Variabilité génétique du VIH

Table des matières

CHAPITRE 1 :INTRODUCTION
1.1 Le virus de l’immunodéficience humaine
1.1.1 Épidémiologie et problématique
1.1.2 Structure du VIH
1.1.3 Génome viral
1.1.4 Variabilité génétique du VIH
1.1.5 Le cycle viral
1.2 Les facteurs de restriction
1.2.1 APOBEC3G
1.2.2 TétherinelBST-2
1.2.3 SAMHD 1
1.2.4 TRIM5a
1.3 Hypothèses et objectifs
CHAPITRE II :GENERATION OF HUMAN TRIM5a MUTANTS WITH HIGH HIV-l RESTRICTION ACTIVITY 
2.1 Résumé
2.2 Premier article scientifique
Abstract
Introduction
Results
A screen based on random mutagenesis ofTRIM5a
Targeted mutagenesis of Arg332 and Arg335 within PRYSPRY first variable region
Restriction of HIV -1 by wild-type and mutant TRIM5ahu
Restriction of other retroviruses
Restriction of HIV -1 in a T -cellline
Restriction over multiple replication cycles
Discussion
Materials and methods
Cells and plasmids DNAs
Production of retroviral vectors
Library construction
Site-directed mutagenesis
Generation of cells stably expressing TRIM5a variants
Viral challenge
References
CHAPITRE III :A NOVEL AMINOACID DETERMINANT OF HIV-l RESTRICTION IN THE TRIM5a VARIABLE 1 REGION ISOLATED IN A RANDOM MUTAGENIC SCREEN 
3.1 Résumé
3.2 Deuxième article scientifique
Abstract
Introduction
Material and methods
Plasmid DNAs
Cells and retroviral vectors production
Library construction and screening
Site-directed mutagenesis
Viral challenges
RIV -1 CA-NC expression and purification
In vitro assembly of HIV -1 CA-NC complexes and binding to TRIM5a variants
Structural models ofthe PRYSPRY domain
Results
A vl-focused mutagenic screen
Effect of alternative mutations at Gly330
Combining G330E with mutations at Arg332 or Arg335
In vitro binding analysis
Restriction in other viral and cellular environments
Restriction of a propagating infection
Modeling the effect of V1 mutations on the TRIM5aHu PRYSPRY domain
Discussion
Conclusion
References
CHAPITRE IV :DISCUSSION ET PERSPECTIVES
4.1 Le crible génétique et l’isolation de mutants résistants au VIH-l
4.2 Surexpression de TRIM5a
4.2.1 L’effet dominant négatif
4.2.2 L’activation incontrôlée du système immunitaire
4.2.3 La résistance virale: le cas de CA-V86M et de CTL
4.2.4 Mutation dans la région V1 TRIM5a
4.2.5 Flexibilité conformationnelle de la glycine
4.3 Perspectives
4.3.1 . Poursuivre le crible génétique
4.3.2 L’implication des mutations sur la structure de PRYSPRY
4.3.3 La thérapie génique exploitant le mutant R332GIR335G de TRIM5a
4.4 Conclusion