Soutenance mémoire
Classification et diversité génétique
Classification : Le Virus de l’Immunodéficience Humaine appartient à la famille de Retroviridae ou Rétrovirus. Cette dénomination Rétrovirus provient de l’enzyme qu’il possède appelé rétrotranscriptase, reverse transcriptase ou transcriptase inverse découverte conjointement en 1970 par H. Temin chez RSV et par D. Baltimore chez MLV et RSV qui permet la rétrotranscription de l’ARN viral en ADN bicaténaire. [2 ,84] Les rétrovirus sont une famille très diversifiée qui peuvent affecter aussi bien les invertébrés que les vertébrés. Ils sont classés en sept genres et le VIH appartient au genre Lentivirus: [36]
Les Alpharétrovirus (Rétrovirus type C aviaires)
Les Betarétrovirus (Rétrovirus type B des mammifères)
Les Deltarétrovirus (Rétrovirus type C des mammifères)
Les Epsilonrétrovirus [BLV (Virus de la Leucémie Bovine)-HTLV]
Les Gammarétrovirus (Rétrovirus type D),
Les Lentivirus [VIH, SIV (Virus de l’Immunodéficience Simienne)].
Les Spumavirus.
Ces genres peuvent être classés en deux catégories :
• Les rétrovirus simples qui ne possèdent que les gènes gag pol et env : Alpharétrovirus, Betarétrovirus, Gammarétrovirus.
• Les rétrovirus complexes qui codent également des protéines régulatrices et axillaires : Deltarétrovirus, Epsilonrétrovirus, Lentivirus (VIH), Spumavirus.
Diversité génétique des VIH : Le VIH est un virus qui a une très importante variabilité génétique. Ceci constitue un élément aggravant de l’infection, car les organismes auront sans cesse à lutter contre des souches différentes. Elle constitue un obstacle majeur à la constitution d’un vaccin préventif et peut poser des problèmes de diagnostic et de prise en charge thérapeutique [7,72]. Deux types de VIH ont été découverts : le VIH-1 et le VIH-2. Au sein de chaque type existent plusieurs groupes, qui à leur tour comportent des sous-types, des sous-sous types et des formes recombinantes.
• VIH-1 est le plus présent dans le monde. Le VIH-1 est proche des virus des chimpanzés africains et comprend le groupe M, le groupe O, le groupe N, et plus récemment le groupe P fut identifié [68] De plus, de nombreux virus recombinants sont régulièrement identifiés et caractérisés. Le VIH-1 du groupe M (major) est largement dominant avec une grande diversité génétique au sein de ce groupe incluant les principaux soustypes (A à D, F à H, J et K), tous présents en Afrique. Alors que le sous-type B du groupe M est majoritaire en Europe et aux Etats-Unis, le sous-type C est dominant dans le monde du fait du développement très important de l’épidémie en Afrique sub-saharienne. [54, 63,72, 79].
• VIH-2, moins contagieux que VIH-1 et sévit principalement en Afrique de l’Ouest. Le VIH-2, proche des virus des singes Sooty mangabey, montre aussi une grande diversité, qui est cependant plus forte que celle du VIH-1. Il comprend 8 groupes (A-H). L’extension relativement faible de cette épidémie de VIH-2 est sans doute due à son moindre pouvoir pathogène [40]. Contrairement au VIH-1 il existe à nos jours une seule forme recombinante : CRF01_AB. [37]. Les génomes de VIH-l et VIH-2 partagent entre eux globalement 42 % d’homologie. Cette homologie est plus importante (> 50%) au niveau des gènes gag et pol qu’au niveau des gènes env 40%). Ils diffèrent par un gène de régulation (vpx pour VIH-2 et vpu pour VIH-1) [36].
L’enveloppe virale
Le VIH dispose d’une enveloppe provenant de la membrane de la cellule infectée lors du bourgeonnement du virion. Cette enveloppe est recouverte de deux types de glycoprotéines :
• La première est la Gp41, glycoprotéine de 41 kilo daltons ou encore glycoprotéine transmembranaire TM gp41 qui traverse la membrane. Elle est particulièrement impliquée dans la pénétration de la capside virale dans la cellule hôte. Chez le VIH-2 la Gp41 est remplacé par la Gp36.
• La seconde est la Gp120 glycoprotéine de 120 kilo daltons ou SU Gp 120 qui recouvre la partie de la Gp41 qui sort de la membrane. Une très forte liaison existe entre la Gp120 et les récepteurs CD4 présents à la surface des LT CD4+ du système immunitaire. C’est pour cette raison que le VIH n’infecte que des cellules ayant ce récepteur à leur surface, qui sont en très grande majorité les lymphocytes T CD4+ [83]. On note la présence de Gp 125 chez le VIH-2 à la place de gp120.
Les cellules cibles
Les cellules sensibles à l’infection par le VIH sont principalement celles qui expriment à leur surface le récepteur CD4+ et l’un des co-récepteurs (CCR5 et/ou CXCR4) [65]. Il s’agit de la sous population de lymphocytes T CD4+ helper (ou auxiliaires), mais aussi des monocytes, des macrophages, des cellules dendritiques, des cellules de Langherans et des cellules microgliales du cerveau. Ces cellules présentatrices d’antigènes jouent un rôle important de réservoir, de dissémination et d’entrée du virus dans l’organisme. Il a été mis en évidence une molécule de surface (DC-SIGN) exprimée sur les cellules dendritiques, capables de lier le VIH et de le transmettre à des lymphocytes TCD4+. Dans d’autres cellules, les virus sont simplement emprisonnés sans se répliquer. C’est le cas par exemple, des cellules folliculaires dendritiques présentes dans les centres germinatifs des ganglions. [47, 51].
La primo-infection
Cette phase dure en moyenne six semaines et débute avec le comptage et se termine avec l’apparition d’anticorps anti-VIH qui marque la séroconversion. Elle peut être asymptomatique ou se traduire, chez 50 à 70% des personnes infectées, par diverses manifestations cliniques transitoires. Cette phase est caractérisée par une réplication virale qui se traduit par une antigénémie positive dans le sang circulant et au niveau du LCR (liquide céphalo-rachidien) et traduirait l’établissement de sites privilégiés de la réplication virale à partir desquels a lieu la dissémination virale au cours de l’infection. [23, 65]. Chez les personnes en phase de primo-infection, environ la moitié des virus isolés a généralement un phénotype X4 ou CXCR4. La fin de cette phase de primo-infection est marquée, d’après les travaux de Daar et collaborateurs, par une diminution rapide de la charge virale circulante [17] et un changement phénotypique des virus isolés qui sont majoritairement R5. Du point de vue immunologique, cette phase se caractérise par une diminution transitoire du nombre de lymphocytes TCD4+ circulants et l’apparition de la réponse immune à médiation cellulaire [43]. L’apparition de la réponse immune humorale marque la fin de cette phase et l’entrée dans la phase de chronicité.
|
Table des matières
Introduction
Première partie
1. Rappels sur le Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH)
1.1 Historique, caractéristiques et classification
1.1.1 Historique
1.1.2.1. Classification et diversité génétique
1.1.3 Caractéristiques
1.1.3.1 Caractéristiques générales des rétrovirus
1.1.3.2 Caractéristiques morphologique et moléculaire des lentivirus
1.1.2 Epidémiologie
1.2.1. Dans le monde
1.2.2. En Afrique sub-saharienne
1.2.3. Au Sénégal
1.2 Structure du VIH
1.3. Organisation génomique du VIH-1
1.31. Les gènes de structure
1.32 Les gènes de régulation
1.3.3. LTR (Long Terminal Repeat)
14 Cycle réplicatif du VIH
1.4.1. Les cellules cibles
1.4.2. La reconnaissance, la fusion membranaire et l’entrée du virus dans la cellule
1.4.3. Décapsidation, Rétrotranscription et Intégration
1.4.4. La transcription
1.4.5.Synthèse des protéines virales
1.5. Réponses immunologiques
1.5.1. Réponse humorale
1.5.2. Réponse cellulaire
1.6. Evolution de la maladie
1.6.1. La primo-infection
1.6.2. La phase chronique
1.6.3. Phase terminale
1.6.4 Cas particulier
1.6.4.1 Les progresseurs rapides
1.6.4.2 Les asymptomatiques à long terme ou progresseurs lents
1.7. Diagnostic au laboratoire
1.7.1. Les marqueurs de l’infection
1.7.2. Tests de dépistage
1.7.3. Tests de confirmation
1.7.4. Autres tests
1.8. Suivi biologique
1.9. Traitement
1.9.1. Médicaments antirétroviraux
1.9.1.1. Inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse (INTI)
1.9.1.2. Inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse. (INNTI)
1.9.1.3. Les inhibiteurs de la protéase. (IP)
1.9.1.4. Les inhibiteurs de l’intégrase
1.9.1.5. Les inhibiteurs de la fusion
1.9.1.6. Les antagonistes des corecepteurs
1.9.2. Indications et stratégies
2. Evaluation de la réplication du virus
2.1. Principales trousses de détection de la charge virale
2.1.1. Cobas amplicor /Cobas taqman des laboratoires Roche
2.1.2. Abbott Real Time HIV-1 sur m2000rt de Abbott
2.1.3. Quantiplex ou VERSANT HIV RNA bDNA 3.0® de Siemens
2.1.4. VERSANT®HIV-1 RNA 1.0 (kPCR) de Siemens
2.1.5. NucliSens Easy Q
2.1.6. Tests génériques : Generic HIV charge virale
2.2. Type de prélèvement
Deuxième partie : Charge virale
1. Justificatif de l’étude
2. Cadre de l’étude
3. Matériels et méthodes
3.1. Matériel
3.2. Méthodes
3.2.1 Echantillon
3.2.2 Technologies NucliSens EasyQ HIV-1 V1.2 et V2.0
3.3. Analyses statistiques
4. Résultats
4.1. Echantillonnage
4.2 Répartition des échantillons VIH-1 en fonction de la valeur de leur charge virale et comparaison globale des versions
4.3. Répartitions des échantillons VIH-2 en fonction de la charge virale et comparaison globale des deux versions de Nuclisens
4.4. Concordance et corrélation
4.4.1. Etude rétrospective
4.4.2. Etude prospective
DISCUSSION
CONCLUSION
Référence bibliographique
Télécharger le rapport complet
