Formation d’un biofilm

Table des matières

1 Introduction
1.1 Les bactéries
1.1.1 Généralités sur les bactéries
1.1.2 Bacillus subtilis
1.2 La motilité des bactéries
1.2.1 Run & Tumble
1.2.2 Tactisme
1.3 Comportements collectifs
1.3.1 Mouvements collectifs
1.3.2 Communication entre bactéries
1.4 Biofilms
1.4.1 Généralités
1.4.2 Formation
1.4.3 Elements constitutif d’un biofilm
1.4.4 Morphologie
1.4.5 Auto-organisation et environnement : modélisation
1.4.6 Etat de l’art des méthodes de modélisation
1.5 Aperçu du travail de thèse
2 Formation d’un biofilm : expériences
2.1 Objet d’étude
2.1.1 Problématique
2.1.2 Conditions expérimentales
2.2 Mesures microscopiques
2.2.1 Optimisation de la fluorescence
2.2.2 Mesure de la taille
2.2.3 Mesure de la vitesse
2.3 Répartition des bactéries dans le volume
2.3.1 Dispositif expérimental
2.3.2 Analyse des données du laser
2.3.3 Evolution de la concentration en bactéries au cours de la formation du biofilm
2.3.4 Corrélation avec les images
2.3.5 Croissance moyenne de la population de bactéries
2.3.6 Conclusions et perspectives
3 Modèle de continuum
3.1 Accumulation
3.1.1 Le modèle de réaction-diffusion
3.1.2 Simulation en une dimension
3.1.3 Choix des paramètres
3.1.4 Résultats
3.2 Bioconvection
3.2.1 Introduction
3.2.2 Modélisation
3.2.3 Simulations
3.2.4 Résultats
3.3 Conclusions et perspectives
4 Modèle hybride continu-discret
4.1 Originalité du travail
4.2 Hypothèses sur la formation d’un biofilm et mise en œuvre
4.2.1 Définition du système
4.2.2 Modélisation de l’environnement
4.2.3 Modélisation et simulation des caractéristique bactériennes
4.2.4 La dynamique des bactéries individuelles
4.3 Etudes paramétriques du modèle
4.3.1 Formation d’un biofilm
4.3.2 Concentration moyenne en bactéries au moment de la transition
4.3.3 Scénarios de transition
5 Conclusion