Table des matières
Introduction
1. Présentation de l’élevage
1.1. Historique, destination des animaux
1.2. Situation géographique, organisation des sites
1.2.1. Trois sites sur l’île, pourquoi ?
1.2.2. Répartition des sites en zones
1.3. Méthodes d’élevage
1.3.1. Les macaques
1.3.1.1. Origines
1.3.1.2. Caractéristiques
1.3.1.3. Mode de vie
1.3.2. Logement et hygiène en élevage
1.3.2.1 Le logement : les volières
1.3.2.2 L’hygiène, le nettoyage et la désinfection
1.3.2.3 La lutte contre les nuisibles
1.3.3. Alimentation en élevage
1.3.4. Le sevrage
1.3.5. Encadrement des animaux, le personnel
2. Motivations, cadre de l’étude
2.1. Situation sanitaire de l’élevage
2.2. Motivations
2.2.1. Assurer le bien être des animaux et limiter les pertes
2.2.1.1. Limiter les pertes d’animaux
2.2.1.2. Améliorer le bien être des animaux
2.2.1.3. Le stress et ses conséquences
2.2.1.4. Opération inscrite dans une démarche d’assurance qualité
2.2.2. Les diarrhées dans un contexte d’élevage
2.2.3. Domaines d’investigation
2.3. Agents pathogènes susceptibles de provoquer des diarrhées
2.3.1. Protozoaires
2.3.1.1. Les amibes : Entamoeba histolytica
2.3.1.1.1. Généralité
2.3.1.1.2. Etiologie
2.3.1.1.3. Cycle évolutif
2.3.1.1.4. Pathogénicité
2.3.1.1.5. Etude clinique
2.3.1.1.6. Réaction de l’hôte
2.3.1.1.7. Epidémiologie
2.3.1.1.8. Diagnostic de laboratoire
2.3.1.1.9. Traitement
2.3.1.1.10. Prophylaxie
2.3.1.2. Les ciliés : Balantidium coli
2.3.1.2.1. Généralités
2.3.1.2.2. Epidémiologie
2.3.1.2.3. Etude clinique, pathogénicité
2.3.1.2.4. Diagnostic de laboratoire
2.3.1.2.5. Traitement et prophylaxie
2.3.1.3. Les flagellés
2.3.2. Bactéries potentiellement pathogènes
2.3.2.1. Ecologie du tube digestif, effet barrière et résistances bactériennes
2.3.2.2. Le genre Yersinia
2.3.2.2.1. Yersinia enterocolitica
2.3.2.2.1.1. Habitat, pouvoir pathogène
2.3.2.2.1.2. Facteurs de pathogénicité
2.3.2.2.1.3. Sensibilité aux antibiotiques
2.3.2.2.2. Yersinia pseudotuberculosis
2.3.2.3. Shigella flexneri, Shigella sonnei, Shigella boydii et Shigella dysenteriae
2.3.2.3.1. Généralités, épidémiologie
2.3.2.3.2. Etude clinique
2.3.2.3.3. Facteurs de pathogénicité
2.3.2.3.4. Prophylaxie et traitement
2.3.2.4. Salmonella enteridis, Salmonella typhimurium et Salmonella stanley
2.3.2.4.1 Habitat, épidémiologie
2.3.2.4.2 Etude clinique
2.3.2.4.3 Traitement
2.3.2.4.4 Contrôle et prévention
2.3.2.5. Campylobacter sp
2.3.2.5.1 Généralités
2.3.2.5.2 Caractères bactériologiques
2.3.2.5.3 Habitat, pouvoir pathogène
2.3.2.5.4 Traitement et prophylaxie
3. Etude expérimentale sur les animaux au sevrage
3.1. Matériels et méthodes
3.1.1. Matériel
3.1.2. Méthode de prélèvement et de conservation avant analyse
3.1.3. Méthodes de diagnostic
3.1.3.1. Examen coprologique direct : coproscopie
3.1.3.2. Enrichissement, culture bactérienne
3.1.3.3. Identification des souches suspectes isolées
3.1.3.4. Classement des résultats
3.1.4. Programmes de traitement
3.1.4.1. Programmes de traitements réalisés
3.1.4.2. Evaluation de leur efficacité
3.1.4.3. Description des éventuels problèmes rencontrés
3.1.5. Enregistrement des données recueillies
3.2. Résultat
3.2.1. Lot témoin
3.2.1.1 Première série de prélèvements
3.2.1.2. Deuxième série de prélèvements
3.2.2. Lot 1
3.2.2.1 Première série de prélèvements
3.2.2.2 Le traitement
3.2.2.3 Deuxième série de prélèvements
3.2.3. Lot 2
3.2.3.1 Première série de prélèvements
3.2.3.2 Le traitement
3.2.3.3 Deuxième série de prélèvements
3.2.4. Lot 3
3.2.4.1 Première série de prélèvements
3.2.4.2 Le traitement
3.2.4.3 Deuxième série de prélèvements
3.2.5. Autre examens réalisés
3.2.5.1. Autres coproculture
3.2.5.2. Autres examens sur des éléments de l’environnement
3.2.6. Résultats des antibiogrammes
3.2.7. Synthèse
3.2.8. Alimentation à la dérobée
3.3. Discussion
3.3.1. Biais rencontrés
3.3.2. Relation entre les conditions de vie et le nombre d’excréteurs de bactéries potentiellement pathogènes
3.3.3. Raisons et conséquences de l’inefficacité des schémas thérapeutiques testés
3.3.4. Le sevrage et les protozoaires
3.3.5. Le sevrage et Yersinia pseudotuberculosis
3.3.6. Le sevrage et Shigella flexneri
3.3.7. Le sevrage et le genre Salmonella
3.4. Proposition de conduite à tenir
3.4.1. Modifier les pratiques d’hygiène
3.4.2. Modifier la pratique du sevrage
3.4.3. Gestion sanitaire et thérapeutique des volières de sevrage
4. Etude expérimentale sur les animaux de capture
4.1. Matériel et méthode
4.1.1. Matérie
4.1.2. Méthode de prélèvements
4.1.3. Méthodes de diagnostic
4.2. Résultats : estimation des prévalences et efficacité du traitement
4.2.1. Résultats des examens coprologiques avant le traitement
4.2.2. Résultats des antibiogrammes
4.2.3. Le traitement
4.2.4. Résultats des examens coprologiques après le traitement
4.2.5. Synthèse
4.2.6. Autres examens coprologiques réalisés
4.3. Discussion
4.3.1. Biais rencontrés
4.3.2. La capture et les protozoaire
4.3.3. La capture et Yersinia pseudotuberculosis
4.3.4. La capture et Shigella flexneri
4.3.5. La capture et Salmonella spp
4.4. Proposition de conduite à tenir
4.4.1. Prophylaxie médicamenteuse
4.4.1.1. Anti-protozoaires
4.4.1.2. Anthelminthiques
4.4.1.3. Antibiotiques
4.4.2. Mesures hygiéniques
Conclusion générale
Annexes
Bibliographie
