La rรฉsistance aux antibiotiques des infections microbiennes est un vรฉritable fardeau pour la santรฉ et lโรฉconomie dans le monde. Du fait de la rรฉsistance aux antimicrobiens, la durรฉe de la pathologie est plus longue et le risque de dรฉcรจs augmente. La rรฉsistance augmente รฉgalement le coรปt des soins du faite de la prolongation des sรฉjours ร lโhรดpital et de soins plus intensifs requis. Le dรฉcรจs dรป aux bactรฉries rรฉsistantes est variable dโun pays ร lโautre, supรฉrieur ร 64% comparรฉ au risque pour les personnes atteintes dโune forme non rรฉsistante de lโinfection en Asie. [1]. Staphylococcus aureus rรฉsistant ร la mรฉticilline (SARM) occupe une place importante parmi les bactรฉries rรฉsistantes. La mortalitรฉ due aux SARM augmente significativement (P <0,00001) [2]. Selon le donnรฉ de lโOMS, 147 รฉtudes ont รฉtรฉ faite dans le monde sur le SARM. A Madagascar il nโy a que 3 รฉtudes qui ont รฉtรฉ faite en 2006 -2008. [2]. Le portage de cette bactรฉrie jouerait un rรดle important dans la survenue des infections et constitue en soi un facteur de risque important de bactรฉriรฉmie ร SARM [3]. Malgrรฉ lโexistence des donnรฉes sur le SARM, ces donnรฉes ne sont pas suffisantes dโoรน la nรฉcessitรฉ dโautres รฉtude pour ajouter les donnรฉes dรฉjร fait. La connaissance de la prรฉvalence du SARM permet dโรฉvaluer la propagation de cette bactรฉrie dans le monde et de discuter dโune prophylaxie efficace contre dโรฉventuelle propagation.
RAPPEL
La flore normale de lโhomme est principalement constituรฉe de quelques champignons eucaryotes et des protistes majoritairement reprรฉsentรฉs par les bactรฉries. Classiquement on peut regrouper la flore bactรฉrienne commensale de lโorganisme en 4 zones :
โค La flore cutanรฉe
โค La flore digestive (intestinale)
โค La flore gรฉnitale (vaginale)
โค La flore respiratoire (oropharyngรฉe) dans laquelle on peut distinguer la flore bactรฉrienne du nez, de la bouche et de la gorge. Grossiรจrement, la flore bactรฉrienne nasale est composรฉe par des bactรฉries provenant de la flore cutanรฉe et de la flore oropharyngรฉe. [4].
Staphylococcus aureusย
Taxonomie
Lโespรจce Staphylococcus aureus appartient ร la famille des Micrococcaceae .
Habitat
De nature ubiquitaire, les Staphylocoques spp sont rencontrรฉs dans lโair, lโeau et le sol. Ils vivent ร lโรฉtat commensal sur la peau et les muqueuses : chez 30 โ50% de porteurs sains, ils sont prรฉsents au niveau du nez, de la gorge, des mains, des selles et du pรฉrinรฉe [5]. Du point de vu de lโรขge, les enfants semblent avoir un taux plus รฉlevรฉ de porteur permanent par rapport aux adultes. Toutefois, ces taux varient beaucoup avec lโรขge allant de 45 % durant les 8 premiรจres semaines de vie ร 21% aprรจs 6 mois. [6].
Morphologie
A lโexamen microscopique, tous les Staphylocoques se prรฉsentent sous lโaspect de coques regroupรฉs en petits amas, en diplocoques ou en trรจs courtes chaรฎnettes (3 ร 5 รฉlรฉments) et positivement colorรฉs au Gram. Toutefois, le mode de groupement dit en ยซ grappe ยป ou en ยซ amas ยป est plus caractรฉristique aprรจs culture sur un milieu gรฉlosรฉ. Sur le plan individuel, ce sont des cocci mesurant 0,7 ร 1,2ฮผm, immobiles, asporulรฉs, gรฉnรฉralement acapsulรฉs (ou ayant une faible capacitรฉ de synthรจse de capsule).
Caractรจres de culture
Le Staphylococcus aureus cultive facilement sur milieux ordinaires en aรฉrobiose comme en anaรฉrobiose en formant, sur milieux solides, des colonies lisses, luisantes et bombรฉes, plus ou moins pigmentรฉes en jaune or, d’oรน l’appellation familier de ยซstaphylocoque dorรฉ ยป. En milieu liquide, il produit, dans le bouillon, un trouble homogรจne. Il n’a pas d’exigences particuliรจres. En effet, si les conditions idรฉales de croissance sont une tempรฉrature de 37ยฐ C et un pH de 7,5, de grandes variations sont tolรฉrรฉes. Il se multiplie dans des milieux contenant une forte concentration de NaCl (5 ร 10 g pour cent) le faisant partie des bactรฉries halophiles comme tous les Micrococacceae. Il est capable de transformer de nombreux substrats, notamment les sucres, mais sa particularitรฉ est sa capacitรฉ ร fermenter le mannitol (un polyalcool) contrairement ร la plupart des Staphylocoques ร Coagulase Nรฉgative (SCN). Il n’a pas d’exigences particuliรจres. En effet, si les conditions idรฉales de croissance sont une tempรฉrature de 37ยฐ C et un pH de 7,5, de grandes variations sont tolรฉrรฉes. Il se multiplie dans des milieux contenant une forte concentration de NaCl (5 ร 10 g pour cent) le faisant partie des bactรฉries halophiles comme tous les Micrococacceae. Il est capable de transformer de nombreux substrats, notamment les sucres, mais sa particularitรฉ est sa capacitรฉ ร fermenter le mannitol (un polyalcool) contrairement ร la plupart des Staphylocoques ร Coagulase Nรฉgative (SCN) .
Equipements enzymatiques et substances รฉlaborรฉes
La diffรฉrenciation des espรจces staphylococciques repose sur lโhybridation des acides nuclรฉiques et particuliรจrement sur lโanalyse des sรฉquences de lโARNr 16s et dโautres techniques de biologie molรฉculaire. Les S. aureus peuvent se distinguer des autres espรจces de staphylocoques par rapport ร plusieurs critรจres distinctifs. Les S. aureus possรจdent une coagulase, une dรฉsoxyribonuclรฉase (DNase), une activitรฉ catalase positive et peuvent fermenter le mannitol.
La coagulase ou staphylocoagulaseย
La staphylocoagulase libre est le produit du gรจne coa. Ce gรจne induit la production dโune protรฉine extracellulaire et non dโune enzyme. Elle fait partie des SERAM (secretable expanded repertoire adhesive molecules) qui sont des nouvelles adhรฉsines [7]. La coagulase est une protรฉine de 60kDa qui se fixe avec la prothrombine sur un site de liaison situรฉ en N-terminal. Elle forme avec la prothrombine un complexe nommรฉ staphylothrombine. Ce complexe va induire une polymรฉrisation du fibrinogรจne en fibrine et ainsi la formation d’un thrombus [8]. On utilise le test de la coagulase en tube comme marqueur de lโidentification de S. aureus en routine dans les services de biologie. Ce test consiste ร incuber ร 37ยฐC, un mรฉlange de la souche ร tester (0,5 ml) et du plasma de lapin (0,5 ml) pendant 4h puis 24h. Si la bactรฉrie dรฉtient une coagulase, alors on voit apparaitre un caillot en inclinant le tube. Le plasma de lapin est restรฉ pris en masse au fond du tube (Figure 3) [9] Des chercheurs ont mis en รฉvidence que la virulence nโรฉtait pas forcรฉment liรฉe au rรดle de la coagulase [10]., nรฉanmoins la recherche de coagulase permet de diffรฉrencier les souches potentiellement pathogรจnes. Enfin on peut considรฉrer que le rรดle de la coagulase permet aux S. aureus de rรฉsister aux anticorps et ร la phagocytose par les leucocytes lorsqu’ils sont localisรฉs dans un caillot.
La DNase thermostable
La DNase thermostable est le produit du gรจne nuc. On la nomme aussi la thermonuclรฉase et cโest une endonuclรฉase. Cette enzyme coupe les acides dรฉsoxyribonuclรฉiques (ADN) en nuclรฉotides ou polynuclรฉotides en hydrolysant les liaisons phosphodiesters. La thermonuclรฉase est caractรฉristique des souches de S. aureus (ainsi que deux autres staphylocoques ร coagulase positive) et elle nโest pas dรฉtruite ร des tempรฉratures รฉlevรฉes (15 minutes ร 100ยฐ). La recherche de cette enzyme se fait sur un milieu ADN-bleu de toluidine et les souches qui dรฉtiennent une DNase thermostable forment une zone de couleur rose supรฉrieure ร 1 mm, ce quโon obtient avec S. aureus .
La catalase
Le S. aureus possรจde une activitรฉ catalase positive comme tous les staphylocoques. Cette activitรฉ enzymatique permet la dรฉgradation du peroxyde dโoxygรจne en eau et dioxygรจne. Pour rรฉaliser ce test, il suffit de prรฉlever quelques colonies de bactรฉries et de les mettre en prรฉsence de peroxyde dโoxygรจne (ou eau oxygรฉnรฉe). La prรฉsence de bulles de dioxygรจne confirme lโactivitรฉ enzymatique de la bactรฉrie. La catalase est trรจs utile en pratique pour diffรฉrencier les bactรฉries ร Gram +.
La fermentation du mannitol
Le S. aureus est capable de fermenter le mannitol. Le mannitol est un polyol et on peut le retrouver comme รฉdulcorant ou bien comme excipient dans les mรฉdicaments. Gรฉnรฉralement on dรฉtecte la fermentation du mannitol par un changement de couleur du milieu de culture. Par exemple pour le milieu BD Mannitol Salt Agarยฎ, le milieu passe de la couleur rouge ร la couleur jaune sโil y a fermentation du mannitol. Ce changement de couleur se produit grรขce ร un indicateur colorรฉ, dans cet exemple, lโindicateur est le rouge de phรฉnol. Cependant, certaines souches de staphylocoques ร coagulase nรฉgative fermentent รฉgalement le mannitol. S. aureus produit des toxines, des protรฉines et des enzymes qui ont diffรฉrentes cibles. En effet, certaines toxines ont plus un tropisme membranaire, dโautres une activitรฉ superantigรฉnique et certaines un rรดle dโextension du foyer infectieux.
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Table des matiรจres
INTRODUCTION
I. Staphylococcus aureus
I-1. Taxonomie
I-2. Habitat
I-3. Morphologie
I-4. Caractรจres de culture
I-5. Equipements enzymatiques et substances รฉlaborรฉes
I-5-1. La coagulase ou staphylocoagulase
I-5-2. La DNase thermostable
I-5-3. La catalase
I-5-4. La fermentation du mannitol
I-5-5. La staphylokinase
I-5-6. La FAME (fatty acid modifying enzyme)
I-5-7. Les sรฉrines protรฉases
I-5-8. Le groupe des hรฉmolysines
I-5-9. Les exfoliatines
I-5-10. Les entรฉrotoxines
I-5-11. La toxine du choc staphylococcique (TSST1)
I-5-12. LโACME (arginine catabolic mobile element)
I-6. Antibiorรฉsistance
I-6-1. Resistance naturelle
I-6-2. Resistance acquise aux ฮฒ-lactamines
I-6-3. Resistance acquise aux autres familles dโantibiotiques
I-7. Virulence et pathogรฉnie de Staphylococcus aureus
I-7-1. Facteurs de virulence
I-7-2. Pouvoirs Pathogรจnes
II. Particularitรฉs des souches de SARM
II-1. Epidรฉmiologie
II-2. SARM Hospitalier
II-3. SARM Communautaire
II-4. Virulence des souches de SARM
DEUXIEME PARTIE : MATERIELS
I. Matรฉriels et mรฉthodes
I-1. Critรจres de sรฉlection des patients
I-2. Paramรจtres รฉtudiรฉs
I-3. Procรฉdures dโidentification des bactรฉries commensales
I.3.1. Prรฉlรจvements nasaux
I-3-2. Condition de culture et caractรฉristiques des gรฉloses
I-3-3. Identification des souches bactรฉriennes
II. RESULTATS
II-1. Rรฉpartition des enfants selon le genre
II-2. Rรฉpartition des enfants selon leur tranche dโรขge
II-3. Distribution des enfants en fonction du portage nasal de Staphylococcus aureus et du genre
II.4. Rรฉpartition des enfants selon le portage ou non de SARM
II.5. Rรฉpartition des enfants selon les nombres de jour d’hospitalisation
II-6. Rรฉpartition des enfants selon la notion de prise d’antibiotique
II-7. Rรฉpartition des enfants selon les renseignements cliniques
II-8. Rรฉpartition des enfants selon le portage et jours de prise dโantibiotique
II-9. Rรฉpartition des enfants selon le nombre de jour de prise dโantibiotique
II-10. Sensibilitรฉ des SARM aux autres Antibiotiques
II-11. Rรฉpartition des enfants selon le portage nasal et renseignement clinique
II-12. Rรฉpartition des enfants selon le portage nasal et la tranche dโรขge
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES