La découverte de l’ADN

Table des matières

Chapitre 1 : Introduction
1. La chromatine eucaryote : une compaction complexe et fonctionnelle
1.1 L’ADN co-existe avec des protéines au sein de structures complexes
1.2 La compaction de la chromatine régule des processus biologiques tels que la transcription
2. La transcription a lieu dans un contexte chromatinien dynamique
2.1 La transcription des gènes codant pour des protéines fonctionnelles est effectuée par l’ARN Polymérase II
2.2 La transcription est un processus hautement régulé
3. Les facteurs de transcription agissent de manière intégrée et combinée sur les régions régulatrices
3.1 L’occupation des enhancers est coopérative
3.2 L’activation d’un enhancer a lieu par étapes
4. Le rôle des facteurs pionniers et tissus-spécifiques dans la sélection des éléments régulateurs qui contrôlent le programme d’expression
4.1 Les facteurs pionniers sélectionnent et initient l’activation des enhancers
4.2 Les facteurs de transcription tissus-spécifiques et signal-dépendants orchestrent les programmes d’expression géniques
5. Mediator & Cohesin
5.1 Le complexe co-activateur Mediator: centre d’interprétation des programmes d’expression génique
5.2 Le complexe multifonctionnel Cohesin : maintenance de la structure chromatinienne et régulation de l’expression génique
6. Le rôle de la communication génomique dans la régulation des programmes d’expression géniques
6.1 La répartition nucléaire des chromosomes n’est pas aléatoire mais fonctionnelle
6.2 Les enhancers forment des clusters dont la perturbation altère la réponse transcriptionnelle
6.3 Les enhancers distaux forment des contacts spécifiques avec les promoteurs de leurs gènes cibles
6.4 RNAPII forment des foyers de transcription actifs auxquels peuvent se connecter les interactions enhancers-promoteurs pour la co-régulation de plusieurs gènes
7. La dérégulation de la transcription dans l’apparition et la progression tumorale – le cancer du sein hormono-dépendant
7.1 Le Cancer du Sein hormono-dépendant est contrôlé par le facteur de transcription ER (Récepteur aux Estrogènes)
7.2. Stratégies de thérapies anti-estrogéniques et modèles de résistance acquise à ces thérapies transcriptionnelles
8. Objectifs de recherche
Chapitre 2 : FOXA et les facteurs de transcription maîtres recrutent Mediator et Cohesin aux gènes actifs dans les cellules cancéreuses 
Avant-propos
FOXA and master transcription factors recruit Mediator and Cohesin to the core
transcriptional regulatory circuitry of cancer cells
Résumé
Abstract
1. Introduction
2. Results
2.1 Mediator and Cohesin occupy regulatory regions of actively transcribed genes in cancer cells
2.2 Proliferation of cancer cells depends on Mediator and Cohesin
2.3 Mediator and Cohesin connect with the core transcriptional regulatory circuitry of cancer cells
2.4 FOXA and master transcription factors are essential to cancer cell maintenance
2.5 FOXA and master transcription factors recruit Mediator and Cohesin
3. Discussion
4. Figures
5. Methods
5.1 Cell Culture
5.2 Chromatin Immunoprecipitation
5.3 Bioinformatic analyses
5.4 Lentiviral shRNAs
5.5 Proliferation and colony formation assays
Acknowledgments
Author contributions statement
Additional information
6. Supplementary Information
6.1 Supplementary Tables
6.2 Supplementary Figures
6.3 Supplementary Data Files
6.4 Supplementary Experimental Procedures
Chapitre 3 : La modulation du programme transcriptionnel et la résistance endocrinienne dans le cancer du sein hormono-dépendant
Avant-propos
Résumé
1. Introduction
2. Résultats
2.1 Validation du modèle d’étude : les traitements anti-estrogéniques n’altèrent pas la prolifération des cellules résistantes
2.2 Les cellules sensibles et résistantes expriment les mêmes gènes
2.3 Un rôle plus secondaire pour ER dans la régulation du programme d’expression des cellules résistantes
2.4 Mediator, NIPBL et Cohesin occupent de nouvelles régions régulatrices dans les cellules résistantes
2.5 Le rôle d’AP-1 dans la néo-régulation du programme transcriptionnel des cellules devenues résistantes
2.6 La sur-expression de FOSL1 modifie la réponse proliférative des cellules sensibles traitées aux anti-estrogènes
3. Discussion
4. Figures
5. Matériel et Méthodes
5.1 Culture cellulaire et traitements hormonaux
5.2 Immunoprécipitation de la chromatine
5.3 Analyses bioinformatiques
5.4 Lentivirus ShRNA
5.5 Essais de prolifération
5.6 Extraction d’ARN & RTqPCR
5.7 Lentivirus ORF
Chapitre 4 : Conclusion