Table des matières
INTRODUCTION GENERALE
CHAPITRE I: SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
1.1 Description botanique de la plante d’Hibiscus sabdariffa L.
1.2 Composition et principales utilisations
1.2.1 Composition biochimique
1.2.1.1 Composition des graines
1.2.1.2 Composition des autres parties de la plante
1.2.2 Principales utilisations de la plante d’Hibiscus sabdariffa
1.2.2.1 Utilisations alimentaires
1.2.2.2 Utilisations médicinales
1.3 Fermentation alimentaire
1.4 Fermentation traditionnelle alcaline en Afrique
1.5 Condiments fermentés alcalins d’Afrique et principaux microorganismes associés
1.6 Le Bikalga
1.6.1 Méthode de production
1.6.2 Changements physico-chimiques au cours de la fermentation
1.6.3 Valeur nutritive du Bikalga
1.6.4 Microorganismes associés à la fermentation
1.7 Les bactéries du genre Bacillus
1.8 La nécessité d’optimiser le processus de production du Bikalga
1.9 Avantages de l’utilisation de starter pour la fermentation des graines d’H. sabdariffa
1.10 Les bactériocines
1.10.1 Définition
1.10.2 Classification
1.10.3 Les applications des bactériocines
1.10.3.1 Les bactériocines en agroalimentaire
1.10.3.2 Les applications médicales
1.10.4 Bacillus spp. producteurs de bactériocines
1.11 Les lipopeptides
1.11.1 Structure chimique des lipopeptides
1.11.2 Biosynthèse des lipopeptides
1.11.3 Propriétés des lipopeptides
1.11.3.1 Propriétés physico-chimiques
1.11.3.2 Propriétés biologiques
1.12 Les polykétides
1.12.1 Définition
1.12.2 Biosynthèse des polykétides
1.13 Résistance des bactéries aux antibiotiques
1.13.1 Définition des antibiotiques
1.13.2 Mode d’action des antibiotiques
1.13.3 Classification des antibiotiques
1.13.4 Etude de la bactériostase : Détermination de la CMI
1.13.5 Les différents types de résistance aux antibiotiques
CHAPITRE II : MATERIEL ET METHODES
2.1 Matériels
2.1.1 Les souches bactériennes et les conditions de culture
2.1.2 Les milieux de culture (solides et liquides)
2.1.3 Les tampons, les solutions et les enzymes
2.1.4 Les graines d’H. sabdariffa L.
2.2 Protocole des études réalisées
2.2.1 Confirmation de l’identité des souches dominantes de Bacillus spp. isolées du Bikalga
2.2.1.1 Extraction de l’ADN bactérien
2.2.1.2 Regroupement des isolats par M13-PCR (Polymerase Chain Reaction)
2.2.1.3 Amplification et séquençage du gène gyrB
2.2.2 Etude de l’activité antimicrobienne des souches dominantes de Bacillus spp. isolées du Bikalga
2.2.2.1 Préparation des inocula des souches de Bacillus spp.
2.2.2.2 Préparation des surnageants de culture des souches de Bacillus spp.
2.2.2.3 Détermination de l’activité antimicrobienne par la méthode de diffusion de tache de culture dans l’agar
2.2.2.4 Détermination de l’activité antimicrobienne par la méthode de diffusion en puits du surnageant de culture dans l’agar
2.2.3 Caractérisation physico-chimique des substances antimicrobiennes produites
2.2.3.1 Effet des enzymes, du pH, de la chaleur et des composés chimiques sur l’activité inhibitrice
2.2.3.2 Estimation de la taille des composés antimicrobiens par SDS-PAGE
2.2.3.3 Analyse des substances antimicrobiennes par HPLC-MS
2.2.4 Recherche des gènes codant pour les bactériocines (subtiline, subtilosine, sublancine et éricine), les lipopeptides (iturine/mycosubtiline, surfactine/lichenysine et fengycine/plipastatine), les polykétides (difficidine, macrolantine et bacillaene) et la dipeptide bacilysine
2.2.5 Cinétique de croissance et de production des substances inhibitrices
2.2.6 Essais de production de substances inhibitrices par les souches A4, I8, G3 et H4 dans le bouillon des graines broyées d’H. sabdariffa
2.2.7 Résistance des Bacillus spp. dominantes du Bikalga aux antibiotiques
2.2.7.1 Détermination de la sensibilité des souches aux antibiotiques : détermination des concentrations Minimales Inhibitrices (CMI)
2.2.7.2 Recherche de quelques gènes de résistance aux antibiotiques
2.2.8 Résistance à l’acide et tolérance à la bile des souches de Bacillus spp.dominantes du Bikalga
2.2.8.1 Préparation des inocula des souches de Bacillus spp.
2.2.8.2 Effet de l’acidité sur les souches
2.2.8.3 Effet de la bile sur les souches
2.2.9 Méthodes d’analyses statistiques des données
CHAPITRE III : RESULTATS ET DISCUSSION
3.1 Résultats
3.1.1 Résumé de l’article 1
3.1.2 Article 1 publié: Coproduction of surfactin and a novel bacteriocin by Bacillus subtilis subsp. subtilis H4 isolated from Bikalga, an African alkaline Hibiscus sabdariffa seed fermented condiment.
3.1.3 Résumé de l’article 2
3.1.4 Article 2 publié: Bacillus amyloliquefaciens ssp. plantarumstrains as potential protective starter cultures for the production of Bikalga, an alkaline fermented food.
3.1.5 Résumé de l’article 3
3.1.6 Article 3 publié: Resistance to antimicrobials and acid and bile tolerance of Bacillus spp. isolated from Bikalga, fermented seeds of Hibiscus sabdariffa.
3.2 Discussion générale
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
