Le rôle épidémiologique des Suidés sauvages

Table des matières

LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ABRÉVIATIONS
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : PRÉSENTATION DU CONTEXTE DE L’ÉTUDE
1. La peste porcine africaine : généralités
1.1. Étiologie
1.2. Histoire et distribution
1.3. Épidémiologie
1.3.1. Hôtes
1.3.1.1. Porcs domestiques
1.3.1.2. Suidés sauvages
1.3.1.3. Tiques molles
1.3.2. Cycles de transmission
1.3.2.1. Cycle domestique
1.3.2.2. Cycle porcs-tiques
1.3.2.3. Cycle sylvatique
1.3.2.4. Cycle sylvatique et cycle domestique
1.3.3. Épidémiologie moléculaire
1.4. Pathogénie et signes cliniques
1.4.1. Pathogénie
1.4.2. Signes cliniques
1.5. Diagnostics
1.5.1. Diagnostic différentiel
1.5.2. Diagnostic lésionnel
1.5.3. Diagnostics de laboratoire
1.5.3.1. Diagnostic virologique direct
1.5.3.2. Diagnostic sérologique indirect
1.6. Vaccin en développement
1.7. Prophylaxie et facteurs de risque
2. La peste porcine africaine à Madagascar
2.1. Présentation du pays
2.1.1. Biogéographie
2.1.2. Population
2.1.3. Politique et économie
2.1.4. Secteur agricole
2.1.5. Organisation des services de santé animale et d’élevage
2.2. Élevage porcin à Madagascar
2.2.1. Historique et place socioculturelle du porc
2.2.2. Filière porcine
2.2.2.1. Description du cheptel porcin
2.2.2.2. Organisation de la filière
2.2.2.3. Circuits de production et de consommation
2.2.3. Conduite de l’élevage porcin
2.2.3.1. Races porcines
2.2.3.2. Types d’élevages
2.2.4. Principales maladies porcines rencontrées
2.3. Situation de la peste porcine africaine à Madagascar
2.3.1. Historique et répartition
2.3.2. Épidémiologie
2.3.2.1. Cas du potamochère Potamochoerus larvatus
2.3.2.2. Cas de la tique Ornithodoros porcinus
2.3.2.3. Cycles et facteurs de transmission
2.3.2.4. Épidémiologie moléculaire
2.3.3. Impacts socio-économiques
2.3.4. Lutte contre la PPA et relance de la filière
3. Conclusion de la première partie
DEUXIÈME PARTIE : MÉTHODOLOGIE DE L’ÉTUDE
1. Zones d’étude
1.1. La région du Boeny
1.1.1. Généralités
1.1.2. Milieu social et humain
1.1.3. Agriculture et élevage
1.2. La région du Menabe
1.2.1. Généralités
1.2.2. Milieu social et humain
1.2.3. Agriculture et élevage
1.3. La région d’Atsimo-Andrefana
1.3.1. Généralités
1.3.2. Milieu social et humain
1.3.3. Agriculture et élevage
1.4. La région d’Atsinanana
1.4.1. Généralités
1.4.2. Milieu social et humain
1.4.3. Agriculture et élevage
1.5. La région d’Analanjirofo
1.5.1. Généralités
1.5.2. Milieu social et humain
1.5.3. Agriculture et élevage
2. Population d’étude et échantillonnage
2.1. Critères d’inclusion et d’exclusion
2.2. Échantillonnage
2.2.1. Unité d’échantillonnage
2.2.2. Taille de l’échantillon
3. Récolte des données et questionnaire
3.1. Elaboration du questionnaire
3.2. Enquêtes de terrains
3.3. Considérations éthiques
4. Outils statistiques
4.1. Unité d’analyse
4.2. Réalisation de la base de données
4.3. Traitement et description des données
4.3.1. Analyse statistique descriptive
4.3.2. Régression logistique
4.3.3. Cartographie
TROISIÈME PARTIE : RÉSULTATS DE L’ÉTUDE
1. Analyses statistiques descriptives
1.1. Caractéristiques générales des élevages
1.1.1. Types d’élevage et effectifs
1.1.2. Alimentation
1.1.3. Logement
1.1.4. Reproduction
1.2. Circuits de commercialisation et pratiques d’abattage
1.2.1. Commercialisation : achats d’animaux
1.2.2. Commercialisation : ventes d’animaux
1.2.3. Abattage à domicile
1.3. Biosécurité et aspects sanitaires
1.3.1. Interactions avec d’autres Suidés
1.3.2. Personnes ayant accès à l’élevage
1.3.3. Méthodes sanitaires préventives
1.4. Caractérisations des différentes affections connues de l’élevage
1.4.1. Affections générales
1.4.2. Peste porcine africaine
1.4.3. Principales difficultés rencontrées
2. Analyses des facteurs de risque associés à la présence de PPA dans les élevages
2.1. Résultats des analyses univariées
2.2. Résultats des analyses de régressions multivariées
2.3. Modèle final de régression logistique
QUATRIÈME PARTIE : DISCUSSION
1. Limites de l’étude
1.1. Biais de sélection
1.2. Biais d’information
1.3. Avantages de l’étude transversale par questionnaire
2. Interprétation des résultats
2.1. Caractéristiques générales des élevages
2.1.1. Type d’élevage et effectifs
2.1.2. Alimentation
2.1.3. Logement
2.1.4. Reproduction
2.2. Circuits de commercialisation et pratiques d’abattage
2.2.1. Commercialisation : achats et ventes d’animaux
2.2.2. Abattage à domicile
2.3. Biosécurité et aspects sanitaires
2.3.1. Interactions avec d’autres Suidés
2.3.2. Personnes ayant accès à l’élevage
2.3.3. Méthodes sanitaires préventives
2.4. Caractérisations des différentes affections connues de l’élevage
2.5. Peste porcine africaine
2.5.1. Caractérisation des foyers
2.5.2. Perception et connaissances des éleveurs
3. Synthèse et recommandations
4. Perspectives « OneHealth-EcoHealth »
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
Annexe 1 : Questionnaire d’enquête
Annexe 2 : Liste des variables codant les différentes questions du questionnaire utilisées dans le logiciel Microsoft Excel®
Annexe 3 : Script des analyses statistiques de régression linéaire dans le logiciel R version 3.2.2. (R Development Core Team, 2015)