Table des matières
I. Figures
II. Tableaux
III. Photographies
LISTE DES SIGLES ET ABRÉVIATIONS
INTRODUCTION
Chapitre I : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
IV. Stress oxydatif et régulateurs cellulaires
V. L’oxygène et les radicaux libres
V.1 L’oxygène
V.2 L’anion superoxyde : O2-
V.2.1 Lieu de production de l’anion superoxyde
V.2.2 Les propriétés de l’anion superoxyde
V.3 Le peroxyde d’hydrogène (H2O2)
V.3.1 Formation du peroxyde d’hydrogène
V.3.2 Actions du peroxyde d’hydrogène, toxicité et détoxification
V.4 Le radical hydroxyle (OH.)
V.4.1 Formation du radical hydroxyle
V.4.2 Mode d’action du radical hydroxyle
V.5 Les dérivés azotés de l’oxygène
VI. Rôles physiologiques du stress oxydant
VI.1 Rôles physiologiques
VI.2 Causes du stress oxydant
VI.2.1 Causes physiopathologiques
VI.3 Les effets du stress oxydant sur les macromolécules biologiques
VI.3.1 Peroxydation lipidique
VI.3.2 Oxydation des protéines
VI.3.3 Oxydation de la molécule d’ADN
VI.3.4 Conséquences physiopathologiques des dommages sur les cibles biologiques
VII. Les régulateurs cellulaires du stress oxydant
VII.1 Systèmes enzymatiques
VII.1.1 Les glutathion peroxydases (GPX)
VII.1.2 La catalase
VII.1.3 Les thiorédoxines
VII.2 Le système antioxydant non enzymatique
VII.2.1 La vitamine E
VII.2.2 La vitamine C
VIII. Molécules antioxydantes exogènes
VIII.1 Tanins et flavonoïdes
VIII.2 β-carotène
IX. Les superoxydes dismutases
IX.1 Introduction
X. La SOD 1 ou CuZnSOD
X.1 Généralités
X.2 Localisation cellulaire
X.3 Structure générale
X.3.1 Structure du site actif
X.3.2 Mécanisme réactionnel
X.4 La SOD 2 ou MnSOD
X.5 La SOD 3 ou FeSOD
XI. SOD1 et pathologie
XI.1 Cancer et SOD 1
XI.1.1 La SOD 1 : une cible pour le traitement du cancer
XI.1.2 Genèse du cancer
XI.1.3 Résistance au Cisplatine
XI.2 Sur-expression de la SOD 1
XI.3 SOD et maladie d’Alzheimer
XI.4 SOD et syndrome de Down
XI.5 SOD et Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA)
XII. Pourquoi développer des inhibiteurs de la SOD ?
XIII. Les inhibiteurs de la SOD
XIII.1 Les inhibiteurs synthétiques
XIII.1.1 Inhibiteur synthétique sélectif
XIII.1.2 Inhibiteurs synthétiques non sélectifs
XIII.2 Les inhibiteurs naturels
XIII.2.1 Les furocoumarines
XIII.2.2 Acide aristolochique
XIII.2.3 Flavonoïdes
XIII.2.4 Azoture, Cyanure, H2O2
XIV. Conclusion
Chapitre II : EXTRAITS D’ENDOPHYTES ÉTUDIÉS
I. Généralités sur les endophytes
I.1 Mode de colonisation
I.2 Interaction hôte-endophyte
I.3 Production de molécules bioactives
II. Etude des extraits
II.1 Caractérisation spectrale des extraits
II.1.1 Chromatographie sur couche mince des 197 souches
II.1.2 Spectre UV-Visible
II.2 Variabilité des cultures
III. Conclusion
Chapitre III : ETUDE DES EXTRAITS EN LC-HRMS
I. Introduction
II. Analyse en masse
III. Résultats : identification de molécules d’intérêt
III.1 Recherche de furocoumarines par leur fragmentation MSE, obtenue par le QTOF
III.1.1 Alignement des pics obtenus
III.1.2 Vérification des identifications grâce à la fragmentation MSE
III.1.3 Conclusion
III.2 Vérification des identifications grâce aux spectres UV, obtenue par l’OrbiTrap
III.2.1 Alignement des pics et identifications potentielles
III.2.2 Vérification des identifications par profils UV
III.3 Réseaux moléculaires : identification potentielle de nouvelles furocoumarines
IV. Conclusion et perspectives
Chapitre IV : MISE AU POINT D’UN TEST ENZYMATIQUE DE DÉTECTION DE L’ACTIVITÉ DE LA SOD
I. Introduction
II. Mise au point des tests
II.1 Test au Cytochrome C
II.1.1 Principe et mise au point du test
II.2 Test au WST-1
II.2.1 Principe du test au WST-1
II.2.2 Problèmes rencontrés avec le test au WST
II.3 Test au Mito SOX™ Red
II.3.1 Principe et mise au point du test au Mito SOX™ Red
II.3.2 Problèmes rencontrés avec le test au MitoSOX™ Red
II.4 Test au pyrogallol
II.4.1 Principe du test
II.4.2 Mise au point du test au pyrogallol
II.4.3 Obtention des résultats au pyrogallol
III. Activités biologiques des extraits
III.1 Activités biologiques des extraits d’Ormenis
III.1.1 Introduction
III.1.2 Résultats des différents tests obtenus sur les extraits
III.2 Analyse des résultats obtenus avec le test au pyrogallol en micro plaques sur les extraits d’endophytes
III.2.1 Screening rapide des 86 souches d’endophytes et discussion
III.2.2 Résultats obtenus sur les souches d’intérêt re-cultivées et discussion
III.2.3 Résultats obtenus sur les souches d’intérêt re-cultivées et testées à 160 µg/mL et discussion
IV. Conclusion
V. Perspectives
V.1.1 Test au pyrogallol en cuve de 2 mL
V.1.2 Recherche d’adduits de la SOD par LC-MS
CONCLUSION GÉNÉRALE
CHAPITRE V : MATÉRIEL ET MÉTHODE
I. Matériel et méthode du chapitre II : EXTRAITS ÉTUDIÉS
I.1.1 Culture des endophytes
I.1.2 Repiquage
I.1.3 Conservation des souches
I.1.4 Préparation des extraits
I.1.5 Méthode HPLC pour l’étude de la variabilité des endophytes
I.1.6 CCM
II. Matériel et Méthode du chapitre III: Étude des extraits en LC-HRMS
II.1 Profil LC-HRMS des extraits
II.1.1 Appareillage
II.2 Recueil et analyse des données
II.2.1 Alignement des pics des pools des 8 souches par MZmine
II.2.2 Alignement des pics des pools des 8 souches par MS-DIAL
II.3 Identification de molécules d’intérêt
II.3.1 Par MS-FINDER
II.3.2 Par CFM-id
II.1 Vérification de l’identité des molécules par UV
II.1.1 Profils UHPLC-DAD-FTMS-MS/MS des extraits
II.1.2 Alignement des pics des pools des 8 souches par MZmine
II.1.3 Recherche des profils UV des molécules identifiées dans MZmine dans Xcalibur
II.2 Réseaux moléculaires
II.2.1 GNPS
II.2.2 Cytoscape
III. Matériel et Méthode du chapitre IV: Mise au point d’un test enzymatique de détection de l’activité de la SOD
III.1 Protocole d’extraction des plantes Ormenis africana et Ormenis scariosa
III.2 Mise au point du test xanthine/xanthine-oxydase
III.3 Mise au point du test WST
III.4 Mise au point du test au MitoSOXTM Red
III.5 Mise au point du test au pyrogallol
III.5.1 Conditions générales du test au pyrogallol
III.5.2 Protocole utilisé pour déterminer l’activité des 86 souches du screening rapide
III.5.3 Protocole utilisé pour tester l’activité des 8 souches d’intérêt re cultivées
III.5.4 Protocole utilisé pour tester l’activité des pools des 8 souches d’intérêt recultivées, de concentration finale 160 µg/mL
BIBLIOGRAPHIE GÉNÉRALE
