PRINCIPAUX TAXONS FONGIQUES EMIS DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO

DEFINITION ET MODES DE VIE

Les champignons, connus sous le nom de Fungi sont des organismes Thallophytes dépourvus de chlorophylle (Boedyn, 1969). Ils sont des êtres ni animaux, ni végétaux qui constituent un règne à part dans le monde vivant : MYCETES (Bouchet et al., 2005). Ce dernier regroupe les êtres eucaryotiques (ayant un véritable noyau), hétérotrophes (incapable de synthétiser leur propre constituant organique), osmotrophiques (incapable de digérer leur nourriture, se nourrir par absorption), des êtres développant des corps tubulaires diffuses et ramifiées (hyphes ou siphons ramifiés formant des mycéliums ou colonies), et des êtres qui se reproduisent par des spores (Figure 1). Les champignons sont divisés en trois groupes selon leur mode de vie : champignons saprophytes, parasites, et symbiotiques. Ils sont dits saprophytes s’ils se développent sur des matières organiques mortes, parasites s’ils se développent sur du vivant. Certains sont symbiotiques car ils vivent en association à bénéfice réciproque avec d’autres organismes. Ils forment des lichens qui sont une association d’algues et de champignons.

CLASSIFICATION

Du point de vue taxonomique, les Mycètes ou les champignons comprennent trois grands groupes, les Mycétozoaires ou champignons animaux, les Oomycètes ou champignons – Algues et les Eumycètes ou vrais champignons (Bouchet et al., 2005). Les Mycétozoaires possèdent un appareil végétatif sous forme de thalles à plasmodes. Ils se divisent en trois classes dont une des classes est appelée Myxomycètes. Par contre, les Oomycètes sont des organismes à siphon et à zygotes mais ils contiennent de la cellulose qui les rapprochent des algues. Les Eumycètes sont des organismes filamenteux ; ils adoptent des modes de vie typiquement fongiques. Les Eumycètes se divisent en plusieurs classes basées sur les différentes formes de leur reproduction sexuée, parmi lesquelles les Chytridiomycètes, les Zygomycètes, les Ascomycètes et les Basidiomycètes (Bouchet et al., 2005) (Figure 2). Les Chytridiomycètes ont des spores flagellées et mobiles ; les trois autres ont des spores non flagellées : Zygomycètes à zygospores, Ascomycètes à asques, Basidiomycètes à basides. Or, pour la plupart d’entre eux, on ne connaît que la reproduction asexuée. Pour cela, un groupe artificiel a été créé pour situer ces organismes dans la classification générale : Deutéromycètes ou champignons imparfaits (Boedyn, 1969) (champignons anamorphes, champignons mitosporiques, champignons conidiens). Ce groupe a un système d’identification particulier essentiellement basé sur le mode de formation des spores, appelées conidies (Kiffer et Morelet, 1997). La plupart des taxons fongiques rencontrés dans l’atmosphère appartiennent aux Ascomycètes, Basidiomycètes et Deutéromycètes (Haines et al., 2000). De plus, les champignons animaux sont représentés dans l’atmosphère par les spores des Myxomycètes à une quantité non négligeable (Desbois et al., 2006). La classe des Zygomycètes, représentée souvent par le genre Entomophtora sp., est aussi répertoriée dans la mycoflore atmosphérique mais à une concentration faible en spores.

MYXOMYCETES

Ce ne sont pas de vrais champignons mais des champignons animaux ou Mycétozoaires. Ils ont une fréquence de 2,46%. Les spores inertes de Myxomycètes sont très abondantes dans l’air entre le 20 et le 24 octobre. La quantité maximale est estimée à 685 spores par m3 d’air le 21 octobre. Cette concentration diminue rapidement vers la fin d’octobre et ne reprend qu’en deuxième semaine de novembre jusqu’en troisième semaine de novembre. Pour le reste, la quantité enregistrée ne dépasse pas les 150 spores par m3 d’air.

Cladosporium FR

 Références bibliographiques : Barnett et Hunter (1972) ; Boedyn (1969) ; Smith (1990) ; Alexopolus et Mims (1996) ; Kiffer et Morelet (1997) ; CSHPF (2006) http://www.pollenplus.com
 Description des spores (Planche I, Photos 1 à 3) : Les conidies ovïdes, cylindriques ou elliptiques, sont uni ou pluricellulaires (plus souvent bicellulaires), septées ou non, de couleur foncée. Elles ont une paroi lisse ou verruqueuse et peuvent, en germant, produire des cellules nouvelles. Ces spores présentent des cicatrices très marquées à leurs extrémités qui les rendent tout à fait caractéristiques. L’identification des spores de Cladosporium sp. est donc très facile sur les lames aérobiologiques.
 Biologie et écologie : Environ cinquante espèces vivent en saprophytes, parfois en parasites chez les plantes supérieures. Les spores de Cladosporium sp. sont les plus répandues à l’échelle planétaire et se trouvent à la fois dans l’air intérieur (sur les murs humides, tapis, vieilles boiseries, etc.) et à l’extérieur dans des sols boisés ou les herbes sauvages. C’est un genre cosmopolite. Le rôle clinique de Cladosporium sp. est souvent comparé à celui d’Alternaria sp. bien qu’il soit de moindre importance. Les enfants sont les plus souvent sensibles. D’ailleurs, l’allergénicité de Cladosporium sp. ne se manifeste qu’à de fortes concentrations. Mesurée par la méthode volumétrique du Burkard, cette concentration semble se situer au-delà de 8.000 spores par m3 d’air (moyenne journalière). Cladosporium sp. est une moisissure très foncée (olive foncé), virant même au noir sur certains substrats. Les conidiophores, qui se dressent verticalement et sont ramifiés vers le sommet, sont de couleur foncée. Ces spores sont produites en chaînes ramifiées, facilement dissociées et dispersées par le vent.

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Table des matières

INTRODUCTION
I. GENERALITES SUR LES CHAMPIGNONS
I.1. Définition et modes de vie
I.2. Classification
I.2.1. Ascomycètes
I.2.2. Basidiomycètes
I.2.3. Deutéromycètes
I.3. Spores fongiques
I.4. Spores fongiques et santé humaine
I.5. Techniques générales utilisées en aéromycologie
II. MILIEU D’ETUDE
II.1. Situation géographique
II.2. Climat
II.2.1. Température
II.2.2. Pluviosité
II.2.3. Diagramme ombrothermique
II.2.4. Humidité atmosphérique
II.2.5. Vent
II.3. Flore et végetation
II.4. Démographie
II.4.1. Contexte socio-économique
II.4.2. Situation sanitaire
III. MATERIELS ET METHODES
III.1. ETUDES AEROMYCOLOGIQUES
III.1.1. Appareil de mesure
III.1.1.1. Description et fonctionnement
III.1.1.2. Site d’emplacement du capteur
III.1.1.3. Relevé du tambour
III.1.2. Travaux de laboratoire
III.1.2.1. Milieu de montage et colorant
III.1.2.2. Préparation du tambour
III.1.2.3. Montage des lames
III.1.3. Techniques d’analyses microscopiques
III.1.3.1. Critères d’identification des spores fongiques
III.1.3.2. Niveau de détermination
III.1.3.3. Mode de comptage microscopique
III.1.3.4. Estimation de la concentration en spores et traitement des données
III.2. Collecte des données sur les taxons fongiques identifiés
III.3. Collecte des données climatiques
IV. RESULTATS ET INTERPRETATIONS
IV.1. DIVERSITE DES SPORES FONGIQUES DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO
IV.1.1. Différentes catégories de spores fongiques identifiées
IV.1.2. Richesse taxonomique
IV.2. VARIATION JOURNALIERE GLOBALE DE LA CONCENTRATION EN SPORES FONGIQUES DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO
IV.3. FREQUENCE DES SPORES FONGIQUES CAPTEES DANS L’ATMOSPHERE D’ANTANANARIVO
IV.4. VARIATION JOURNALIERE DE LA QUANTITE DE SPORES DES PRINCIPAUX TAXONS FONGIQUES
IV.4.1. Deutéromycètes
IV.4.1.1. Cladosporium sp
IV.4.1.2. Aspergilliaceae
IV.4.1.3. Arthrinium sp
IV.4.1.4. Torula sp
IV.4.1.5. Epicoccum sp
IV.4.1.6. Helminthosporium sp
IV.4.1.7. Cercospora sp
IV.4.1.8. Alternaria sp
IV.4.1.9. Pithomyces sp
IV.4.2. Basidiomycètes
IV.4.2.1. Basidiospores indéterminées
IV.4.2.2. Ustilago sp
IV.4.2.3. Puccinia sp
IV.4.2.4. Smuts
IV.4.3. Ascomycètes
IV.4.3.1. Ascospores indéterminées
IV.4.3.2. Sporomiella sp
IV.4.3.3. Didymella sp
IV.4.3.4. Xylariaceae
IV.4.3.5. Ascobolus sp
IV.4.3.6. Erysiphe sp
IV.4.4. Myxomycetes
IV.4.5. Zygomycètes
IV.4.6. Indétérminées
IV.5. DESCRIPTIONS DE QUELQUES TAXONS / » SPORES TYPES » FONGIQUES IDENTIFIES
IV.5.1. Deutéromycètes
IV.5.1.1. Cladosporium sp
IV.5.1.2. Alternaria sp
IV.5.1.3. Arthrium sp
IV.5.1.4. Torula sp
IV.5.1.5. Fusarium sp
IV.5.1.6. Helminthosporium sp
IV.5.1.7. Cercospora sp
IV.5.1.8. Epicoccum sp
IV.5.1.9. Pithomyces sp
IV.5.1.10. Helicomyces sp
IV.5.1.11. Cf. Stemphylium sp
IV.5.1.12. « Spores types » : Aspergilliaceae
IV.5.1.13. Drechslera sp
IV.5.2. Ascomycètes
IV.5.2.1. « Spores types »: Ascospores
IV.5.2.2. Erysiphe sp. MERAT
IV.5.2.3. Sporomiella sp
IV.5.2.4. Leptosphaeria sp
IV.5.2.5. Ascobolus sp
IV.5.2.6. Didymella sp
IV.5.2.7. « Spores types » : Xylariceae
IV.5.3. Basidiomycètes
IV.5.3.1. Ustilago sp (PERS.) ROUSSEL
IV.5.3.2. Puccinia sp
IV.5.3.3. « Spores types » : Smuts
IV.5.4. Zygomycètes
IV.5.5. Myxomycètes
IV.5.6. Indéterminées
IV.6. FACTEURS CLIMATIQUES ET SPORES FONGIQUES ATMOSPHERIQUES
IV.6.1. Variation journalière des facteurs climatiques
IV.6.2. Relation entre facteurs climatiques et concentration en spores fongiques de l’atmosphère
IV.6.2.1. Total des spores et Cladosporium sp
IV.6.2.2. Deutéromycètes
IV.6.2.3. Ascomycètes et Basidiomycètes
V. DISCUSSIONS ET RECOMMANDATIONS
V.1. DISCUSSIONS
V.1.1. Mycoflore atmosphérique d’Antananarivo
V.1.2. Catégorisation des taxons fongiques
V.1.2.1. Champignons atmosphériques à effet allergisant
V.1.2.2. Champignons pathogènes des végétaux ou des animaux
V.1.3. Dispersion des spores fongiques
V.1.4. Estimation des concentrations de spores fongiques et exposition à leurs allergènes
V.1.5. Relation entre les concentrations en spores fongiques et les facteurs climatiques
V.2. RECOMMANDATIONS
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES.