Physiopathologie de l’infection par le VIH

Le syndrome d’immunodéficience acquise (sida) est la conséquence grave de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) [1] ; virus appartenant à la famille des rétrovirus isolé par l’institut Pasteur de paris en 1983. Depuis que le premier cas de sida a été rapporté en 1981 au USA, l’infection par le VIH sévit encore de façon préoccupante à travers le monde. Le rapport épidémiologique de l’ONUSIDA estimait en fin 2010 à 34 millions [31,6 – 35,2 millions] le nombre de personnes vivant avec le VIH, à 1,8 millions [1,6 – 1,9 millions] le nombre de personnes décédées de causes liées au sida et à 2,7 millions [2,4 – 2,9 millions] le nombre de nouvelles infections par le VIH cette même année [2].

L’Afrique subsaharienne paie un lourd tribu dans cette pandémie en étant la région du globe la plus touchée par le VIH d’après ce même rapport de l’ONUSIDA en 2010 près de 68% des personnes vivants avec le VIH résidaient en Afrique subsaharienne; région qui ne représentait pourtant que 12% de la population mondiale. Elle était également à l’origine de 70% des nouvelles infections par le VIH en 2010 [2].

A ce jour, le pronostic de l’infection par le VIH a été nettement amélioré par le développement des connaissances sur les manifestations cliniques et sur les thérapeutiques avec l’avènement de la trithérapie en 1996 qui a profondément changé le cours de la maladie dans le monde [3]. Le Sénégal pionnier dans la sous-région avec l’initiative sénégalaise d’accès aux antirétroviraux (ISAARV) [4] en 1998, puis la gratuité des ARV avec l’appui des partenaires à partir de 2003. Cependant les bénéfices du traitement sont meilleurs lorsqu’ils sont introduits à temps dans l’histoire de la maladie, avant le stade tardif (sida). La découverte et la prise en charge tardive sont reconnues comme facteurs de mauvais pronostic même en cas de mise sous traitement efficace. En effet chez les patients pris en charge tardivement, on observe une mortalité et une comorbidité plus élevé que chez les patients avec un diagnostic précoce.

L’importance du retard au diagnostic de l’infection par le VIH chez certains groupes de patients y compris ceux originaires d’Afrique a été rapportée par des études réalisées en Europe et aux Etats unis d’Amérique [5,6] et un grand nombre de patients vivant dans les régions à ressources limités accédant tardivement aux ARV du fait d’une découverte tardive de leur infection .

Epidémiologie de l’infection par le VIH

« La maladie des 3 H » ainsi était appelé le sida observé pour la première fois aux Etats-Unis en 1981 chez les hommes ayant des relations homosexuelles (HSH), des héroïnomanes et des haïtiens [13]. En 1996, au moment où l’infection par le VIH atteint un pic dans la plus part des pays, l’organisation mondiale de la santé (OMS) estimait le nombre de personnes vivant avec le VIH à plus de 20 millions dans le monde. En fin 2010 l’ONUSIDA estimait à 34 millions [31,6 – 35,2 millions] ces mêmes personnes dans le monde ; ce nombre augmentant chaque année sous l’effet combiné de deux facteurs : tout d’abord le nombre de nouvelle contamination estimé à 2,7 millions [2,4 – 2,9 millions] en fin 2010 dont 390 000 enfants [340 000 – 450 000] et l’expansion significative de l’accès aux traitements antirétroviraux qui augmentent la durée de vie des malades qui en bénéficient ces dernières années [2].

Ces chiffres globaux masquent des différences importantes entre les régions du monde. L’Afrique subsaharienne représenterait près des 2/3 de l’épidémie mondiale, avec près de 22,9 millions [21,6 – 24,1millions] (Figure1) des personnes vivants avec le VIH en 2010 pour une population qui ne représente que 12 % de la population mondiale et près de 70% des cas de nouvelles contaminations. La partie australe du continent est la plus durement touchée du monde avec environ 5,6 millions de personnes vivants avec le VIH pour la seule Afrique du Sud ; contrairement à la partie Ouest du continent qui affiche des taux de prévalences stable entre 2% et 5% [13].

Au Sénégal l’épidémie est de type concentrée avec une progression lente et irrégulière on observe une prévalence estimé à 0,7% [14] même si les données récentes indiquent un taux plus élevé dans la population à risque comme les travailleuses de sexes (TS), les usagers de drogues injectables (UDI) et les homosexuels (HS) ; populations dans laquelle l’estimation est difficile à cause du nombre limité d’études [15]. L’épidémie de l’infection par le VIH constitue un problème majeur de santé publique dans le monde. Le sida est la principale cause de décès des femmes en âge de procréer [16]. En 2006, les états membres des nations unis s’étaient engagés à mettre en œuvre tous les efforts nécessaires pour atteindre l’accès universel à la prévention, aux soins et aux traitements de cette maladie en 2010. Même si des progrès importants ont été réalisés dans différents secteurs, cet objectif s’est révélé hors de portée. Plus de 5 millions de personnes qui ont urgemment besoin de traitement n’y ont pas accès et chaque année tandis que deux personnes accèdent aux antirétroviraux, cinq autres sont contaminées. La solution à la crise du sida passe par des engagements politiques et financiers renforcés.

Mode de transmission 

Le VIH a été isolé principalement dans le sang, le sperme et les sécrétions vaginales des personnes infectées [16], ainsi que dans le lait et les liquides pleurales, amniotiques, broncho-alvéolaire, ou cérébrospinale. A contrario la salive, les larmes et les urines où peuvent être détectés une faible quantité de virus, ne sont pratiquement pas contaminants. C’est pourquoi les 3 principaux modes de transmission du VIH sont les rapports sexuels, la transmission par le sang et la transmission de la mère à l’enfant.

Transmission sexuelle

C’est le mode de contamination de loin le plus fréquent (> 90 % à l’échelle mondiale) [1]; l’infection par le VIH se fait par l’intermédiaire des muqueuses buccales, génitales ou rectale, lorsqu’elles sont en contact avec des sécrétions sexuelles ou du sang contenant du virus. La muqueuse rectale, de par son épithélium monocellulaire est plus susceptible à l’infection.

La totalité des études publiées s’accordent sur le fait que les rapports anogénitaux (sodomie) représentent un risque majeur de contamination. L’estimation du risque de transmission du VIH chez les HSH lors d’un rapport anal réceptif (pénétration par un partenaire séropositif) est comprise entre 0,65 % (0,15 – 1,53) et 1,43 % (0,45 – 2,85) [17,18]. Le risque de transmission du VIH au cours d’un seul rapport vaginal est extrêmement faible comparé à d’autres infections sexuellement transmissibles (IST); il est estimé à 0,1% [19,20]. Selon le sexe du partenaire séropositif, les estimations sont de 0,15% par acte dans le sens homme – femme et 0,09% dans le sens femme – homme [20]. Certains facteurs augmentent le risque de transmission du VIH au cours d’un rapport sexuel, le plus important étant l’infectiosité du partenaire séropositif, qui est globalement assez bien corrélé avec la charge plasmatique .

Physiopathologie de l’infection par le VIH

Agent causal de l’infection par le VIH 

Généralités
Le VIH appartient à la grande famille des rétrovirus, connus chez les animaux depuis le début du siècle comme responsable de leucémies, lymphomes et sarcomes [26]. Deux types de VIH ont été isolés chez l’homme VIH-1 et VIH-2 et c’est le VIH-1 qui prédomine à l’échelle mondiale. Ils se définissent par leur structure: particule de 100nm de diamètre possédant un génome fait de deux molécules d’acides ribonucléiques (ARN) simple brin; leur particularité est leur mode de réplication grâce à la reverse transcriptase (RT) en anglais ou transcriptase inverse (TI) en français leur permettant de rétrotranscrire leur génome à ARN en un acide désoxyribonucléique (ADN). Il (VIH) est classé dans la sous famille des lentivirus qui comprennent des virus impliqués dans les maladies non tumorales et qui possèdent l’autre particularité de détruire les cellules qu’ils infectent.

Structure du VIH

En microscopie électronique, le VIH-1 et le VIH-2 présentent des morphologiques similaires avec un core excentré tronculaire et une enveloppe avec des spicules [27]. Ce core central est formé des deux molécules d’ARN et de trois protéines. Les protéines (et glycoprotéines) du VIH-1 sont désignées souvent par leur poids moléculaire : la protéine de la capside (CA ou p25) ; la protéine de la matrice la plus interne associée à l’ARN (MA ou p18), la nucléocapside (NC ou p7-p9). Par ailleurs, le core viral contient des molécules de RT (p51-p66), d’intégrase (INT ou p32) et de protéase (PROT ou p12).

Autour de la nucléocapside se trouve l’enveloppe virale, formée d’une double couche lipidique d’origine cellulaire, et de deux glycoprotéines (gp) virales. La glycoprotéine transmembranaire, appelée glycoprotéine de fusion, d’un poids moléculaire de 41000 kDa (gp41) traverse la double couche lipidique. Elle est attachée par des liaisons faibles, non covalentes, à la glycoprotéine d’enveloppe externe, appelée glycoprotéine de surface, d’un poids moléculaire de 120 000 kDa (gp120), qui fait saillie à la surface du virus sous forme de spicules.

Variabilité génétique

La variabilité génétique est une caractéristique majeure du VIH. Elle est due à l’association d’une forte réplication virale, d’un taux élevé de recombinaisons, et d’un taux élevé d’erreur de la RT qui n’a pas de système de correction. On retrouve ainsi environ une erreur par cycle réplicatif, ce qui est à l’origine de nombreuses quasi-espèces. Cette variabilité génétique a entraîné une extrême diversification des VIH; VIH-1 et VIH-2 ayant un pourcentage global d’homologie de 49 % [28]. Les VIH-1 se répartissent actuellement en trois groupes M, O et N (non M, non O) : Le VIH-1 du groupe M (majoritaire) qui est responsable de la pandémie actuelle, est divisé en neuf sous-types ou clades (A, B, C, D, F, G, H, J et K). Le sous-type C représente 50 % des sous-types de VIH-1 groupe M circulant dans le monde. En France et dans les pays industrialisés, le sous-type B est resté très longtemps majoritaire et a ainsi fait l’objet de toutes les études portant sur la mise en place des tests virologiques (sérologie, charge virale) et sur l’efficacité des molécules antirétrovirales (ARV). Le VIH-1 du groupe O (outlier) et le VIH-1 du groupe N (non M, non O) ont été identifiés chez des patients originaires du Cameroun, du Gabon, et de Guinée Équatoriale et restent peu répandus.

Il existe une différence de pathogénicité entre les différents groupes et soustypes de VIH-1 : plus faible capacité réplicative (« fitness ») pour le groupe O par rapport au groupe M, plus faible capacité réplicative pour le sous-type C du groupe M par rapport au sous-type B. Le profil d’évolution des mutations de résistance sous la pression de sélection des ARV présente également des différences selon les variants viraux. Très récemment, un nouveau VIH-1 très proche du virus du gorille (SIVgor) vient d’être identifié en France chez une patiente d’origine camerounaise. Ce virus semble être le prototype d’un nouveau groupe de virus différent du groupe M, N ou O. Les auteurs proposent la dénomination de « VIH-1 groupe P » [29]. Quant au VIH 2 qui comporte huit sous-types, Il a été isolé en 1985 chez des patients originaires d’Afrique de l’Ouest [30]. Depuis cette date, l’épidémie liée au VIH-2 reste confinée à cette région [31]. Il présente une capacité réplicative beaucoup plus faible que celle de VIH-1 et est associé à une plus lente évolution vers la maladie sida.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
1. Epidémiologie de l’infection par le VIH
2. Mode de transmission
2.1. Transmission sexuelle
2.2. Transmission par voie sanguine
2.3. Transmission mère-enfant (TME)
3. Physiopathologie de l’infection par le VIH
3.1. Agent causal de l’infection par le VIH
3.1.1. Généralités
3.1.2. Structure du VIH
3.1.3. Variabilité génétique
3.1.4. Cycle de réplication du VIH
3.1.5. Physiopathologie
4. Diagnostic de l’infection par le VIH
4.1. Diagnostic indirect
4.1.1 Tests de dépistage
4.1.1.1 Techniques immunoenzymatiques de type Elisa
4.1.1.2 Tests de diagnostic rapide
4.1.1.3 Test de confirmation
4.2. Diagnostic direct
4.2.1 Quantification de l’ARN-VIH plasmatique
4.2.2 Recherche des antigènes viraux
4.2.3 Isolement du virus sur culture cellulaire
4.2.4 Détection de l’ADN proviral
5. Evolution de l’infection par le VIH
5.1 Primo-infection par le VIH
5.2 Phase asymptomatique
5.2.1 Modalités de suivi
5.3 Complications secondaires
5.3.1 Complications infectieuses
5.3.2 Complication néoplasiques
5.4 Différentes classifications de l’infection par le VIH/sida
6. Prise en charge thérapeutique de l’infection par le VIH
6.1 Traitements antirétroviraux
6.1.1 Principes
6.2 Molécules antirétrovirales
6.2.1. Inhibiteurs de la transcriptase inverse (INTI)
6.2.1.1 Analogues nucléosidiques ou nucléotidiques de la transcriptase inverse
6.2.1.2 Inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse (INNTI)
6.2.2. Inhibiteurs de la protéase virale du VIH (IP)
6.2.3. Inhibiteurs d’entrée
6.2.3.1 Inhibiteurs de fusion
6.2.3.2 Inhibiteurs des corécepteurs
6.2.4. Inhibiteurs de l’intégrase
6.3 Indications du traitement antirétroviral
6.3.1 Quand instaurer un traitement antirétroviral?
6.3.2 Quel traitement antirétroviral initier ?
6.3.3 Quel nucléos (t) idique choisir ?
6.3.3.1 Stratégies comportant deux INTI+INNTI
6.3.3.2 Stratégies comportant deux INTI+IP/r
6.3.3.3 Choix d’une trithérapie avec IP/r versus trithérapie avec INNTI
6.3.3.4 Trithérapie avec IP/r : choix de l’IP
6.3.3.5 Nouvelle stratégie alternative : deux INTI + un inhibiteur d’intégrase
6.4 Surveillance du traitement antirétroviral
7. TRAITEMENT ARV CHEZ L’ADULTE AU SENEGAL
7.1 Circuit du patient mis sous traitement ARV
7.2 Bilan pré-thérapeutique
7.3 Monitoring du traitement ARV
7.4 Molécules d’ARV disponible au Sénégal
7.5 Schémas thérapeutiques chez l’adulte
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL EXPERIMENTAL
1 Cadre d’étude
1.1 Description des lieux
1.2 Ressources humaines
2 Matériel et méthode
2.1 Population d’étude
2.2 Diagnostic de l’infection par VIH
2.3 Règles d’éthiques
2.4 Recueil des données
2.5 Saisie et exploitation des données
2.6 Contraintes
RESULTATS
1 Aspects épidémiologiques
1.1 Répartition de la population d’étude selon le sexe
1.2 Répartition de la population d’étude par tranche d’âge
1.3 Répartition de la population d’étude par tranche d’âge et par sexe
1.4 Répartition de la population d’étude selon le lieu de résidence
1.5 Répartition de la population d’étude selon la situation matrimoniale
1.6 Répartition de la population d’étude selon le niveau d’instruction
1.7 Répartition de la population d’étude selon le secteur d’activité
1.8 Répartition de la population d’étude selon le mode de vie :
2 Aspect clinique et paraclinique de la population d’étude
2.1 Répartition de la population d’étude selon le type de VIH
2.2 Répartition de la population d’étude selon un antécédent pathologique important
2.3 Répartition de la population d’étude selon l’année de connaissance de la séropositivité
2.4 Répartition de la population d’étude selon l’année de dépistage et selon la présence ou non d’antécédent d’infections classant sida
2.5 Répartition de la population d’étude selon antécédents d’infections opportunistes
2.6 Répartition de la population d’étude selon stade clinique OMS
2.7 Répartition de la population d’étude selon le taux d’hémoglobine
2.8 Répartition de la population d’étude selon la créatininémie
2.9 Répartition de la population d’étude selon le bilan hépatique
2.10 Répartition de la population d’étude selon le taux de LTCD4
2.11 Répartition de la population d’étude selon la présence ou non d’infection opportuniste
2.12 Répartition de la population d’étude selon le nombre d’infections opportunistes
2.13 Répartition de la population d’étude selon les pathologies non classant SIDA en cours d’hospitalisation
2.14 Répartition de la population d’étude selon les pathologies classant SIDA en cours d’hospitalisation
En cours d’hospitalisation les pathologies classant SIDA sont dominées par la tuberculose extrapulmonaire avec 14,1% de cas sur 704 chez qui un diagnostic avait été posé
3 Aspects thérapeutiques de la population d’étude
3.1 Répartition de la population d’étude selon la prophylaxie au cotrimoxazole
3.2 Répartition de la population selon le traitement antituberculeux
3.3 Répartition de la population d’étude selon le schéma thérapeutique antirétroviral
4 Aspects évolutifs de la population d’étude
4.1 Répartition de la population d’étude la selon durée d’hospitalisation
4.2 Répartition de la population d’étude la selon l’évolution
4.3 Répartition de la population d’étude selon les causes associées au décès et Stade clinique OMS
4.4 Evolution de la population d’étude selon les paramètres épidémiologiques
4.5 Evolution de la population d’étude selon le stade clinique à l’admission
4.6 Evolution de la population d’étude selon le taux de LTCD4
DISCUSSION
CONCLUSION

Lire le rapport complet