Le génome du virus de l’hépatite E

Table des matières

INTRODUCTION
I – Généralités sur le Virus de l’hépatite E
I.1 – Historique
I.2 – Structure et fonction du génome du virus de l’hépatite E
I.2.1 – Génome
I.2.2 – Les protéines non structurales
I.2.3 – Les protéines structurales
I.2.4 – ORF3
I.3 – Cyle réplicatif
I.4 – Diversité Génétique du VHE
I.4.1 – Taxonomie
I.4.2 – Génotypes Majeurs
I.4.3 – Nouveaux génotypes de VHE
I.4.4 – Nouveaux genres de VHE
I.4.5 – Classification du VHE en sous-types
I.4.6 – Quasiespèces
I.5 – Clinique de l’hépatite virale E
I.6 – Distribution du VHE : une endémie mondiale
I.6.1 – Distribution du VHE chez l’Homme
I.6.1.1 – Les 2 visages du VHE
I.6.1.2 – Séroprévalences
I.6.1.3 – Distribution des génotypes du VHE
I.6.2 – Distribution du VHE chez l’animal
I.6.2.1 – Le VHE chez le porc
I.6.2.2 – Le VHE chez les cervidés, le sanglier et la mangouste
I.6.2.3 – Autres réservoirs animaux potentiels
I.7 – Sources et modes de transmission du VHE
I.7.1 – Anthroponotique : VHE génotypes 1 à 4
I.7.1.1 – Transmission du VHE par consommation d’eau et d’aliments souillés
I.7.1.2 – Transmission interhumaine du VHE
I.7.1.3 – Transmission fœto-maternelle
I.7.1.4 – Transmission transfusionnelle
I.7.2 – Transmission zoonotique : VHE de génotypes 3 et 4
I.7.2.1 – Zoonoses avérées
I.7.2.2 – Zoonoses suspectées
I.7.2.2.1 – Modèles expérimentaux de transmission interespèce
I.7.2.2.2 – Exposition des personnes en contact avec les animaux
I.7.2.2.3 – Liens épidémiologiques entre hépatite E et origine zoonotique
I.7.2.2.4 – Proximité génétique des souches humaines et animales
I.8 – Prévention
I.8.1 – Hygiène et Surveillance alimentaire
I.8.2 – Vaccination
II – Variabilité Génétique des virus zoonotiques à ARN
II.1 – Variabilité génétique
II.1.1 – Mécanismes de création de la variabilité génétique
II.1.1.1 – Mutations
II.1.1.1.1 – Types de mutations
II.1.1.1.2 – Origine des mutations
II.1.1.1.2.1 – Mutations spontanées
II.1.1.1.2.2 – Les mutations induites
II.1.1.1.2.2.1 – Les mutations induites par un stress oxydatif et UV
II.1.1.1.2.2.2 – Les mutations induites par la polymérase
II.1.1.2 – Mécanismes de recombinaisons et réassortiments
II.1.1.2.1 – Les recombinaisons homologues et hétérologues
II.1.1.2.2 – Les réassortiments
II.1.2 – Taux de mutations spontanées et variabilité génétique
II.1.2.1 – Organismes supérieurs et virus à ADN
II.1.2.2 – Taux de mutations spontanée des virus à ARN
II.1.3 – Effet du biais nucléotidique et de l’usage des codons sur la variabilité génétique
II.1.3.1 – Biais nucléotidique
II.1.3.2 – Biais des dinucléotides CpG
II.1.3.3 – Usage des codons
II.1.3.4 – Co-évolution hôte-virus
CONCLUSION