Conséquences de la diversité génétique

Table des matières

1. Introduction
2. Objectifs 
2.1. Objectif Général 
2.2. Objectifs Spécifiques 
3. Généralités 
3.1 Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH) 
3.1.1 Historique de découverte du VIH /Sida
3.1.2 Définition et classification du VIH/Sida
3.1.3 Structure et morphologie du VIH
3.1.4 Stabilité physico-chimique
3.1.5 Cycle de réplication
3.1.6 Cellules cibles et réservoir du virus
3.1.7 Mode de transmission et Evolution naturelle de la maladie
3.1.7.1 Mode de transmission
3.1.7.2 Evolution naturelle de la maladie
3.2 Epidémiologie 
3.3 Diversité génétique 
3.3.1 Mécanismes de la diversité génétique
3.3.2 Conséquences de la diversité génétique
3.4 Répartition géographique 
3.5 Diagnostique biologique au laboratoire 
3.5.1 Diagnostic indirect ou sérologique
3.5.2 Diagnostique directe
3.5.3. Séquençage
3.5.3.1Séquençage de l’ADN
3.5.4.2. Les outils bioinformatiques d’analyse des séquences de l’ADN
3.5.4.2.1. Objet de la bioinformatique
3.5.4.2.2. Analyse des séquences
3.6 .Traitement 
3.6.1. Objectifs du traitement antirétroviral
3.6.2. Obstacles
3.6.3. Différentes classes thérapeutiques
3.6.4. Nouvelles molécules antirétrovirales
3.6.5 Stratégies de traitement antirétroviral
3.6.6. Echec thérapeutique
3.6.6.1. Echec virologique
3.6.6.2. Echec immunologique
3.6.6.3. Echec clinique
3.6.7. Observance
3.6.8. Résistance du VIH aux antirétroviraux
3.6.8.1 Définition
3.6.8.2 Mécanisme d’apparition des mutations de résistance
3.6.8.3 Mécanisme de la résistance aux antirétroviraux
3.6.8.4 Les analogues nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI)
3.6.8.5 Inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI)
3.6.8.6 Inhibiteurs de protéase (IP)
3.6.8.7 Les inhibiteurs d’entrée
3.6.8.8 Inhibiteurs d’intégrase (INT)
3.6.8.9 Les tests de résistance
3.6.8.10 Indications et critères d’utilisation des tests de résistance
3.6.8.11 Critères de demande de génotypage (cas du Mali)
4. Méthodologie 
4.1 Type et période d’étude 
4.2 Cadre et lieu d’étude 
4.3 Population d’étude 
4.4 Critères d’inclusion 
4.5 Critères de non inclusion 
4.6 Méthodes utilisées 
4.6.1 Technique Abbott HIV-1 Real Time TM
4.6.1.1 Principe
4.6.1.3 Procédure de la technique
4.6.2 La technique VIROSEQTM
4.6.2.1 Principe de la technique
4.6.2.2 Organisation de la paillasse
4.6.2.3 Réactifs et matériels
4.6.2.4 Préparation des échantillons
4.6.2.5 Réaction de la RT-PCR
4.6.2.6 Réaction de la PCR
4.6.2.7 Préparation des produits de PCR pour la réaction de séquence
4.6.2.8 Réaction de séquence
4.6.2.9 Préparation des échantillons à charger dans le séquenceur
4.6.2.10 Détection des mutations et analyse des données
4.6.3 Prélèvement et stockage des échantillons
4.7 Echantillonnage 
4.8 Analyse des données 
5. Résultats 
6. Commentaires et Discussion 
7. Conclusion et Recommandations 
7.1 Conclusion 
7.2 Recommandations 
8. Références Bibliographiques