Profil bactériologique des infections du tractus urinaires

L’infection vient du mot latin « infecere » qui veut dire l’ensemble des troubles qui résultent de la pénétration dans un organisme d’un être vivant microscopique qui lui est étranger. Une infection urinaire correspond à l’agression d’un tissu de l’appareil urinaire par un (ou plusieurs) microorganisme(s), générant une réponse inflammatoire et des signes et symptômes de nature et d’intensité variables selon le terrain. Elle représente par leur fréquence une part considérable dans la pratique médicale quotidienne, aussi bien du médecin généraliste que du spécialiste ; c’est une affection grave tant par son retentissement sur l’activité des malades que par les récidives et les accidents sérieux qu’elle peut provoquer.

L’infection urinaire est dite nosocomiale lorsqu’elle est acquise dans une structure de soins (sans exclusive) ou d’une manière plus générale reliée à la prise en charge du patient. L’origine des bactéries nosocomiales est endogène (flore du patient) dans les deux tiers des cas (34). Les infections urinaires communautaires (acquises en dehors des structures de soins) sont d’une extrême fréquence (16), elles sont habituellement causées par les bactéries qui proviennent de la flore intestinale ou de la flore périnéale. Quelque soit le type d’infection, le traitement est basé sur l’administration d’antibiotiques de manière soit empirique, en fonction des données épidémiologiques, soit guidé par les résultats des examens bactériologiques. Les échecs connus avec le traitement empirique deviennent de plus en plus inquiétants. Il en est de même pour la fréquence des résistances bactériennes aux antibiotiques. L’émergence et la diffusion des mécanismes de résistance acquise au sein des espèces bactériennes limitent maintenant les indications d’un certain nombre d’antibiotiques de première intention .

RAPPELS ANATOMIQUES

REINS

Les reins sont de volumineux organes pairs dont la fonction physiologique essentielle est la sécrétion des urines.

Anatomie descriptive
➤Situation
Grossièrement symétriques, les reins sont situés de part et d’autre de la colonne vertébrale. Ils sont plaqués contre la paroi abdominale postérieure dans les parties hautes et latérales des fosses lombaires. Ce sont des organes retropéritonéaux.
➤Projection
Latéralement, les reins se projettent par rapport aux processus transverses des 11e et 12e vertèbres thoraciques et des 1e et 2e vertèbres lombaires. Le rein gauche est plus haut situé, il atteint le bord supérieur de la 11e cote. tandis que l’extrémité supérieure du rein droit atteint le bord inférieur de la 11 côte.
➤Structure
Sur une coupe frontale on reconnaît au rein trois parties: la capsule, la médullaire et le cortex.
● La capsule : elle est fibreuse et résistante
● La médullaire rénale :
Elle est formée par des pyramides à bases orientées vers la surface externe du rein et à sommets arrondis s’ouvrant sur les papilles rénales vers le hile.

Le cortex rénal
Le cortex s’insinue entre les faces latérales des pyramides rénales .

– Les voies excrétrices intra rénales. (Figure 3)
➤ Les calices mineurs
Sont des tubes courts qui se réunissent pour former des calices majeurs dont la confluence donne naissance au bassinet. . En moyenne de huit, leur nombre peut varier de trois à 18.
➤ Les calices majeurs.
Habituellement au nombre de deux parfois trois. La disposition en deux calices majeurs inégaux est plus fréquente.
• Le bassinet
C’est un canal unique, en forme d’entonnoir aplati d’avant en arrière.

La jonction pyélo-uretérale se situe au sommet du bassinet dans le même plan horizontal que celui-ci. L’uretère fait suite au bassinet.

Rappels bactériologiques 

Epidémiologie microbienne 

Le sexe et l’âge sont des facteurs de risque importants pour contracter une I.U. En général, les femmes ont plus de risque de développer une I.U (40 à 50 % des femmes rapportent avoir souffert d’au moins une I.U au cours de leur vie ; pour les hommes la circoncision semble réduire le risque d’I.U. (8,53)
+Chez le nouveau-né : on l’observe dans 1% des cas, surtout chez le garçon, elle doit faire penser a une anomalie urologique.
+Chez l’enfant : avant l’âge de 11 ans ; 1,1% des garçons et 3% des filles risquent d’avoir une I.U, elle doit faire rechercher une anomalie urologique, en particulier un reflux vésico-urétéral. (31,67)
+Chez l’adulte : elle est peu fréquente chez l’homme et doit toujours faire rechercher une anomalie urologique ; elle est par contre très fréquente chez la femme et surtout la femme enceinte (5 à 10% des grossesses). (31,39)
+Chez le vieillard : l’I.U est fréquente dans les deux sexes ; elle s’explique chez l’homme par la fréquence des obstacles cervico -prostatiques.

L’épidémiologie microbienne est un des éléments essentiels à prendre en compte dans le choix de l’antibiothérapie. Or, elle est nettement différente selon que l’infection est d’acquisition communautaire ou nosocomiale.

Infections communautaires 

En termes d’espèces en cause, les infections urinaires communautaires sont caractérisées par une grande stabilité des données épidémiologiques, et cela aussi bien dans le temps que dans l’espace. E.coli est le germe dominant, responsable à lui seul de 60 à 80% des infections toutes formes cliniques confondues (35). Sa prévalence varie selon les situations, atteignant 70 à 95% pour les cystites aigues simples et 85 à 90% pour les pyélonéphrites aigues simples (35), par contre la prévalence est plus faible pour les infections urinaires compliquées, au profit d’autres entérobactéries, d’entérocoques et de staphylocoques. Pour les cystites aigues simples, Staphylococcus saprophyticus vient au 2rang, avec une prévalence de 5 à 10%(50). Les autres tels que Proteus spp, Klebsiella spp, Enterobacter spp, serratia spp, sont présentes chacune à une prévalence très faible.

Infections nosocomiales 

Ce sont les infections qui se rencontrent dans les collectivités, en particulier en milieu hospitalier après un séjour de 48 heures (95). Cependant, les I.U sont les infections les plus fréquentes, portant sur 1 à 2% des malades hospitalisés, soit 35 à 45% des infections nosocomiales ; une bactériémie survient dans 0,5 à 3% des cas des I.U.N. (13,90) Dans la majorité des cas, l’I.U.N est sans gravité ou de gravité modérée, elle peut se traduire par une cystite, une prostatite, une épididymite ou une pyélonéphrite.

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Table des matières

INTRODUCTION
I- RAPPELS ANATOMIQUES
I-1- REINS
I-2- Uretères
1-3-Vessie
1-4-Urètre
II-RAPPELS BACTERIOLOGIQUES
II-1- Epidémiologie microbienne
II-1-1 Infections communautaires
II-I-2 Infections nosocomiales
III-PATHOGENIE DES INFECTIONS URINAIRES
III-1-Porte d’entrée
III-2-Facteurs bactériens de virulence
III-2-1 L’adhérence
III-2-2 Facteurs de virulence en dehors de l’adhérence
III-3- Mécanismes de défense de l’organisme
III-4- Facteurs favorisants des infections urinaires
III-5-Résistances bactériennes
IV- DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DE L’INFECTION URINAIRE
IV.1. L’EXAMEN CYTOBACTEIOLOGIQUE DES URINES
IV.1.1. Prélèvement
IV.1.2. Réalisation de l’examen cytobactériologique des urines
IV.2. LES TESTS RAPIDES DE DETECTION DE L’INFECTION URINAIRE
IV.2.1. Les bandelettes urinaires
IV.2.2. Les marqueurs biologiques
IV.2.3. Méthode microscopique
IV.2.4. Méthodes biochimiques
IV.2.5. Méthodes automatiques
IV-3-CULTURE ET ANTIBIOGRAMME
V-FORMES CLINIQUES ET TRAITEMENT DES DIFFERENTES INFECTIONS URINAIRES
V-1- FORMES CLINIQUES
V-1-1-INFECTIONS URINAIRES HAUTES
V-1-1-1-TDD : PYELONEPHRITE AIGUE NON COMPLIQUEE
V-1-1-2-FORMES CLINIQUES DES INFECTIONS URINAIRE HAUTES
V-1-1-3 – EVOLUTION
V-1-2- Infections urinaires basses
V-1-2-1-TDD: Cystite aigue non compliquée de la femme
V-1-2-2 FORMES CLINIQUES DES INFECTIONS URINAIRES BASSES
V-1-3- Les prostatites
V-2-TRAITEMENT
V-2-1- Buts
V-2-2 – Moyens
V-2-3 – Règles générales de l’antibiothérapie²
V-2-4- Indications
V-2-4-1-La pyélonéphrite aigue
V-2-4-2-Cystite aigüe non compliquée
V-2-4-3-Les prostatites
CONCLUSION

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