Le Système de Score

Table des matières

Partie 1 : REVUE BIBLIOGRAPHIE.
Introduction
A. Identification de la séquence
I. Blast
1. Alignement des séquences
2. Catégories d’alignements
3. Le Système de Score
4. Les Matrices de Substitution
a) Matrices de Scores pour l’ADN
i. La matrice Identité
ii. La matrice de Transition/Transversion
b) Matrices de score BLOSUM 62
5. Algorithme du blast
6. Statistique du Blast
II. Utilisation du programme ORF finder
III. Utilisation du programme GeneMark
IV. Recherche de promoteur
B. Etude phylogénétique
1) Phylogénie : Définition
2) Phylogénie moléculaire
3) Reconstruction phylogénétique
a. Méthode de maximum de vraisemblance (ML)
C. Les mycobactéries
1. Classification des mycobactéries
2. La tuberculose
3. La résistance mycobactérienne
4. Les systèmes de transport membranaire
a. Système d’efflux actif
5. La superfamille des MFS
Partie 2 : MATERIELS ET METHODES :
A. Séquences utilisées
1. Séquence de Mycobacterium aurum
B. Méthodes bioinformatiques utilisées
I. Recherche de similarité
a. Les types du BLAST
a. BLAST N
b. BLAST P
c. BLAST X
II. Recherche des cadres de lectures ouverts
1. ORF Finder
2. GeneMark
III. Identification du promoteur
IV. Analyse phylogénétique
a. Analyse phylogénétique des séquences
Partie 3 : RESULTATS ET DISCUSSIONS
I. Analyse de la séquence étudiée avec le programme Blast N
II. Détermination des cadres de lecture ouverts et identfication de la fonction
du (des) gène (s)
1. Etude de la séquence avec ORF Finder et BLAST P
a. Analyse de la séquence étudiée avec le programme ORF Finder
b. Analyse des ORF détectés par le programme BLAST P
2. Etude de la séquence étudiée avec les programmes GeneMark et BLASTP
a. Analyse de la séquence étudiée avec le programme GeneMark
b. Analyse des ORF détectés par le programme BLAST P
III. Localisation des gènes identifiés sur la séquence étudiée
IV. Recherche de promoteur
V. Analyse phylogénétique
Conclusions et perspectives
Références bibliographiques
Webographie
Annexe