Organisation du génome et protéines codées

Table des matières

Résumé (Français/English)
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des abréviations
1 Introduction
1.1 Contexte justificatif
1.2 Problématique
1.3 Hypothèses et questions de recherche
1.4 Objectifs
1.5 Stratégie d’étude et plan de travail
2 Synthèse bibliographique
2.1 Généralités sur la Peste des petits ruminants
2.1.1 La maladie
2.1.2 Historique – Distribution géographique
2.1.3 Le virus de la peste des petits ruminants
2.1.4 Organisation du génome et protéines codées
2.1.5 Le cycle viral
2.1.6 Signes cliniques – Pouvoir Pathogène
2.1.7 Pathogénie
2.1.8 Diagnostic
2.1.9 Epidémiologie – Hôtes – Transmission
2.1.10 Moyens de lutte
2.2 Répartition géographique
2.3 Filière petits ruminants en Afrique de l’Ouest
2.4 Epidémiosurveillance et contrôle de la PPR en Afrique de l’Ouest
2.4.1 Surveillance épidémiologique en Afrique de l’Ouest
2.4.2 Contrôle de la PPR en Afrique de l’Ouest
2.4.3 Surveillance de la PPR au Sénégal
2.4.4 Contrôle de la PPR au Sénégal
2.5 Etat des connaissances sur l’évolution du génome des virus à ARN
3 Cartographie des souches de PPRV à partir du gène N partiel
3.1 Zone d’étude
3.2 Matériels et méthodes
3.2.1 Collecte du matériel biologique
3.2.2 Analyses de laboratoire
3.2.3 Analyse des séquences et détermination de la lignée géographique
3.3 Résultats
3.3.1 Description des foyers de PPR observés
3.3.2 Description des signes cliniques rencontrés
3.3.3 Isolement du virus à partir d’organes
3.3.4 Profil électrophorétique des produits PCR
3.3.5 Arbre phylogénétique basé sur 255 nucléotides du gène N
3.3.6 Analyse de l’arbre phylogénétique
3.4 Discussion
4 Reconstruction des mouvements géographiques des PPRV
4.1 Introduction
4.2 Matériels et méthodes
4.2.1 Séquençage des gènes N et H
4.2.2 Analyse phylogénétique Bayésienne
4.2.3 Origine et distribution de la lignée II dans l’ouest de l’Afrique
4.3 Résultats
4.3.1 Reconstruction phylogénétique bayésienne
4.3.2 Origine et distribution de la lignée II dans l’ouest de l’Afrique
4.3.3 Phylogéographie
4.4 Discussion
5 Génomes complets et possibilités d’exploitation
5.1 Next generation sequencing of peste des petits ruminants viruses belonging to lineages II, III and IV
5.2 Complete Genome Sequence of a Field Strain of Peste des Petits Ruminants Virus Isolated during 2010-2014 Epidemics in Senegal
5.3 Synthèse
6 Discussion générale – Conclusion Perspectives
Bibliographie
Publications