Séquençage de l’ARN

Table des matières

RÉSUMÉ
TABLE DES MATIÈRES
LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES ABRÉVIATIONS
REMERCIEMENTS
INTRODUCTION 
1. Asthme
1.1 Épidémiologie
1.2 Phénotypes
1.3 Physiopathologie
1.3.1 Sensibilisation à un allergène
1.3.2 Phase précoce de l’inflammation
1.3.2.1 L’épithélium bronchique
1.3.2.2 Réexposition
1.3.3 Phase tardive de l’inflammation
1.3.3.1 Lymphocytes T CD4+
1.3.3.2 Éosinophiles et neutrophiles
1.3.4 Le remodelage des voies respiratoires
2. Composante génétique 
3. Composante environnementale 
3.1 Épigénétique
3.1.1 Méthylation de l’ADN
3.3 Facteurs de risque
3.3.1 Âge et sexe
3.3.2 Obésité
3.3.3 Qualité de l’air
3.3.4 Tabagisme
4. Population à l’étude 
4.1 Historique
4.2 La cohorte familiale d’asthme du Saguenay−Lac-Saint-Jean
5. Hypothèse et objectifs 
CHAPITRE 1 – MÉTHODOLOGIE 
1.1 Recrutement des participants
1.2 Isolation des lymphocytes T CD4+
1.3 Données de méthylation
1.3.1 Séquençage (MCC-seq)
1.3.2 Alignement et contrôles qualités
1.4 Données d’expression
1.4.1 Séquençage de l’ARN
1.4.2 Alignement et contrôles qualités
1.5 Données génétiques
1.6 Analyses
1.6.1 Méthylation
1.6.2 Expression
1.6.3 Corrélations méthylation – expression
1.6.4 eQTL
CHAPITRE 2 – RÉSULTATS 
2.1 Niveau différentiel de méthylation
2.1.1 Asthme
2.1.2 Asthme allergique
2.2 Niveau différentiel d’expression
2.2.1 Asthme
2.2.2 Asthme allergique
2.3 Corrélations méthylation- expression
2.4 eQTL
CHAPITRE 3– DISCUSSION 
3.1 Différences de méthylation dans l’asthme
3.1.2 Implications de la famille de chemokine CXC dans l’asthme
3.2 Différences de méthylation dans l’asthme allergique
3.2.1 Implications de la voie de l’IL-17 et de l’IL-25 dans l’asthme allergique
3.3 Expression différentielle de gènes impliqués dans l’asthme et l’asthme allergique
3.4 Intégration des données
3.5 Le défi du séquençage de nouvelle génération
3.6 Limites de l’étude
CONCLUSION ET PERSPECTIVES 
1. Conclusion générale
2. Perspectives
BIBLIOGRAPHIE 
Annexe I
Annexe II