Soutenance mémoire
La résistance aux antibiotiques des infections microbiennes est un véritable fardeau pour la santé et l’économie dans le monde. Du fait de la résistance aux antimicrobiens, la durée de la pathologie est plus longue et le risque de décès augmente. La résistance augmente également le coût des soins du faite de la prolongation des séjours à l’hôpital et de soins plus intensifs requis. Le décès dû aux bactéries résistantes est variable d’un pays à l’autre, supérieur à 64% comparé au risque pour les personnes atteintes d’une forme non résistante de l’infection en Asie. [1]. Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) occupe une place importante parmi les bactéries résistantes. La mortalité due aux SARM augmente significativement (P <0,00001) [2]. Selon le donné de l’OMS, 147 études ont été faite dans le monde sur le SARM. A Madagascar il n’y a que 3 études qui ont été faite en 2006 -2008. [2]. Le portage de cette bactérie jouerait un rôle important dans la survenue des infections et constitue en soi un facteur de risque important de bactériémie à SARM [3]. Malgré l’existence des données sur le SARM, ces données ne sont pas suffisantes d’où la nécessité d’autres étude pour ajouter les données déjà fait. La connaissance de la prévalence du SARM permet d’évaluer la propagation de cette bactérie dans le monde et de discuter d’une prophylaxie efficace contre d’éventuelle propagation.
RAPPEL
La flore normale de l’homme est principalement constituée de quelques champignons eucaryotes et des protistes majoritairement représentés par les bactéries. Classiquement on peut regrouper la flore bactérienne commensale de l’organisme en 4 zones :
➤ La flore cutanée
➤ La flore digestive (intestinale)
➤ La flore génitale (vaginale)
➤ La flore respiratoire (oropharyngée) dans laquelle on peut distinguer la flore bactérienne du nez, de la bouche et de la gorge. Grossièrement, la flore bactérienne nasale est composée par des bactéries provenant de la flore cutanée et de la flore oropharyngée. [4].
Staphylococcus aureus
Taxonomie
L’espèce Staphylococcus aureus appartient à la famille des Micrococcaceae .
Habitat
De nature ubiquitaire, les Staphylocoques spp sont rencontrés dans l’air, l’eau et le sol. Ils vivent à l’état commensal sur la peau et les muqueuses : chez 30 –50% de porteurs sains, ils sont présents au niveau du nez, de la gorge, des mains, des selles et du périnée [5]. Du point de vu de l’âge, les enfants semblent avoir un taux plus élevé de porteur permanent par rapport aux adultes. Toutefois, ces taux varient beaucoup avec l’âge allant de 45 % durant les 8 premières semaines de vie à 21% après 6 mois. [6].
Morphologie
A l’examen microscopique, tous les Staphylocoques se présentent sous l’aspect de coques regroupés en petits amas, en diplocoques ou en très courtes chaînettes (3 à 5 éléments) et positivement colorés au Gram. Toutefois, le mode de groupement dit en « grappe » ou en « amas » est plus caractéristique après culture sur un milieu gélosé. Sur le plan individuel, ce sont des cocci mesurant 0,7 à 1,2μm, immobiles, asporulés, généralement acapsulés (ou ayant une faible capacité de synthèse de capsule).
Caractères de culture
Le Staphylococcus aureus cultive facilement sur milieux ordinaires en aérobiose comme en anaérobiose en formant, sur milieux solides, des colonies lisses, luisantes et bombées, plus ou moins pigmentées en jaune or, d’où l’appellation familier de «staphylocoque doré ». En milieu liquide, il produit, dans le bouillon, un trouble homogène. Il n’a pas d’exigences particulières. En effet, si les conditions idéales de croissance sont une température de 37° C et un pH de 7,5, de grandes variations sont tolérées. Il se multiplie dans des milieux contenant une forte concentration de NaCl (5 à 10 g pour cent) le faisant partie des bactéries halophiles comme tous les Micrococacceae. Il est capable de transformer de nombreux substrats, notamment les sucres, mais sa particularité est sa capacité à fermenter le mannitol (un polyalcool) contrairement à la plupart des Staphylocoques à Coagulase Négative (SCN). Il n’a pas d’exigences particulières. En effet, si les conditions idéales de croissance sont une température de 37° C et un pH de 7,5, de grandes variations sont tolérées. Il se multiplie dans des milieux contenant une forte concentration de NaCl (5 à 10 g pour cent) le faisant partie des bactéries halophiles comme tous les Micrococacceae. Il est capable de transformer de nombreux substrats, notamment les sucres, mais sa particularité est sa capacité à fermenter le mannitol (un polyalcool) contrairement à la plupart des Staphylocoques à Coagulase Négative (SCN) .
Equipements enzymatiques et substances élaborées
La différenciation des espèces staphylococciques repose sur l’hybridation des acides nucléiques et particulièrement sur l’analyse des séquences de l’ARNr 16s et d’autres techniques de biologie moléculaire. Les S. aureus peuvent se distinguer des autres espèces de staphylocoques par rapport à plusieurs critères distinctifs. Les S. aureus possèdent une coagulase, une désoxyribonucléase (DNase), une activité catalase positive et peuvent fermenter le mannitol.
La coagulase ou staphylocoagulase
La staphylocoagulase libre est le produit du gène coa. Ce gène induit la production d’une protéine extracellulaire et non d’une enzyme. Elle fait partie des SERAM (secretable expanded repertoire adhesive molecules) qui sont des nouvelles adhésines [7]. La coagulase est une protéine de 60kDa qui se fixe avec la prothrombine sur un site de liaison situé en N-terminal. Elle forme avec la prothrombine un complexe nommé staphylothrombine. Ce complexe va induire une polymérisation du fibrinogène en fibrine et ainsi la formation d’un thrombus [8]. On utilise le test de la coagulase en tube comme marqueur de l’identification de S. aureus en routine dans les services de biologie. Ce test consiste à incuber à 37°C, un mélange de la souche à tester (0,5 ml) et du plasma de lapin (0,5 ml) pendant 4h puis 24h. Si la bactérie détient une coagulase, alors on voit apparaitre un caillot en inclinant le tube. Le plasma de lapin est resté pris en masse au fond du tube (Figure 3) [9] Des chercheurs ont mis en évidence que la virulence n’était pas forcément liée au rôle de la coagulase [10]., néanmoins la recherche de coagulase permet de différencier les souches potentiellement pathogènes. Enfin on peut considérer que le rôle de la coagulase permet aux S. aureus de résister aux anticorps et à la phagocytose par les leucocytes lorsqu’ils sont localisés dans un caillot.
La DNase thermostable
La DNase thermostable est le produit du gène nuc. On la nomme aussi la thermonucléase et c’est une endonucléase. Cette enzyme coupe les acides désoxyribonucléiques (ADN) en nucléotides ou polynucléotides en hydrolysant les liaisons phosphodiesters. La thermonucléase est caractéristique des souches de S. aureus (ainsi que deux autres staphylocoques à coagulase positive) et elle n’est pas détruite à des températures élevées (15 minutes à 100°). La recherche de cette enzyme se fait sur un milieu ADN-bleu de toluidine et les souches qui détiennent une DNase thermostable forment une zone de couleur rose supérieure à 1 mm, ce qu’on obtient avec S. aureus .
La catalase
Le S. aureus possède une activité catalase positive comme tous les staphylocoques. Cette activité enzymatique permet la dégradation du peroxyde d’oxygène en eau et dioxygène. Pour réaliser ce test, il suffit de prélever quelques colonies de bactéries et de les mettre en présence de peroxyde d’oxygène (ou eau oxygénée). La présence de bulles de dioxygène confirme l’activité enzymatique de la bactérie. La catalase est très utile en pratique pour différencier les bactéries à Gram +.
La fermentation du mannitol
Le S. aureus est capable de fermenter le mannitol. Le mannitol est un polyol et on peut le retrouver comme édulcorant ou bien comme excipient dans les médicaments. Généralement on détecte la fermentation du mannitol par un changement de couleur du milieu de culture. Par exemple pour le milieu BD Mannitol Salt Agar®, le milieu passe de la couleur rouge à la couleur jaune s’il y a fermentation du mannitol. Ce changement de couleur se produit grâce à un indicateur coloré, dans cet exemple, l’indicateur est le rouge de phénol. Cependant, certaines souches de staphylocoques à coagulase négative fermentent également le mannitol. S. aureus produit des toxines, des protéines et des enzymes qui ont différentes cibles. En effet, certaines toxines ont plus un tropisme membranaire, d’autres une activité superantigénique et certaines un rôle d’extension du foyer infectieux.
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Table des matières
INTRODUCTION
I. Staphylococcus aureus
I-1. Taxonomie
I-2. Habitat
I-3. Morphologie
I-4. Caractères de culture
I-5. Equipements enzymatiques et substances élaborées
I-5-1. La coagulase ou staphylocoagulase
I-5-2. La DNase thermostable
I-5-3. La catalase
I-5-4. La fermentation du mannitol
I-5-5. La staphylokinase
I-5-6. La FAME (fatty acid modifying enzyme)
I-5-7. Les sérines protéases
I-5-8. Le groupe des hémolysines
I-5-9. Les exfoliatines
I-5-10. Les entérotoxines
I-5-11. La toxine du choc staphylococcique (TSST1)
I-5-12. L’ACME (arginine catabolic mobile element)
I-6. Antibiorésistance
I-6-1. Resistance naturelle
I-6-2. Resistance acquise aux β-lactamines
I-6-3. Resistance acquise aux autres familles d’antibiotiques
I-7. Virulence et pathogénie de Staphylococcus aureus
I-7-1. Facteurs de virulence
I-7-2. Pouvoirs Pathogènes
II. Particularités des souches de SARM
II-1. Epidémiologie
II-2. SARM Hospitalier
II-3. SARM Communautaire
II-4. Virulence des souches de SARM
DEUXIEME PARTIE : MATERIELS
I. Matériels et méthodes
I-1. Critères de sélection des patients
I-2. Paramètres étudiés
I-3. Procédures d’identification des bactéries commensales
I.3.1. Prélèvements nasaux
I-3-2. Condition de culture et caractéristiques des géloses
I-3-3. Identification des souches bactériennes
II. RESULTATS
II-1. Répartition des enfants selon le genre
II-2. Répartition des enfants selon leur tranche d’âge
II-3. Distribution des enfants en fonction du portage nasal de Staphylococcus aureus et du genre
II.4. Répartition des enfants selon le portage ou non de SARM
II.5. Répartition des enfants selon les nombres de jour d’hospitalisation
II-6. Répartition des enfants selon la notion de prise d’antibiotique
II-7. Répartition des enfants selon les renseignements cliniques
II-8. Répartition des enfants selon le portage et jours de prise d’antibiotique
II-9. Répartition des enfants selon le nombre de jour de prise d’antibiotique
II-10. Sensibilité des SARM aux autres Antibiotiques
II-11. Répartition des enfants selon le portage nasal et renseignement clinique
II-12. Répartition des enfants selon le portage nasal et la tranche d’âge
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
