).
Les plus fréquents étant le rhinovirus puis le virus grippal (52).
Les agents viraux représentent les agents principaux des décompensations de BPCO non pneumoniques. Ils pourraient être impliqués dans 50 % des cas de décompensation respiratoires des BPCO (53,54).
Certains virus respiratoires sont plus fortement associés à des syndromes spécifiques, notamment chez l’enfant (tableau 1) (55).
Pathologies majoritairement prises en charge par les médecins généralistes
Les infections respiratoires hautes et basses sont en grande majorité prises en chargeen cabinet de médecine générale.
Les infections respiratoires basses sont prises en charge dans 98% des cas par les médecins généralistes (19). La bronchiolite est prise en charge dans 95% des cas en médecine ambulatoire (56). La grippe représentait en 2019 1,8 millions de consultations, et entrainait 65 622 passages aux urgences soit seulement 3,65% des patients (57).
En médecine générale, les infections respiratoires hautes représentent entre 9 et 11% des consultations avec les rhinopharyngites à environ 5%, l’angine entre 2 et 4%, l’otite moyenne aiguë à environ 1,5%, et la sinusite à 0,7% des consultations. Concernant, les infections respiratoires basses, la bronchite représente entre 1,5% et 3,4% des consultations et la pneumonie aiguë moins de 1% (58,59,60).
Description clinique de ces pathologies en médecine générale et difficultés diagnostiques rencontrées
Généralités
Les études ECOGEN puis ECOGEN respi menées en 2011/2012 sur 20 613 consultations en cabinet de ville ont montré que les symptômes respiratoires étaient des motifs fréquents de consultation, en particulier la toux (4,8 %), la congestion nasale (2 %) et les symptômes et plaintes de la gorge (1,8 %), de même que la fièvre (2,6 %) (60,61). Le motif « toux » était associé à des résultats de consultation en rapport avec des infections respiratoires telles que l’infection des voies aériennes supérieures ou la bronchite aiguë/bronchiolite.
Le motif « congestion nasale/éternuements » était associé à une infection des voies aériennes supérieures dans près de 60 % des cas, une sinusite aiguë/ chronique (9,3 %), une bronchite aiguë/bronchiolite (7,9 %) ou une rhinite allergique (7,2 %).
Le motif « symptôme et plainte de la gorge » était associé à une infection des voies aériennes supérieures (49,0 %) ou une angine aiguë (19 %).
Le motif « souffle court/dyspnée » était plus fréquent chez les personnes âgées de plus de 75 ans, en lien avec une pathologie cardiaque le plus souvent (4,9%).
Les pathologies infectieuses dominaient les résultats de consultation associées à un motif respiratoire et en premier lieu les pathologies d’origine virale : infections des voies aériennes supérieures (37,0 %), bronchite aiguë/bronchiolite (13,7 %),laryngite/trachéite aiguë (5,7 %) (61).
Les difficultés diagnostiques
Le médecin généraliste est confronté dans son exercice à l’incertitude, du fait de sa position comme premier intervenant dans le système de soins, ce qui le contraint à agir au stade précoce et indifférencié des maladies. Effectuer une anamnèse et un examen minutieux sont primordiaux (62,63).
Les infections respiratoires rencontrées en médecine générale sont associées à une sémiologie clinique peu sensible et peu spécifique. Les symptômes initiaux présentés peuvent être similaires à plusieurs pathologies.
Les symptômes cliniques et l’impact selon les caractéristiques des patients diffèrent en fonction du virus responsable de l’infection, et la dynamique saisonnière varie en fonction du virus ainsi que d’une saison à l’autre (64). On peut associer certains éléments de terrain ou de contexte (clinique, radiologique, épidémiologique) qui suggèrent la responsabilité d’un agent infectieux mais aucun d’entre eux n’est vraiment discriminant. Il n’y a aucune corrélation absolue entre la clinique et l’étiologie infectieuse (65,66).
Bronchite ou pneumonie
Les infections respiratoires basses vont avoir en commun certains éléments anamnestiques et physiques (67). La clinique ne permet pas généralement de différencier une origine bactérienne ou virale. La présence de fièvre, de sueurs, de frissons, la notion d’une toux d’apparition ou d’aggravation récente, l’apparition ou la modification d’une bronchorrhée, la présence d’une dyspnée et l’éventuelle association à une douleur thoracique pourront exister quelle que soit la pathologie. Le tableau pourra s’associer à la présence de signes respiratoires hauts, ainsi que de signes extra respiratoires, tels que les céphalées, les arthralgies ou myalgies, les sueurs (68,69).
La valeur discriminative de la symptomatologie clinique serait encore moins bonne chez le sujet âgé notamment chez les patients âgés de plus de 75 ans, et/ou atteints de comorbidité, et/ou vivant en institution (70).
La radiographie thoracique est alors essentielle pour confirmer l’atteinte parenchymateuse donc le diagnostic de pneumopathie. La réalisation d’examens biologiques n’est pas indispensable même si différencier bactéries et virus aurait des implications sur la prise en charge. Malgré de grands progrès microbiologiques, l’identification du germe causal est souvent en défaut (20,40,71).
Les facteurs de risques ou de comorbidités le plus souvent pris en compte sont le tabac (41,1%), et les antécédents broncho pulmonaires (25,9%) (72).
Prise en charge thérapeutique de ces pathologies en médecine générale
Les antibiotiques
En France, comme dans de nombreux pays développés, il existe une inadéquation entre les recommandations de bonne pratique et les pratiques des médecins, en particulier des médecins généralistes, concernant la prescription des antibiotiques dans les infections respiratoires supposées d’origine virale. En effet, les infections des voies respiratoires les plus fréquentes (rhinopharyngite, angine non-streptococcique, bronchite aiguë, bronchiolite) sont généralement d’origine virale et ne justifient donc pas d’une antibiothérapie (47,68, 82)
Avec 30,3 doses pour 1000 habitants et par jour, en 2016, la France se situait 35 % au-dessus de la moyenne européenne et demeurait l’un des pays les plus consommateurs d’antibiotiques, au 3 ème rang derrière la Grèce et Chypre (83).
En 2017, il a été vendu en France 759 tonnes d’antibiotiques destinés à la santé humaine. Quatre-vingt-treize pour cent des antibiotiques étaient utilisés en médecine de ville et 7 % en établissements de santé. Entre 2000 et 2015, la consommation d’antibiotiques a baissé de 11,4 %, mais elle a augmenté de 5,4 % depuis 2010 (30).
Depuis 10 ans, la consommation d’antibiotiques en ville en France s’inscrit à la hausse : 28,6 doses/1000 habitants /jour en 2007 contre 29,2 doses/1000 habitants/jour en 2017 (83).
Perspectives en termes d’examens complémentaires et de traitements
Les examens complémentaires
La protéine C réactive
Les examens biologiques sont réalisés afin d’obtenir un diagnostic de certitude et afin d’évaluer le retentissement général de l’affection. En ville, ils sont réalisés en moyenne entre 8 et 27 % des cas de pneumopathie (95).
L’augmentation de la CRP pourrait permettre de séparer les épisodes de bronchites aiguës des infections parenchymateuses pulmonaires proprement dites (96). Les taux plasmatiques de CRP sont d’une utilité limitée chez les patients atteints d’infections virales aiguës, car les valeurs de CRP sont généralement normales ou légèrement augmentées chez ces patients (97). À elle seule, la CRP ne permet pas de faire la distinction entre une infection virale et bactérienne. Cependant sa concentration sérique a tendance à être plus élevée lors des infections bactériennes. Une valeur de CRP au-delà de 100 mg/L est fréquemment associée à une infection bactérienne, même si certaines infections virales peuvent également donner des valeurs de CRP très élevées. Inversement, une valeur inférieure à 10 mg/L, n’est qu’exceptionnellement associée à un processus infectieux (98,99).
Il existe des Point of Care tests (POC) qui sont des analyses qui peuvent être réalisées directement au cabinet médical lors d’une consultation (100). Dans ce contexte, l’utilisation de la Protéine C Réactive (CRP) a montré une efficacité dans la diminution des prescriptions d’antibiotiques dans les infections respiratoires. Il semble cependant qu’elles ne doivent pas être utilisées de façon systématique, mais seulement lorsqu’un doute diagnostique persiste après l’examen clinique (101).
En France, chez des patients qui présentent un risque intermédiaire d’infection sévère, la POC CRP est recommandée (102).
L’utilisation de la POC Procalcitonine (PCT) a elle aussi montré une diminution de la prescription d’antibiotiques ainsi que de la fréquence d’apparition d’effets secondaires et permis de diminuer la mortalité (103). Ces POC ne sont pas encore utilisées en routine en France en médecine générale.
Le TDR
Les tests de dépistage rapide (TDR) basés sur la technique d’immunochromatographie sont très répandus pour le diagnostic des maladies infectieuses. Dans le cadre des infections respiratoires virales, il s’agit essentiellement de tests pour le diagnostic de la grippe et des infections à virus respiratoire syncytial (VRS). Concernant le dépistage rapide de la grippe, ils ont une sensibilité trop faible pour être recommandés en pratique courante et sont utilisés par les médecins sentinelles à visée épidémiologique.
En ce qui concerne la détection par tests de diagnostic rapide du VRS, le même problème de sensibilité se pose. Ils présentent un intérêt dans les services de pédiatrie en raison de leur bonne spécificité. Ces tests ne sont pour l’instant pas réalisés en médecine générale car leur utilisation impose le contrôle d’un biologiste. Il existe des tests de détection de l’adénovirus, du métapneumovirus et des virus parainfluenzae, mais dans tous les cas, leur manipulation et leur lecture imposent des règles et un mode opératoire strict pour lequel une formation préalable est requise (104). Pour toutes ces raisons, ces tests ne sont, pour lors, pas recommandés en médecine générale.
La PCR
La PCR (Polymerase Chain Reaction) est une technique d’amplification d’ADN in vitro.
Au fil des années, la technologie a évolué avec le développement des PCR en temps réel puis plus récemment des PCR dites « multiplex » permettant de détecter plusieurs virus à la fois. Depuis quelques années, l’utilisation plus large du diagnostic moléculaire dans certaines infections virales (VIH, hépatites), la possibilité de standardiser ou d’automatiser l’outil, ont suscité un regain d’intérêt dans le domaine des virus respiratoires.
Toute PCR doit être effectuée sur un prélèvement de bonne qualité : il consiste dans les infections respiratoires à réaliser un écouvillonnage nasal à l’aide d’un écouvillon réservé aux analyses virologiques, c’est-à-dire associé à un milieu de transport ou de survie. L’écouvillon est introduit dans la narine, horizontalement, sur un plan parallèle au plan du palais. Une rotation lente est alors appliquée sur l’écouvillon, puis il est retiré et placé dans son milieu de survie (105).
Plusieurs études ont montré que la PCR multiplex est un outil puissant permettant un diagnostic rapide et efficace des virus respiratoires avec un gain de temps et de sensibilité comparé aux techniques virologiques traditionnelles (106). Ces « nouvelles » technologies permettent de réduire la durée d’hospitalisation des patients, d’optimiser les traitements médicamenteux et de réduire la pression de sélection des germes multirésistants, permettant ainsi une meilleure prise en charge des patients et une réduction des coûts de santé.
D’autres études ont montré une plus grande sensibilité des test PCR par rapport aux méthodes traditionnelles dans le diagnostic des infections virales respiratoires communautaires à virus influenza, virus para-influenza, virus respiratoire syncytial, adénovirus, rhinovirus et coronavirus avec une sensibilité globale de 98% (107,108,109). Néanmoins la grande majorité des études ont été menées en service hospitalier (36). Du fait de la lourdeur et de la lenteur des techniques virologiques, ce diagnostic est pour l’instant peu approprié à la pratique de ville, et les infections virales sont donc rarement documentées. Pourtant, le diagnostic étiologique des infections respiratoires communautaires est utile, dans la perspective d’un bon usage des antibiotiques et du développement d’antiviraux spécifiques.
Justification de l’étude
Les infections respiratoires représentent une proportion importante de consultations ambulatoires en France : plus de 15 millions de cas par an dans le cas des infections respiratoires basses (IRB) (19) et plus 16 millions dans le cas des infections respiratoires hautes. Ces dernières touchent particulièrement les enfants : 11,9 millions pour les rhinopharyngites ; 2,6 millions pour les angines et 1,5 millions pour les laryngites (27).
Cependant, ces infections sont le plus souvent d’origine virale, avec comme principaux virus le HRV (35%), les virus influenzae (30%), les virus para influenza (12%), le VRS (11%), ou liées à des co-infections virus/bactérie (3,4,5). Il est intéressant de remarquer que pour 26 à 49% des infections respiratoires, aucun diagnosticmicrobiologique n’est posé (39).
Les présentations cliniques similaires des différentes pathologies infectieuses respiratoires rendent le diagnostic incertain pour le médecin généraliste, qui peut difficilement faire la différence entre une pathologie virale et bactérienne comme dans le cas de la bronchite et de la pneumonie aiguë communautaire (124) ; entre une pathologie infectieuse et non infectieuse comme dans le cas de la rhinite virale ou allergique (75).
Cette difficulté entraine alors des discordances de prises en charge en ambulatoire par rapport aux recommandations françaises (71,44,73) et une surprescription detraitement antibiotique.
Pour aider le médecin à faire le diagnostic, il existe des outils comme les tests PCR, qui permettent un diagnostic rapide et efficace des virus respiratoires (106), mais qui ont été jusqu’à lors surtout utilisés en milieux hospitalier (36). Il persiste donc une faible connaissance de l’épidémiologie virale des infections respiratoires hautes et basses en médecine générale, ainsi qu’une faible connaissance de leur présentation clinique, les patients testés en milieux hospitalier présentant des tableaux cliniques plus graves.
La pandémie actuelle de Sars-CoV-2 a engendré un recours indispensable à cette technique d’amplification d’ADN, aboutissant à la réalisation de milliers de tests par jour, en médecine de ville (122,125), ce qui a prouvé l’utilité de cet outil en médecine ambulatoire.
Si bon nombre d’études rapportent une analyse virologique des infections respiratoires, celles-ci concernent essentiellement les milieux hospitaliers et il n’existe aucune donnée en médecine ambulatoire.
L’objectif de notre étude est d’analyser les caractéristiques virologiques des infections respiratoires aiguës (IRA) en médecine générale en période épidémique en
Normandie, et de rechercher les corrélations entre le type de virus détecté et les caractéristiques cliniques et socio-environnementales des patients.
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Table des matières
INTRODUCTION
I. Épidémiologie des infections respiratoires aiguës
1. À l’étranger
2. Données générales en France
II. Impact économique
III. Que sait-on de l’épidémiologie virale de ces pathologies en médecine générale ?
1. Les virus en cause
2. Tableaux cliniques associés à ces virus .
IV. Pathologies majoritairement prises en charge par les médecins généralistes
V. Description clinique de ces pathologies en médecine générale et difficultés diagnostiques rencontrées
1. Généralités
2. Les difficultés diagnostiques
VI. Prise en charge thérapeutique de ces pathologies en médecine générale
1. Les antibiotiques
2. Cas des infections respiratoires
3. Facteurs associés à la prescription d’antibiotiques
VII. Perspectives en termes d’examens complémentaires et de traitements
1. Les examens complémentaires
2. Les nouveaux antiviraux
VIII. La pandémie de SARS-CoV-2
IX. Justification de l’étude
RESULTATS
I. Description de l’échantillon
II. Caractéristiques des patients inclus
III. Description des caractéristiques épidémiologiques et cliniques selon le virus identifié
I. Résumé des principaux résultats
II. Comparaison avec les résultats de la littérature
1. Résultats des prélèvements
2. Examen clinique et diagnostic associé
3. Prise en charge
4. Perspective
III. Forces et limites
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES QUESTIONNAIRES
SERMENT D’HIPPOCRATE
RESUME
