Présentation du laboratoire de parasitologie-mycologie

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Caractères Culturaux

Pour effectuer les cultures il faut recueillir un maximum de grains. Ils sont en effet constitués de filaments enchevêtrés, morts en majorité. Les grains non viables, ne pousseront pas. Avant d’être ensemencés, les grains doivent être lavés, débarrassés des impuretés qui les entourent, la surinfection bactérienne fréquente ne fait qu’augmenter les difficultés habituelles de culture de ces agents [21]. Après prélèvement il faut procéder au lavage des grains dans de l’eau physiologique stérile, puis en ensemencer le plus grand nombre. Les grains actinomycosiques ou pus contenant des grains de Nocardia spp. [9] sont cultivés sur milieux de Lowenstein, de Bennett [9], milieux au sang ou sur milieu de Sabouraud glucosé (pH 7) avec ou sans ActidioneR mais sans antibiotiques [19 ; 20]. Les grains fongiques sont ensemencés sur milieu de Sabouraud glucosé à 2% [9] additionné de chloramphénicol sans cycloheximide ou sur un milieu plus riche tel que « Agar brain heart infusion» [19 ; 20].
Lorsqu’il n’y a pas possibilité de faire des cultures, les grains peuvent être mis dans de l’eau glycérinée à 20 % et adressés rapidement à un laboratoire de référence pour un ensemencement retardé de quelques jours. La culture se fait à 27 et 37 °C, la température de développement constituant un des critères de diagnostic d’espèce.
Le délai d’apparition des colonies est très variable, allant de 8 jours à plusieurs semaines pour les champignons [9].
En pratique quotidienne, elles sont souvent négatives en raison des germes de surinfection qui envahissent les cultures malgré un lavage préalable des grains. Les grains sont constitués d’une majorité de filaments morts, ce qui explique également la négativité des cultures [1].

Pouvoir pathogène expérimental

Jusqu’en 1955 les scientifiques ne sont pas parvenus à réaliser expérimentalement les mycétomes avec leur tableau clinique, mais divers chercheurs ont réussi, à partir d’Actinomyces bovis, à produire chez l’animal des grains caractéristiques [22 ; 23 ; 24].
La production chez l’animal de grains par les champignons responsables de mycétomes maduromycosiques est plus discutée et la plupart des auteurs reconnaissent que ces champignons sont dépourvus de pouvoir pathogène [25 ; 26 ; 27 ; 28 ; 29 ; 30]. Tout au plus ils sont parvenus à produire au point d’injection une tuméfaction qui a disparu, ou un abcès qui s’est fistulisé, mais la production de grains n’a été aucunement observée.
Il semblerait également que la production de grains par l’inoculation à l’animal (lapin) de Scedosporium apiospermum soit assez difficile pour ne pas dire exceptionnelle et que, lorsqu’elle se produit, la formation de massues à la périphérie des filaments fongiques fait défaut [31].
Ainsi, Vanbreuseghem et Bernaerts ont conclu d’après leur étude sur des rats et des cobayes par injection intratesticulaire d’émulsions de colonies de souches de Pseudallescheria boydii et Monosporium apiospermum que Pseudallescheria boydii forme sexuée de Monosporium apiospermum semble être plus apte à produire des grains expérimentalement et produirait des lésions plus avancées chez l’animal, ce qui pourrait être le cas chez l’homme. Il a été dit également que le rat est plus apte à la production de grains que le cobaye [32].
Il a été réalisé par la suite la production de grains chez des souris à qui on a inoculé une suspension de culture d’un agent de mycétome actinomycosique (Streptomyces albus). Les grains n’avaient pas la même structure que celle provenant des humains, aussi bien en raison de l’aspect exclusivement granulaire du parasite que par l’absence totale de ciment. La réaction inflammatoire était très modérée, de type subaigu, ou même absente, ce qui traduisait une faible tendance à la défense de l’organisme inoculé [10].
La production expérimentale de mycétome par Nocardia brasiliensis a été effectuée chez des rats avec production de tumeurs fistulisées, productions de grains et guérisons spontanées chez certains animaux [33].
Avec cette même espèce, il a également été induit expérimentalement des mycétomes chez différentes souches de souris, par des scientifiques mexicains, afin d’étudier la relation entre la progression de la maladie et la concentration en anticorps anti-Nocardia [34]. Il est sorti de cette étude qu’il n’y avait aucune corrélation entre la concentration d’anticorps et la sévérité du mycétome.

Mode de contamination

Le coupage et le ramassage du bois de chauffe sont des facteurs de risque des mycétomes de la main. Au Mexique, où les localisations thoraciques, les agents étiologiques sont introduits à la suite de traumatismes, comme en témoignent certaines observations privilégiées où l’on a retrouvé des épines, échardes ou fragments végétaux à l’examen histologique de la pièce opératoire [9]. Les traumatismes avec des épineux, qui constituent la flore majoritaire des régions d’endémie, sont les plus fréquemment évoqués. Cela explique la fréquence des atteintes au pied chez les habitants de ces régions qui marchent pieds nus et représentent environ un quart des localisations. On invoque le portage de fagots de bois sur le dos ou les épaules. Les traumatismes infectants peuvent être des plus divers, on a invoqué des blessures avec des outils souillés de terre, des piqûres avec des arêtes de poissons séchés (pécheurs du lac Tchad), des morsures de serpents ou autres animaux, des accidents de sport, des accidents de la voie publique. Dans les populations rurales, les plus exposées aux traumatismes infectants, la majorité des patients atteints de mycétomes sont des cultivateurs ou des éleveurs. Sur une série de 1374 patients au Mexique, 60,2% étaient cultivateurs [35]. Le deuxième groupe en importance, 21,3 %, était représenté par les femmes au foyer dont la plupart, d’origine rurale, participaient également aux travaux champêtres. Les maçons, charpentiers, menuisiers sont également particulièrement exposés à la contamination.

Réservoir de parasites

Les agents de mycétomes sont uniquement retrouvés au niveau du sol, des épineux et chez l’homme.

Facteurs favorisants

Le port de sandales ou la marche pieds nus, tout en travaillant favorise les traumatismes fréquents sur les pieds et les jambes [36].
Le coupage et le ramassage du bois de chauffe sont des facteurs de risque des mycétomes de la main. Au Mexique, où les localisations thoraciques représentent environ un quart des localisations, on invoque le port de fagots de bois sur le dos et les épaules.
Des prédispositions génétiques, hormonales et même raciales ont été évoquées. En ce qui concerne les mycétomes du cuir chevelu, qu’on ne retrouve que chez le sujet de race noir, le caractère crépu du cheveu du sujet noir africain serait facilitant. De même, la disposition des cheveux chez celui-ci pourrait jouer un rôle favorisant l’incontinence du sac pilaire. Enfin, en Afrique noire, les traumatismes du cuir chevelu seraient particulièrement fréquents, favorisés par certaines pratiques ou habitudes (rasage, portage) [38].
Comme toutes mycoses profondes, un statut immunitaire déficient semble être favorable au développement de mycétomes profonds [39 ; 40].

Répartition géographique

Les agents de mycétomes sont des espèces cosmopolites, et sont particulièrement abondants dans les régions tropicales et subtropicales. Les agents qui les déterminent sont nombreux, mais leur répartition géographique n’est pas uniforme(Fig1). Ainsi la répartition varie suivant les continents et à l’intérieur de ceux-ci suivant les régions.
Toutefois, nombre de ces dernières restent inexplorées ou le sont insuffisamment, de sorte que la carte actuelle de la distribution géographique des espèces fongiques et actinomycosiques ne correspond vraisemblablement que de façon partielle à la réalité. De plus, il y a tout lieu de croire que la répartition des agents des mycétomes n’est pas statique et qu’elle subit une évolution quantitative et qualitative au fur et à mesure que l’environnement se modifie et que les conditions économiques des habitants d’un pays se transforment [40].
La zone endémique se trouve de part et d’autre du 15éme parallèle nord, plus précisément entre 50 et 800 mm de pluies annuelles [41].
Les trois grandes zones endémiques sont le Mexique, l’Afrique et l’Inde. Dans le monde 60% des mycétomes sont causés par les actinomycètes dont l’agent le plus fréquent est Nocardia brasiliensis [42].
En Inde les actinomycètes dominent et sont essentiellement imputables à Actinomadura madurae et dans une moindre mesure à Actinomadura pelletieri
[43]. Mais d’après une étude plus récente, l’Inde et le Soudan ont la plus forte incidence de mycétomes fongiques [36].
L’infection est sporadique dans d’autres pays d’Asie : Pakistan, Thaïlande, Cambodge.
Au Moyen- Orient, dans les parties désertiques (Arabie Saoudite, Yémen) les mycétomes sont également présents et on y retrouve Streptomyces somaliensis et Madurella mycetomatis [44 ; 45].
Sur le continent américain, le deuxième pays d’endémie est le Venezuela, mais la maladie est loin d’y avoir la même importance qu’au Mexique [46]. Au Brésil [47] et en Argentine [48] les actinomycétomes représentent respectivement 68 et 50% des cas. Il faut noter la fréquence de Nocardia brasiliensis au Brésil et de Madurella grisea en Argentine. Dans d’autres parties du continent américain, on note des cas sont sporadiques : Caraïbes, Amérique centrale, États-Unis. En Afrique la zone d’endémie des mycétomes caractérisée par son climat est une bande sahélienne qui va de la region Sénégal‐ Mauritanie à l’Ouest, jusqu’à la Somalie et la république de Djibouti à l’Est [49].
Au Niger Streptomyces somaliensis est plus retrouvé, dans la partie sud sahélienne, les mycétomes à Actinomadura pelletieri prédominent. En Afrique centrale, Actinomadura pelletieri prédomine [41].
De part et d’autre de la zone endémique africaine, les mycétomes deviennent sporadiques. En Afrique du Nord, Actinomadra madurae est l’agent prédominant. C’est d’ailleurs en Algérie qu’il a été décrit pour la première fois.
Rey a établi deux zones d’endémie au Sénégal caractérisées par une pluviométrie différente, avec des agents étiologiques prédominants différents. Il s’agit du Nord où prédominent les mycétomes à grains noirs et du centre où prédominent les mycétomes à grains rouges [50].
Ces dernières années des mycétomes à Actinomadura pelletieri ont été observés dans cette région du nord où la maladie était inconnue auparavant. Actinomadura madurae serait mis en cause dans un pourcentage non négligeable dans la zone du fleuve Sénégal et serait également fréquent à Louga et Diourbel [51]. La figure 2 illustre la répartition des mycétomes au Sénégal.
Les espèces Exophiala jeanselmei, Nocardia astéroïdes, Rhinocladiella atrovirens ont été retrouvées pour la première fois en Afrique de l’ouest au Sénégal.
Par ailleurs il n’est pas impossible que le complexe Cephalosporium-Fusarium soit l’agent presque exclusif des mycétomes à grains blancs fongiques au Sénégal [52].

PHYSIOPATHOLOGIE

Aspects macroscopiques des lésions

Macroscopiquement, l’infection se traduit par des zones granulomateuses au centre purulent, entourées d’une coque fibreuse épaisse. Des fistules font communiquer les zones nécrosées avec la surface. Les grains sont présents dans la partie dermohypodermique des fistules. L’hypoderme est remanié par des lésions nécrotiques et de la fibrose, d’où l’aspect pseudotumoral habituel du mycétome. Il existe d’importantes modifications vasculaires. Les lésions vasculaires microscopiques les plus fréquentes sont une hypertrophie de la tunique moyenne et une fibrose de l’intima [9]. Les grains ont trois destinées : une partie est éliminée par les fistules, une autre détruite par la réaction tissulaire, et une autre, enfin, migre et ensemence soit des tissus voisins, soit des tissus distants, par voie lymphatique [55 ; 56].
Les collections s’étendent de proche en proche jusqu’à l’aponévrose. Un certain nombre de mycétomes ont leur développement limité, sans franchir cette barrière. Le processus reprend le plus souvent après un temps d’arrêt. Il peut y avoir envahissement du muscle, érosion des tendons et sclérose des nerfs. Les os sont attaqués de l’extérieur, à l’inverse de ce qui est observé dans les ostéomyélites bactériennes. Une activité ostéoclastique est observée lorsque la réaction purulente est au contact du tissu osseux. Elle est à l’origine de géodes dont la taille est proportionnelle à celle du grain. La construction osseuse se faisant simultanément est ostéoblastique [9].

Aspects microscopiques des lésions

La lésion microscopique élémentaire est un granulome. Une gangue de polynucléaires neutrophiles est retrouvée au contact du grain, elle est entourée d’un anneau d’histiocytes souvent disposés en palissades. Des réactions à cellules géantes s’observent plus volontiers lorsque les grains comportent un ciment matriciel (M. mycetomatis, S. somaliensis). En périphérie se trouve une réaction subaiguë non spécifique faite de néovaisseaux et de cellules inflammatoires polymorphes. La partie la plus externe est constituée d’une fibrose épaisse. Trois types de réactions tissulaires ont été décrits autour des grains de M. Mycetomatis [56]. La réaction de type I est caractérisée par l’adhérence de neutrophiles au grain, entraînant sa fragmentation et la destruction de filaments. Dans la réaction de type II, des fragments de grains et les neutrophiles morts sont éliminés par les macrophages et des cellules géantes, alors que dans le type III, il y a un granulome épithélioïde avec cellules géantes type Langerhans. Les trois types de réaction coexistent à des degrés divers dans une même lésion. Certains grains peuvent être détruits entièrement, et éventuellement remplacés par un granulome épithélioïde. Cela expliquerait les améliorations partielles spontanées que l’on a pu observer, mais le processus n’est pas suffisant pour détruire tous les grains, et l’on ne connaît pas de guérison totale spontanée. En histologie classique, les grains apparaissent sphériques, curvilignes, réniformes ou vermiformes. En utilisant les coupes sériées, on a pu reconstituer les grains en trois dimensions. Ils se présentent sous l’aspect de tortillons, de colonnes ou de masse vermiforme tordue [57].
Les filaments des grains fongiques ont un diamètre de 2 à 4µm, ils peuvent être vésiculés, surtout en périphérie. Les filaments des grains actinomycosiques ont un diamètre inférieur à 1 µm. Les grains de certaines espèces possèdent un ciment interstitiel, périphérique ou non, qui peut être pigmenté. L’absence de ciment des grains d’A. pelletieri pourrait expliquer le comportement agressif et destructeur de cette espèce, par rapport à celles dont les grains comportent un ciment, comme M. mycetomatis ou S. somaliensis [58] .
La microscopie électronique a permis de mieux connaître la composition du grain et la relation hôte-parasite [46 ; 58].
Le grain est formé de filaments fongiques ou actinomycosiques très dégradés. Environ 10 % seulement de ces filaments sont viables, ce qui rend compte des difficultés observées pour les cultiver en pratique courante.
La matrice du grain, qu’il y ait ou non présence de ciment, résulte d’actions hôte-parasite. Les changements pathologiques observés sont dus à la survie de micro-organismes dans les tissus, son adaptation à la vie in vivo se faisant par différents mécanismes.
Lorsque le grain se développe dans les tissus, les parois des éléments fongiques s’épaississent, surtout en périphérie, et fusionnent entre elles [59].
Il y a production en excès de composants polysaccharidiques du cytosquelette de la paroi des cellules fongiques. Ces altérations rendent le champignon moins pénétrable aux antifongiques. Des immunoglobulines (Ig) humaines, principalement des IgM, pourraient contribuer à la formation de la périphérie du grain, comme en témoigne la frange éosinophilique située en bordure de celui-ci. Certains champignons noirs, comme M. mycetomatis et M. grisea élaborent un ciment extracellulaire qui est une mélanine se combinant avec des débris cellulaires provenant de l’hôte. Le ciment renforce la cohésion du grain, et le protège contre les antifongiques, les anticorps élaborés par l’hôte et les enzymes hydrolytiques. D’autres mécanismes de défense ont été décrits, comme une production de mélanines intramurales avec M. mycetomatis et L. senegalensis, une production d’antigènes immunomodulateurs, une perte de paroi cellulaire, observées avec Nocardiaspp [9].

CLINIQUE

Le délai séparant l’apparition des signes cliniques de la première consultation est également long. Ce retard à la consultation est l’un des principaux problèmes posés par cette affection chronique. Il existe plusieurs explications à cela. La première est que les patients sont des ruraux vivant dans des régions éloignées des centres hospitaliers qui seuls peuvent assumer la prise en charge thérapeutique difficile de cette maladie. Une autre raison est l’évolution lente de l’affection, qui ne motive une consultation qu’au moment des complications dont le principal est l’atteint osseuse. Elle se traduit généralement par des douleurs. Les auteurs mauritaniens ont montré que la présence de douleur spontanée est statistiquement liée de manière significative à la présence d’une atteinte osseuse radiologique [60]. Cependant il y’a une différence entre la topologie des eumycetomes et des actinomycetomes.

Topologie des eumycetomes

Les eumycétomes (fongiques) se traduisent par une infection lentement évolutive des tissus sous-cutanés résultant du développement de champignons de différentes espèces, tous saprophytes du sol et des végétaux épineux des régions semi-désertiques sub-tropicales. Cela explique la localisation préférentielle au pied, la main est plus rarement touchée, mais toutes les topographies peuvent s’observer (cuir chevelu, fesses, épaules, scrotum).
L’incubation est de quelques semaines à plusieurs années après contamination transcutanée. Progressivement et de manière indolore, se développe une tuméfaction sous-cutanée qui se fistulise avec émission d’un matériel sérosanglant contenant des granules de couleur et d’aspect variant suivant les agents pathogènes (noirs et durs pour Madurella mycetomatis). La lésion progresse atteignant le fascia, le muscle et l’os. A la phase de tuméfaction, l’aspect peut faire suspecter une cellulite à pyogènes mais l’absence de fièvre, de douleur, et une évolution très lente sont rapidement évocatrices. La déformation du pied par atteinte osseuse pourrait simuler un pied diabétique. Une gomme tuberculeuse, des tophi goutteux, une maladie de Kaposi avec atteinte osseuse pourraient aussi être envisagés.

Topologie des actinomycetomes

Les actinomycétomes ont la caractéristique de progresser plus rapidement que les eumycetomes. L’infection des vertèbres peut conduire à une compression de la moelle épinière, donnant lieu à des complications neurologiques notamment une paraplégie [42 ; 61 ; 62]. Les fistules des grains noirs sont plates ou légèrement surélevées, parfois bourgeonnantes ; les grains sont facilement visibles, souvent nombreux, «pointant leur nez par les orifices des fistules». Les mycétomes dus à Actinomadura madurae sont bien différents; les fistules sont rares, planes, souvent sèches. Les fistules dues à Streptomyces somaliensis sont également planes, souvent sèches de faible diamètre. A l’opposé, les mycétomes dus à Actinomadura pelletieri ont des fistules se trouvant au sommet de nombreux nodules, polylobés, mous. Le pus s’écoule spontanément ou est obtenu facilement avec un vaccinostyle en grattant le sommet des nodules. Les grains rouges sont abondants mais difficilement discernables à l’œil nu en raison de leur petite taille. Une autre caractéristique de ces mycétomes est leur tendance à donner plus de localisations extra-podales que ceux dus à d’autres espèces . Les mycétomes dus aux espèces du genre Nocardia spp se présentent soit sous forme de tuméfactions inflammatoires avec de nombreux nodules, soit comme des tuméfactions avec de rares fistules planes [9].
Parmi ces localisations, il faut noter la fréquence de l’atteinte de la jambe, de la fesse, du genou et du tronc…

Atteinte des membres inferieurs

L’atteinte du pied est la plus fréquente, ceci a été observé dans les séries provenant des pays d’endémie excepté le Mexique où la localisation podale ne vient pas en première position [9]. En effet au Mexique ce sont les mycétomes à localisation thoracique qui sont les plus fréquents [9]. Les localisations aux orteils sont de pronostic favorable lorsqu’il n’y a pas eu d’extension à l’avant-pied (Fig3). Les mycétomes du dos du pied sont également de pronostic favorable, l’envahissement osseux est tardif.
Cependant ce sont celles de la semelle plantaire, diffus, profonds, à l’atteinte osseuse rapide, qui sont les plus graves. Au stade avancé, le diagnostic est facile : la tumeur écarte les orteils, l’appui n’est plus possible en raison d’une voussure plantaire. Au stade ultime est réalisé le tableau historique de « pied de Madura » avec atteinte globale du pied. Le malade devient un infirme avec une impotence fonctionnelle plus ou moins marquée.
Les chevilles peuvent être aussi atteintes (Fig5) c’est la plus extensive, et qui a le pronostic le plus réservé. La migration des grains est précoce, suivant les gaines vasculonerveuses.
Les localisations à la jambe et à la cuisse (Fig4) ont une extension superficielle, étendue. Il existe une tendance à l’enkystement au niveau du genou, du coude et de la fesse. Les atteintes de l’aine (Fig6) sont le plus souvent secondaires à une atteinte du pied ou à une lésion de proximité, elles peuvent évoluer pour leur propre compte. L’atteinte primitive de l’aine est exceptionnelle. Il peut y avoir envahissement au périnée, le pronostic est alors redoutable [9].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I. GENERALITES SUR LES MYCETOMES
II. EPIDÉMIOLOGIE
II.1. Agents pathogènes
II.1.1. Classification
II.1.2. Habitat
II.1.3. Aspects des grains
II.1.4. Caractères Culturaux
II.1.5. Pouvoir pathogène expérimental
II.2. Mode de contamination
II.3. Réservoir de parasites
II.4. Facteurs favorisants
II.5. Répartition géographique
III. PHYSIOPATHOLOGIE
III.1. Aspects macroscopiques des lésions
III.2. Aspects microscopiques des lésions
IV. CLINIQUE
IV.1. Topologie des eumycetomes
IV.2. Topologie des actinomycetomes
IV.3. Atteinte des membres inferieurs
IV.4. Atteinte du tronc et des membres supérieurs
IV.5. Autres atteintes
IV.6. Evolution des lésions
V.1. Diagnostic mycologique
V.1.1. Prélèvement
V.1.2. Macroscopie
V.1.3. Microscopie
V.1.4. Culture
V.1.5. Identification
V.2. Diagnostic histologique
V.3. Diagnostic sérologique
V.4. Diagnostic par imagerie
V.5. Diagnostic différentiel
VI. TRAITEMENT DES MYCETOMES
VI.1. But du traitement
VI.2. Moyens
VI.2.1. Moyens médicamenteux
VI.2.2. Moyens chirurgicaux
VI.3. Indication du traitement
VI.3.1. Traitement des eumycetomes
VI.3.2. Traitement des actinomycétomes
VI.4. Résultats du traitement
VI.5. Surveillance après le traitement
VII. PROPHYLAXIE
DEUXIEME PARTIE
I. MATERIEL ET METHODE
I.1. Cadre d’étude
I.1.1. Présentation de l’hôpital Aristide Le Dantec
I.1.2. Présentation du laboratoire de parasitologie-mycologie
I.3. Type et période d’étude
I.4. Matériels
I.4.1. Liste du matériel
I.4.2. Rréactifs
I.4.2.1. Eau physiologique stérile
I.4.2.2. Bleu coton lactique
I.4.2.3. Potasse alcoolique à 30%
I.4.3. Milieux de culture
I.4.3.1. Milieu de Lowenstein
I.4.3.2. Milieu de Sabouraud Chloramphénicol (SC)
I.4.3.3. Milieu Sabouraud Chloramphénicol Actidione (SCA)
I.5. Etapes du diagnostic mycologique
I.5.1. Interrogatoire
I.5.2.1. Prélèvement
I.5.2.2. Lavage
I.5.2.3. Examen direct
I.5.2.4. Culture
I.5.2.5. Identification des agents pathogènes
I.3.1. Analyse statistique
II. RESULTATS
II.1. Caractéristique de la Population d’étude
II.1.1. Répartition par rapport à l’âge
II.1.2. Répartition selon le sexe
II.1.3. Répartition par rapport à la profession
II.1.4. Durée des lésions
II.2. Répartition géographique des cas confirmés
II.4. Couleur des grains
II.5. Espèces identifiées
III. DISCUSSION
CONCLUSION
RECOMMANDATIONS
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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