L’écosystème porcin

Table des matières

REMERCIEMENTS
TABLE  DES  ABREVIATIONS
TABLE  DES  ILLUSTRATIONS
INTRODUCTION
1.  Etude  bibliographique  :    Mycoplasma  hyorhinis  et  la  pathologie  respiratoire   en  élevage  porcin
1.1.   La  pathologie  respiratoire  porcine,  une  entité  multifactorielle  complexe
1.1.1.  L’écosystème  porcin,  entre  pression  microbienne  et  capacité  de  défense  de   l’organisme
1.1.2.  Facteurs  de  risque  non  infectieux
1.1.2.1.  L’aire  de  vie
1.1.2.2.  Températures  et  écarts  de  températures
1.1.2.3.  Qualité  de  la  ventilation
1.1.2.4.  Qualité  de  l’air
1.1.2.5.  Conduite  hygiénique
1.1.2.6.  Renouvellement  du  cheptel
1.1.2.7.  Situation  géographique  de  l’élevage
1.1.2.8.  Autres  facteurs  de  risque  non  infectieux
1.1.3.  Facteurs  de  risque  infectieux
1.1.3.1.  Principaux  agents  responsables
1.1.3.2.  Les  entités  respiratoires  «  classiques  »
1.2.   Les  co-­‐infections  dans  la  pathologie  respiratoire  porcine
1.2.1.  Classification  des  différents  agents  pathogènes  respiratoires
1.2.1.1.  Agents  «  primaires  »  et  «  secondaires  »  /  «  initiateurs  »  et  «  suiveurs  »
1.2.1.2.  Importance  relative  des  principaux  agents  pathogènes  respiratoires
1.2.2.  Le  PRDC
1.2.2.1.  Définition
1.2.2.2.  Epidémiologie
1.2.2.3.  Mécanisme  d’apparition
1.2.2.4.  Facteurs  impliqués  dans  le  PRDC
1.2.2.5.  Les  co-­‐infections  dans  le  PRDC
1.2.2.6.  Limites  dans  l’interprétation  des  résultats  d’analyses  sur  poumons.
 1.3.   Mycoplasma  hyorhinis  :  agent  de  polysérosite  et  de  pneumonie  ?
1.3.1.  Etiologie
1.3.2.  Epidémiologie
1.3.2.1.  Localisation
1.3.2.2.  Elevages  cibles
1.3.2.3.  Animaux  cibles
1.3.2.4.  Transmission
1.3.2.5.  Prévalence
1.3.2.6.  Dynamique  de  colonisation
1.3.2.7.  Facteurs  de  risque  de  transmission
1.3.3.  Pathogénie
1.3.3.1.  Dissémination  systémique
1.3.3.2.  Interactions  avec  l’hôte
1.3.3.3.  Pouvoir  pathogène
1.3.3.4.  Implication  de  M.hyorhinis  dans  la  pathologie  respiratoire
1.3.3.5.  Facteurs  favorisants
1.3.4.  Signes  cliniques
1.3.4.1.  Symptômes
1.3.4.2.  Lésions
1.3.5.  Diagnostic
1.3.5.1.  Diagnostic  direct
1.3.5.2.  Diagnostic  indirect
1.3.5.3.  Quand  prélever  ?
1.3.6.  Les  co-­‐infections  impliquant  M.hyorhinis
1.3.6.1.  Co-­‐infection  avec  le  SDRPv
1.3.6.2.  Co-­‐infection  avec  S.suis
1.3.6.3.  Co-­‐infection  avec  H.parasuis
1.3.6.4.  Co-­‐infection  avec  P.multocida
1.3.7.  Traitement  et  vaccination
1.3.7.1.  Sensibilité  et  résistance  de  M.hyorhinis  aux  traitements  antibiotiques
1.3.7.2.  Mise  en  place  du  traitement
1.3.7.3.  Vaccination
1.3.8.  Contrôle  de  l’infection  à  M.hyorhinis
2.  Etude  comparée  de  la  fréquence  d’isolement  de  Mycoplasma  hyorhinis  en   élevage  porcin  dans  l’ouest  de  la  France
1.1.   Contexte  de  l’étude  expérimentale
1.1.1.  Point  de  départ  de  l’étude
1.1.2.  Position  actuelle  des  vétérinaires  face  à  M.hyorhinis
1.1.3.  Objectifs  et  principes  de  l’étude
 2.2.   Matériel  et  méthodes
2.2.1.  Matériel
2.2.1.1.  Répartition  géographique  des  élevages  inclus  dans  l’étude
2.2.1.2.  Description  des  élevages  «  cas  »  et  des  troubles  sanitaires
2.2.1.3.  Description  des  élevages  «  témoins  »  et  des  troubles  sanitaires
2.2.1.4.  Les  animaux
2.2.2.  Méthodes
2.2.2.1.  Protocole  expérimental
2.2.2.2.  Techniques  de  prélèvement
2.2.2.3.  Traitement  statistique  des  données
2.2.2.4.  Détection  des  agents  pathogènes
 2.3.   Résultats
2.3.1.  Etude  de  la  fréquence  d’isolement  de  M.hyorhinis  en  élevages  porcins
2.3.1.1.  Fréquence  d’isolement  de  M.hyorhinis  dans  les  élevages  étudiés
2.3.1.2.  Comparaison  des  fréquences  d’isolement  globales  entre  animaux  cliniques  et   animaux  non  cliniques
2.3.1.3.  Comparaison  des  fréquences  d’isolement  entre  animaux  cliniques  et  animaux  non   cliniques  dans  les  élevages  cas
2.3.2.  Etude  des  co-­‐infections  impliquant  M.hyorhinis
2.3.2.1.  Etude  globale  des  co-­‐infections  impliquant  M.hyorhinis
2.3.2.2.  Etude  comparée  des  co-­‐infections  impliquant  M.hyorhinis  entre  élevages  «  cas  »  et   élevages  «  témoins  »
2.3.2.3.  Les  co-­‐infections  impliquant  M.hyorhinis  chez  les  animaux  présentant  des  signes   cliniques
2.4.   Discussion
2.4.1.  Choix  des  élevages  et  des  animaux
2.4.1.1.  Choix  des  élevages
2.4.1.2.  Sélection  des  animaux
2.4.2.  Limites  dans  l’interprétation  des  résultats
2.4.2.1.  Techniques  de  prélèvements  et  interprétation  des  résultats
2.4.2.2.  Confirmation  des  résultats
2.4.3.  Comparaison  des  fréquences  d’isolement  des  quatre  agents  étudiés
2.4.3.1.  Fréquences  d’isolement  globales
2.4.3.2.  Interprétation  des  isolements  bactériens  sur  la  santé  respiratoire
2.4.4.  Implication  de  M.hyorhinis  dans  les  co-­‐infections  et  dans  le  PRDC
2.4.5.  Contribution  sur  la  dynamique  d’infection  de  M.hyorhinis
2.4.6.  Méthodes  d’évaluation  de  la  santé  respiratoire  du  porc
2.4.7.  Choix  de  la  technique  de  prélèvement
2.4.7.1.  Réalisation  pratique  de  l’acte
2.4.7.2.  Réalisation  du  prélèvement  et  matériel  prélevé
2.4.7.3.  Sites  de  prélèvements
2.4.7.4.  Contamination  des  prélèvements
2.4.7.5.  Sensibilité  et  spécificité  des  deux  techniques  de  prélèvements
CONCLUSION
ANNEXE  1  :  Rappels  anatomiques  et  fonctionnels  de  l’appareil  respiratoire  des  porcs
ANNEXE  2  :  Enjeux  de  la  pathologie  respiratoire  en  élevage  porcin
ANNEXE  3  :  Principales  entités  cliniques  respiratoires  du  porc
ANNEXE  4  :  Principe  de  la  PCR
ANNEXE  5  :  Résultats  des  analyses  PCR  des  élevages  «  cas  »
ANNEXE  6  :  Résultats  des  analyses  des  élevages  «  témoins  »
ANNEXE  7  :  Comparaison  des  méthodes  de  prélèvement  -­‐  lavage  trachéo-­‐bronchique  VS   écouvillon  trachéo-­‐bronchique
ANNEXE  8  :  Evaluation  of  the  performances  of  two  sampling  methods  for  qPCR  detection  of   mycoplasmas