La phylogénie moléculaire

Table des matières

INTRODUCTION
1- L’évolution du vivant
1-1- Historique de la classification des espèces
1-1-1- La classification des espèces de l’antiquité au siècle des lumières
1-1-2- La théorie de l’évolution, ou la sélection naturelle
1-2- La transmission génétique de l’hérédité : de Mendel à la découverte de l’ADN
1-3- Le support de la diversité : la molécule d’ADN
1-3-1- Les signes de la diversité
1-3-1-1- Les substitutions, les insertions – délétions (indels)
1-3-1-2- Les recombinaisons
1-3-1-3- Les transferts latéraux de gènes
1-3-1-4- L’hybridation
1-3-2- Les processus de l’évolution des séquences d’ADN : les forces évolutives
1-3-2-1- La dérive génétique
1-3-2-2- La pluralité des sélections naturelles
2- Les méthodes d’analyse
2-1- La phylogénie moléculaire
2-2- Le choix des données
2-3- Reconstructions phylogénétiques
2-4- Reconstructions phylogénétiques par la méthode des distances : UGPMA, minimum d’évolution et méthode du plus proche voisin
2-5- Reconstruction phylogénétique par le maximum de parcimonie
2-6- Les méthodes probabilistes
2-6-1- Les modèles évolutifs
2-6-2- Modélisation des substitutions selon un processus homogène markovien
2-6-3- Les principaux modèles évolutifs markoviens en phylogénie moléculaire
2-7- Modèles de codons pour les séquences codantes
2-8- Maximum de vraisemblance
2-9- Inférence bayésienne – chaines de Markov et technique de Monte Carlo
3- La datation moléculaire
4- Les réseaux
5- Les virus dans l’histoire évolutive du vivant
5-1- L’origine des virus
5-2- L’évolution des virus
6- La peste porcine africaine (PPA), ou African swine fever (ASF)
6-1- Historique – Distribution géographique
6-2- Signes cliniques – Pathogénie
6-3- Prévention de la maladie
7- Le virus de la peste porcine africaine
7-1- Taxonomie – Classification
7-2- Structure – Génome – Protéines codées
7-3- Pénétration dans la cellule – Réplication – Morphogénèse
7-4- Réponse immune – Virulence
7-5- Epidémiologie – Hôtes – Transmissio
7-6- Variabilité – Sérologie – Typage
8- Etat de l’art en phylogénie du virus PPA
9- Nature et objectifs de la thèse
Partie 1
Partie 2
Partie 3
MATERIELS ET METHODES
1- Les données
1-1- Les données publiques
1-2- Les isolats malgaches
1-2-1- Préparation des macrophages alvéolaires
1-2-2- Isolement viral
1-2-3- Purification de l’ADN viral
1-2-4- Amplification des gènes viraux
1-2-5- Clonage T-A des amplicons PCR
1-2-6- Transformation des bactéries
1-2-7- Sélection des clones bactériens transformés
1-2-8- Préparation de l’ADN plasmidique
1-2-9- Séquençage des gènes d’intérêt
1-3- Création d’une base de données dédiée au virus PPA
2- Comprendre les relations qui unissent les isolats viraux : analyse approfondie de la phylogénie du virus PPA
2-1- Analyse des données
2-1-1- Alignements
2-1-2- Analyse des alignements
2-1-2-1- Saturation des substitutions
2-1-2-2- Détection des recombinaisons
2-1-2-3- Composition des alignements
2-1-2-4- Analyse de la pression de sélection
2-2- Reconstructions phylogénétiques
2-2-1- Choix du modèle évolutif
2-2-2- Construction des arbres phylogénétiques
2-2-2-1- Maximum de vraisemblance
2-2-2-2- Inférence bayésienne
2-2-2-3- Enracinement des arbres
2-3- Classification des isolats de virus PPA
2-3-1- Approche par l’utilisation des distances entre isolats
2-3-2- Approche en réseau
2-3-3- Approche biologique
3- Datation moléculaire
3-1- Datation moléculaire par maximum de vraisemblance
3-2- Datation moléculaire par inférence bayésienne
RESULTATS
1- Abondement de la base de données dédiée au virus PPA avec les séquences malgaches
1-1- Isolement des souches de virus PPA malgaches
1-2- Production des séquences d’intérêt
2- Analyse approfondie de la phylogénie du virus PPA
2-1- Analyse des alignements
2-1-1- Vérification des alignements
2-1-2- Pertinence du signal phylogénétique contenu dans les alignements
2-1-3- Détection des recombinaisons
2-1-4- Composition des alignements
2-2- Reconstructions phylogénétiques
2-2-1- Enracinement des arbres
2-2-2- Reconstructions phylogénétiques utilisant le gène B646L
2-2-2-1- Maximum de vraisemblance
2-2-2-2- Inférence bayésienne
2-2-3- Classification des isolats de virus PPA
2-2-3-1- Classification par la méthode des distances
2-2-3-2- Analyse en réseau
2-2-3-2-1- Détermination d’un réseau d’haplotypes par le logiciel TCS
2-2-3-2-2- Détermination d’un réseau de partition ou « split-network »
2-2-3-3- Détermination de la signature moléculaire des isolats de virus PPA
2-2-4- Reconstructions phylogénétiques utilisant le gène E183L
2-2-4-1- Maximum de vraisemblance
2-2-4-2- Inférence bayésienne
2-2-5- Reconstructions phylogénétiques utilisant le gène CP204L
2-2-5-1- Maximum de vraisemblance
2-2-5-2- Inférence bayésienne
3- Datation moléculaire
3-1- Détermination de la pression de sélection s’appliquant sur les séquences étudiées
3-2- Analyse en maximum de vraisemblance
3-2-1- Test de l’hypothèse de l’horloge moléculaire stricte
3-2-2- Horloge moléculaire locale
3-3- Analyse bayésienne par des chaines de Markov et technique Monte Carlo
3-3-1- Datation moléculaire du gène B646L
3-3-2- Datation moléculaire du gène CP204L
3-3-3- Datation moléculaire du gène E183L
DISCUSSION
DISCUSSION GENERALE – CONCLUSION – PERSPECTIVES
BIBLIOGRAPHIE