Les biofilms, un système biologique omniprésent

Table des matières

Introduction
I. Synthese bibliographique
I.1 Le biofilm : sa vie, son œuvre
I.1.1 Généralités sur les biofilms
I.1.1.1 Définition
I.1.1.2 Composition
I.1.1.3 Avantages du mode de vie biofilm
I.1.2 Les biofilms, un système biologique omniprésent
I.1.2.1 Les biofilms en milieu naturel
I.1.2.2 Les biofilms « négatifs »
I.1.2.3 Les biofilms « positifs »
I.1.3 Le cycle de vie du biofilm
I.1.4 Introduction aux diversités structurelles des biofilms
I.2 L’adhésion microbienne
I.2.1 La théorie de l’adhésion microbienne
I.2.1.1 L’accès au support
I.2.1.2 L’adsorption réversible
I.2.1.3 L’adhésion irréversible
I.2.2 Les paramètres clés de la structuration
I.2.2.1 Notions d’hydrodynamique
I.2.2.2 Les paramètres structurants en regard des conditions hydrodynamiques
I.2.3 Les techniques d’études de l’adhésion microbienne
I.2.3.1 Les dispositifs expérimentaux
I.2.3.2 La caractérisation chimique des surfaces
I.2.3.3 Les techniques d’observation
I.3 Le développement et le biofilm mature
I.3.1 Des microcolonies au biofilm mature
I.3.1.1 La formation de microcolonies
I.3.1.2 L’acquisition de structures différentiées : la maturation
I.3.1.3 Le biofilm mature
I.3.2 Les différents facteurs modifiant la structuration du biofilm
I.3.2.1 Les conditions hydrodynamiques
I.3.2.2 L’histoire du biofilm
I.3.2.3 Les phénomènes de prédation
I.3.3 Les techniques d’études adaptées
I.3.3.1 Les dispositifs expérimentaux
I.3.3.2 Les techniques d’observation
I.3.3.3 Les techniques d’investigation du biofilm
I.4 Les objectifs de l’étude
II. Materiel et methodes
II.1 Les dispositifs expérimentaux
II.1.1 L’adhésion : réacteur de Couette-Taylor
II.1.1.1 Présentation du réacteur
II.1.1.2 Les paramètres hydrodynamiques dans le CTR
II.1.2 Le développement et les biofilms matures : colonne à bulles
II.1.2.1 Présentation du réacteur
II.1.2.2 Description du régime hydrodynamique
II.2 La conduite des réacteurs
II.2.1 Le déroulement d’un essai d’adhésion
II.2.1.1 Les différentes contraintes appliquées
II.2.1.2 L’inoculum
II.2.1.3 Le protocole d’adhésion
II.2.2 L’opération des colonnes à bulles
II.2.2.1 Les deux types de conditions hydrodynamiques testés
II.2.2.2 L’inoculation des réacteurs
II.2.2.3 La conduite continue
II.2.3 Les caractérisations physico-chimiques
II.3 La caractérisation morphologique
II.3.1 Les techniques d’observation
II.3.1.1 La microscopie à épifluorescence
II.3.1.2 La stéréomicroscopie
Conclusion