Table des matières
TABLE DES ILLUSTRATIONS
LISTE DES ANNEXES
LISTE DES ABRÉVIATIONS
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : Synthèse bibliographique
I- La tuberculose à Mycobacterium bovis au sein de la faune sauvage : généralités
1.Généralités sur les mycobactéries
2.Pathogénie
3.Symptômes observés
4.Les lésions
4.1. Les lésions macroscopiques
4.2. Les lésions microscopiques
5.Méthodes de surveillance et de diagnostic de la tuberculose à M. bovis dans la faune sauvage en France
5.1. Modalités de surveillance
5.1.1. Jusqu’en 2011
5.1.2. Depuis fin 2011 : le réseau Sylvatub
5.2. Méthodes diagnostiques
5.2.1. Le diagnostic nécropsique
5.2.2. La culture bactérienne
5.2.3. La PCR
5.2.4. Le typage moléculaire
II- Épidémiologie descriptive : la tuberculose à Mycobacterium bovis dans la faune sauvage
1.Dans le monde (hors Europe)
1.1. En Amérique du Nord
1.1.1. Au Canada
1.1.2. Aux États-Unis
1.3. En Océanie
1.3.1. Nouvelle-Zélande
1.3.2. Australie
1.4. En Afrique
1.5. Au Moyen-Orient
1.6. Tableau récapitulatif
2.En Europe
2.1. En Grande-Bretagne et en République d’Irlande
2.2. En Espagne
2.3. Au Portugal
2.4. En Italie
2.5. En Suisse et dans la Principauté du Liechtenstein
2.6. En Belgique, aux Pays-Bas et au Luxembourg
2.7. Au Danemark, en Finlande, en Norvège et en Suède
2.8. En Allemagne et en Autriche
2.9. En Europe de l’Est
2.10. Tableau récapitulatif
3.En France
3.1. Biologie et densités des populations sauvages
3.1.1. Cerf élaphe (Cervus elaphus)
3.1.2. Chevreuil (Capreolus capreolus)
3.1.3. Sanglier (Sus scrofa)
3.1.4. Blaireau (Meles meles)
3.2. Situation épidémiologique
3.2.1. Forêt de Brotonne (Normandie)
3.2.2. Bourgogne
3.2.3. Dordogne
3.2.4. Autres départements français
III- Épidémiologie analytique : les facteurs de risque de transmission de Mycobacterium bovis entre bovins et faune sauvage
1.Le taux d’infection dans les populations sensibles
2.Le niveau d’excrétion des populations infectées
2.1.1. Chez le cerf
2.1.2. Chez le sanglier
2.1.3. Chez le blaireau
3.Survie de M. bovis dans l’environnement
3.1. Survie dans le sol, la nourriture, l’eau
3.2. Survie dans les fèces
3.3. Survie à l’intérieur des terriers
3.4. Survie dans les carcasses d’animaux infectés
4.Le niveau d’interaction potentiellement contaminant entre hôtes excréteurs et hôtes sensibles
4.1. Influence de la présence et de la densité
4.2. Influence de l’éco-éthologie des espèces
4.3. Influence des pratiques d’élevage
4.4. Influence des pratiques cynégétiques
4.5. Influence de la saison
4.6. Influence de la structure paysagère
IV- Epidémiologie opérationnelle : mesures de maîtrise des facteurs de risque les plus efficaces pour réduire les risques d’interaction entre faune sauvage et animaux domestiques
1.Limitation des interactions entre bovins et populations sauvages
2.Maîtrise de l’infection dans la population hôte sauvage
2.1. Action sur la densité
2.1.1. Limiter les facteurs d’agrégation
2.1.2. Réduction des densités
2.1.3. Eradication des populations hôtes
2.2. Limitation du recyclage des matières virulentes
2.3. Vaccination
DEUXIÈME PARTIE : Épidémiologie de la tuberculose bovine chez les bovins et la faune sauvage en Corrèze
I- Etude épidémiologique de la tuberculose bovine chez les bovins en Corrèze
1.Objectif et contexte
1.1. Objectif
1.2. Contexte
1.3. Cadre géographique
1.3.1. Présentation du territoire
1.3.2. Caractéristiques de l’élevage bovin en Corrèze
2.Matériels et méthodes
2.1. Définition de la population d’étude
2.2. Recueil des données
2.3. Traitement des données
3.Résultats
3.1. La tuberculose dans les élevages bovins de Corrèze
3.1.1. Évolution dans le temps et dans l’espace
3.1.2. Typologie des élevages infectés
3.1.3. Les spoligotypes isolés
3.1.4. Découverte des foyers et conséquences
3.1.5. Origine des foyers
3.1.6. Gestion épidémiologique, prophylaxie
3.2. Situation épidémiologique dans les départements voisins
4.Discussion
4.1. Evolution de la tuberculose dans les cheptels bovins de Corrèze
4.2. Origine de contamination et prophylaxie
4.3. Situation dans les départements voisins
4.4. Facteurs de risque de transmission de M. bovis liés aux bovins
4.4.1. La densité en bovins
4.4.2. Le type d’élevage
4.4.3. Pouvoir excréteur des bovins
4.4.4. Pratiques d’élevage considérées comme à risque
4.5. Les hypothèses de lutte contre la tuberculose bovine chez les bovins
4.5.1. Le dépistage généralisé
4.5.2. Le dépistage ciblé
4.5.3. Le dépistage à l’achat
4.5.4. L’inspection des carcasses à l’abattoir
4.5.5. Des enquêtes épidémiologiques de qualité
4.5.6. La surveillance de la faune sauvage
4.5.7. Entre réglementation et réalité de terrain
4.5.8. Conclusion
II- Enquête épidémiologique sur la présence de la tuberculose à M. bovis dans la faune sauvage en Corrèze durant la saison 2011-2012
1.Cadre spécifique de l’enquête épidémiologique
2.Matériels et méthodes
2.1. Les espèces à étudier
2.2. Période d’étude
2.3. Zone d’étude
2.3.1. Pour le cerf, le chevreuil et le sanglier
2.3.2. Pour le blaireau
2.3.3. Pour les micromammifères
2.4. L’échantillonnage
2.4.1. Pour le cerf, le chevreuil et le sanglier
2.4.2. Pour le blaireau
2.4.3. Pour les micromammifères
2.4.4. Synthèse sur l’échantillonnage
2.5. Protocole de terrain
2.5.1. Pour le cerf, le chevreuil et le sanglier
2.5.2. Pour le blaireau
2.5.3. Pour les micromammifères
2.5.4. Modalités de prélèvements et d’analyses
2.6. Les analyses de laboratoire
2.6.1. Protocole de culture
2.6.2. Protocole de PCR
2.6.3. Identification et typage des souches de Mycobacterium
2.7. Traitement des données
3.Résultats
3.1. Les cerfs
3.1.1. Réalisation par rapport aux objectifs d’échantillonnage
3.1.2. Résultat des analyses
3.2. Les chevreuils
3.2.1. Réalisation par rapport aux objectifs d’échantillonnage
3.2.2. Résultat des analyses
3.3. Les sangliers
3.3.1. Réalisation par rapport aux objectifs d’échantillonnage
3.3.2. Résultat des analyses
3.4. Les blaireaux
3.4.1. Réalisation par rapport aux objectifs d’échantillonnage
3.4.2. Résultat des analyses
3.5. Les micromammifères
3.5.1. Réalisation par rapport aux objectifs d’échantillonnage
3.5.2. Résultat des analyses
3.6. Synthèse des résultats
4.Discussion
4.1. Discussion autour de la méthode
4.1.1. Choix des espèces étudiées
4.1.2. Choix des zones d’étude
4.1.3. Echantillonnage et prélèvements
4.1.4. Sensibilité des tests diagnostiques utilisés sur la faune sauvage en Corrèze
4.2. Discussion autour des résultats de l’enquête épidémiologique sur la faune sauvage de Corrèze durant la saison 2011-2012
4.2.1. Les cerfs
4.2.2. Les chevreuils
4.2.3. Les sangliers
4.2.4. Les blaireaux
4.2.5. Les micromammifères
4.3. Perspectives
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
