Définition des aliments traditionnels

Table des matières

Introduction
Synthèse Bibliographique
I-Etude de la diversité des aliments traditionnels
1- Définition des aliments traditionnels
2- La fermentation au service des produits traditionnels
3- Les perspectives de la fermentation en tant que moyen de conservation des aliments
II- La qualité microbiologique et la diversité microbienne des aliments traditionnels 
a- Les majeurs groups microbiens impliqués dans les produits traditionnels fermentés
b- Levures
c- Champignons filamenteux (Moisissures)
III- Synthèse bibliographique des connaissances sur les dattes et leur qualité microbiologique 
1- La valeur nutritionnelle
2- Les enjeux socioéconomiques de la production des dattes en Algérie
3- Facteurs de détérioration de la qualité des dattes
4- La qualité microbiologique des dattes
a- Études de la diversité microbienne des dattes
b- Les microorganismes impliqués dans la détérioration des dattes
5- Techniques de conservation des dattes
a- Traitement thermique
b- Stockage à froid
c- Fumigation
6- Essais d‘amélioration des conditions de conservation des dattes
7- Les méthodes de conservation traditionnelles des dattes
– Bajou
– Khabia
– Btana
Méthode directe
Méthode indirecte
IV- Outil de l‘étude de la biodiversité microbienne des produits traditionnels 
1- L‘approche culturale
1-1 Limites des méthodes de culture classique
1-2 Stratégies innovantes d‘enrichissement et d‘isolement
2- Méthodes de culture indépendantes pour palier les limites des approches culturales
2-1 Méthodes basées sur l‘amplification PCR
2-2 L‘amplification aléatoire d’ADN polymorphe (Random Amplified Polymorphic DNA ou RAPD)
2-3 Polymorphisme de longueur des fragments de restriction (Restriction fragment length polymorphism (RFLP )
2-4 l‘Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA)
2-5 Analyse de l‘espace intergéniques ribosomales (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis : RISA)
2-6 La technique d‘électrophorèse sur gel du gradient de dénaturation (Denaturating Gradient Gel Electrophoresis –DGGE- )
2-7 La TGGE (Temperature Gradient Gel Electrophoresis)
2-8 Le Polymorphisme de conformation des simples brins (Single-Strand Conformation
Polymorphism (SSCP))
3- Les techniques basées sur l‘hybridation.
3-1 La méthode d‘hybridation in-situ par fluorescence (FISH)
4- Les techniques d‘étude de la biodiversité microbienne par séquençage des gènes
4-1 Séquençage de Sanger
4-2 Technologies de séquençage de seconde génération
V- La mesure de la de biodiversité microbienne 
1- Les estimateurs de richesse spécifique
2- Les courbes de raréfaction
3- Les indices de diversité
– L‘indice de Simpson
– L‘indice de diversité de Shannon
– L‘indice de l‘équitabilité J
VI- Limites des approches modernes d‘étude de la biodiversité microbienne 
1- Limites liées à l‘extraction et les procédés d‘optimisation
Matériel et méthodes
1- Description générale du projet de thèse
2- Matière première de préparation du Btana
3- Prélèvement et description des échantillons
4- Détermination des populations microbiennes
5- Identification des isolats bactériens
6- Identification des isolats de levures et étude de leur profil fermentaire
7- Optimisation de l‘extraction d‘ADN du produit Btana en vue d‘une étude métagenomique de la microflore microbienne
7-1  -Préparation des échantillons de Btana et de l‘extrait cellulaire
7-2 Protocols A: DNeasy plant kit
7-3 Protocols B: CTAB (modifié de Probeski et al., 1997)
7-4 Protocol C : CTAB-DNeasy
7-5 Purification de l‘extrait d‘ADN
8- Évaluation de l‘efficacité des protocoles d‘extraction d‘ADN
a- Amplification de l‘ADN extrait
b- Électrophorèse du produit de PCR
c- Analyse statistiques des données de l‘extraction d‘ADN
9- Analyse métagenomique de la microflore bactérienne et fongique par la technique de séquençage haut-débit « pyroséquençage »
9-1 Préparation des amorces taguées
9-2 Préparation de la librairie des clones
9-3 Dosage des produits de PCR
9-4 Réalisation des banques et amplification clonale par PCR en émulsion
9-5 Le pyroséquençage
9-6 Traitement des séquences de lectures et analyse des données
– Analyse de la qualité des séquences de lecture (reads)
– Triage
– Enlèvement des bruits de fond (denoising)
– Alignement, groupement des OTUs et affiliation taxonomique des séquences
Resultats et discussion
1- Identification de souches bactériennes isolées du produit traditionnel Btana
2- Optimisation de l‘extraction d‘ADN à partir du produit dattier Traditionnel Btana
3- Analyse métagenomique de la flore bactérienne associée au produit traditionnel « Btana »
4- Analyse metagenomic de la flore fongique associée au produit traditionnel « Btana » et isolement des levures dominantes
Discussion génerale
Conclusion générale et perspectives
Références bibliographiques
ANNEXES