Table des matières
INTRODUCTION
CONTEXTUALISATION
1.1. Problématiques causées par la présence de bactéries du genre Listeria
1.1.1. Solutions
1.1.2. But et hypothèses de l’étude
REVUE DE LA LITTÉRATURE
1.2. LISTERIA
1.2.1. Listeria monocytogenes
1.2.2. Historique
1.2.3. Classification
1.2.4. Composition de la paroi cellulaire
1.2.5. Listeria dans l’environnement
1.2.6. Résistances aux contraintes environnementales et mécanismes
1.2.6.1. Résistance à l’ammonium quaternaire
1.2.6.2. Résistance aux antibiotiques
1.2.6.3. Résistance aux phages
1.2.6.4. Système CRISPR-Cas
1.2.6.5. Adhésion aux surfaces – formation de biofilms
1.2.6.6. Communications bactériennes (QS-DS-ES)
1.2.6.7. Traitements thermiques
1.2.6.8. pH et agents de conservation
1.3. Listériose : portrait de la situation mondiale, épidémiologie et recensement
1.3.1. Listeria dans les aliments
1.3.1.1. Les produits laitiers
1.3.1.2. Les produits carnés
1.3.1.3. Les produits marins
1.3.1.4. Les produits végétaux : fruits et légumes
1.4. Listériose : maladie infectieuse
1.5. Mécanismes de virulence
1.5.1. Sécrétion d’hémolysine
1.5.2. Invasion cellulaire : implication des gènes de virulence
1.6. Méthodes d’isolement, de détection et d’identification des Listeria
1.6.1. Étalement sur gélose et techniques biochimiques
1.6.2. Lysotypage et phages à marqueur bioluminescent (phagodétection)
1.6.3. Sérotypage
1.6.4. PCR Polymerase Chain Reaction : technique moléculaire
1.6.5. MDA Molecular Detection Assay : détection moléculaire
1.6.6. Ribotypage
1.6.7. Sondes nucléiques
1.6.8. PFGE Pulsed-Field Gel Electrophoresis : électrophorèse en champ pulsé .
1.6.9. MLST MultiLocus Sequence Typing : typage – séquençage multi-sites
1.6.10. MALDI Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation
1.6.11. WGS Whole-Genome sequencing : Séquençage complet du génome
1.7. Bactériophages
1.7.1. Historique des bactériophages
1.7.2. Les listériaphages
1.7.3. Matrice de similitude, arbre phylogénétique et organigramme
1.7.4. Phages A511 et P100
1.7.5. Mécanisme d’infection du phage A511
1.7.6. Cycles : lytique et lysogénique
1.7.7. Résistances (physique, chimique) et stabilité des phages
1.8. Biocontrôle par les phages : propriétés caractéristiques et critères de sélection
1.8.1. Santé publique, innocuité et sécurité
1.8.2. Approbations gouvernementales et commercialisation des phages
1.8.3. Utilisations des bactériophages : classement par domaines
1.8.4. Domaines : phagorepérage et phagoprophylaxie alimentaire
1.8.5. Domaine : phagoassainissement – biofilms
1.8.6. Domaine : phagothérapie (phagobiotiques)
1.8.7. Isolement et observations des bactériophages
1.8.8. Conservation des bactériophages
1.9. Défenses des cellules hôtes contre les phages et formulations multiphages
1.10. Centre de référence pour virus bactériens Félix d’Hérelle
1.11. Immobilisation cellulaire pour production de phages
1.11.1. Techniques d’immobilisation
1.11.2. Adsorption
1.11.3. Polymérisation et agrégation
1.11.4. Inclusion
1.12. Alginate: polymère naturel avantageux pour une production de phages
1.12.1. Composition et propriétés ioniques
1.12.2. Technique de production de phages par inclusion de bactéries
2.1. Avant-propos : contribution des auteurs
2.2. Résumé français
2.3. Abstract
2.4. Introduction
2.5. Materials and Methods
2.5.1. Bacteria, phages and media
2.5.2. Test surfaces
2.5.3. Disinfection procedure
2.5.4. Resistance of phages to QUATAL
2.5.5. Statistical analysis
2.6. Results and Discussion
2.6.1. Phage host range
2.6.2. Adherence of L. monocytogenes to surfaces
2.6.3. Disinfection by listeriaphage suspensions
2.6.4. Mixed disinfecting solutions
2.7. Acknowledgements
2.8. References
3.1. Avant-propos : contribution des auteurs
3.2. Résumé français
3.3. Résumé allemand – Zusammenfassung
3.4. Abstract
3.5. Introduction
3.6. Materials and Methods
3.6.1. Bacteria, phages and media
3.6.2. Alginate gels and cell immobilization by entrapment
3.6.3. Morphology of cells immobilized in beads
3.6.4. Phage adsorption.
3.6.5. Biomass concentration
3.6.6. Phage production
3.6.6.1. Free cells.
3.6.6.2. Immobilized cells used for single and successive phage propagations
3.6.6.3. Statistical analysis
3.7. Results and Discussion
3.7.1. Morphological observations
3.7.2. Phage adsorption
3.7.3. Biomass concentration
3.7.4. Phage production
3.7.4.1. Free cells.
3.7.4.2. Immobilized cells used for single and successive phage propagations.
3.8. Acknowledgments.
3.9. Author contribution.
3.10. Absence of conflicts of interest.
3.11. References
TESTS COMPLÉMENTAIRES
4.1. Hémolyse
4.2. Courbe de croissance
4.3. Congélation des listériaphages
Souches résistantes
4.6. Influence du pH, de la température et de l’aération
4.7. Courbe d’amplification phagique – burst size (effectif viral)
DISCUSSION GÉNÉRALE
5.1. Atteinte des objectifs : phagoassainissement
5.2. Atteinte des objectifs : phagoproduction par immobilisation
5.3. Capacités lytiques sous contraintes, résistance bactérienne et évolution
5.4. Nombre de phages libérés et fiches signalétiques
5.5. Retour sur la persistance de L. monocytogenes dans l’intestin : implication de l’adsorption des phages
5.6. Bilan final
5.7. Conclusion et perspectives
BIBLIOGRAPHIE GÉNÉRALE
Auteurs Organismes et autres
ANNEXES
