Table des matières
INTRODUCTION
I. ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
1. L’intégration de différentes sources de données en vue d’une prédiction phénotypique
a. Les données phénomiques
i. Le phénotype et ses différentes échelles
ii. Le phénome et les approches phénomiques
iii. Des exemples illustrant les approches de phénotypage à haut débit
> Le Mouse Phénome Project (M.P.P.)
> Le Human Phenome Project (H.P.P.)
iv. Les implications des campagnes de phénotypages actuelles : standardisation des mesures et ontologie des caractères
b. Les autres données « omiques » et leur production
i. Les données génomiques (génome)
> La constitution d’un assemblage de référence dans les difféntes espèces (séquence de référence)
> Le « re-séquençage » des espèces animales
> Le développement d’outils de génotypage à très haut débit : puces SNP (SNP beadchips, analyse de la variabilité du génome), à distinguer des puces d’expression / puces de gènes (DNA microarrays,analyse de l’expression du génome)
> Des connaissances affinées grâce aux innovations dans le domaine du séquençage
ii. Les données épigénomiques (l’épigénome)
iii. Les données transcriptomiques et microtranscriptomiques (le transcriptome et le microtranscriptome)
> Le transcriptome
Encart : les micro ARN
> Les outils de la transcriptomique
iv. Les données protéomiques (le protéome)
v. Les données métabolomiques (le métabolome)
c. Un zoom sur les données de génomique, transcriptomique, et autres « omiques» équines, et leur application en médecine vétérinaire (génomique clinique et autres sciences omiques équines appliquées)
i. Les débuts de la génomique équine : séquence de référence, assemblage
ii. Les outils disponibles
iii. Les méthodes pertinentes pour utiliser ces outils biomoléculaires dans l’étude de caractères génétiques
iv. Les applications principales des outils génomiques chez le cheval
> La génomique au service du dépistage d’affections génétiques
o L’identification de gènes responsables d’affections monogéniques
o Un manque d’informations épidémio-génétiques
o L’opportunité du conseil génétique grâce au testage
> La génomique au service du diagnostic clinique et de la médecine personnalisée
o La prédisposition aux affections « complexes »
o Des outils de diagnostic et de pronostic
o Les outils thérapeutiques du futur ?
> La génomique au service de la gestion du cheval athlète
o La caractérisation des aptitudes
o Des biomarqueurs pour le suivi de l’état physiologique et le contrôle antidopage
o La nutrigénomique et l’optimisation de la nutrition
d. Quelques applications (exemples) d’utilisation des données « omiques » dans d’autres espèces que l’espèce équine
e. Les méthodologies statistiques utilisées pour l’intégration de différentes sources de données « omiques »
Encart : La biologie intégrative
2. La prédiction phénotypique appliquée aux performances sportives d’endurance
a. Chez l’Homme : à la recherche de biomarqueurs de l’effort d’endurance
i. Les effets d’un exercice physique intense de type « endurance »
ii. Les biomarqueurs de l’effort d’endurance, ou quand les –omiques se mettent au service (de la prédiction) des performances sportives d’endurance
iii. Un nouveau concept : la sportomique
b. Chez l’animal athlète : exemple du cheval
i. La détermination d’un phénotype sportif associé à l’endurance équine : les premiers pas du projet GenEndurance (2011-2014 ; C. Robert, E. Barrey)
– Présentation des objectifs et synthèse du projet
– Pertinence du cheval d’endurance comme modèle
– Déroulement des 3 étapes successives et complémentaires du projet
– Résultats préliminaires du projet
o Première étape
o Deuxième étape
o Troisième étape
ii. Etude sur les transcriptome (ARNm), microtranscriptome (miARN), métabolome (métabolites) et leurs liens lors d’un effort d’endurance chez le cheval
II. ETUDE EXPERIMENTALE
1. Introduction et objectifs de l’article
2. Article final publié dans Scientific Reports
3. Résultats, conclusion et perspectives
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
